Agent-Based Modelling of Gene Networks to model clonal selection in the tumour microenvironment and predict therapeutic resistance

Informations projet

MicroC

N° de convention de subvention: 772970

DOI

10.3030/772970

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Mars 2018

Date de début 1 Juin 2018

Date de fin 30 Novembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 996 325,00

Contribution de l’UE

€ 1 996 325,00

Coordonné par

UNIVERSITA COMMERCIALE LUIGI BOCCONI
Italy

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Publications

Peer reviewed articles (25)

Defining hypoxia in cancer: A landmark evaluation of hypoxia gene expression signatures

Auteurs: Matteo Di Giovannantonio, Fiona Hartley, Badran Elshenawy, Alessandro Barberis, Dan Hudson, Hana S. Shafique, Vincent E.S. Allott, David A. Harris, Simon R. Lord, Syed Haider, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa, Benjamin H.L. Harris
Publié dans: Cell Genomics, Numéro 5, 2025, Page(s) 100764, ISSN 2666-979X
Éditeur: Cell
DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100764

A Structural Characterisation of the Mitogen-Activated Protein Kinase Network in Cancer

Auteurs: Evangelos Chatzaroulas, Vytenis Sliogeris, Pedro Victori, Francesca M. Buffa, Sotiris Moschoyiannis, Roman Bauer
Publié dans: Symmetry, Numéro 14, 2025, Page(s) 1009, ISSN 2073-8994
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/sym14051009

A role for SETD2 loss in tumorigenesis through DNA methylation dysregulation

Auteurs: Hira Javaid, Alessandro Barberis, Olga Chervova, Isar Nassiri, Vitaly Voloshin, Yusuke Sato, Seishi Ogawa, Benjamin Fairfax, Francesca Buffa, Timothy C. Humphrey
Publié dans: BMC Cancer, Numéro 23, 2024, ISSN 1471-2407
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12885-023-11162-0

Single cell RNA‐sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity

Auteurs: May Ke, Badran Elshenawy, Helen Sheldon, Anjali Arora, Francesca M Buffa
Publié dans: BioEssays, Numéro 44, 2023, ISSN 0265-9247
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.202200084

Transcriptomic analysis of human primary breast cancer identifies fatty acid oxidation as a target for metformin

Auteurs: Simon R. Lord, Jennifer M. Collins, Wei-Chen Cheng, Syed Haider, Simon Wigfield, Edoardo Gaude, Barbara A. Fielding, Katherine E. Pinnick, Ulrike Harjes, Ashvina Segaran, Pooja Jha, Gerald Hoefler, Michael N. Pollak, Alastair M. Thompson, Pankaj G. Roy, Ruth. English, Rosie F. Adams, Christian Frezza, Francesca M. Buffa, Fredrik Karpe, Adrian L. Harris
Publié dans: British Journal of Cancer, Numéro 122, 2024, Page(s) 258-265, ISSN 0007-0920
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41416-019-0665-5

MAGNETO: Cell type marker panel generator from single-cell transcriptomic data

Auteurs: Andrea Tangherloni, Simone G. Riva, Brynelle Myers, Francesca M. Buffa, Paolo Cazzaniga
Publié dans: Journal of Biomedical Informatics, Numéro 147, 2024, Page(s) 104510, ISSN 1532-0464
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jbi.2023.104510

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post‐radiotherapy, and those with de novo metastatic disease

Auteurs: Philip Vincent Charlton, Dawn O'Reilly, Yiannis Philippou, Srinivasa Rao Rao, Alastair David Gordon Lamb, Ian Geoffrey Mills, Geoff Stuart Higgins, Freddie Charles Hamdy, Clare Verrill, Francesca Meteora Buffa, Richard John Bryant
Publié dans: The Prostate, Numéro 84, 2024, Page(s) 977-990, ISSN 0270-4137
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/pros.24715

Integrated Pharmacodynamic Analysis Identifies Two Metabolic Adaption Pathways to Metformin in Breast Cancer

