Livrables
Methods and prototype software for obtaining reproducible segmentations and assessing their statistical confidence
Software for model-based 2D/3D segmentation with physical priorsPrototype software for model-based 2D and 3D segmentation of voxel volumes employing physical priors
Tool simulating data from physical model priorsTool simulating both projection and reconstructed image data from physical model
Prototype software for mesh-based 2D and 3D segmentation and reconstructionBasic Big Data platform
Training Materials for the workflow
Training Materials for the workflow framework
Implementation for limited angle projection data in 3DSoftware implementation for limited angle projection data in 3D
Fast alignment code and docsFast image alignment code and documentation
Training Materials for the Big Data platformSoftware implementation for 3D ptychographic inversion
Fast Reconstruction Code and Docs
Fast reconstruction code and documentation for Task 3.1
Basic workflow framework1st Summer School (DTU)
3rd workshop3rd workshop (UL)
2nd workshop2nd workshop (FEI SAS)
Job Fair4th workshop
4th workshop (AP2K)
5th workshop5th workshop (4Quant)
2nd Summer School2nd Summer School (UA)
1st workshop1st workshop (CWI/UA)
Organization of the Outreach ConferenceAdvertisement of vacancies
6th workshop
6th workshop (CNRS/UBx)
Optimized software implementation for omni-directional scattering tomographyKick off meeting
Winter School
Winter School (AP2K)
Multiscale finite element modelling procedure
Protocol to acquire tilt series for multi-modal tomographyProtocol to acquire tilt series for multimodal tomography combination of electron diffraction HAADFSTEM EELS and EDX
ESR11 PhD ThesisESR11 DTU PhD thesis Physical model priors for tomogram segmentation
ESR2 PhD thesisESR2 UA PhD thesis Novel acquisition schemes for electron tomography in association with WP2 and WP3
ESR13 PhD ThesisESR13 UoM PhD thesis Multiscale quantification of damage in composite structures
ESR10 PhD ThesisESR10 AP2K PhD thesis 2D3D multimodal analysis for XRay security applications
Protocol for the acquisition of omni-directional scattering tomographyESR6 PhD Thesis
ESR6 CWIUL PhD thesis Ultrafast Tomographic Reconstruction in association with WP1 and WP2
ESR14 PhD ThesisESR14 CNRS UBx PhD thesis Reactive transport in porous media A multiscale imaging and modelling approach
ESR8 PhD ThesisESR8 BAM PhD thesis A 3D implementation of a trained algorithm for reconstruction from limited angle projection data M39
Protocol to acquire tilt series for electron tomography using ultra-sensitive detectorsESR12 PhD Thesis
ESR12 DTU PhD thesis Segmentation from projections
ESR1 PhD thesisESR1 PSI PhD thesis Time resolved omnidirectional scattering tomography
ESR9 PhD ThesisESR9 DTU PhD thesis 3D inversion of ptychographic tomography data in association with WP1 and WP2
Theoretical description of scattering signal dependenciesGeneral algorithm for the coupled numerical model and super-resolution
ESR4 PhD Thesis
ESR4 UCPH PhD thesis Automated data analyses workflows for tomography data in association with WP1 and WP3
Experimental setup at the TOMCAT beamline for omni-directional scatteringExperimental setup at the TOMCAT beamline for omnidirectional scattering tomography compatible with singleshot acquisition
ESR5 PhD ThesisESR5 UCPH PhD thesis A Big Data Platform for storing and analyzing tomography data in association with WP1 and WP3
