Agent-Based Modelling of Gene Networks to model clonal selection in the tumour microenvironment and predict therapeutic resistance

Projektinformationen

MicroC

ID Finanzhilfevereinbarung: 772970

DOI

10.3030/772970

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 März 2018

Startdatum 1 Juni 2018

Enddatum 30 November 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 996 325,00

EU-Beitrag

€ 1 996 325,00

Koordiniert durch

UNIVERSITA COMMERCIALE LUIGI BOCCONI
Italy

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (25)

Defining hypoxia in cancer: A landmark evaluation of hypoxia gene expression signatures

Autoren: Matteo Di Giovannantonio, Fiona Hartley, Badran Elshenawy, Alessandro Barberis, Dan Hudson, Hana S. Shafique, Vincent E.S. Allott, David A. Harris, Simon R. Lord, Syed Haider, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa, Benjamin H.L. Harris
Veröffentlicht in: Cell Genomics, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 100764, ISSN 2666-979X
Herausgeber: Cell
DOI: 10.1016/j.xgen.2025.100764

A Structural Characterisation of the Mitogen-Activated Protein Kinase Network in Cancer

Autoren: Evangelos Chatzaroulas, Vytenis Sliogeris, Pedro Victori, Francesca M. Buffa, Sotiris Moschoyiannis, Roman Bauer
Veröffentlicht in: Symmetry, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 1009, ISSN 2073-8994
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/sym14051009

A role for SETD2 loss in tumorigenesis through DNA methylation dysregulation

Autoren: Hira Javaid, Alessandro Barberis, Olga Chervova, Isar Nassiri, Vitaly Voloshin, Yusuke Sato, Seishi Ogawa, Benjamin Fairfax, Francesca Buffa, Timothy C. Humphrey
Veröffentlicht in: BMC Cancer, Ausgabe 23, 2024, ISSN 1471-2407
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12885-023-11162-0

Single cell RNA‐sequencing: A powerful yet still challenging technology to study cellular heterogeneity

Autoren: May Ke, Badran Elshenawy, Helen Sheldon, Anjali Arora, Francesca M Buffa
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 44, 2023, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.202200084

Transcriptomic analysis of human primary breast cancer identifies fatty acid oxidation as a target for metformin

Autoren: Simon R. Lord, Jennifer M. Collins, Wei-Chen Cheng, Syed Haider, Simon Wigfield, Edoardo Gaude, Barbara A. Fielding, Katherine E. Pinnick, Ulrike Harjes, Ashvina Segaran, Pooja Jha, Gerald Hoefler, Michael N. Pollak, Alastair M. Thompson, Pankaj G. Roy, Ruth. English, Rosie F. Adams, Christian Frezza, Francesca M. Buffa, Fredrik Karpe, Adrian L. Harris
Veröffentlicht in: British Journal of Cancer, Ausgabe 122, 2024, Seite(n) 258-265, ISSN 0007-0920
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41416-019-0665-5

MAGNETO: Cell type marker panel generator from single-cell transcriptomic data

Autoren: Andrea Tangherloni, Simone G. Riva, Brynelle Myers, Francesca M. Buffa, Paolo Cazzaniga
Veröffentlicht in: Journal of Biomedical Informatics, Ausgabe 147, 2024, Seite(n) 104510, ISSN 1532-0464
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jbi.2023.104510

Molecular analysis of archival diagnostic prostate cancer biopsies identifies genomic similarities in cases with progression post‐radiotherapy, and those with de novo metastatic disease

Autoren: Philip Vincent Charlton, Dawn O'Reilly, Yiannis Philippou, Srinivasa Rao Rao, Alastair David Gordon Lamb, Ian Geoffrey Mills, Geoff Stuart Higgins, Freddie Charles Hamdy, Clare Verrill, Francesca Meteora Buffa, Richard John Bryant
Veröffentlicht in: The Prostate, Ausgabe 84, 2024, Seite(n) 977-990, ISSN 0270-4137
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/pros.24715

Integrated Pharmacodynamic Analysis Identifies Two Metabolic Adaption Pathways to Metformin in Breast Cancer

