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Metabolism of a cell pictured by single-cell approach

Veröffentlichungen

Single-cell analyses reveal SARS-CoV-2 interference with intrinsic immune response in the human gut.

Autoren: Sergio Triana; Camila Metz-Zumaran; Carlos A Ramírez; Carmon Kee; Carmon Kee; Patricio Doldan; Patricio Doldan; Mohammed Shahraz; Daniel Schraivogel; Andreas R Gschwind; Ashwini Kumar Sharma; Ashwini Kumar Sharma; Lars M. Steinmetz; Carl Herrmann; Theodore Alexandrov; Theodore Alexandrov; Steeve Boulant; Steeve Boulant; Megan L. Stanifer
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Vol 17, Iss 4, Pp n/a-n/a (2021), Ausgabe 1, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110232

Facilitating imaging mass spectrometry of microbial specialized metabolites with METASPACE.

Autoren: Nguyen DD, Saharuka V, Kovalev V, Stuart L, Del Prete M, Lubowiecka K, De Mot R, Venturi V, Alexandrov T
Veröffentlicht in: Metabolites, 2021, ISSN 2218-1989
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/metabo11080477

PySpacell: A Python Package for Spatial Analysis of Cell Images

Autoren: France Rose, Luca Rappez, Sergio H. Triana, Theodore Alexandrov, Auguste Genovesio
Veröffentlicht in: Cytometry Part A, Ausgabe 97/3, 2020, Seite(n) 288-295, ISSN 1552-4922
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.23955

DeepCycle reconstructs a cyclic cell cycle trajectory from unsegmented cell images using convolutional neural networks

Autoren: Luca Rappez, Alexander Rakhlin, Angelos Rigopoulos, Sergey Nikolenko, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 16/10, 2020, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209474

Single‐cell transcriptomics reveals immune response of intestinal cell types to viral infection

Autoren: Sergio Triana, Megan L Stanifer, Camila Metz‐Zumaran, Mohammed Shahraz, Markus Mukenhirn, Carmon Kee, Clara Serger, Ronald Koschny, Diana Ordoñez‐Rueda, Malte Paulsen, Vladimir Benes, Steeve Boulant, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 17/7, 2021, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209833

Molecular and Microbial Microenvironments in Chronically Diseased Lungs Associated with Cystic Fibrosis.

Autoren: Alexey V. Melnik; Yoshiki Vázquez-Baeza; Alexander A. Aksenov; Embriette R. Hyde; Andrew C. McAvoy; Mingxun Wang; Ricardo Silva; Ivan Protsyuk; Jason V. Wu; Amina Bouslimani; Yan Wei Lim; Tal Luzzatto-Knaan; William Comstock; Robert A. Quinn; Richard J. Wong; Greg Humphrey; Gail Ackermann; Timothy Spivey; Sharon S. Brouha; Nuno Bandeira; Grace Y. Lin; Forest Rohwer; Douglas Conrad; Theodore Alexa
Veröffentlicht in: mSystems, Vol 4, Iss 5 (2019), Ausgabe 1, 2019, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1128/msystems.00375-19

Single-cell proteo-genomic reference maps of the hematopoietic system enable the purification and massive profiling of precisely defined cell states.

Autoren: Triana S, Vonficht D, Jopp-Saile L, Raffel S, Lutz R, Leonce D, Antes M, Hernández-Malmierca P, Ordoñez-Rueda D, Ramasz B, Boch T, Jann JC, Nowak D, Hofmann WK, Müller-Tidow C, Hübschmann D, Alexandrov T, Benes V, Trumpp A, Paulsen M, Velten L, Haas S
Veröffentlicht in: Nature Immunology, 2021, ISSN 1529-2908
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41590-021-01059-0

OffsampleAI: artificial intelligence approach to recognize off-sample mass spectrometry images

Autoren: Katja Ovchinnikova, Vitaly Kovalev, Lachlan Stuart, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 21/1, 2020, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-3425-x

ColocML: Machine learning quantifies co-localization between mass spectrometry images

Autoren: Katja Ovchinnikova, Lachlan Stuart, Alexander Rakhlin, Sergey Nikolenko, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa085

SpaceM reveals metabolic states of single cells

Autoren: Luca Rappez, Mira Stadler, Sergio Triana, Rose Muthoni Gathungu, Katja Ovchinnikova, Prasad Phapale, Mathias Heikenwalder, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 18/7, 2021, Seite(n) 799-805, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01198-0

Increasing quantitation in spatial single-cell metabolomics by using fluorescence as ground truth

Autoren: Martijn R. Molenaar; Mohammed Shahraz; Jeany Delafiori; Andreas Eisenbarth; Måns Ekelöf; Luca Rappez; Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fmolb.2022.1021889

Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment

Autoren: Louis-Félix Nothias, Daniel Petras, Robin Schmid, Kai Dührkop, Johannes Rainer, Abinesh Sarvepalli, Ivan Protsyuk, Madeleine Ernst, Hiroshi Tsugawa, Markus Fleischauer, Fabian Aicheler, Alexander A. Aksenov, Oliver Alka, Pierre-Marie Allard, Aiko Barsch, Xavier Cachet, Andres Mauricio Caraballo-Rodriguez, Ricardo R. Da Silva, Tam Dang, Neha Garg, Julia M. Gauglitz, Alexey Gurevich, Giorgis Isaac
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 17/9, 2020, Seite(n) 905-908, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0933-6

Adaptive Pixel Mass Recalibration for Mass Spectrometry Imaging Based on Locally Endogenous Biological Signals

Autoren: Raphaël La Rocca, Christopher Kune, Mathieu Tiquet, Lachlan Stuart, Gauthier Eppe, Theodore Alexandrov, Edwin De Pauw, Loïc Quinton
Veröffentlicht in: Analytical Chemistry, 2021, ISSN 0003-2700
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c05071

Critical Role of Type III Interferon in Controlling SARS-CoV-2 Infection in Human Intestinal Epithelial Cells.

Autoren: Megan L. Stanifer; Megan L. Stanifer; Carmon Kee; Mirko Cortese; Camila Metz Zumaran; Sergio Triana; Markus Mukenhirn; Hans-Georg Kraeusslich; Theodore Alexandrov; Ralf Bartenschlager; Steeve Boulant; Steeve Boulant
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 1, 2020, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107863

Response Surface Methodology As a New Approach for Finding Optimal MALDI Matrix Spraying Parameters for Mass Spectrometry Imaging

Autoren: Dušan Veličković, Guanshi Zhang, Dejan Bezbradica, Arunima Bhattacharjee, Ljiljana Paša-Tolić, Kumar Sharma, Theodore Alexandrov, Christopher R. Anderton
Veröffentlicht in: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Ausgabe 31/3, 2020, Seite(n) 508-516, ISSN 1044-0305
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.9b00074

Recognizing off-sample mass spectrometry images with machine and deep learning.

Autoren: Katja Ovchinnikova, Vitaly Kovalev, Lachlan Stuart, Theodore Alexandrov
Veröffentlicht in: biorxiv, 2019
Herausgeber: CSHL
DOI: 10.1101/518977

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