Promotional materials (website, flyer, social media account) created and actively used
Publications
Auteurs:
Jakeoung Koo
Publié dans:
2021
Éditeur:
Technical University of Denmark
Auteurs:
Abdellatif Saadaldin
Publié dans:
2022
Éditeur:
University of Bordeaux
Auteurs:
Azat Slyamov
Publié dans:
2021
Éditeur:
Technical University of Denmark
Auteurs:
Elise Otterlei Brenne
Publié dans:
2021
Éditeur:
DTU Energy
Auteurs:
Jisoo Kim
Publié dans:
2022
Éditeur:
ETH Zurich
DOI:
10.3929/ethz-b-000548789
Auteurs:
Auenhammer, Robert
Publié dans:
X-ray computer tomography based numerical modelling of fibre reinforced composites, 2021, ISSN 1652-8565
Éditeur:
Chalmers University of Technology
Auteurs:
David Marchant
Publié dans:
2021
Éditeur:
University of Copenhagen
Auteurs:
Doniyor Jumanazarov
Publié dans:
2021, Page(s) 158
Éditeur:
Department of Physics, Technical University of Denmark
Auteurs:
Rasmus Munk
Publié dans:
2021
Éditeur:
University of Copenhagen
Auteurs:
Sotirios Magkos
Publié dans:
2022
Éditeur:
Universität Potsdam
DOI:
10.25932/publishup-57278
Auteurs:
S. Hosseinnejad, E.G.T. Bosch, H. Kohr, I. Lazić, V. Zharinov, E. Franken, J. Sijbers, J. De
Beenhouwer
Publié dans:
2021 Microscopy Conference, 2021
Éditeur:
Universität Regensburg
Auteurs:
Doniyor Jumanazarov, Jakeoung Koo, Henning F. Poulsen, Ulrik L. Olsen, Mihai Iovea
Publié dans:
Journal of Medical Imaging, 2022
Éditeur:
SPIE
Auteurs:
Coban, Sophia Bethany; Andriiashen, Vladyslav; Ganguly, Poulami Somanya; van Eijnatten, Maureen; Batenburg, Kees Joost
Publié dans:
2020
Éditeur:
Leiden Institute of Advanced Computer Science
DOI:
10.48550/arxiv.2012.13346
Auteurs:
Doniyor Jumanazarov, Jakeoung Koo, Jan Kehres, Henning F Poulsen, Ulrik L Olsen, Mihai Iovea
Publié dans:
Materials Characterization, 2022, ISSN 1044-5803
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.matchar.2022.111864
Auteurs:
Jisoo Kim, Azat Slyamov, Erik Lauridsen, Mie Birkbak, Tiago Ramos, Federica Marone, Jens W. Andreasen, Marco Stampanoni, Matias Kagias
Publié dans:
Composites Part B: Engineering, 2022, ISSN 1359-8368
Éditeur:
Pergamon Press Ltd.
DOI:
10.1016/j.compositesb.2022.109634
Auteurs:
Munk, Rasmus; Vinter, Brian
Publié dans:
Communicating Process Architectures 2017 and 2018, WoTUG-39 and WoTUG- 40 - Proceedings of CPA 2017 (WoTUG-39) and Proceedings of CPA 2018 (WoTUG-40), 2019, Page(s) 323-333, ISSN 1383-7575
Éditeur:
IOS Press
DOI:
10.3233/978-1-61499-949-2-323
Auteurs:
Elise O. Brenne, Vedrana A. Dahl, Peter S. Jørgensen
Publié dans:
Materials Characterization, Numéro 171, 2021, Page(s) 110796, ISSN 1044-5803
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.matchar.2020.110796
Auteurs:
Auenhammer, R.M., Jeppesen, N., Mikkelsen, L.P., Dahl, V.A., Asp, L.E.
Publié dans:
Software Impacts, Numéro 11, 2022, Page(s) 100216, ISSN 2665-9638
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.simpa.2021.100216
Auteurs:
Doniyor Jumanazarov, Jakeoung Koo, Matteo Busi, Henning F. Poulsen, Ulrik L. Olsen, Mihai Iovea
Publié dans:
NDT & E International, Numéro 116, 2020, Page(s) 102336, ISSN 0963-8695
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ndteint.2020.102336
Auteurs:
Auenhammer, R.M., Jeppesen, N., Mikkelsen, L.P., Dahl, V.A., Blinzler, B.J., Asp, L.E.
Publié dans:
Composites Science and Technology, Numéro 224, 2022, Page(s) 109458, ISSN 0266-3538
Éditeur:
Pergamon Press Ltd.
