Development and use of an integrated in silico-in vitro mesofluidics system for tissue engineering

Informations projet

INSITE

N° de convention de subvention: 772418

DOI

10.3030/772418

Projet clôturé

Date de signature de la CE 28 Mai 2018

Date de début 1 Septembre 2018

Date de fin 31 Août 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 161 750,00

Contribution de l’UE

€ 2 161 750,00

Coordonné par

UNIVERSITE DE LIEGE
Belgium

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (31)

An integrated in silico-in vitro approach for identifying therapeutic targets against osteoarthritis

Auteurs: Raphaëlle Lesage; Mauricio N. Ferrao Blanco; Roberto Narcisi; Tim Welting; Gerjo J. V. M. van Osch; Liesbet Geris
Publié dans: Bmc Biology, Numéro 20(1), 2022, Page(s) 253, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01451-8

Development of 3D Printed pNIPAM-Chitosan Scaffolds for Dentoalveolar Tissue Engineering

Auteurs: Mehdi Salar Amoli; Resmi Anand; Mostafa EzEldeen; Liesbet Geris; Reinhilde Jacobs; Veerle Bloemen
Publié dans: Gels, Numéro 10(2), 2024, ISSN 2310-2861
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/gels10020140

Model-Based Design to Enhance Neotissue Formation in Additively Manufactured Calcium-Phosphate-Based Scaffolds

Auteurs: Bingbing Liang; Ehsan Sadeghian Dehkord; Dorien Van Hede; Mojtaba Barzegari; Bruno Verlée; Justine Pirson; Grégory Nolens; France Lambert; Liesbet Geris
Publié dans: Journal of Functional Biomaterials, Numéro Vol 14, Iss 12, 2023, Page(s) p 563, ISSN 2079-4983
Éditeur: Basel MDPI AG
DOI: 10.3390/jfb14120563

Computational modeling of degradation process of biodegradable magnesium biomaterials

Auteurs: Mojtaba Barzegari; Di Mei; Sviatlana V. Lamaka; Liesbet Geris; Liesbet Geris
Publié dans: Corrosion Science, Numéro Volume 190, 2021, Page(s) 109674, ISSN 0010-938X
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.corsci.2021.109674

Cracking the genetic code with neural networks

Auteurs: Marc Joiret; Marine Leclercq; Gaspard Lambrechts; Francesca Rapino; Pierre Close; Gilles Louppe; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Liesbet Geris
Publié dans: Front Artificial Intelligence, 2023, ISSN 2624-8212
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/frai.2023.1128153

3D-Printed Synthetic Hydroxyapatite Scaffold With In Silico Optimized Macrostructure Enhances Bone Formation In Vivo

Auteurs: Dorien Van hede; Bingbing Liang; Sandy Anania; Mojtaba Barzegari; Bruno Verlée; Grégory Nolens; Justine Pirson; Liesbet Geris; France Lambert
Publié dans: Advanced Functional Materials, 2022, ISSN 1616-301X
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/adfm.202105002

Towards in silico Models of the Inflammatory Response in Bone Fracture Healing

Auteurs: Laura Lafuente-Gracia; Laura Lafuente-Gracia; Edoardo Borgiani; Edoardo Borgiani; Edoardo Borgiani; Gabriele Nasello; Gabriele Nasello; Gabriele Nasello; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Liesbet Geris
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 9, 2021, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media

An open source crash course on parameter estimation of computational models using a Bayesian optimization approach

Auteurs: Mojtaba Barzegari; Liesbet Geris
Publié dans: Journal of Open Source Education,, Numéro 4(40), 2021, Page(s) 89, ISSN 2577-3569
Éditeur: Open Journals
DOI: 10.21105/jose.00089

Highly scalable numerical simulation of coupled reaction-diffusion systems with moving interfaces

Auteurs: Barzegari, Mojtaba; Geris, Liesbet
Publié dans: The International Journal of High Performance Computing Applications, Numéro 2022;36(2), 2022, Page(s) 198-213, ISSN 1094-3420
Éditeur: SAGE Publications
DOI: 10.1177/10943420211045939

Ribosome exit tunnel electrostatics

Auteurs: Joiret, Marc; Kerff, Frederic; Rapino, Francesca; Close, Pierre; Geris, Liesbet
Publié dans: Phys Rev E., 2022, ISSN 2470-0045
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.105.014409

