The genetic basis of the convergent evolution of fungal multicellularity

Informations projet

Multicellularity

N° de convention de subvention: 758161

DOI

10.3030/758161

Projet clôturé

Date de signature de la CE 24 Octobre 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 30 Juin 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 486 500,00

Contribution de l’UE

€ 1 486 500,00

Coordonné par

HUN-REN SZEGEDI BIOLOGIAI KUTATOKOZPONT
Hungary

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Publications

Conference proceedings (17)

Revealing tissue-specific developmental trajectories in fruiting bodies of Coprinopsis cinerea by single-cell RNA sequencing.

Auteurs: Varga T., Bálint B., Bense V., Nagy GL
Publié dans: 2020
Éditeur: 15th European Conference on Fungal Genetics

Fungal multicellularity and fruiting body development, from a transcriptomic and genomic perspective.

Auteurs: László G Nagy
Publié dans: 2020
Éditeur: Israel Molecular Mycology Meeting

Development of Single and Multitargeted Gene Deletion Methods in the Inky-Cap Fungus Coprinopsis cinerea

Auteurs: Csernetics A., Viragh M., Bense V., Trenka V., Pal P., Nagy GL.
Publié dans: 2020
Éditeur: 15th European Conference on Fungal Genetics

Towards understanding conserved gene regulatory networks in fungi: an update on the FUNCODE Project.

Auteurs: László G Nagy
Publié dans: 2021
Éditeur: Botany 2021

Allele specific expression during fruiting body formation in Pleurotus ostreatus.

Auteurs: Zsolt Merényi, Máté Virágh, Emile Gluck-Thaler, Jason C. Slot, Brigitta Kiss, Torda Varga, András Geösel, Botond Hegedüs, Balázs Bálint, László G. Nagy
Publié dans: 2022
Éditeur: 31st Fungal Genetics Conference

RNA-seq of cell populations during the early development of Coprinopsis cinerea reveals intensive reprogramming of hyphal growth patterns.

Auteurs: Varga T., Bálint B., Bense V., Nagy GL.
Publié dans: 2020
Éditeur: Meeting of the Mycological Society of America

Taxonomic vs. genomic fungi: large turnover of protistan genetic heritage in the fungal kingdom.

Auteurs: László G. Nagy, Zsolt Merényi
Publié dans: 2022
Éditeur: Jacques Monod Conferences: The origin of Metazoans

FGC Evolution repeats itself in fungal morphogenetic transitions - in search of mechanisms of convergent evolution

Auteurs: László G Nagy
Publié dans: 2022
Éditeur: 31st Fungal Genetics Conference

A macro-evolutionary perspective on long-distance mass transport in fungi.

Auteurs: Varga T., Bense V., Nagy GL.
Publié dans: 2020
Éditeur: 15th European Conference on Fungal Genetics

Omics’ approaches of fruiting body development for improving commercial mushroom strains

Auteurs: László G. Nagy
Publié dans: 2021
Éditeur: ISMS e-Congress

Unmatched level of molecular convergence among deeply divergent complex multicellular fungi.

Auteurs: Merenyi Zs., Prasanna AN., Wang Z., Kovacs K., Hegedus B., Balint B., Papp B., Townsend JP., Nagy GL
Publié dans: EVOLUTION of COMPLEX LIFE, Numéro 15-17. May 2019., 2019
Éditeur: Georgia Tech

The Origins of Complex Multicellularity in Agarico- and Pezizomycotina.

Auteurs: Merenyi Zs., Prasanna AN., Almasi E., Krizsan K., Nagy GL.
Publié dans: A Magyar Mikrobiológiai Társaság 2018. évi Nagygyűlése és a XIII. Fermentációs Kollokvium, Numéro 17-19. October 2018, 2018
Éditeur: Magyar Mikrobiológiai Társaság

Comparative genomics reveals the origin of hyphal morphogenesis and fungal multicellularity.

Auteurs: Kiss E., Hegedus B., Varga T., Merenyi Zs., Balint B., Koszo T., Krizsan K., Prasanna AN., Nagy GL.
Publié dans: 30th Fungal Genetics Conference, Numéro 12-17. March. 2019., 2019, Page(s) p.15.
Éditeur: Genetics Society of America

Evolutionary analysis of thousands of genomes with COMPARE1K+.

Auteurs: Balint B., Merenyi Zs., Varga T., Grigoriev IV., Nagy GL.
Publié dans: NeLLi – Symposium on New Lineages of Life, Numéro 2-3. April 2019., 2019
Éditeur: DOE Joist Genome Institue

COMPARE1K+, a bioinformatic pipeline and an R package to analyse the evolution of thousands of genomes

Auteurs: Varga T., Balint B., Merenyi Zs., Grigoriev IV., Nagy GL.
Publié dans: Hungarian Molecular Life Science, Numéro 29-31. March. 2019., 2019, Page(s) p.245.
Éditeur: MBKE, MAGE

Understanding the evolution of mushroom-forming fungi: macro-evolutionary analyses of a 5300-species phylogeny of Agaricomycetes.

