Single-cell genomics to comprehensively understand healthy B-cell maturation and transformation to chronic lymphocytic leukemia

Informazioni relative al progetto

BCLLatlas

ID dell’accordo di sovvenzione: 810287

DOI

10.3030/810287

Progetto chiuso

Data della firma CE 29 Marzo 2019

Data di avvio 1 Aprile 2019

Data di completamento 31 Dicembre 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 8 333 331,00

Contributo UE

€ 8 333 331,00

Coordinato da

CONSORCIO PARA LA EXPLOTACION DEL CENTRO NACIONAL DE ANALISIS GENOMICO
Spain

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (10)

SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes

Autori: Marc Elosua-Bayes, Paula Nieto, Elisabetta Mereu, Ivo Gut, Holger Heyn
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 49/9, 2021, Pagina/e e50-e50, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab043

Machine learning and multi-omics data in chronic lymphocytic leukemia: the future of precision medicine?

Autori: Maria Tsagiopoulou, Ivo G. Gut
Pubblicato in: Frontiers in Genetics, Numero 14, 2024, ISSN 1664-8021
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2023.1304661

Fluctuating DNA methylation tracks cancer evolution at clinical scale

Autori: Calum Gabbutt, Martí Duran-Ferrer, Heather E. Grant, Diego Mallo, Ferran Nadeu, Jacob Househam, Neus Villamor, Madlen Müller, Simon Heath, Emanuele Raineri, Olga Krali, Jessica Nordlund, Thorsten Zenz, Ivo G. Gut, Elias Campo, Armando Lopez-Guillermo, Jude Fitzgibbon, Chris P. Barnes, Darryl Shibata, José I. Martin-Subero, Trevor A. Graham
Pubblicato in: Nature, Numero 645, 2025, Pagina/e 764-773, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09374-4

Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies

Autori: Ramon Massoni-Badosa, Giovanni Iacono, Catia Moutinho, Marta Kulis, Núria Palau, Domenica Marchese, Javier Rodríguez-Ubreva, Esteban Ballestar, Gustavo Rodriguez-Esteban, Sara Marsal, Marta Aymerich, Dolors Colomer, Elias Campo, Antonio Julià, José Ignacio Martín-Subero, Holger Heyn
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Editore: BMC, Nature Publishing Group
DOI: 10.1186/s13059-020-02032-0

The proliferative history shapes the DNA methylome of B-cell tumors and predicts clinical outcome

Autori: Martí Duran-Ferrer, Guillem Clot, Ferran Nadeu, Renée Beekman, Tycho Baumann, Jessica Nordlund, Yanara Marincevic-Zuniga, Gudmar Lönnerholm, Alfredo Rivas-Delgado, Silvia Martín, Raquel Ordoñez, Giancarlo Castellano, Marta Kulis, Ana C. Queirós, Seung-Tae Lee, Joseph Wiemels, Romina Royo, Montserrat Puiggrós, Junyan Lu, Eva Giné, Sílvia Beà, Pedro Jares, Xabier Agirre, Felipe Prosper, Ca
Pubblicato in: Nature Cancer, Numero 1/11, 2020, Pagina/e 1066-1081, ISSN 2662-1347
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43018-020-00131-2

MYC target gene activation in chronic lymphocytic leukemia and richter transformation: links to aggressiveness and tumor microenvironment interactions

Autori: M. Tsagiopoulou, S. Rashmi, M. Chatziaslani, I. Gut
Pubblicato in: Frontiers in Pharmacology, Numero 16, 2025, ISSN 1663-9812
Editore: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fphar.2025.1642458

A method for multiplexed full-length single-molecule sequencing of the human mitochondrial genome

Autori: Ieva Keraite, Philipp Becker, Davide Canevazzi, Cristina Frias-López, Marc Dabad, Raúl Tonda-Hernandez, Ida Paramonov, Matthew John Ingham, Isabelle Brun-Heath, Jordi Leno, Anna Abulí, Elena Garcia-Arumí, Simon Charles Heath, Marta Gut, Ivo Glynne Gut
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33530-3

Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions

Autori: Maria Tsagiopoulou, Sonal Rashmi, Sergio Aguilar, Juan Nieto, Ivo G. Gut
Pubblicato in: Scientific Data, 2026, ISSN 2052-4463
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1101/2023.05.29.542692

IGLV3-21R110 identifies an aggressive biological subtype of chronic lymphocytic leukemia with intermediate epigenetics

Autori: Ferran Nadeu, Romina Royo, Guillem Clot, Martí Duran-Ferrer, Alba Navarro, Silvia Martín, Junyan Lu, Thorsten Zenz, Tycho Baumann, Pedro Jares, Xose S. Puente, José I. Martín-Subero, Julio Delgado, Elías Campo
Pubblicato in: Blood, Numero 137/21, 2021, Pagina/e 2935-2946, ISSN 0006-4971
Editore: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2020008311

A single-cell tumor immune atlas for precision oncology

Autori: Paula Nieto, Marc Elosua-Bayes, Juan L. Trincado, Domenica Marchese, Ramon Massoni-Badosa, Maria Salvany, Ana Henriques, Juan Nieto, Sergio Aguilar-Fernández, Elisabetta Mereu, Catia Moutinho, Sara Ruiz, Patricia Lorden, Vanessa T. Chin, Dominik Kaczorowski, Chia-Ling Chan, Richard Gallagher, Angela Chou, Ester Planas-Rigol, Carlota Rubio-Perez, Ivo Gut, Josep M. Piulats, Joan Seoane, Joseph E. P
Pubblicato in: Genome Research, Numero 31/10, 2021, Pagina/e 1913-1926, ISSN 1088-9051
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.273300.120