Scientific and regulatory evaluation of mechanistic in silico drug and disease models in drug development: Building model credibility

Auteurs: Flora T. Musuamba; Ine Skottheim Rusten; Raphaëlle Lesage; Giulia Russo; Roberta Bursi; Luca Emili; Gaby Wangorsch; Efthymios Manolis; Kristin E. Karlsson; Alexander Kulesza; Eulalie Courcelles; Jean-Pierre Boissel; Cécile F. Rousseau; Emmanuelle M. Voisin; Rossana Alessandrello; Nuno Curado; Enrico Dall'Ara; Blanca Rodriguez; Francesco Pappalardo; Liesbet Geris; Liesbet Geris
Publié dans: CPT Pharmacometrics Syst Pharmacol, Numéro 24, 2021, ISSN 2163-8306
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1002/psp4.12669

Tumor exposed-lymphatic endothelial cells promote primary tumor growth via IL6.

Auteurs: Lionel Gillot; Agnes Noel; liesbet geris; Marc Joiret
Publié dans: Cancer Letters, Numéro Volume 497, 2021, Page(s) Pages 154-164, ISSN 0304-3835
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.canlet.2020.10.020

Use of Computational Modeling to Study Joint Degeneration: A Review

Auteurs: Satanik Mukherjee, Majid Nazemi, Ilse Jonkers, Liesbet Geris
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Bioengineering and biotechnology
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00093

The Third Era of Tissue Engineering: Reversing the Innovation Drivers

Auteurs: Liesbet Geris, Ioannis Papantoniou
Publié dans: Tissue Engineering Part A, Numéro 25/11-12, 2019, Page(s) 821-826, ISSN 1937-3341
Éditeur: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/ten.tea.2019.0064

In silico tools predict effects of drugs on bone remodelling

Auteurs: Liesbet Geris
Publié dans: Nature Reviews Rheumatology, 2020, ISSN 1759-4790
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41584-020-0457-6

Towards Self‐Regulated Bioprocessing: A Compact Benchtop Bioreactor System for Monitored and Controlled 3D Cell and Tissue Culture

Auteurs: Sébastien Bournonville, Toon Lambrechts, Johan Vanhulst, Frank P. Luyten, Ioannis Papantoniou, Liesbet Geris
Publié dans: Biotechnology Journal, Numéro 14/7, 2019, Page(s) 1800545, ISSN 1860-6768
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201800545

Computational Modeling of Human Mesenchymal Stromal Cell Proliferation and Extra-Cellular Matrix Production in 3D Porous Scaffolds in a Perfusion Bioreactor: The Effect of Growth Factors

Auteurs: Mohammad Mehrian, Toon Lambrechts, Ioannis Papantoniou, Liesbet Geris
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00376

Developmentally Engineered Callus Organoid Bioassemblies Exhibit Predictive In Vivo Long Bone Healing

Auteurs: Gabriella Nilsson Hall, Luís Freitas Mendes, Charikleia Gklava, Liesbet Geris, Frank P. Luyten, Ioannis Papantoniou
Publié dans: Advanced Science, Numéro 7/2, 2019, Page(s) 1902295, ISSN 2198-3844
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/advs.201902295

Predicting in vitro human mesenchymal stromal cell expansion based on individual donor characteristics using machine learning

Auteurs: Mohammad Mehrian, Toon Lambrechts, Marina Marechal, Frank P. Luyten, Ioannis Papantoniou, Liesbet Geris
Publié dans: Cytotherapy, Numéro 22/2, 2020, Page(s) 82-90, ISSN 1465-3249
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1016/j.jcyt.2019.12.006

Optimizing neotissue growth inside perfusion bioreactors with respect to culture and labor cost: a multi-objective optimization study using evolutionary algorithms

Auteurs: Mohammad Mehrian, Liesbet Geris
Publié dans: Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering, Numéro 23/7, 2020, Page(s) 285-294, ISSN 1025-5842
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/10255842.2020.1719081

A simple geometrical model of the electrostatic environment around the catalytic center of the ribosome

Auteurs: Marc Joiret; Francesca Rapino; Pierre Close; Liesbet Geris
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1101/2022.03.07.483325

An ECHO of Cartilage: In Silico Prediction of Combinatorial Treatments to Switch Between Transient and Permanent Cartilage Phenotypes With Ex Vivo Validation