Autoren: Simon R. Lord, Wei-Chen Cheng, Dan Liu, Edoardo Gaude, Syed Haider, Tom Metcalf, Neel Patel, Eugene J. Teoh, Fergus Gleeson, Kevin Bradley, Simon Wigfield, Christos Zois, Daniel R. McGowan, Mei-Lin Ah-See, Alastair M. Thompson, Anand Sharma, Luc Bidaut, Michael Pollak, Pankaj G. Roy, Fredrik Karpe, Tim James, Ruth English, Rosie F. Adams, Leticia Campo, Lisa Ayers, Cameron Snell, Ioannis Roxanis,
Veröffentlicht in: Cell Metabolism, Ausgabe 28, 2024, Seite(n) 679-688.e4, ISSN 1550-4131
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2018.08.021

Robustness and reproducibility for AI learning in biomedical sciences: RENOIR

Autoren: Alessandro Barberis, Hugo J. W. L. Aerts, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-51381-4

A machine learning and directed network optimization approach to uncover TP53 regulatory patterns

Autoren: Charalampos P. Triantafyllidis, Alessandro Barberis, Fiona Hartley, Ana Miar Cuervo, Enio Gjerga, Philip Charlton, Linda van Bijsterveldt, Julio Saez Rodriguez, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2025, Seite(n) 108291, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108291

The many faces of mathematical modelling in oncology

Autoren: Pedro Victori, Francesca M Buffa
Veröffentlicht in: The British Journal of Radiology, Ausgabe 92, 2024, ISSN 0007-1285
Herausgeber: British Institute of Radiology
DOI: 10.1259/bjr.20180856

Guidelines for using sigQC for systematic evaluation of gene signatures

Autoren: Andrew Dhawan, Alessandro Barberis, Wei-Chen Cheng, Enric Domingo, Catharine West, Tim Maughan, Jacob G. Scott, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Nature Protocols, Ausgabe 14/5, 2019, Seite(n) 1377-1400, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-019-0136-8

Modeling genotypes in their microenvironment to predict single- and multi-cellular behavior

Autoren: Dimitrios Voukantsis, Kenneth Kahn, Martin Hadley, Rowan Wilson, Francesca M Buffa
Veröffentlicht in: GigaScience, Ausgabe 8/3, 2019, ISSN 2047-217X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giz010

Pan-cancer characterisation of microRNA across cancer hallmarks reveals microRNA-mediated downregulation of tumour suppressors

Autoren: Andrew Dhawan, Jacob G. Scott, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07657-1

Disease-associated KBTBD4 mutations in medulloblastoma elicit neomorphic ubiquitylation activity to promote CoREST degradation

Autoren: Zhuoyao Chen, Rafael M. Ioris, Stacey Richardson, Ava N. Van Ess, Iolanda Vendrell, Benedikt M. Kessler, Francesca M. Buffa, Luca Busino, Steven C. Clifford, Alex N. Bullock, Vincenzo D’Angiolella
Veröffentlicht in: Cell Death & Differentiation, Ausgabe 29, 2022, Seite(n) 1955-1969, ISSN 1350-9047
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41418-022-00983-4

Stratification to Neoadjuvant Radiotherapy in Rectal Cancer by Regimen and Transcriptional Signatures

Autoren: Umair Mahmood, Andrew Blake, Sanjay Rathee, Leslie Samuel, Graeme Murray, David Sebag-Montefiore, Simon Gollins, Nicholas P. West, Rubina Begum, Simon P. Bach, Susan D. Richman, Phil Quirke, Keara L. Redmond, Manuel Salto-Tellez, Viktor H. Koelzer, Simon J. Leedham, Ian Tomlinson, Philip D. Dunne, Francesca M. Buffa, null null, Tim S. Maughan, Enric Domingo
Veröffentlicht in: Cancer Research Communications, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 1765-1776, ISSN 2767-9764
Herausgeber: AACR journals
DOI: 10.1158/2767-9764.crc-23-0502

Identification and validation of a machine learning model of complete response to radiation in rectal cancer reveals immune infiltrate and TGFβ as key predictors

Autoren: Enric Domingo, Sanjay Rathee, Andrew Blake, Leslie Samuel, Graeme Murray, David Sebag-Montefiore, Simon Gollins, Nicholas West, Rubina Begum, Susan Richman, Phil Quirke, Keara Redmond, Aikaterini Chatzipli, Alessandro Barberis, Sylvana Hassanieh, Umair Mahmood, Michael Youdell, Ultan McDermott, Viktor Koelzer, Simon Leedham, Ian Tomlinson, Philip Dunne, Andrew Blake, Francesca Buffa, Enric Domingo
Veröffentlicht in: eBioMedicine, Ausgabe 106, 2024, Seite(n) 105228, ISSN 2352-3964
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ebiom.2024.105228

