Description du projet
Aperçu protéomique au cours d’une infection bactérienne
La compréhension des interactions hôte-pathogène est essentielle pour lutter contre les infections. En outre, il est nécessaire de comprendre les changements moléculaires du point de vue de l’agent pathogène qui sous-tendent une infection réussie pour concevoir de nouveaux traitements. Le projet PROPHECY, financé par l’UE, se concentre sur la manière dont les agents pathogènes modifient leurs protéines pendant l’infection. Les travaux utiliseront Salmonella typhimurium comme organisme pathogène modèle pour étudier la transcription et la traduction pendant l’infection à l’aide de techniques de pointe. L’accent sera également mis sur les processus de régulation sous-jacents. PROPHECY devrait permettre d’identifier de nouveaux facteurs de virulence qui ouvriront la voie au développement de nouveaux diagnostics et de nouvelles thérapies.
Objectif
My recent findings revealed translation of numerous previously unidentified (small) open reading frames and expression of alternative N-terminal proteoforms when studying bacterial translation. This proposal aims at unraveling the repertoire of bacterial pathogen proteoforms employed to establish a successful infection in a mammalian host cell.
While deep sequencing has enabled the study of gene expression at the transcript level in both pathogen and host simultaneously, the depth of sequencing has so far proven to be unsatisfactory. Moreover, the study of bacterial proteome changes upon infection remains highly unexplored because of the higher proteome complexity of the host cell compared to the pathogen. These challenges clearly stresses the need for novel strategies based on complementary proteogenomics approaches enabling translation control studies in bacterial pathogens in a host context .
I here propose the development and application of a complementary cutting-edge proteogenomic toolset which will enable for the first time targeted systematic genome- and proteome-wide surveys of bacterial transcriptional and translational activity during actual host cell infection. This ambitious endeavor will lead to:
I) Establishment of dual Ribo-seq that allows the selective isolation of host or bacterial ribosomes, enabling to study the bacterial translatome in a host cell context.
II) Development of tailored proteomics strategies permitting the selective isolation of (nascent) bacterial protein N-termini and enrichment of bacterial small ORF-encoded polypeptides (SEPs). Further, proteome-wide subcellular localization and protein stability studies will provide a dynamic view on bacterial protein expression.
II) Bacterial proteoform interaction maps by the development of an innovative proxeome strategy.
The identification of new pathogen virulence factors will contribute to the development of therapeutics and diagnostics for multiple models of infectious diseases.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences médicales et de la santé sciences de la santé maladie infectieuse
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
ERC-STG - Starting Grant
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2018-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
9000 GENT
Belgique
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.