Auteurs: Sakshi Khurana; Stefano Schivo; Stefano Schivo; Jacqueline R. M. Plass; Nikolas Mersinis; Jetse Scholma; Johan Kerkhofs; Leilei Zhong; Jaco van de Pol; Jaco van de Pol; Rom Langerak; Liesbet Geris; Marcel Karperien; Janine N. Post
Publié dans: Frontiers Bioengineering and Biotechnology, 2021, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fbioe.2021.732917

In Vitro, In Vivo, and In Silico Models of Lymphangiogenesis in Solid Malignancies

Auteurs: Sophie Bekisz,Louis Baudin, Florence Buntinx, Agnès Noëlv, Liesbet Geris
Publié dans: Cancers, 2022, ISSN 2072-6694
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14061525

Cartilaginous spheroid-assembly design considerations for endochondral ossification: towards robotic-driven biomanufacturing.

Auteurs: Gabriella Nilsson Hall; Iene Rutten; Jeroen Lammertyn; Jens Eberhardt; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Frank P. Luyten; Ioannis Papantoniou; Ioannis Papantoniou
Publié dans: Biofabrication, Numéro 13(4), 2021, Page(s) 045025, ISSN 1758-5082
Éditeur: IOS Press
DOI: 10.1088/1758-5090/ac2208

BioDeg: A finite element software for the simulation of the corrosion and biodegradation process in metallic biomaterials

Auteurs: Mojtaba Barzegari; Liesbet Geris
Publié dans: Journal of Open Source Software, Numéro 7(74), 2022, Page(s) 4281, ISSN 2475-9066
Éditeur: Open Journals
DOI: 10.21105/joss.04281

The development of a 3D printable chitosan-based copolymer with tunable properties for dentoalveolar regeneration.

Auteurs: Mehdi Salar Amoli, Resmi Anand, Mostafa EzEldeen, Paulo Amorim, Liesbet Geris, Reinhilde Jacobs, Veerle Bloemen
Publié dans: Carbohydrate Polymers, 2022, ISSN 0144-8617
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.carbpol.2022.119441

Towards the Experimentally-Informed In Silico Nozzle Design Optimization for Extrusion-Based Bioprinting of Shear-Thinning Hydrogels

Auteurs: Esther Reina-Romo; Sourav Mandal; Paulo Amorim; Paulo Amorim; Veerle Bloemen; Veerle Bloemen; Eleonora Ferraris; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Liesbet Geris; Liesbet Geris
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 9, 2021, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fbioe.2021.701778

A flexible and easy-to-use open-source tool for designing functionally graded 3D porous structures

Auteurs: Perez Boerema, Fernando Adrian; Barzegari Shankil, Mojtaba; Geris, Liesbet
Publié dans: Virtual and Physical Prototyping, Numéro Vol 17, Iss 3, 2022, Page(s) 682-699, ISSN 1745-2759
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.6084/m9.figshare.19387475

Cancer modeling: From mechanistic to data-driven approaches, and from fundamental insights to clinical applications

Auteurs: Sophie Bekisz, Liesbet Geris
Publié dans: Journal of Computational Science, 2020, ISSN 1877-7503
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jocs.2020.101198

Engineering bone-forming biohybrid sheets through the integration of melt electrowritten membranes and cartilaginous microspheroids

Auteurs: Hall, Gabriella Nilsson; Chandrakar, Amit; Pastore, Angela; Ioannidis, Konstantinos; Moisley, Katrina; Cirstea, Matei; Geris, Liesbet; Moroni, Lorenzo; Luyten, Frank P.; Wieringa, Paul; Papantoniou, Ioannis
Publié dans: Acta Biomaterialia, Numéro Vol. 165, 2023, Page(s) pp. 111 - 124, ISSN 1742-7061
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.actbio.2022.10.037

An Empirical Model Linking Physico-Chemical Biomaterial Characteristics to Intra-Oral Bone Formation

Auteurs: Ehsan Sadeghian Dehkord; Greet Kerckhofs; Philippe Compère; France Lambert; Liesbet Geris
Publié dans: Journal of Functional Biomaterials, Numéro Vol. 14, no.7, 2023, Page(s) p. 388, ISSN 2079-4983
Éditeur: Basel MDPI AG
DOI: 10.3390/jfb14070388