Projektbeschreibung
Proteomische Einblicke in bakterielle Infektionen
Die Wechselwirkungen zwischen Wirt und Krankheitserreger zu verstehen, ist von zentraler Bedeutung bei der Infektionsbekämpfung. Die molekularen Veränderungen, die eine erfolgreiche Infektion ausmachen, aus Sicht des Erregers zu verstehen, ist darüber hinaus notwendig für die Konzeption neuer Behandlungen. Das EU-finanzierte Projekt PROHPECY erforscht, wie sich die Proteine von Krankheitserregern bei einer Infektion verändern. Dabei kommt Salmonella Typhimurium als Modellorganismus des Erregers zum Einsatz, um die Transkription und Translation während der Infektion mit modernsten Verfahren zu untersuchen. Auch die zugrunde liegenden regulatorischen Prozesse werden erforscht. PROPHECY wird voraussichtlich neue Virulenzfaktoren bestimmen, die der Entwicklung neuer Diagnostik und Therapeutik den Weg ebnen werden.
Ziel
My recent findings revealed translation of numerous previously unidentified (small) open reading frames and expression of alternative N-terminal proteoforms when studying bacterial translation. This proposal aims at unraveling the repertoire of bacterial pathogen proteoforms employed to establish a successful infection in a mammalian host cell.
While deep sequencing has enabled the study of gene expression at the transcript level in both pathogen and host simultaneously, the depth of sequencing has so far proven to be unsatisfactory. Moreover, the study of bacterial proteome changes upon infection remains highly unexplored because of the higher proteome complexity of the host cell compared to the pathogen. These challenges clearly stresses the need for novel strategies based on complementary proteogenomics approaches enabling translation control studies in bacterial pathogens in a host context .
I here propose the development and application of a complementary cutting-edge proteogenomic toolset which will enable for the first time targeted systematic genome- and proteome-wide surveys of bacterial transcriptional and translational activity during actual host cell infection. This ambitious endeavor will lead to:
I) Establishment of dual Ribo-seq that allows the selective isolation of host or bacterial ribosomes, enabling to study the bacterial translatome in a host cell context.
II) Development of tailored proteomics strategies permitting the selective isolation of (nascent) bacterial protein N-termini and enrichment of bacterial small ORF-encoded polypeptides (SEPs). Further, proteome-wide subcellular localization and protein stability studies will provide a dynamic view on bacterial protein expression.
II) Bacterial proteoform interaction maps by the development of an innovative proxeome strategy.
The identification of new pathogen virulence factors will contribute to the development of therapeutics and diagnostics for multiple models of infectious diseases.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteomik
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Gesundheitswissenschaften Infektionskrankheit
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
ERC-STG - Starting Grant
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2018-STG
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
9000 GENT
Belgien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.