European Research Training to Decipher The Ub Code : identification of potential biomarkers and drug targets

Projektinformationen

UbiCODE

ID Finanzhilfevereinbarung: 765445

DOI

10.3030/765445

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 August 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 31 Dezember 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 407 194,44

EU-Beitrag

€ 3 407 194,44

Koordiniert durch

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Podcasts generated and launched
UbiCODE website launched and updated and presence in social media

Other (4)

Attainment of doctoral degrees
Supervisory Board

Supervisory Board settlement

Database for MS datasets

Database to hold large datasets from the MS analyses open to public

Database for screenings datasets

Documents, reports (2)

Outreach and research articles

Outreach and research article publications meetings events

Outreach and research article publications, meetings, events

Veröffentlichungen

Book chapters (9)

SUMO-ID: A Strategy for the Identification of SUMO-Dependent Proximal Interactors

Autoren: Orhi Barroso-Gomila, Ugo Mayor, Rosa Barrio & James D. Sutherland
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_13

Total Linear Chemical Synthesis of LC3A and LC3B

Autoren: Yara Huppelschoten, Jens Buchardt, Thomas Eiland Nielsen & Gerbrand J. van der Heden van Noort
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe 2602, 2022
Herausgeber: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_4

Chemical Synthesis of Non-hydrolyzable Ubiquitin(-Like) Hybrid Chains

Autoren: David A. Pérez Berrocal, Gerbrand J. van der Heden van Noort & Monique P. C. Mulder
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Ausgabe 2602, 2022
Herausgeber: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_3

Isolation and Mass Spectrometry Identification of K48 and K63 Ubiquitin Proteome Using Chain-Specific Nanobodies

Autoren: Maria Gonzalez-Santamarta, Laurie Ceccato, Ana Sofia Carvalho, Jean-Christophe Rain, Rune Matthiesen & Manuel S. Rodriguez
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Springer Protocols
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_9

Biotin-based approaches for the study of SUMO and Ubiquitin modifications

Autoren: Sutherland, JD; O, Barroso-Gomila; Barrio, R
Veröffentlicht in: Ausgabe 3, 2019
Herausgeber: Caister Academic Press
DOI: 10.5281/zenodo.3601585

Biochemical characterization of SUMO-conjugating enzymes by in vitro sumoylation assays

Autoren: Nathalie Eisenhardt, Dragana Ilic, Easa Nagamalleswari, Andrea Pichler
Veröffentlicht in: Ubiquitin and Ubiquitin-like Protein Modifiers, Ausgabe 618, 2019, Seite(n) 167-185, ISBN 9780-128163597
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mie.2018.12.025

Biotin-based Approaches for the Study of Ubiquitin and Ubiquitin-like Protein Modifications

Autoren: James D. Sutherland, Orhi Barroso Gomila, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: SUMOylation and Ubiquitination: Current and Emerging Concepts, 2019, ISBN 9781-912530120
Herausgeber: Caister Academic Press
DOI: 10.21775/9781912530120.07

Resistance to the Proteasome Inhibitors: Lessons from Multiple Myeloma and Mantle Cell Lymphoma

Autoren: Maria Gonzalez-Santamarta, Grégoire Quinet, Diana Reyes-Garau, Brigitte Sola, Gaël Roué, Manuel S. Rodriguez
Veröffentlicht in: Proteostasis and Disease - From Basic Mechanisms to Clinics, Ausgabe 1233, 2020, Seite(n) 153-174, ISBN 978-3-030-38265-0
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-38266-7_6

Role of Sumoylation in Neurodegenerative Diseases and Inflammation

Autoren: Esmeralda Parra-Peralbo, Veronica Muratore, Orhi Barroso-Gomila, Ana Talamillo, James D. Sutherland, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: 2021
Herausgeber: CRC Press
DOI: 10.1201/9781003048138-08

Peer reviewed articles (18)

Structural mechanism of cGAS inhibition by the nucleosome

Autoren: Ganesh R. Pathare, Alexiane Decout, Selene Glück, Simone Cavadini, Kristina Makasheva, Ruud Hovius, Georg Kempf, Joscha Weiss, Zuzanna Kozicka, Baptiste Guey, Pauline Melenec, Beat Fierz, Nicolas H. Thomä, Andrea Ablasser
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 587/7835, 2020, Seite(n) 668-672, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2750-6

Identification of proximal SUMO-dependent interactors using SUMO-ID

Autoren: Orhi Barroso-Gomila, Fredrik Trulsson, Veronica Muratore, Iñigo Canosa, Laura Merino-Cacho, Ana Rosa Cortazar, Coralia Pérez, Mikel Azkargorta, Ibon Iloro, Arkaitz Carracedo, Ana M. Aransay, Felix Elortza, Ugo Mayor, Alfred C. O. Vertegaal, Rosa Barrio, James D. Sutherland
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26807-6

The ER-embedded UBE2J1/RNF26 ubiquitylation complex exerts spatiotemporal control over the endolysosomal pathway