Auteurs: Simon R. Lord, Wei-Chen Cheng, Dan Liu, Edoardo Gaude, Syed Haider, Tom Metcalf, Neel Patel, Eugene J. Teoh, Fergus Gleeson, Kevin Bradley, Simon Wigfield, Christos Zois, Daniel R. McGowan, Mei-Lin Ah-See, Alastair M. Thompson, Anand Sharma, Luc Bidaut, Michael Pollak, Pankaj G. Roy, Fredrik Karpe, Tim James, Ruth English, Rosie F. Adams, Leticia Campo, Lisa Ayers, Cameron Snell, Ioannis Roxanis,
Publié dans: Cell Metabolism, Numéro 28, 2024, Page(s) 679-688.e4, ISSN 1550-4131
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2018.08.021

Robustness and reproducibility for AI learning in biomedical sciences: RENOIR

Auteurs: Alessandro Barberis, Hugo J. W. L. Aerts, Francesca M. Buffa
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-51381-4

A machine learning and directed network optimization approach to uncover TP53 regulatory patterns

Auteurs: Charalampos P. Triantafyllidis, Alessandro Barberis, Fiona Hartley, Ana Miar Cuervo, Enio Gjerga, Philip Charlton, Linda van Bijsterveldt, Julio Saez Rodriguez, Francesca M. Buffa
Publié dans: iScience, Numéro 26, 2025, Page(s) 108291, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108291

The many faces of mathematical modelling in oncology

Auteurs: Pedro Victori, Francesca M Buffa
Publié dans: The British Journal of Radiology, Numéro 92, 2024, ISSN 0007-1285
Éditeur: British Institute of Radiology
DOI: 10.1259/bjr.20180856

Guidelines for using sigQC for systematic evaluation of gene signatures

Auteurs: Andrew Dhawan, Alessandro Barberis, Wei-Chen Cheng, Enric Domingo, Catharine West, Tim Maughan, Jacob G. Scott, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 14/5, 2019, Page(s) 1377-1400, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-019-0136-8

Modeling genotypes in their microenvironment to predict single- and multi-cellular behavior

Auteurs: Dimitrios Voukantsis, Kenneth Kahn, Martin Hadley, Rowan Wilson, Francesca M Buffa
Publié dans: GigaScience, Numéro 8/3, 2019, ISSN 2047-217X
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giz010

Pan-cancer characterisation of microRNA across cancer hallmarks reveals microRNA-mediated downregulation of tumour suppressors

Auteurs: Andrew Dhawan, Jacob G. Scott, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07657-1

Disease-associated KBTBD4 mutations in medulloblastoma elicit neomorphic ubiquitylation activity to promote CoREST degradation

Auteurs: Zhuoyao Chen, Rafael M. Ioris, Stacey Richardson, Ava N. Van Ess, Iolanda Vendrell, Benedikt M. Kessler, Francesca M. Buffa, Luca Busino, Steven C. Clifford, Alex N. Bullock, Vincenzo D’Angiolella
Publié dans: Cell Death & Differentiation, Numéro 29, 2022, Page(s) 1955-1969, ISSN 1350-9047
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41418-022-00983-4

Stratification to Neoadjuvant Radiotherapy in Rectal Cancer by Regimen and Transcriptional Signatures

Auteurs: Umair Mahmood, Andrew Blake, Sanjay Rathee, Leslie Samuel, Graeme Murray, David Sebag-Montefiore, Simon Gollins, Nicholas P. West, Rubina Begum, Simon P. Bach, Susan D. Richman, Phil Quirke, Keara L. Redmond, Manuel Salto-Tellez, Viktor H. Koelzer, Simon J. Leedham, Ian Tomlinson, Philip D. Dunne, Francesca M. Buffa, null null, Tim S. Maughan, Enric Domingo
Publié dans: Cancer Research Communications, Numéro 4, 2024, Page(s) 1765-1776, ISSN 2767-9764
Éditeur: AACR journals
DOI: 10.1158/2767-9764.crc-23-0502

Identification and validation of a machine learning model of complete response to radiation in rectal cancer reveals immune infiltrate and TGFβ as key predictors

Auteurs: Enric Domingo, Sanjay Rathee, Andrew Blake, Leslie Samuel, Graeme Murray, David Sebag-Montefiore, Simon Gollins, Nicholas West, Rubina Begum, Susan Richman, Phil Quirke, Keara Redmond, Aikaterini Chatzipli, Alessandro Barberis, Sylvana Hassanieh, Umair Mahmood, Michael Youdell, Ultan McDermott, Viktor Koelzer, Simon Leedham, Ian Tomlinson, Philip Dunne, Andrew Blake, Francesca Buffa, Enric Domingo
Publié dans: eBioMedicine, Numéro 106, 2024, Page(s) 105228, ISSN 2352-3964
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2024.105228

