Obiettivo
Cellular and developmental processes rely on the precise activity of the proteins that constitute them, and alteration of protein activity often causes disease phenotypes and fitness defects. The relation between protein activity (or expression) and organismal fitness is thus a fundamental genetic property with implications for evolutionary and disease processes. However, a systematic understanding of how protein expression relates to fitness is lacking.
Here we propose a comprehensive screen of expression-fitness functions (EFFs) for yeast genes.
The proposed inter-disciplinary project will combine cutting-edge methods from synthetic biology, innovative one-step construction of a comprehensive genome-wide library, multiplexed genomics measurements and functional genomics computational analyses to elucidate fundamental patterns of expression-fitness functions.
The methodology is based on an inducible degron system that allows for controlled repression of protein levels. Due to a one-fits-all design, the inducible degron can be fused in a one-step transformation procedure to any gene contained in the yeast GFP-fusion library. An all-in-one construction of the library, assessment of library components via deep-sequencing and multiplexed growth and expression assays will allow for the measurement of thousands of yeast gene EFFs in parallel.
Computational data analyses will elucidate principal classes of EFFs. Subsequent functional genomics analyses will link principal EFFs to underlying molecular and physiological properties, such as gene’s functions, pathways or cellular localizations, which will therefore provide a foundation to understand the principal causes of how alterations in gene activity translate to impairments of cellular function.
The proposed project will therefore open up a new area of systematic, quantitative genetic analysis that should prove crucial in the understanding of human genetic variation and disease.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione scienza dei dati
- scienze naturali scienze biologiche genetica
- scienze naturali scienze biologiche biologia sintetica
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2016
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
08003 Barcelona
Spagna
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.