DOI:
10.1016/j.compscitech.2022.109458
Auteurs:
Anuj Prajapati, Ali Chirazi, Lars P. Mikkelsen, Timothy Burnett, Philip J. Withers
Publié dans:
IOP Conference Series: Materials Science and Engineering, Numéro 942, 2020, Page(s) 012039, ISSN 1757-899X
Éditeur:
IOP Conference Series: Materials Science and Engineering
DOI:
10.1088/1757-899x/942/1/012039
Auteurs:
Koo Jakeoung,
Dahl Anders,
Bærentzen J.Andreas,
Chen Qiongyang,
Bals Sara,
Dahl Vedrana
Publié dans:
Ultramicroscopy, Numéro 224, 2021, Page(s) 113239, ISSN 0304-3991
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ultramic.2021.113239
Auteurs:
Poulami Somanya Ganguly, Daniël M. Pelt, Doga Gürsoy, Francesco de Carlo, K. Joost Batenburg
Publié dans:
Journal of Synchrotron Radiation, Numéro 28/5, 2021, Page(s) 1583-1597, ISSN 1600-5775
Éditeur:
Wiley
DOI:
10.1107/s1600577521007153
Auteurs:
Jakeoung Koo; Anders Bjorholm Dahl; Vedrana Anderson Dahl
Publié dans:
IEEE Transactions on Computational Imaging, Numéro 25730436, 2021, Page(s) 151-163, ISSN 2573-0436
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/tci.2021.3052034
Auteurs:
Abdellatif Saadaldin; Azat M. Slyamov; Michael E. Stuckelberger; Peter S. Jørgensen; Christian Rein; Mariana Mar Lucas; Tiago Ramos; Angel Rodriguez-Fernandez; Dominique Bernard; Jens W. Andreasen
Publié dans:
Faraday Discussions, 2022, ISSN 1364-5498
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2fd00044j
Auteurs:
Anuj Prajapati, Stuart Morse, Ali Chirazi, Timothy Burnett, Philip J. Withers
Publié dans:
Data in Brief, Numéro 37, 2021, Page(s) 107157, ISSN 2352-3409
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.dib.2021.107157
Auteurs:
Robert M. Auenhammer, Lars P. Mikkelsen, Leif E. Asp, Brina J. Blinzler
Publié dans:
Data in Brief, Numéro 33, 2020, Page(s) 106518, ISSN 2352-3409
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.dib.2020.106518
Auteurs:
Robert M. Auenhammer, Lars P. Mikkelsen, Leif E. Asp, Brina J. Blinzler
Publié dans:
Composite Structures, Numéro 256, 2021, Page(s) 113136, ISSN 0263-8223
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.compstruct.2020.113136
Auteurs:
Kim, J., Kagias, M., Marone, F., Stampanoni, M.
Publié dans:
Scientific Reports, 2021, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-02467-w
Auteurs:
Thomas Altantzis, Ivan Lobato, Annick De Backer, Armand Béché, Yang Zhang, Shibabrata Basak, Mauro Porcu, Qiang Xu, Ana Sánchez-Iglesias, Luis M. Liz-Marzán, Gustaaf Van Tendeloo, Sandra Van Aert, Sara Bals
Publié dans:
Nano Letters, Numéro 19/1, 2018, Page(s) 477-481, ISSN 1530-6984
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.nanolett.8b04303
Auteurs:
Hans Vanrompay, Eva Bladt, Wiebke Albrecht, Armand Béché, Marina Zakhozheva, Ana Sánchez-Iglesias, Luis M. Liz-Marzán, Sara Bals
Publié dans:
Nanoscale, Numéro 10/48, 2018, Page(s) 22792-22801, ISSN 2040-3364
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/c8nr08376b
Auteurs:
Jisoo Kim, Matias Kagias, Federica Marone, Marco Stampanoni
Publié dans:
Applied Physics Letters, Numéro 116/13, 2020, Page(s) 134102, ISSN 0003-6951
Éditeur:
American Institute of Physics
DOI:
10.1063/1.5145361
Auteurs:
Johannes Leuschner, Maximilian Schmidt, Poulami Somanya Ganguly, Vladyslav Andriiashen, Sophia Bethany Coban, Alexander Denker, Dominik Bauer, Amir Hadjifaradji, Kees Joost Batenburg, Peter Maass, Maureen van Eijnatten
Publié dans:
Journal of Imaging, Numéro 7/3, 2021, Page(s) 44, ISSN 2313-433X
Éditeur:
MDPI
DOI:
10.3390/jimaging7030044
Auteurs:
Sotirios Magkos, Andreas Kupsch, Giovanni Bruno
Publié dans:
Review of Scientific Instruments, Numéro 91/10, 2020, Page(s) 103107, ISSN 0034-6748
Éditeur:
American Institute of Physics
DOI:
10.1063/5.0013111
Auteurs:
Allard A. Hendriksen; Dirk Schut; Willem Jan Palenstijn; Nicola Viganò; Jisoo Kim; Daniël M. Pelt; Tristan van Leeuwen; K. Joost Batenburg
Publié dans:
Optics Express, 2021, ISSN 1094-4087
Éditeur:
Optical Society of America
DOI:
10.1364/oe.439909
Auteurs:
Robert M. Auenhammer; Robert M. Auenhammer; Lars Pilgaard Mikkelsen; Leif Asp; Brina J. Blinzler
Publié dans:
