Building biological computers from bacterial populations

Informacje na temat projektu

SynBioBrain

Identyfikator umowy o grant: 770835

DOI

10.3030/770835

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 23 Kwietnia 2018

Data rozpoczęcia 1 Maja 2018

Data zakończenia 31 Października 2024

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 1 998 025,00

Wkład UE

€ 1 998 025,00

Koordynowany przez

UNIVERSITY COLLEGE LONDON
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Non-peer reviewed articles (2)

Single strain control of microbial consortia

Autorzy: Fedorec AJ, Karkaria BD, Sulu M, Barnes CP
Opublikowane w: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2019.12.23.887331

SynBioBrain: building biological computers from bacterial

Autorzy: Neythen J Treloar, Ke Yan Wen, Alex JH Fedorec, Chris P Barnes
Opublikowane w: The Project Repository Journal, Numer 11, 2021, Strona(/y) 32-35, ISSN 2632-4067
Wydawca: European Dissemination Media Agency Limited
DOI: 10.54050/prj1117751

Peer reviewed articles (12)

From Microbial Communities to Distributed Computing Systems

Autorzy: Behzad D. Karkaria, Neythen J. Treloar, Chris P. Barnes, Alex J. H. Fedorec
Opublikowane w: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numer 8, 2020, ISSN 2296-4185
Wydawca: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00834

FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data

Autorzy: Alex J. H. Fedorec, Clare M. Robinson, Ke Yan Wen, Chris P. Barnes
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, Numer 9/9, 2020, Strona(/y) 2258-2266, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00296

Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions

Autorzy: Thomas E. Gorochowski, Sabine Hauert, Jan-Ulrich Kreft, Lucia Marucci, Namid R. Stillman, T.-Y. Dora Tang, Lucia Bandiera, Vittorio Bartoli, Daniel O. R. Dixon, Alex J. H. Fedorec, Harold Fellermann, Alexander G. Fletcher, Tim Foster, Luca Giuggioli, Antoni Matyjaszkiewicz, Scott McCormick, Sandra Montes Olivas, Jonathan Naylor, Ana Rubio Denniss, Daniel Ward
Opublikowane w: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numer 8, 2020, ISSN 2296-4185
Wydawca: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00705

Emergent digital bio-computation through spatial diffusion and engineered bacteria

Autorzy: Alex J. H. Fedorec, Neythen J. Treloar, Ke Yan Wen, Linda Dekker, Qing Hsuan Ong, Gabija Jurkeviciute, Enbo Lyu, Jack W. Rutter, Kathleen J. Y. Zhang, Luca Rosa, Alexey Zaikin, Chris P. Barnes
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 15, 2024, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49264-3

Deep Reinforcement Learning for Optimal Experimental Design in Biology

Autorzy: Neythen J. Treloar, Nathan Braniff, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-7358
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1101/2022.05.09.491138

Chaos in synthetic microbial communities

Autorzy: Behzad D. Karkaria, Angelika Manhart, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 18, 2023, Strona(/y) e1010548, ISSN 1553-7358
Wydawca: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010548

Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology

Autorzy: Philipp Boeing, Miriam Leon, Darren Nesbeth, Anthony Finkelstein, Chris Barnes
Opublikowane w: Processes, Numer 6/9, 2018, Strona(/y) 167, ISSN 2227-9717
Wydawca: MDPI AG
DOI: 10.3390/pr6090167

Automated design of synthetic microbial communities

Autorzy: Behzad D. Karkaria, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20756-2

Automated design of gene circuits with optimal mushroom-bifurcation behavior

Autorzy: Irene Otero-Muras, Ruben Perez-Carrasco, Julio R. Banga, Chris P. Barnes
Opublikowane w: iScience, Numer 26, 2025, Strona(/y) 106836, ISSN 2589-0042
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106836

Detecting Changes in the Caenorhabditis elegans Intestinal Environment Using an Engineered Bacterial Biosensor.

Autorzy: Rutter, Jack W.; Ozdemir, Tanel; Galimov, Evgeniy R.; Quintaneiro, Leonor M.; Rosa, Luca; Thomas, Geraint M.; Cabreiro, Filipe; Barnes, Chris P.
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, Numer 1, 2019, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00166

Engineered acetoacetate-inducible whole-cell biosensors based on the AtoSC two-component system

Autorzy: Jack W. Rutter, Linda Dekker, Alex J. H. Fedorec, David T. Gonzales, Ke Yan Wen, Lewis E. S. Tanner, Emma Donovan, Tanel Ozdemir, Geraint Thomas, Chris P. Barnes
Opublikowane w: Biotechnology and Bioengineering, 2024, ISSN 1097-0290
Wydawca: Wiley Periodicals LLC (United States)
DOI: 10.1101/035972

Deep reinforcement learning for the control of microbial co-cultures in bioreactors

Autorzy: Neythen J. Treloar, Alex J. H. Fedorec, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Opublikowane w: PLOS Computational Biology, Numer 16/4, 2020, Strona(/y) e1007783, ISSN 1553-7358
Wydawca: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007783