European Research Training to Decipher The Ub Code : identification of potential biomarkers and drug targets

Informations projet

UbiCODE

N° de convention de subvention: 765445

DOI

10.3030/765445

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Août 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 31 Decembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 407 194,44

Contribution de l’UE

€ 3 407 194,44

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Podcasts generated and launched
UbiCODE website launched and updated and presence in social media

Other (4)

Attainment of doctoral degrees
Supervisory Board

Supervisory Board settlement

Database for MS datasets

Database to hold large datasets from the MS analyses open to public

Database for screenings datasets

Documents, reports (2)

Outreach and research articles

Outreach and research article publications meetings events

Outreach and research article publications, meetings, events

Publications

Book chapters (9)

SUMO-ID: A Strategy for the Identification of SUMO-Dependent Proximal Interactors

Auteurs: Orhi Barroso-Gomila, Ugo Mayor, Rosa Barrio & James D. Sutherland
Publié dans: 2022
Éditeur: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_13

Total Linear Chemical Synthesis of LC3A and LC3B

Auteurs: Yara Huppelschoten, Jens Buchardt, Thomas Eiland Nielsen & Gerbrand J. van der Heden van Noort
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Numéro 2602, 2022
Éditeur: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_4

Chemical Synthesis of Non-hydrolyzable Ubiquitin(-Like) Hybrid Chains

Auteurs: David A. Pérez Berrocal, Gerbrand J. van der Heden van Noort & Monique P. C. Mulder
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Numéro 2602, 2022
Éditeur: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_3

Isolation and Mass Spectrometry Identification of K48 and K63 Ubiquitin Proteome Using Chain-Specific Nanobodies

Auteurs: Maria Gonzalez-Santamarta, Laurie Ceccato, Ana Sofia Carvalho, Jean-Christophe Rain, Rune Matthiesen & Manuel S. Rodriguez
Publié dans: 2022
Éditeur: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_9

Biotin-based approaches for the study of SUMO and Ubiquitin modifications

Auteurs: Sutherland, JD; O, Barroso-Gomila; Barrio, R
Publié dans: Numéro 3, 2019
Éditeur: Caister Academic Press
DOI: 10.5281/zenodo.3601585

Biochemical characterization of SUMO-conjugating enzymes by in vitro sumoylation assays

Auteurs: Nathalie Eisenhardt, Dragana Ilic, Easa Nagamalleswari, Andrea Pichler
Publié dans: Ubiquitin and Ubiquitin-like Protein Modifiers, Numéro 618, 2019, Page(s) 167-185, ISBN 9780-128163597
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2018.12.025

Biotin-based Approaches for the Study of Ubiquitin and Ubiquitin-like Protein Modifications

Auteurs: James D. Sutherland, Orhi Barroso Gomila, Rosa Barrio
Publié dans: SUMOylation and Ubiquitination: Current and Emerging Concepts, 2019, ISBN 9781-912530120
Éditeur: Caister Academic Press
DOI: 10.21775/9781912530120.07

Resistance to the Proteasome Inhibitors: Lessons from Multiple Myeloma and Mantle Cell Lymphoma

Auteurs: Maria Gonzalez-Santamarta, Grégoire Quinet, Diana Reyes-Garau, Brigitte Sola, Gaël Roué, Manuel S. Rodriguez
Publié dans: Proteostasis and Disease - From Basic Mechanisms to Clinics, Numéro 1233, 2020, Page(s) 153-174, ISBN 978-3-030-38265-0
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-38266-7_6

Role of Sumoylation in Neurodegenerative Diseases and Inflammation

Auteurs: Esmeralda Parra-Peralbo, Veronica Muratore, Orhi Barroso-Gomila, Ana Talamillo, James D. Sutherland, Rosa Barrio
Publié dans: 2021
Éditeur: CRC Press
DOI: 10.1201/9781003048138-08

Peer reviewed articles (18)

Structural mechanism of cGAS inhibition by the nucleosome

Auteurs: Ganesh R. Pathare, Alexiane Decout, Selene Glück, Simone Cavadini, Kristina Makasheva, Ruud Hovius, Georg Kempf, Joscha Weiss, Zuzanna Kozicka, Baptiste Guey, Pauline Melenec, Beat Fierz, Nicolas H. Thomä, Andrea Ablasser
Publié dans: Nature, Numéro 587/7835, 2020, Page(s) 668-672, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2750-6

Identification of proximal SUMO-dependent interactors using SUMO-ID

Auteurs: Orhi Barroso-Gomila, Fredrik Trulsson, Veronica Muratore, Iñigo Canosa, Laura Merino-Cacho, Ana Rosa Cortazar, Coralia Pérez, Mikel Azkargorta, Ibon Iloro, Arkaitz Carracedo, Ana M. Aransay, Felix Elortza, Ugo Mayor, Alfred C. O. Vertegaal, Rosa Barrio, James D. Sutherland
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26807-6

The ER-embedded UBE2J1/RNF26 ubiquitylation complex exerts spatiotemporal control over the endolysosomal pathway