Auteurs: Varga T., Krizsan K., Szarkandi GJ, Dima B., Kiss B., Foldi Cs., Sanchez-Garcia M., Sanchez-Ramirez S., Szollosi GJ., M., Hibbett DS., Vagvolgyi Cs., Papp T., Nagy GL.
Publié dans: 14th European Conference on Fungal Genetics, Numéro 25-28. February. 2018., 2018, Page(s) p.104.
Éditeur: ECFG14

Patterns of genome evolution underlying differential wood-decay mechanisms in Polyporales.

Auteurs: Virágh M., Merényi, Zs. , Bálint, B., Hage, H., Miyauchi, S., Favel S., Miettinen O., Grigoriev, IV., Rosso, MN., Martin F., Nagy GL.
Publié dans: 2019
Éditeur: Asian Mycological Congress

Peer reviewed articles (19)

Fruiting body form, not nutritional mode, is the major driver of diversification in mushroom-forming fungi

Auteurs: Marisol Sánchez-García, Martin Ryberg, Faheema Kalsoom Khan, Torda Varga, László G. Nagy, David S. Hibbett
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/51, 2020, Page(s) 32528-32534, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1922539117

Genomes of fungi and relatives reveal delayed loss of ancestral gene families and evolution of key fungal traits

Auteurs: Zsolt Merényi, Krisztina Krizsán, Neha Sahu, Xiao-Bin Liu, Balázs Bálint, Jason E. Stajich, Joseph W. Spatafora, László G. Nagy
Publié dans: Nature Ecology and Evolution, 2023, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41559-023-02095-9

Comparative genomics reveals unique wood‐decay strategies and fruiting body development in the Schizophyllaceae

Auteurs: Éva Almási, Neha Sahu, Krisztina Krizsán, Balázs Bálint, Gábor M. Kovács, Brigitta Kiss, Judit Cseklye, Elodie Drula, Bernard Henrissat, István Nagy, Mansi Chovatia, Catherine Adam, Kurt LaButti, Anna Lipzen, Robert Riley, Igor V. Grigoriev, László G. Nagy
Publié dans: New Phytologist, Numéro 224/2, 2019, Page(s) 902-915, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.16032

Lessons on fruiting body morphogenesis from genomes and transcriptomes of Agaricomycetes

Auteurs: László G. Nagy, Peter Jan Vonk, Markus Künzler, Csenge Földi, Máté Virágh, Robin A. Ohm, Florian Hennicke, Balázs Bálint, Árpád Csernetics, Botond Hegedüs, Zhihao Hou, Xiao-Bin Liu, Shen Nan, Manish Pareek, Neha Sahu, Benedek Szathmári, Torda Varga, Hongli Wu, Xiao Yang, Zsolt Merényi
Publié dans: Studies in Mycology, 2022, ISSN 0166-0616
Éditeur: Centraal Bureau voor Schimmelculturals
DOI: 10.1101/2021.12.09.471732

Vertical and horizontal gene transfer shaped plant colonization and biomass degradation in the fungal genus Armillaria

Auteurs: Neha Sahu, Boris Indic, Johanna Wong-Bajracharya, Zsolt Merényi, Huei-Mien Ke, Steven Ahrendt, Tori-Lee Monk, Sándor Kocsubé, Elodie Drula, Anna Lipzen, Balázs Bálint, Bernard Henrissat, Bill Andreopoulos, Francis M. Martin, Christoffer Bugge Harder, Daniel Rigling, Kathryn L. Ford, Gary D. Foster, Jasmyn Pangilinan, Alexie Papanicolaou, Kerrie Barry, Kurt LaButti, Máté Virágh, Maxim Koria
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 8, 2023, Page(s) pages 1668–1681, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-023-01448-1

Gene age shapes the transcriptional landscape of sexual morphogenesis in mushroom-forming fungi (Agaricomycetes)

Auteurs: Zsolt Merényi, Máté Virágh, Emile Gluck-Thaler, Jason C Slot, Brigitta Kiss, Torda Varga, András Geösel, Botond Hegedüs, Balázs Bálint, László G Nagy
Publié dans: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71348

Evolutionary Morphogenesis of Sexual Fruiting Bodies in Basidiomycota: Toward a New Evo-Devo Synthesis

Auteurs: Máté Virágh, Zsolt Merényi, Árpád Csernetics, Csenge Földi, Neha Sahu, Xiao-Bin Liu, David S. Hibbett, László G. Nagy
Publié dans: Microbiology and Molecular Biology Reviews, 2021, ISSN 1092-2172
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00019-21

