Building biological computers from bacterial populations

Información del proyecto

SynBioBrain

Identificador del acuerdo de subvención: 770835

DOI

10.3030/770835

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 23 Abril 2018

Fecha de inicio 1 Mayo 2018

Fecha de finalización 31 Octubre 2024

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 998 025,00

Aportación de la UE

€ 1 998 025,00

Coordinado por

UNIVERSITY COLLEGE LONDON
United Kingdom

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Publicaciones

Non-peer reviewed articles (2)

Single strain control of microbial consortia

Autores: Fedorec AJ, Karkaria BD, Sulu M, Barnes CP
Publicado en: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2019.12.23.887331

SynBioBrain: building biological computers from bacterial

Autores: Neythen J Treloar, Ke Yan Wen, Alex JH Fedorec, Chris P Barnes
Publicado en: The Project Repository Journal, Edición 11, 2021, Página(s) 32-35, ISSN 2632-4067
Editor: European Dissemination Media Agency Limited
DOI: 10.54050/prj1117751

Peer reviewed articles (12)

From Microbial Communities to Distributed Computing Systems

Autores: Behzad D. Karkaria, Neythen J. Treloar, Chris P. Barnes, Alex J. H. Fedorec
Publicado en: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Edición 8, 2020, ISSN 2296-4185
Editor: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00834

FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data

Autores: Alex J. H. Fedorec, Clare M. Robinson, Ke Yan Wen, Chris P. Barnes
Publicado en: ACS Synthetic Biology, Edición 9/9, 2020, Página(s) 2258-2266, ISSN 2161-5063
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00296

Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions

Autores: Thomas E. Gorochowski, Sabine Hauert, Jan-Ulrich Kreft, Lucia Marucci, Namid R. Stillman, T.-Y. Dora Tang, Lucia Bandiera, Vittorio Bartoli, Daniel O. R. Dixon, Alex J. H. Fedorec, Harold Fellermann, Alexander G. Fletcher, Tim Foster, Luca Giuggioli, Antoni Matyjaszkiewicz, Scott McCormick, Sandra Montes Olivas, Jonathan Naylor, Ana Rubio Denniss, Daniel Ward
Publicado en: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Edición 8, 2020, ISSN 2296-4185
Editor: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00705

Emergent digital bio-computation through spatial diffusion and engineered bacteria

Autores: Alex J. H. Fedorec, Neythen J. Treloar, Ke Yan Wen, Linda Dekker, Qing Hsuan Ong, Gabija Jurkeviciute, Enbo Lyu, Jack W. Rutter, Kathleen J. Y. Zhang, Luca Rosa, Alexey Zaikin, Chris P. Barnes
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49264-3

Deep Reinforcement Learning for Optimal Experimental Design in Biology

Autores: Neythen J. Treloar, Nathan Braniff, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Publicado en: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-7358
Editor: PLOS
DOI: 10.1101/2022.05.09.491138

Chaos in synthetic microbial communities

Autores: Behzad D. Karkaria, Angelika Manhart, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Publicado en: PLOS Computational Biology, Edición 18, 2023, Página(s) e1010548, ISSN 1553-7358
Editor: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010548

Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology

Autores: Philipp Boeing, Miriam Leon, Darren Nesbeth, Anthony Finkelstein, Chris Barnes
Publicado en: Processes, Edición 6/9, 2018, Página(s) 167, ISSN 2227-9717
Editor: MDPI AG
DOI: 10.3390/pr6090167

Automated design of synthetic microbial communities

Autores: Behzad D. Karkaria, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Publicado en: Nature Communications, Edición 12, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20756-2

Automated design of gene circuits with optimal mushroom-bifurcation behavior

Autores: Irene Otero-Muras, Ruben Perez-Carrasco, Julio R. Banga, Chris P. Barnes
Publicado en: iScience, Edición 26, 2025, Página(s) 106836, ISSN 2589-0042
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106836

Detecting Changes in the Caenorhabditis elegans Intestinal Environment Using an Engineered Bacterial Biosensor.

Autores: Rutter, Jack W.; Ozdemir, Tanel; Galimov, Evgeniy R.; Quintaneiro, Leonor M.; Rosa, Luca; Thomas, Geraint M.; Cabreiro, Filipe; Barnes, Chris P.
Publicado en: ACS Synthetic Biology, Edición 1, 2019, ISSN 2161-5063
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00166

Engineered acetoacetate-inducible whole-cell biosensors based on the AtoSC two-component system

Autores: Jack W. Rutter, Linda Dekker, Alex J. H. Fedorec, David T. Gonzales, Ke Yan Wen, Lewis E. S. Tanner, Emma Donovan, Tanel Ozdemir, Geraint Thomas, Chris P. Barnes
Publicado en: Biotechnology and Bioengineering, 2024, ISSN 1097-0290
Editor: Wiley Periodicals LLC (United States)
DOI: 10.1101/035972

Deep reinforcement learning for the control of microbial co-cultures in bioreactors

Autores: Neythen J. Treloar, Alex J. H. Fedorec, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Publicado en: PLOS Computational Biology, Edición 16/4, 2020, Página(s) e1007783, ISSN 1553-7358
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007783