Towards Realistic Modelling of Nucleosome Organization Inside Functional Chromatin Domains

Projektinformationen

InsideChromatin

ID Finanzhilfevereinbarung: 803326

DOI

10.3030/803326

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 17 Oktober 2018

Startdatum 1 April 2019

Enddatum 31 März 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 490 380,00

EU-Beitrag

€ 1 490 380,00

Koordiniert durch

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Non-peer reviewed articles (1)

Reentrant liquid condensate phase of proteins is stabilized by hydrophobic and non-ionic interactions

Autoren: Georg Krainer, Timothy J. Welsh, Jerelle A. Joseph, Jorge R. Espinosa, Sina Wittmann, Ella de Csilléry, Akshay Sridhar, Zenon Toprakcioglu, Giedre Gudiškytė, Magdalena A. Czekalska, William E. Arter, Peter St George-Hyslop, Anthony A. Hyman, Rosana Collepardo-Guevara, Simon Alberti, Tuomas P.J. Knowles
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 1085, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21181-9

Peer reviewed articles (13)

Nucleosome plasticity is a critical element of chromatin liquid–liquid phase separation and multivalent nucleosome interactions

Autoren: Stephen E Farr, Esmae J Woods, Jerelle A Joseph, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 2883, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23090-3

Valency and Binding Affinity Variations Can Regulate the Multilayered Organization of Protein Condensates with Many Components

Autoren: Ignacio Sanchez-Burgos, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Biomolecules, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 278, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom11020278

Targeted modulation of protein liquid-liquid phase separation by evolution of amino-acid sequence

Autoren: Simon M Lichtinger, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara, Aleks Reinhardt
Veröffentlicht in: Plos Computational Biology, Ausgabe 17(8), 2021, Seite(n) e1009328, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009328

Physics-driven coarse-grained model for biomolecular phase separation with near-quantitative accuracy

Autoren: Jerelle A. Joseph, Aleks Reinhardt, Anne Aguirre, Pin Yu Chew, Kieran O. Russell, Jorge R. Espinosa, Adiran Garaizar, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Nature Computational Science, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 732–743, ISSN 2662-8457
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43588-021-00155-3

Size conservation emerges spontaneously in biomolecular condensates formed by scaffolds and surfactant clients

Autoren: Ignacio Sanchez-Burgos, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara, Jorge R. Espinosa
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 11, 2021, Seite(n) 15241, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-94309-y

Liquid-like chromatin in the cell: What can we learn from imaging and computational modeling?

Autoren: Yuji Itoh, Esmae J. Woods, Katsuhiko Minami, Kazuhiro Maeshima, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 71, 2021, Seite(n) 123-135, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2021.06.004

Protein disorder-to-order transition enhances the nucleosome-binding affinity of H1

Autoren: Akshay Sridhar, Modesto Orozco, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/10, 2020, Seite(n) 5318–5331, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa285

Liquid network connectivity regulates the stability and composition of biomolecular condensates with many components

Autoren: Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/24, 2020, Seite(n) 13238-13247, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1917569117

Expansion of Intrinsically Disordered Proteins Increases the Range of Stability of Liquid–Liquid Phase Separation

Autoren: Adiran Garaizar, Ignacio Sanchez-Burgos, Rosana Collepardo-Guevara, Jorge R. Espinosa
Veröffentlicht in: Molecules, Ausgabe 25/20, 2020, Seite(n) 4705, ISSN 1420-3049
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/molecules25204705

Emergence of chromatin hierarchical loops from protein disorder and nucleosome asymmetry

Autoren: Akshay Sridhar, Stephen E. Farr, Guillem Portella, Tamar Schlick, Modesto Orozco, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/13, 2020, Seite(n) 7216-7224, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1910044117

DNA binds to a specific site of the adhesive blood-protein von Willebrand factor guided by electrostatic interactions

Autoren: Angélica Sandoval-Pérez, Ricarda M L Berger, Adiran Garaizar, Stephen E Farr, Maria A Brehm, Gesa König, Stefan W Schneider, Rosana Collepardo-Guevara, Volker Huck, Joachim O Rädler, Camilo Aponte-Santamaría
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/13, 2020, Seite(n) 7333-7344, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa466

Thermodynamics and kinetics of phase separation of protein-RNA mixtures by a minimal model

Autoren: Jerelle A Joseph, Jorge R Espinosa, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 120/7, 2021, Seite(n) 1219-1230, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2021.01.031

Breakdown of the law of rectilinear diameter and related surprises in the liquid-vapor coexistence in systems of patchy particles

Autoren: Jorge R. Espinosa, Adiran Garaizar, Carlos Vega, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 150/22, 2019, Seite(n) 224510, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/1.5098551

Other (6)

Intermolecular reorganisation of single-component condensates during ageing promotes multiphase architectures

Autoren: Adiran Garaizar, Jorge R Espinosa, Jerelle A Joseph, Georg Krainer, Yi Shen, Tuomas PJ Knowles, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2021.10.09.463670

The chromatin regulator HMGA1a undergoes phase separation in the nucleus

Autoren: Hongjia Zhu, Masako Narita, Jerelle A. Joseph, Georg Krainer, Will Arter, Kadi L. Saar, Niklas Ermann, Jorge R. Espinosa, Yi Shen, Masami Ando Kuri, Runzhang Qi, Yufan Xu, Rosana Collepardo-Guevara, Masashi Narita, Tuomas P. J. Knowles
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.10.14.464384

Oligonucleotides can act as superscaffolds that enhance liquid-liquid phase separation of intracellular mixtures

Autoren: Jerelle A. Joseph, Jorge R. Espinosa, Ignacio Sanchez-Burgos, Adiran Garaizar, Daan Frenkel, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2020
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.01.24.916858

Kinetic interplay between droplet maturation and coalescence modulates shape of aged protein condensates

Autoren: Adiran Garaizar, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbor
DOI: 10.1101/2021.10.07.463530

Surface electrostatics govern the emulsion stability of biomolecular condensates

Autoren: Timothy J. Welsh, Georg Krainer, Jorge R. Espinosa, Jerelle A. Joseph, Akshay Sridhar, Marcus Jahnel, William E. Arter, Kadi L. Saar, Simon Alberti, Rosana Collepardo-Guevara, Tuomas P.J. Knowles
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2020
Herausgeber: Cold Spring Harbor Labortory
DOI: 10.1101/2020.04.20.047910

RNA length has a non-trivial effect in the stability of biomolecular condensates formed by RNA-binding proteins

Autoren: Ignacio Sanchez-Burgos, Jorge R Espinosa, Jerelle A Joseph, Rosana Collepardo-Guevara
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2021.10.07.463486