Novel PHAge MEthods for improved virus inactivation

Informations projet

NoPHAME

N° de convention de subvention: 799417

DOI

10.3030/799417

Projet clôturé

Date de signature de la CE 26 Mars 2018

Date de début 1 Janvier 2019

Date de fin 31 Decembre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 165 598,80

Contribution de l’UE

€ 165 598,80

Coordonné par

ERASMUS UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM ROTTERDAM
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Characterization of Norovirus and Other Human Enteric Viruses in Sewage and Stool Samples Through Next-Generation Sequencing

Auteurs: Sofia Strubbia, My V. T. Phan, Julien Schaeffer, Marion Koopmans, Matthew Cotten, Françoise S. Le Guyader
Publié dans: Food and Environmental Virology, Numéro 11/4, 2019, Page(s) 400-409, ISSN 1867-0334
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s12560-019-09402-3

Increased resolution of African swine fever virus genome patterns based on profile HMMs of protein domains

Auteurs: Charles Masembe, My V T Phan, David L Robertson, Matthew Cotten
Publié dans: Virus Evolution, Numéro 6/2, 2020, ISSN 2057-1577
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ve/veaa044

Setting a baseline for global urban virome surveillance in sewage

Auteurs: David F. Nieuwenhuijse, Bas B. Oude Munnink, My V. T. Phan, Patrick Munk, Shweta Venkatakrishnan, Frank M. Aarestrup, Matthew Cotten, Marion P. G. Koopmans
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-69869-0

Norovirus outbreak in a natural playground: A One Health approach

Auteurs: Gregorius J. Sips, Mariëlle J. G. Dirven, Joke T. Donkervoort, Francien M. Kolfschoten, Claudia M. E. Schapendonk, My V. T. Phan, Annemieke Bloem, Anna F. Leeuwen, Mariechristine E. Trompenaars, Marion P. G. Koopmans, Annemiek A. Eijk, Miranda Graaf, Ewout B. Fanoy
Publié dans: Zoonoses and Public Health, Numéro 67/4, 2020, Page(s) 453-459, ISSN 1863-1959
Éditeur: Blackwell-Wiss.-Verl
DOI: 10.1111/zph.12689

Metavirome Sequencing to Evaluate Norovirus Diversity in Sewage and Related Bioaccumulated Oysters

Auteurs: Sofia Strubbia, Julien Schaeffer, Bas B. Oude Munnink, Alban Besnard, My V. T. Phan, David F. Nieuwenhuijse, Miranda de Graaf, Claudia M. E. Schapendonk, Candice Wacrenier, Matthew Cotten, Marion P. G. Koopmans, Françoise S. Le Guyader
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02394

Genome Sequences of Seven Megrivirus Strains from Chickens in The Netherlands

Auteurs: Kirsty T. T. Kwok, Myrna M. T. de Rooij, Aniek B. Messink, Inge M. Wouters, Marion P. G. Koopmans, My V. T. Phan
Publié dans: Microbiology Resource Announcements, Numéro 9/47, 2020, ISSN 2576-098X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01207-20

Shedding of Yellow Fever Virus From an Imported Case in the Netherlands After Travel to Brazil

Auteurs: My V T Phan, Mariana Mendonca Melo, Els van Nood, Georgina Aron, Jolanda J C Kreeft-Voermans, Marion P G Koopmans, Chantal Reusken, Corine H GeurtsvanKessel, Matthew Cotten
Publié dans: Open Forum Infectious Diseases, Numéro 7/2, 2020, ISSN 2328-8957
Éditeur: Infectious Disease Society of America
DOI: 10.1093/ofid/ofaa020

Automated download and clean-up of family-specific databases for kmer-based virus identification

Auteurs: Rosa L Allesøe, Camilla K Lemvigh, My V T Phan, Philip T L C Clausen, Alfred F Florensa, Marion P G Koopmans, Ole Lund, Matthew Cotten
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 2020 Oct 8;btaa857, 2020, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa857

Genome Sequence of a Minacovirus Strain from a Farmed Mink in The Netherlands

Auteurs: Kirsty T. T. Kwok, Myrna M. T. de Rooij, Felisita F. Sinartio, Lidwien A. M. Smit, Marion P. G. Koopmans, My V. T. Phan
Publié dans: Microbiology Resource Announcements, Numéro 10/8, 2021, ISSN 2576-098X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mra.01451-20

Virus Metagenomics in Farm Animals: A Systematic Review

Auteurs: Kirsty T. T. Kwok, David F. Nieuwenhuijse, My V. T. Phan, Marion P. G. Koopmans
Publié dans: Viruses, Numéro 12/1, 2020, Page(s) 107, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v12010107