Objectif
CRISPR-Cas immune system represents one of the most effective weapons against mobile genetic elements in the host defense arsenal. Bacteriophages (phages) armed with anti-CRISPR proteins can, however, inhibit CRISPR immunity by sabotaging components of the immune system with evolutionary advantages. This proposal sets out to discover novel phage-encoded anti-CRISPR proteins and understand the molecular mechanisms of the inhibitory processes.
I will focus on novel anti-CRISPR proteins for Cas9-containing type II CRISPR-Cas systems in lactic acid bacteria (LAB). I expect anti-CRISPR proteins to be present in phages for LAB, for which the CRISPR system is an important line of defense. It is highly plausible that LAB-infecting phages have evolved to possess anti-CRISPR proteins. However, none of anti-CRISPR proteins against type II CRISPR have been described so far. To identify novel type II anti-CRISPR proteins encoded by phage genomes and explore novel features of the anti-CRISPR proteins, I will establish high-throughput screening methods using an integrated approach consisting of metagenomics, bioinformatics and mass spectrometry. After identifying candidate anti-CRISPR proteins, I will uncover the underlying molecular mechanisms of these viral anti-CRISPR proteins utilizing state-of-the-art single-molecule fluorescence methodologies.
The fierce virus–host arms race has resulted in high diversity of distinct prokaryotic CRISPR-Cas systems. Therefore, I anticipate that my high-throughput screening will lead to discovery of remarkably diverse anti-CRISPR proteins, specifically anti-CRISPR variants targeting Cas9. The proposed combination of viral diversity screening and single-molecule approaches will reveal novel mechanisms of anti-CRISPR activity that are difficult to obtain by traditional biochemistry, will impact potential applications of Cas9, and will provide unique insights into the host-virus arms race.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique acides organiques
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie virologie
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- sciences naturelles sciences chimiques chimie analytique spectrométrie de masse
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2016
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
2628 CN DELFT
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.