Towards Realistic Modelling of Nucleosome Organization Inside Functional Chromatin Domains

Informations projet

InsideChromatin

N° de convention de subvention: 803326

DOI

10.3030/803326

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Octobre 2018

Date de début 1 Avril 2019

Date de fin 31 Mars 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 490 380,00

Contribution de l’UE

€ 1 490 380,00

Coordonné par

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Publications

Non-peer reviewed articles (1)

Reentrant liquid condensate phase of proteins is stabilized by hydrophobic and non-ionic interactions

Auteurs: Georg Krainer, Timothy J. Welsh, Jerelle A. Joseph, Jorge R. Espinosa, Sina Wittmann, Ella de Csilléry, Akshay Sridhar, Zenon Toprakcioglu, Giedre Gudiškytė, Magdalena A. Czekalska, William E. Arter, Peter St George-Hyslop, Anthony A. Hyman, Rosana Collepardo-Guevara, Simon Alberti, Tuomas P.J. Knowles
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 1085, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21181-9

Peer reviewed articles (13)

Nucleosome plasticity is a critical element of chromatin liquid–liquid phase separation and multivalent nucleosome interactions

Auteurs: Stephen E Farr, Esmae J Woods, Jerelle A Joseph, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 2883, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23090-3

Valency and Binding Affinity Variations Can Regulate the Multilayered Organization of Protein Condensates with Many Components

Auteurs: Ignacio Sanchez-Burgos, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Biomolecules, Numéro 11, 2021, Page(s) 278, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom11020278

Targeted modulation of protein liquid-liquid phase separation by evolution of amino-acid sequence

Auteurs: Simon M Lichtinger, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara, Aleks Reinhardt
Publié dans: Plos Computational Biology, Numéro 17(8), 2021, Page(s) e1009328, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009328

Physics-driven coarse-grained model for biomolecular phase separation with near-quantitative accuracy

Auteurs: Jerelle A. Joseph, Aleks Reinhardt, Anne Aguirre, Pin Yu Chew, Kieran O. Russell, Jorge R. Espinosa, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Nature Computational Science, Numéro 1, 2021, Page(s) 732–743, ISSN 2662-8457
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43588-021-00155-3

Size conservation emerges spontaneously in biomolecular condensates formed by scaffolds and surfactant clients

Auteurs: Ignacio Sanchez-Burgos, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara, Jorge R. Espinosa
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 11, 2021, Page(s) 15241, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94309-y

Liquid-like chromatin in the cell: What can we learn from imaging and computational modeling?

Auteurs: Yuji Itoh, Esmae J. Woods, Katsuhiko Minami, Kazuhiro Maeshima, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 71, 2021, Page(s) 123-135, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2021.06.004

Protein disorder-to-order transition enhances the nucleosome-binding affinity of H1

Auteurs: Akshay Sridhar, Modesto Orozco, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/10, 2020, Page(s) 5318–5331, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa285

Liquid network connectivity regulates the stability and composition of biomolecular condensates with many components

Auteurs: Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/24, 2020, Page(s) 13238-13247, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1917569117

Expansion of Intrinsically Disordered Proteins Increases the Range of Stability of Liquid–Liquid Phase Separation

Auteurs: Adiran Garaizar, Ignacio Sanchez-Burgos, Rosana Collepardo-Guevara, Jorge R. Espinosa
Publié dans: Molecules, Numéro 25/20, 2020, Page(s) 4705, ISSN 1420-3049
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules25204705

Emergence of chromatin hierarchical loops from protein disorder and nucleosome asymmetry

Auteurs: Akshay Sridhar, Stephen E. Farr, Guillem Portella, Tamar Schlick, Modesto Orozco, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/13, 2020, Page(s) 7216-7224, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1910044117

DNA binds to a specific site of the adhesive blood-protein von Willebrand factor guided by electrostatic interactions

Auteurs: Angélica Sandoval-Pérez, Ricarda M L Berger, Adiran Garaizar, Stephen E Farr, Maria A Brehm, Gesa König, Stefan W Schneider, Rosana Collepardo-Guevara, Volker Huck, Joachim O Rädler, Camilo Aponte-Santamaría
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/13, 2020, Page(s) 7333-7344, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa466

Thermodynamics and kinetics of phase separation of protein-RNA mixtures by a minimal model

Auteurs: Jerelle A Joseph, Jorge R Espinosa, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 120/7, 2021, Page(s) 1219-1230, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2021.01.031

Breakdown of the law of rectilinear diameter and related surprises in the liquid-vapor coexistence in systems of patchy particles

Auteurs: Jorge R. Espinosa, Adiran Garaizar, Carlos Vega, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 150/22, 2019, Page(s) 224510, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.5098551

Other (6)

Intermolecular reorganisation of single-component condensates during ageing promotes multiphase architectures

Auteurs: Adiran Garaizar, Jorge R Espinosa, Jerelle A Joseph, Georg Krainer, Yi Shen, Tuomas PJ Knowles, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2021.10.09.463670

The chromatin regulator HMGA1a undergoes phase separation in the nucleus

Auteurs: Hongjia Zhu, Masako Narita, Jerelle A. Joseph, Georg Krainer, Will Arter, Kadi L. Saar, Niklas Ermann, Jorge R. Espinosa, Yi Shen, Masami Ando Kuri, Runzhang Qi, Yufan Xu, Rosana Collepardo-Guevara, Masashi Narita, Tuomas P. J. Knowles
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.10.14.464384

Oligonucleotides can act as superscaffolds that enhance liquid-liquid phase separation of intracellular mixtures

Auteurs: Jerelle A. Joseph, Jorge R. Espinosa, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.01.24.916858

Kinetic interplay between droplet maturation and coalescence modulates shape of aged protein condensates

Auteurs: Adiran Garaizar, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.10.07.463530

Surface electrostatics govern the emulsion stability of biomolecular condensates

Auteurs: Timothy J. Welsh, Georg Krainer, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Akshay Sridhar, Marcus Jahnel, William E. Arter, Kadi L. Saar, Simon Alberti, Rosana Collepardo-Guevara, Tuomas P.J. Knowles
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: Cold Spring Harbor Labortory
DOI: 10.1101/2020.04.20.047910

RNA length has a non-trivial effect in the stability of biomolecular condensates formed by RNA-binding proteins

Auteurs: Ignacio Sanchez-Burgos, Jorge R Espinosa, Jerelle A Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2021.10.07.463486