Radiation of mushroom-forming fungi correlates with novel modes of protecting sexual fruiting bodies

Auteurs: Torda Varga, Csenge Földi, Viktória Bense, László G. Nagy
Publié dans: Fungal Biology, 2022, ISSN 1878-6146
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.funbio.2022.07.001

Mycology: Rediscovery of a lost model fungus highlights the origin of mycorrhizal symbioses

Auteurs: László G.Nagy, Gábor M.Kovács
Publié dans: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.02.006

Hallmarks of Basidiomycete Soft- and White-Rot in Wood-Decay -Omics Data of Two Armillaria Species

Auteurs: Neha Sahu, Zsolt Merényi, Balázs Bálint, Brigitta Kiss, György Sipos, Rebecca A. Owens, László G. Nagy
Publié dans: Microorganisms, Numéro 9/1, 2021, Page(s) 149, ISSN 2076-2607
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9010149

Transcriptomic atlas of mushroom development reveals conserved genes behind complex multicellularity in fungi

Auteurs: Krisztina Krizsán, Éva Almási, Zsolt Merényi, Neha Sahu, Máté Virágh, Tamás Kószó, Stephen Mondo, Brigitta Kiss, Balázs Bálint, Ursula Kües, Kerrie Barry, Judit Cseklye, Botond Hegedüs, Bernard Henrissat, Jenifer Johnson, Anna Lipzen, Robin A. Ohm, István Nagy, Jasmyn Pangilinan, Juying Yan, Yi Xiong, Igor V. Grigoriev, David S. Hibbett, László G. Nagy
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/15, 2019, Page(s) 7409-7418, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1817822116

Comparative genomics reveals the origin of fungal hyphae and multicellularity

Auteurs: Enikő Kiss, Botond Hegedüs, Máté Virágh, Torda Varga, Zsolt Merényi, Tamás Kószó, Balázs Bálint, Arun N. Prasanna, Krisztina Krizsán, Sándor Kocsubé, Meritxell Riquelme, Norio Takeshita, László G. Nagy
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-12085-w

Many roads to convergence

Auteurs: Nagy, GL.
Publié dans: Science, Numéro 361/6398, 2018, Page(s) 125-126, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aau2409

Unmatched Level of Molecular Convergence among Deeply Divergent Complex Multicellular Fungi

Auteurs: Zsolt Merényi, Arun N Prasanna, Zheng Wang, Károly Kovács, Botond Hegedüs, Balázs Bálint, Balázs Papp, Jeffrey P Townsend, László G Nagy
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa077

Novel phylogenetic methods are needed for understanding gene function in the era of mega-scale genome sequencing

Auteurs: László G Nagy, Zsolt Merényi, Botond Hegedüs, Balázs Bálint
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/5, 2020, Page(s) 2209-2219, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1241

Model Choice, Missing Data, and Taxon Sampling Impact Phylogenomic Inference of Deep Basidiomycota Relationships

Auteurs: Arun N Prasanna, Daniel Gerber, Teeratas Kijpornyongpan, M Catherine Aime, Vinson P Doyle, Laszlo G Nagy
Publié dans: Systematic Biology, Numéro 69/1, 2019, Page(s) 17-37, ISSN 1063-5157
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syz029

Megaphylogeny resolves global patterns of mushroom evolution

Auteurs: Torda Varga, Krisztina Krizsán, Csenge Földi, Bálint Dima, Marisol Sánchez-García, Santiago Sánchez-Ramírez, Gergely J. Szöllősi, János G. Szarkándi, Viktor Papp, László Albert, William Andreopoulos, Claudio Angelini, Vladimír Antonín, Kerrie W. Barry, Neale L. Bougher, Peter Buchanan, Bart Buyck, Viktória Bense, Pam Catcheside, Mansi Chovatia, Jerry Cooper, Wolfgang Dämon, Dennis
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 3/4, 2019, Page(s) 668-678, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0834-1

Preassembled Cas9 Ribonucleoprotein-Mediated Gene Deletion Identifies the Carbon Catabolite Repressor and Its Target Genes in Coprinopsis cinerea

Auteurs: Manish Pareek, Botond Hegedüs, Zhihao Hou, Árpád Csernetics, Hongli Wu, Máté Virágh, Neha Sahu, Xiao-Bin Liu, László Nagy
Publié dans: Applied and Environmental Microbiology, 2022, ISSN 0099-2240
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.00940-22

Fungi took a unique evolutionary route to multicellularity: Seven key challenges for fungal multicellular life

Auteurs: László G. Nagy, Torda Varga, Árpád Csernetics, Máté Virágh
Publié dans: Fungal Biology Reviews, Numéro 34/4, 2020, Page(s) 151-169, ISSN 1749-4613
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.fbr.2020.07.002