Auteurs: Tom Cremer, Marlieke L.M. Jongsma, Fredrik Trulsson, Alfred C.O. Vertegaal, Jacques Neefjes, Ilana Berlin
Publié dans: Cell Reports, Numéro 34/3, 2021, Page(s) 108659, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108659

Rational discovery of molecular glue degraders via scalable chemical profiling

Auteurs: Cristina Mayor-Ruiz, Sophie Bauer, Matthias Brand, Zuzanna Kozicka, Marton Siklos, Hana Imrichova, Ines H. Kaltheuner, Elisa Hahn, Kristina Seiler, Anna Koren, Georg Petzold, Michaela Fellner, Christoph Bock, André C. Müller, Johannes Zuber, Matthias Geyer, Nicolas H. Thomä, Stefan Kubicek, Georg E. Winter
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 16/11, 2020, Page(s) 1199-1207, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0594-x

The role of SUMOylation during development

Auteurs: Ana Talamillo, Orhi Barroso-Gomila, Immacolata Giordano, Leiore Ajuria, Marco Grillo, Ugo Mayor, Rosa Barrio
Publié dans: Biochemical Society Transactions, Numéro 48/2, 2020, Page(s) 463-478, ISSN 0300-5127
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20190390

Haven't got a glue: Protein surface variation for the design of molecular glue degraders

Auteurs: Zuzanna Kozicka, Nicolas Holger Thomä
Publié dans: Cell Chemical Biology, 2021, ISSN 2451-9456
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2021.04.009

Deubiquitinating enzymes and the proteasome regulate preferential sets of ubiquitin substrates

Auteurs: Fredrik Trulsson; Vyacheslav Akimov; Mihaela Robu; Nila van Overbeek; David Aureliano Pérez Berrocal; Rashmi G. Shah; Jürgen Cox; Girish M. Shah; Blagoy Blagoev; Alfred C. O. Vertegaal
Publié dans: Nature Communication, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30376-7

SALL1 Modulates CBX4 Stability, Nuclear Bodies, and Regulation of Target Genes

Auteurs: Immacolata Giordano, Lucia Pirone, Veronica Muratore, Eukene Landaluze, Coralia Pérez, Valerie Lang, Elisa Garde-Lapido, Monika Gonzalez-Lopez, Orhi Barroso-Gomila, Alfred C O Vertegaal, Ana M Aransay, Jose Antonio Rodriguez, Manuel S Rodriguez, James D Sutherland, Rosa Barrio
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2021.715868

Hybrid Chains: A Collaboration of Ubiquitin and Ubiquitin-Like Modifiers Introducing Cross-Functionality to the Ubiquitin Code

Auteurs: David A. Pérez Berrocal, Katharina F. Witting, Huib Ovaa, Monique P. C. Mulder
Publié dans: Frontiers in Chemistry, Numéro 7, 2020, ISSN 2296-2646
Éditeur: Frontiers in biochemistry
DOI: 10.3389/fchem.2019.00931

Taking the Brakes Off Targeted Protein Degradation

Auteurs: Zuzanna Kozicka, Georg Petzold, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Cell Chemical Biology, Numéro 27/1, 2020, Page(s) 16-18, ISSN 2451-9456
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2019.12.010

Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes

Auteurs: Alicia K. Michael, Ralph S. Grand, Luke Isbel, Simone Cavadini, Zuzanna Kozicka, Georg Kempf, Richard D. Bunker, Andreas D. Schenk, Alexandra Graff-Meyer, Ganesh R. Pathare, Joscha Weiss, Syota Matsumoto, Lukas Burger, Dirk Schübeler, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Science, 2020, Page(s) eabb0074, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abb0074

Mechanisms Regulating the UPS-ALS Crosstalk: The Role of Proteaphagy

Auteurs: Grégoire Quinet, Maria Gonzalez-Santamarta, Clara Louche, Manuel S. Rodriguez
Publié dans: Molecules, Numéro 25/10, 2020, Page(s) 2352, ISSN 1420-3049
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules25102352

The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K

Auteurs: Mikołaj Słabicki, Zuzanna Kozicka, Georg Petzold, Yen-Der Li, Manisha Manojkumar, Richard D. Bunker, Katherine A. Donovan, Quinlan L. Sievers, Jonas Koeppel, Dakota Suchyta, Adam S. Sperling, Emma C. Fink, Jessica A. Gasser, Li R. Wang, Steven M. Corsello, Rob S. Sellar, Max Jan, Dennis Gillingham, Claudia Scholl, Stefan Fröhling, Todd R. Golub, Eric S. Fischer, Nicolas H. Thomä, Benjamin L. E
Publié dans: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2374-x

SUMOylation in the control of cholesterol homeostasis

Auteurs: Ana Talamillo, Leiore Ajuria, Marco Grillo, Orhi Barroso-Gomila, Ugo Mayor, Rosa Barrio
Publié dans: Open Biology, Numéro 10/5, 2020, Page(s) 200054, ISSN 2046-2441
Éditeur: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.200054

