Obiettivo
In dilution cultures, marine planktonic Archaea are subject to mortality due to viral lysis. It has been shown that the frequency of lysogenized bacterial cells increases with depth and that marine Archaea constitute a numerically dominant group in the meso- and bathypelagic zone. These recent findings serve as the motivation for the proposed project, which is addressing the lack of knowledge on the functional role of planktonic Archaea in the meso- and bathypelagic zone by studying the relationship to thei r viruses.
The first objective is to determine the phylogenetic affiliation (Bacteria, Euryarchaeota, Crenarchaeota) of the lysogenized cells and to determine changes over depth. Objective one will be tackled by using a virus-dilution approach to measure t he fraction of lysogenized prokaryotic cells in combination with catalysed reporter deposition fluorescence in situ hybridisation (CARD-FISH) to determine the phylogenetic affiliation of the bacterial cells.
The second objective is to determine the dynamic s of dominant populations of lytic and lysogenic viruses and their hosts over depth and across seasons in relation to total virio- and bacterioplankton community composition. This will be achieved by using population specific virioplankton probes, prepared by randomly amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction (RAPD-PCR). Subsequently, these probes will be used to identify dominant populations of lytic and lysogenic viruses by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and hybridization analysis. Upon infection, lysogenic viruses integrate their genome into the genome of the host.
Thus, it will also be possible to track the populations of lysogenized prokaryotes. The third objective is to determine the partial nucleotide sequences of the genomes of dominant lysogenic viruses by cloning and sequencing to assess the phylogenetic affiliation of these lysogenic viruses. For the first time, archaeal viruses and their hosts will be studied in a pelagic system.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia virologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia microbiomi
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
VALBONNE
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.