Translational control in infection biology: riboproteogenomics of bacterial pathogens

Opis projektu

Wgląd w proteomikę w czasie zakażenia bakteryjnego

Dokładne zbadanie interakcji zachodzących między gospodarzem a patogenem ma kluczowe znaczenie dla zwalczania zakażeń. Ponadto poznanie zmian na poziomie molekularnym, które przesądzają o skuteczności zakażenia, z perspektywy patogenu jest ważną częścią procesu projektowania nowych terapii. Badacze z finansowanego ze środków UE projektu PROPHECY skupiają się na przemianach, jakim ulegają białka patogenów w trackie infekcji. Prace będą prowadzone na bakterii Salmonella typhimurium, patogennym organizmie modelowym, i będą koncentrowały się na badaniu z użyciem najnowocześniejszych technik transkrypcji i translacji w trakcie zakażenia. Badacze chcą w szczególności przyjrzeć się leżącym u podstaw zakażenia procesom regulacyjnym. Zespół projektu PROPHECY ma nadzieję zidentyfikować nowe czynniki wirulencji, które ułatwią opracowanie nowych metod diagnostycznych i terapeutycznych.

Cel

My recent findings revealed translation of numerous previously unidentified (small) open reading frames and expression of alternative N-terminal proteoforms when studying bacterial translation. This proposal aims at unraveling the repertoire of bacterial pathogen proteoforms employed to establish a successful infection in a mammalian host cell.

While deep sequencing has enabled the study of gene expression at the transcript level in both pathogen and host simultaneously, the depth of sequencing has so far proven to be unsatisfactory. Moreover, the study of bacterial proteome changes upon infection remains highly unexplored because of the higher proteome complexity of the host cell compared to the pathogen. These challenges clearly stresses the need for novel strategies based on complementary proteogenomics approaches enabling translation control studies in bacterial pathogens in a host context .

I here propose the development and application of a complementary cutting-edge proteogenomic toolset which will enable for the first time targeted systematic genome- and proteome-wide surveys of bacterial transcriptional and translational activity during actual host cell infection. This ambitious endeavor will lead to:

I) Establishment of dual Ribo-seq that allows the selective isolation of host or bacterial ribosomes, enabling to study the bacterial translatome in a host cell context.

II) Development of tailored proteomics strategies permitting the selective isolation of (nascent) bacterial protein N-termini and enrichment of bacterial small ORF-encoded polypeptides (SEPs). Further, proteome-wide subcellular localization and protein stability studies will provide a dynamic view on bacterial protein expression.

II) Bacterial proteoform interaction maps by the development of an innovative proxeome strategy.

The identification of new pathogen virulence factors will contribute to the development of therapeutics and diagnostics for multiple models of infectious diseases.

Dziedzina nauki

System finansowania

ERC-STG - Starting Grant

Instytucja przyjmująca

UNIVERSITEIT GENT

Wkład UE netto

€ 1 498 625,00

Adres

SINT PIETERSNIEUWSTRAAT 25
9000 Gent
Belgia

Region

Vlaams Gewest Prov. Oost-Vlaanderen Arr. Gent

Rodzaj działalności

Higher or Secondary Education Establishments

Linki

Kontakt z organizacją Strona internetowa

Uczestnictwo w unijnych programach w zakresie badań i innowacji

sieć współpracy HORIZON

Koszt całkowity

€ 1 498 625,00

Beneficjenci (1)

UNIVERSITEIT GENT

Belgia

Wkład UE netto

€ 1 498 625,00

Opis projektu

Wgląd w proteomikę w czasie zakażenia bakteryjnego

Cel

Dziedzina nauki

Program(-y)

Temat(-y)

Zaproszenie do składania wniosków

System finansowania

Instytucja przyjmująca

Beneficjenci (1)

Udostępnij tę stronę

Pobierz