LUZP1, a novel regulator of primary cilia and the actin cytoskeleton, is a contributing factor in Townes-Brocks Syndrome

Auteurs: Laura Bozal-Basterra, María Gonzalez-Santamarta, Veronica Muratore, Aitor Bermejo-Arteagabeitia, Carolina Da Fonseca, Orhi Barroso-Gomila, Mikel Azkargorta, Ibon Iloro, Olatz Pampliega, Ricardo Andrade, Natalia Martín-Martín, Tess C Branon, Alice Y Ting, Jose A Rodríguez, Arkaitz Carracedo, Felix Elortza, James D Sutherland, Rosa Barrio
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55957

Development of ADPribosyl Ubiquitin Analogues to Study Enzymes Involved in Legionella Infection

Auteurs: Robbert Q. Kim, Mohit Misra, Alexis Gonzalez, Ines Tomašković, Donghyuk Shin, Hermann Schindelin, Dmitri V. Filippov, Huib Ovaa, Ivan Đikić, Gerbrand J. Heden van Noort
Publié dans: Chemistry – A European Journal, Numéro 27/7, 2021, Page(s) 2506-2512, ISSN 0947-6539
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202004590

Inhibition of the proteasome and proteaphagy enhances apoptosis in FLT3‐ITD‐driven acute myeloid leukemia

Auteurs: Rosa G. Lopez‐Reyes, Grégoire Quinet, Maria Gonzalez‐Santamarta, Clément Larrue, Jean‐Emmanuel Sarry, Manuel S. Rodriguez
Publié dans: FEBS Open Bio, Numéro 11/1, 2021, Page(s) 48-60, ISSN 2211-5463
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/2211-5463.12950

Identification of SUMO Targets Associated With the Pluripotent State in Human Stem Cells

Auteurs: Barbara Mojsa; Michael H. Tatham; Lindsay Davidson; Magda Liczmanska; Emma Branigan; Ronald T. Hay
Publié dans: Molecular and Cellular Proteomics, Numéro 1, 2021, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100164

Non-peer reviewed articles (9)

Studying the ubiquitin code through biotin-based labelling methods

Auteurs: Orhi Barroso-Gomila, Veronica Muratore, Laura Merino-Cacho, Jose Antonio Rodriguez, Rosa Barrio, James D. Sutherland
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2022, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.009

Fast friends – Ubiquitin-like modifiers as engineered fusion partners

Auteurs: Evrydiki Asimaki, Kirill Petriukov, Christian Renz, Cindy Meister, Helle D.Ulrich
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.013

Site-specific proteomic strategies to identify ubiquitin and SUMO modifications: Challenges and opportunities

Auteurs: Fredrik Trulsson, Alfred C. O. Vertegaal
Publié dans: Seminars in Cell and Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.006

Membrane compartmentalisation of the ubiquitin system

Auteurs: Emma V. Rusilowicz-Jones; Ailbhe J. Brazel; Francesca Frigenti; Sylvie Urbé; Michael J. Clague
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.016

Ubiquitin-chains dynamics and its role regulating crucial cellular processes

Auteurs: Maria Gonzalez-Santamarta, Corentin Bouvier, Manuel S. Rodriguez and Wendy Xolalpa
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.023

Chemical biology tools to study Deubiquitinases and Ubl proteases

Auteurs: Magdalena Gorka; Helge Magnus Magnussen; Yogesh Kulathu
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, Numéro 1, 2022, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.006

State of the art in (semi-)synthesis of Ubiquitin- and Ubiquitin-like tools

Auteurs: Yara Huppelschoten, Gerbrand J.van der Heden van Noort
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.025

Ubiquitin and Legionella: From bench to bedside

Auteurs: Ines Tomaskovic; Alexis Gonzalez; Ivan Dikic
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, Numéro 1, 2022, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.008

Stress - Regulation of SUMO conjugation and of other Ubiquitin‐Like Modifiers

Auteurs: Dragana Ilic, Helge M. Magnussen, Marilyn Tirard
Publié dans: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2022, ISSN 1084-9521
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.12.010

Other (2)

SUMO maintains the chromatin environment of human induced pluripotent stem cells

Auteurs: Barbara Mojsa; Michael H. Tatham; Lindsay Davidson; Magda Liczmanska; Jane E. Wright; Nicola Wiechens; Marek Gierlinski; Tom Owen-Hughes; Ronald T. Hay
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.22.423944

Identification of proximal SUMO-dependent interactors using SUMO-ID

Auteurs: Orhi Barroso-Gomila; Fredrik Trulsson; Veronica Muratore; Iñigo Canosa; Ana Rosa Cortazar; Coralia Perez; Mikel Azkargorta; Ibon Iloro; Arkaitz Carracedo; Ana M Aransay; Felix Elortza; Ugo Mayor; Alfred C. O. Vertegaal; Rosa Barrio; James D. Sutherland
Publié dans: bioRxiv, Numéro 1, 2020
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.28.424528