Building biological computers from bacterial populations

Informazioni relative al progetto

SynBioBrain

ID dell’accordo di sovvenzione: 770835

DOI

10.3030/770835

Progetto chiuso

Data della firma CE 23 Aprile 2018

Data di avvio 1 Maggio 2018

Data di completamento 31 Ottobre 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 998 025,00

Contributo UE

€ 1 998 025,00

Coordinato da

UNIVERSITY COLLEGE LONDON
United Kingdom

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I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Non-peer reviewed articles (2)

Single strain control of microbial consortia

Autori: Fedorec AJ, Karkaria BD, Sulu M, Barnes CP
Pubblicato in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2019.12.23.887331

SynBioBrain: building biological computers from bacterial

Autori: Neythen J Treloar, Ke Yan Wen, Alex JH Fedorec, Chris P Barnes
Pubblicato in: The Project Repository Journal, Numero 11, 2021, Pagina/e 32-35, ISSN 2632-4067
Editore: European Dissemination Media Agency Limited
DOI: 10.54050/prj1117751

Peer reviewed articles (12)

From Microbial Communities to Distributed Computing Systems

Autori: Behzad D. Karkaria, Neythen J. Treloar, Chris P. Barnes, Alex J. H. Fedorec
Pubblicato in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numero 8, 2020, ISSN 2296-4185
Editore: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00834

FlopR: An Open Source Software Package for Calibration and Normalization of Plate Reader and Flow Cytometry Data

Autori: Alex J. H. Fedorec, Clare M. Robinson, Ke Yan Wen, Chris P. Barnes
Pubblicato in: ACS Synthetic Biology, Numero 9/9, 2020, Pagina/e 2258-2266, ISSN 2161-5063
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.0c00296

Toward Engineering Biosystems With Emergent Collective Functions

Autori: Thomas E. Gorochowski, Sabine Hauert, Jan-Ulrich Kreft, Lucia Marucci, Namid R. Stillman, T.-Y. Dora Tang, Lucia Bandiera, Vittorio Bartoli, Daniel O. R. Dixon, Alex J. H. Fedorec, Harold Fellermann, Alexander G. Fletcher, Tim Foster, Luca Giuggioli, Antoni Matyjaszkiewicz, Scott McCormick, Sandra Montes Olivas, Jonathan Naylor, Ana Rubio Denniss, Daniel Ward
Pubblicato in: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numero 8, 2020, ISSN 2296-4185
Editore: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00705

Emergent digital bio-computation through spatial diffusion and engineered bacteria

Autori: Alex J. H. Fedorec, Neythen J. Treloar, Ke Yan Wen, Linda Dekker, Qing Hsuan Ong, Gabija Jurkeviciute, Enbo Lyu, Jack W. Rutter, Kathleen J. Y. Zhang, Luca Rosa, Alexey Zaikin, Chris P. Barnes
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49264-3

Deep Reinforcement Learning for Optimal Experimental Design in Biology

Autori: Neythen J. Treloar, Nathan Braniff, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-7358
Editore: PLOS
DOI: 10.1101/2022.05.09.491138

Chaos in synthetic microbial communities

Autori: Behzad D. Karkaria, Angelika Manhart, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 18, 2023, Pagina/e e1010548, ISSN 1553-7358
Editore: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010548

Towards an Aspect-Oriented Design and Modelling Framework for Synthetic Biology

Autori: Philipp Boeing, Miriam Leon, Darren Nesbeth, Anthony Finkelstein, Chris Barnes
Pubblicato in: Processes, Numero 6/9, 2018, Pagina/e 167, ISSN 2227-9717
Editore: MDPI AG
DOI: 10.3390/pr6090167

Automated design of synthetic microbial communities

Autori: Behzad D. Karkaria, Alex J. H. Fedorec, Chris P. Barnes
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20756-2

Automated design of gene circuits with optimal mushroom-bifurcation behavior

Autori: Irene Otero-Muras, Ruben Perez-Carrasco, Julio R. Banga, Chris P. Barnes
Pubblicato in: iScience, Numero 26, 2025, Pagina/e 106836, ISSN 2589-0042
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.106836

Detecting Changes in the Caenorhabditis elegans Intestinal Environment Using an Engineered Bacterial Biosensor.

Autori: Rutter, Jack W.; Ozdemir, Tanel; Galimov, Evgeniy R.; Quintaneiro, Leonor M.; Rosa, Luca; Thomas, Geraint M.; Cabreiro, Filipe; Barnes, Chris P.
Pubblicato in: ACS Synthetic Biology, Numero 1, 2019, ISSN 2161-5063
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00166

Engineered acetoacetate-inducible whole-cell biosensors based on the AtoSC two-component system

Autori: Jack W. Rutter, Linda Dekker, Alex J. H. Fedorec, David T. Gonzales, Ke Yan Wen, Lewis E. S. Tanner, Emma Donovan, Tanel Ozdemir, Geraint Thomas, Chris P. Barnes
Pubblicato in: Biotechnology and Bioengineering, 2024, ISSN 1097-0290
Editore: Wiley Periodicals LLC (United States)
DOI: 10.1101/035972

Deep reinforcement learning for the control of microbial co-cultures in bioreactors

Autori: Neythen J. Treloar, Alex J. H. Fedorec, Brian Ingalls, Chris P. Barnes
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 16/4, 2020, Pagina/e e1007783, ISSN 1553-7358
Editore: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007783