Data in Brief, Vol 33, Iss , Pp 106518- (2020), Numéro 3, 2020, ISSN 2352-3409
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.dib.2020.106518
Auteurs:
Sotirios Magkos, Andreas Kupsch, Giovanni Bruno
Publié dans:
Journal of Imaging, Numéro 7/8, 2021, Page(s) 147, ISSN 2313-433X
Éditeur:
MDPI
DOI:
10.3390/jimaging7080147
Auteurs:
P.S. Ganguly, F. Lucka, H. Kohr, E. Franken, H.J. Hupkes, K.J. Batenburg
Publié dans:
IEEE Transactions on Computational Imaging, Numéro 23339403, 2022, Page(s) 651-665, ISSN 2333-9403
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/tci.2022.3194719
Auteurs:
Johannes Hertrich, Dang-Phuong-Lan Nguyen, Jean-Francois Aujol, Dominique Bernard, Yannick Berthoumieu, Abdellatif Saadaldin, Gabriele Steidl
Publié dans:
Inverse Problems & Imaging, Numéro 0/0, 2021, ISSN 1930-8337
Éditeur:
American Institute of Mathematical Sciences
DOI:
10.3934/ipi.2021053
Auteurs:
Jisoo Kim; Daniël M. Pelt; Matias Kagias; Marco Stampanoni; K. Joost Batenburg; Federica Marone
Publié dans:
Physical Review Applied, Numéro 23317019, 2022, ISSN 2331-7019
Éditeur:
American Physical Society
DOI:
10.1103/physrevapplied.18.014043
Auteurs:
R M Auenhammer, L P Mikkelsen, L E Asp, B J Blinzler
Publié dans:
IOP Conference Series: Materials Science and Engineering, Numéro 942, 2020, Page(s) 012038, ISSN 1757-899X
Éditeur:
IOP Conference Series: Materials Science and Engineering
DOI:
10.1088/1757-899x/942/1/012038
Auteurs:
Robert M. Auenhammer; Robert M. Auenhammer; Lars Pilgaard Mikkelsen; Leif Asp; Brina J. Blinzler
Publié dans:
Auenhammer , R M , Mikkelsen , L P , Asp , L E & Blinzler , B J 2021 , ' Automated X-ray computer tomography segmentation method for finite element analysis of non-crimp fabric reinforced composites ' , Composite Structures , vol. 256 , 113136 . https://doi.org/10.1016/j.compstruct.2020.113136, Numéro 1, 2020, ISSN 0263-8223
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.compstruct.2020.113136
Auteurs:
P.S. Ganguly, F. Lucka, H.J. Hupkes, K.J. Batenburg
Publié dans:
Combinatorial Image Analysis, 20th International Workshop, IWCIA 2020, Novi Sad, Serbia, July 16–18, 2020, Numéro Lecture Notes in Computer Science Vol.12148, 2020, Page(s) 45-61, ISBN 978-3-030-51002-2
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-51002-2
Auteurs:
Jakeoung Koo, Elise Otterlei Brenne, Anders Bjorholm Dahl, Vedrana Andersen Dahl
Publié dans:
Proceedings of the Northern Lights Deep Learning Workshop 2021, 2021
Éditeur:
Septentrio Academic Publishing
DOI:
10.7557/18.5676
Auteurs:
Rasmus Munk, David Marchant and Brian Vinter
Publié dans:
Proceedings of the 8th Workshop on Cloud Technologies in Education (CTE2020), 2020
Éditeur:
Proceedings of the 8th Workshop on Cloud Technologies in Education (CTE2020)
Auteurs:
Doniyor Jumanazarov, Ja-Keoung Koo, Henning F. Poulsen, Ulrik L. Olsen, Mihai Iovea
Publié dans:
Quantum Optics and Photon Counting 2021, Numéro 1, 2021, Page(s) 15, ISBN 9781510643772
Éditeur:
SPIE
DOI:
10.1117/12.2589290
Auteurs:
J. Rimpeläinen, S. Bazrafkan, J. Sijbers, J. De Beenhouwer
Publié dans:
(2019) MC 2019 Berlin Microscopy Conference - Abstracts. Regensburg - IM7.004, 2019, Page(s) 660-661
Éditeur:
Deutsche Gesellschaft fur elektronenmikroskopie
Auteurs:
David Marchant, Rasmus Munk, Elise O. Brenne, Brian Vinter
Publié dans:
2020 IEEE/ACM 2nd Annual Workshop on Extreme-scale Experiment-in-the-Loop Computing (XLOOP), 2020, Page(s) 23-28, ISBN 978-1-6654-2282-6
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/xloop51963.2020.00009
Auteurs:
Munk, Rasmus; Brian Vinter; Zdenek Matej; Artur Barczyk
Publié dans:
Book of Abstracts of Cloud Services for Synchronisation and Sharing (CS3) 2020 - the 6th Cloud Synchronization & Sharing Conference, 2020
Éditeur:
Cloud Services for Synchronisation and Sharing (CS3)
Auteurs:
David Marchant, Carl-Johannes Johnsen, Brian Vinter, Kenneth Skovhede
Publié dans:
2019 IEEE/ACM Workshop on Education for High-Performance Computing (EduHPC), 2019, Page(s) 49-57, ISBN 978-1-7281-5975-1
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/eduhpc49559.2019.00012
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