Autoren: Tom Cremer, Marlieke L.M. Jongsma, Fredrik Trulsson, Alfred C.O. Vertegaal, Jacques Neefjes, Ilana Berlin
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 34/3, 2021, Seite(n) 108659, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108659

Rational discovery of molecular glue degraders via scalable chemical profiling

Autoren: Cristina Mayor-Ruiz, Sophie Bauer, Matthias Brand, Zuzanna Kozicka, Marton Siklos, Hana Imrichova, Ines H. Kaltheuner, Elisa Hahn, Kristina Seiler, Anna Koren, Georg Petzold, Michaela Fellner, Christoph Bock, André C. Müller, Johannes Zuber, Matthias Geyer, Nicolas H. Thomä, Stefan Kubicek, Georg E. Winter
Veröffentlicht in: Nature Chemical Biology, Ausgabe 16/11, 2020, Seite(n) 1199-1207, ISSN 1552-4450
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-020-0594-x

The role of SUMOylation during development

Autoren: Ana Talamillo, Orhi Barroso-Gomila, Immacolata Giordano, Leiore Ajuria, Marco Grillo, Ugo Mayor, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 48/2, 2020, Seite(n) 463-478, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20190390

Haven't got a glue: Protein surface variation for the design of molecular glue degraders

Autoren: Zuzanna Kozicka, Nicolas Holger Thomä
Veröffentlicht in: Cell Chemical Biology, 2021, ISSN 2451-9456
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2021.04.009

Deubiquitinating enzymes and the proteasome regulate preferential sets of ubiquitin substrates

Autoren: Fredrik Trulsson; Vyacheslav Akimov; Mihaela Robu; Nila van Overbeek; David Aureliano Pérez Berrocal; Rashmi G. Shah; Jürgen Cox; Girish M. Shah; Blagoy Blagoev; Alfred C. O. Vertegaal
Veröffentlicht in: Nature Communication, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30376-7

SALL1 Modulates CBX4 Stability, Nuclear Bodies, and Regulation of Target Genes

Autoren: Immacolata Giordano, Lucia Pirone, Veronica Muratore, Eukene Landaluze, Coralia Pérez, Valerie Lang, Elisa Garde-Lapido, Monika Gonzalez-Lopez, Orhi Barroso-Gomila, Alfred C O Vertegaal, Ana M Aransay, Jose Antonio Rodriguez, Manuel S Rodriguez, James D Sutherland, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2021.715868

Hybrid Chains: A Collaboration of Ubiquitin and Ubiquitin-Like Modifiers Introducing Cross-Functionality to the Ubiquitin Code

Autoren: David A. Pérez Berrocal, Katharina F. Witting, Huib Ovaa, Monique P. C. Mulder
Veröffentlicht in: Frontiers in Chemistry, Ausgabe 7, 2020, ISSN 2296-2646
Herausgeber: Frontiers in biochemistry
DOI: 10.3389/fchem.2019.00931

Taking the Brakes Off Targeted Protein Degradation

Autoren: Zuzanna Kozicka, Georg Petzold, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Cell Chemical Biology, Ausgabe 27/1, 2020, Seite(n) 16-18, ISSN 2451-9456
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chembiol.2019.12.010

Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes

Autoren: Alicia K. Michael, Ralph S. Grand, Luke Isbel, Simone Cavadini, Zuzanna Kozicka, Georg Kempf, Richard D. Bunker, Andreas D. Schenk, Alexandra Graff-Meyer, Ganesh R. Pathare, Joscha Weiss, Syota Matsumoto, Lukas Burger, Dirk Schübeler, Nicolas H. Thomä
Veröffentlicht in: Science, 2020, Seite(n) eabb0074, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abb0074

Mechanisms Regulating the UPS-ALS Crosstalk: The Role of Proteaphagy

Autoren: Grégoire Quinet, Maria Gonzalez-Santamarta, Clara Louche, Manuel S. Rodriguez
Veröffentlicht in: Molecules, Ausgabe 25/10, 2020, Seite(n) 2352, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules25102352

The CDK inhibitor CR8 acts as a molecular glue degrader that depletes cyclin K

Autoren: Mikołaj Słabicki, Zuzanna Kozicka, Georg Petzold, Yen-Der Li, Manisha Manojkumar, Richard D. Bunker, Katherine A. Donovan, Quinlan L. Sievers, Jonas Koeppel, Dakota Suchyta, Adam S. Sperling, Emma C. Fink, Jessica A. Gasser, Li R. Wang, Steven M. Corsello, Rob S. Sellar, Max Jan, Dennis Gillingham, Claudia Scholl, Stefan Fröhling, Todd R. Golub, Eric S. Fischer, Nicolas H. Thomä, Benjamin L. E
Veröffentlicht in: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2374-x

SUMOylation in the control of cholesterol homeostasis

Autoren: Ana Talamillo, Leiore Ajuria, Marco Grillo, Orhi Barroso-Gomila, Ugo Mayor, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: Open Biology, Ausgabe 10/5, 2020, Seite(n) 200054, ISSN 2046-2441
Herausgeber: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.200054