New role of fat-free mass in cancer risk linked with genetic predisposition

Auteurs: Benjamin H. L. Harris, Matteo Di Giovannantonio, Ping Zhang, David A. Harris, Simon R. Lord, Naomi E. Allen, Tim S. Maughan, Richard J. Bryant, Adrian L. Harris, Gareth L. Bond, Francesca M. Buffa
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-54291-7

Obesity: a perfect storm for carcinogenesis

Auteurs: Benjamin H. L. Harris, Valentine M. Macaulay, David A. Harris, Paul Klenerman, Fredrik Karpe, Simon R. Lord, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Publié dans: Cancer and Metastasis Reviews, Numéro 41, 2022, Page(s) 491-515, ISSN 0167-7659
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10555-022-10046-2

Metabolic symbiosis between oxygenated and hypoxic tumour cells: An agent-based modelling study

Auteurs: Pahala Gedara Jayathilake, Pedro Victori, Clara E. Pavillet, Chang Heon Lee, Dimitrios Voukantsis, Ana Miar, Anjali Arora, Adrian L. Harris, Karl J. Morten, Francesca M. Buffa
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 20, 2024, Page(s) e1011944, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011944

Replication catastrophe induced by cyclic hypoxia leads to increased APOBEC3B activity

Auteurs: Samuel B Bader, Tiffany S Ma, Charlotte J Simpson, Jiachen Liang, Sakura Eri B Maezono, Monica M Olcina, Francesca M Buffa, Ester M Hammond
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49, 2021, Page(s) 7492-7506, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab551

E2F1 proteolysis via <scp>SCF</scp> ‐cyclin F underlies synthetic lethality between cyclin F loss and Chk1 inhibition

Auteurs: Kamila Burdova, Hongbin Yang, Roberta Faedda, Samuel Hume, Jagat Chauhan, Daniel Ebner, Benedikt M Kessler, Iolanda Vendrell, David H Drewry, Carrow I Wells, Stephanie B Hatch, Grigory L Dianov, Francesca M Buffa, Vincenzo D'Angiolella
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 38, 2023, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018101443

Cyclin F–EXO1 axis controls cell cycle–dependent execution of double-strand break repair

Auteurs: Hongbin Yang, Shahd Fouad, Paul Smith, Eun Young Bae, Yu Ji, Xinhui Lan, Ava Van Ess, Francesca M. Buffa, Roman Fischer, Iolanda Vendrell, Benedikt M. Kessler, Vincenzo D’Angiolella
Publié dans: Science Advances, Numéro 10, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: Science
DOI: 10.1126/sciadv.ado0636

ELTD1 is present in extracellular vesicles derived from endothelial cells as a cleaved extracellular domain which induces in vivo angiogenesis

Auteurs: Helen Sheldon, Wei Zhang, Esther Bridges, Koon Hwee Ang, Salwa Lin, Massimo Masiero, Demin Li, Penny A. Handford, Pat Whiteman, Roman Fischer, Francesca Buffa, Manu Vatish, Alison H. Banham, Adrian L. Harris
Publié dans: Journal of Extracellular Biology, Numéro 1, 2023, ISSN 2768-2811
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/jex2.52

Heritable genetic variants in key cancer genes link cancer risk with anthropometric traits

Auteurs: Matteo Di Giovannantonio, Benjamin HL Harris, Ping Zhang, Isaac Kitchen-Smith, Lingyun Xiong, Natasha Sahgal, Giovanni Stracquadanio, Marsha Wallace, Sarah Blagden, Simon Lord, David Harris, Adrian H.L. Harris, Francesca M. Buffa, Gareth L. Bond
Publié dans: Journal of Medical Genetics, 2020, Page(s) jmedgenet-2019-106799, ISSN 0022-2593
Éditeur: British Medical Association
DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106799

Book chapters (1)

Machine Learning Using Gene-Sets to Infer miRNA Function

Auteurs: Andrew Dhawan, Francesca M. Buffa
Publié dans: Advances in Experimental Medicine and Biology, Systems Biology of MicroRNAs in Cancer, 2022, Page(s) 229-240
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-031-08356-3_8