New role of fat-free mass in cancer risk linked with genetic predisposition

Autoren: Benjamin H. L. Harris, Matteo Di Giovannantonio, Ping Zhang, David A. Harris, Simon R. Lord, Naomi E. Allen, Tim S. Maughan, Richard J. Bryant, Adrian L. Harris, Gareth L. Bond, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-54291-7

Obesity: a perfect storm for carcinogenesis

Autoren: Benjamin H. L. Harris, Valentine M. Macaulay, David A. Harris, Paul Klenerman, Fredrik Karpe, Simon R. Lord, Adrian L. Harris, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Cancer and Metastasis Reviews, Ausgabe 41, 2022, Seite(n) 491-515, ISSN 0167-7659
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10555-022-10046-2

Metabolic symbiosis between oxygenated and hypoxic tumour cells: An agent-based modelling study

Autoren: Pahala Gedara Jayathilake, Pedro Victori, Clara E. Pavillet, Chang Heon Lee, Dimitrios Voukantsis, Ana Miar, Anjali Arora, Adrian L. Harris, Karl J. Morten, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1011944, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011944

Replication catastrophe induced by cyclic hypoxia leads to increased APOBEC3B activity

Autoren: Samuel B Bader, Tiffany S Ma, Charlotte J Simpson, Jiachen Liang, Sakura Eri B Maezono, Monica M Olcina, Francesca M Buffa, Ester M Hammond
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49, 2021, Seite(n) 7492-7506, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab551

E2F1 proteolysis via <scp>SCF</scp> ‐cyclin F underlies synthetic lethality between cyclin F loss and Chk1 inhibition

Autoren: Kamila Burdova, Hongbin Yang, Roberta Faedda, Samuel Hume, Jagat Chauhan, Daniel Ebner, Benedikt M Kessler, Iolanda Vendrell, David H Drewry, Carrow I Wells, Stephanie B Hatch, Grigory L Dianov, Francesca M Buffa, Vincenzo D'Angiolella
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 38, 2023, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018101443

Cyclin F–EXO1 axis controls cell cycle–dependent execution of double-strand break repair

Autoren: Hongbin Yang, Shahd Fouad, Paul Smith, Eun Young Bae, Yu Ji, Xinhui Lan, Ava Van Ess, Francesca M. Buffa, Roman Fischer, Iolanda Vendrell, Benedikt M. Kessler, Vincenzo D’Angiolella
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 10, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: Science
DOI: 10.1126/sciadv.ado0636

ELTD1 is present in extracellular vesicles derived from endothelial cells as a cleaved extracellular domain which induces in vivo angiogenesis

Autoren: Helen Sheldon, Wei Zhang, Esther Bridges, Koon Hwee Ang, Salwa Lin, Massimo Masiero, Demin Li, Penny A. Handford, Pat Whiteman, Roman Fischer, Francesca Buffa, Manu Vatish, Alison H. Banham, Adrian L. Harris
Veröffentlicht in: Journal of Extracellular Biology, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2768-2811
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/jex2.52

Heritable genetic variants in key cancer genes link cancer risk with anthropometric traits

Autoren: Matteo Di Giovannantonio, Benjamin HL Harris, Ping Zhang, Isaac Kitchen-Smith, Lingyun Xiong, Natasha Sahgal, Giovanni Stracquadanio, Marsha Wallace, Sarah Blagden, Simon Lord, David Harris, Adrian H.L. Harris, Francesca M. Buffa, Gareth L. Bond
Veröffentlicht in: Journal of Medical Genetics, 2020, Seite(n) jmedgenet-2019-106799, ISSN 0022-2593
Herausgeber: British Medical Association
DOI: 10.1136/jmedgenet-2019-106799

Book chapters (1)

Machine Learning Using Gene-Sets to Infer miRNA Function

Autoren: Andrew Dhawan, Francesca M. Buffa
Veröffentlicht in: Advances in Experimental Medicine and Biology, Systems Biology of MicroRNAs in Cancer, 2022, Seite(n) 229-240
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-031-08356-3_8