LUZP1, a novel regulator of primary cilia and the actin cytoskeleton, is a contributing factor in Townes-Brocks Syndrome

Autoren: Laura Bozal-Basterra, María Gonzalez-Santamarta, Veronica Muratore, Aitor Bermejo-Arteagabeitia, Carolina Da Fonseca, Orhi Barroso-Gomila, Mikel Azkargorta, Ibon Iloro, Olatz Pampliega, Ricardo Andrade, Natalia Martín-Martín, Tess C Branon, Alice Y Ting, Jose A Rodríguez, Arkaitz Carracedo, Felix Elortza, James D Sutherland, Rosa Barrio
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.55957

Development of ADPribosyl Ubiquitin Analogues to Study Enzymes Involved in Legionella Infection

Autoren: Robbert Q. Kim, Mohit Misra, Alexis Gonzalez, Ines Tomašković, Donghyuk Shin, Hermann Schindelin, Dmitri V. Filippov, Huib Ovaa, Ivan Đikić, Gerbrand J. Heden van Noort
Veröffentlicht in: Chemistry – A European Journal, Ausgabe 27/7, 2021, Seite(n) 2506-2512, ISSN 0947-6539
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/chem.202004590

Inhibition of the proteasome and proteaphagy enhances apoptosis in FLT3‐ITD‐driven acute myeloid leukemia

Autoren: Rosa G. Lopez‐Reyes, Grégoire Quinet, Maria Gonzalez‐Santamarta, Clément Larrue, Jean‐Emmanuel Sarry, Manuel S. Rodriguez
Veröffentlicht in: FEBS Open Bio, Ausgabe 11/1, 2021, Seite(n) 48-60, ISSN 2211-5463
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/2211-5463.12950

Identification of SUMO Targets Associated With the Pluripotent State in Human Stem Cells

Autoren: Barbara Mojsa; Michael H. Tatham; Lindsay Davidson; Magda Liczmanska; Emma Branigan; Ronald T. Hay
Veröffentlicht in: Molecular and Cellular Proteomics, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1535-9476
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100164

Non-peer reviewed articles (9)

Studying the ubiquitin code through biotin-based labelling methods

Autoren: Orhi Barroso-Gomila, Veronica Muratore, Laura Merino-Cacho, Jose Antonio Rodriguez, Rosa Barrio, James D. Sutherland
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2022, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.009

Fast friends – Ubiquitin-like modifiers as engineered fusion partners

Autoren: Evrydiki Asimaki, Kirill Petriukov, Christian Renz, Cindy Meister, Helle D.Ulrich
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.013

Site-specific proteomic strategies to identify ubiquitin and SUMO modifications: Challenges and opportunities

Autoren: Fredrik Trulsson, Alfred C. O. Vertegaal
Veröffentlicht in: Seminars in Cell and Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.006

Membrane compartmentalisation of the ubiquitin system

Autoren: Emma V. Rusilowicz-Jones; Ailbhe J. Brazel; Francesca Frigenti; Sylvie Urbé; Michael J. Clague
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.016

Ubiquitin-chains dynamics and its role regulating crucial cellular processes

Autoren: Maria Gonzalez-Santamarta, Corentin Bouvier, Manuel S. Rodriguez and Wendy Xolalpa
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.023

Chemical biology tools to study Deubiquitinases and Ubl proteases

Autoren: Magdalena Gorka; Helge Magnus Magnussen; Yogesh Kulathu
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.006

State of the art in (semi-)synthesis of Ubiquitin- and Ubiquitin-like tools

Autoren: Yara Huppelschoten, Gerbrand J.van der Heden van Noort
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2021, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.11.025

Ubiquitin and Legionella: From bench to bedside

Autoren: Ines Tomaskovic; Alexis Gonzalez; Ivan Dikic
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.02.008

Stress - Regulation of SUMO conjugation and of other Ubiquitin‐Like Modifiers

Autoren: Dragana Ilic, Helge M. Magnussen, Marilyn Tirard
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, 2022, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2021.12.010

Other (2)

SUMO maintains the chromatin environment of human induced pluripotent stem cells

Autoren: Barbara Mojsa; Michael H. Tatham; Lindsay Davidson; Magda Liczmanska; Jane E. Wright; Nicola Wiechens; Marek Gierlinski; Tom Owen-Hughes; Ronald T. Hay
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.22.423944

Identification of proximal SUMO-dependent interactors using SUMO-ID

Autoren: Orhi Barroso-Gomila; Fredrik Trulsson; Veronica Muratore; Iñigo Canosa; Ana Rosa Cortazar; Coralia Perez; Mikel Azkargorta; Ibon Iloro; Arkaitz Carracedo; Ana M Aransay; Felix Elortza; Ugo Mayor; Alfred C. O. Vertegaal; Rosa Barrio; James D. Sutherland
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe 1, 2020
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2020.12.28.424528