Livrables
Updated models publicly available on the DDDeCaF platform and as SBML exchangeable files
Pathway database with all ranking and analysis metricsDatabase containing the pathways and ranking metrics used
Report detailing the communication channels, such as the website and social media accounts
Project visuals and messagingReport detailing project visuals and messaging plaforms
Sustainability appraisal and risk assessment of 10 target moleculesPublications
Auteurs:
Vítor Pereira, Miguel Rocha
Publié dans:
Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 15th International Conference (PACBB 2021), 2021, ISBN 978-3-030-86257-2
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-86258-9_16
Auteurs:
Fernando Cruz, Diogo Lima, José P. Faria, Miguel Rocha, Oscar Dias
Publié dans:
Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 13th International Conference, Numéro 1005, 2020, Page(s) 173-181, ISBN 978-3-030-23872-8
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-23873-5_21
Auteurs:
João Correia, Tiago Resende, Delora Baptista, Miguel Rocha
Publié dans:
Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 13th International Conference, Numéro 1005, 2020, Page(s) 164-172, ISBN 978-3-030-23872-8
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-23873-5_20
Auteurs:
Pablo Carbonell
Publié dans:
New Frontiers and Applications of Synthetic Biology, 2022, Page(s) 205-214, ISBN 978-0-12-824469-2
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/b978-0-12-824469-2.00024-5
Auteurs:
Verónica Ramos-Viana; Iben Møller-Hansen; Paul Kempen; Irina Borodina
Publié dans:
FEMS Yeast Research, Numéro 1, 2022, ISSN 1567-1356
Éditeur:
Blackwell
DOI:
10.1093/femsyr/foac037
Auteurs:
Francesco Del Carratore, Erik KR Hanko, Rainer Breitling, Eriko Takano
Publié dans:
Current Opinion in Biotechnology, 2022, ISSN 1879-0429
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.copbio.2022.102762
Auteurs:
Omid Oftadeh, Pierre Salvy, Maria Masid, Maxime Curvat, Ljubisa Miskovic & Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 4790, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-25158-6
Auteurs:
Erik K. R. Hanko, Tariq A. Joosab Noor Mahomed, Ruth A. Stoney, and Rainer Breitlin
Publié dans:
ACS Synthetic Biology, 2023, ISSN 2161-5063
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.2c00679
Auteurs:
Subham Choudhury; Michael Moret; Pierre Salvy; Daniel Weilandt; Vassily Hatzimanikatis; Ljubisa Miskovic
Publié dans:
Nature Machine Intelligence, Numéro 1, 2022, ISSN 2522-5839
Éditeur:
Nature Group
DOI:
10.1101/2022.01.06.475020
Auteurs:
Margarida Saramago; Cátia Bárria; Vanessa G. Costa; Caio S. Souza; Sandra C. Viegas; Susana Domingues; Diana Lousa; Cláudio M. Soares; Cecília M. Arraiano; Rute G. Matos
Publié dans:
The Febs Journal, Numéro 1, 2021, ISSN 1742-464X
Éditeur:
Blackwell Publishing Inc.
DOI:
10.1111/febs.15815
Auteurs:
Evangelia Vayena; Anush Chiappino-Pepe; Homa MohammadiPeyhani; Yannick Francioli; Noushin Hadadi; Meriç Ataman; Jasmin Hafner; Stavros Pavlou; Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
PNAS, Numéro 1, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur:
National Academy of Sciences
DOI:
10.1101/2022.02.10.479881
Auteurs:
Nicholas Milne; Javier Sáez‐Sáez; Annette Munch Nielsen; Jane Dannow Dyekjær; Daniela Rago; Mette Kristensen; Tune Wulff; Irina Borodina
Publié dans:
ChemistryOpen, Numéro 1, 2023, ISSN 2191-1363
Éditeur:
Weinheim: Wiley-VCH-Verl.
DOI:
10.1002/open.202200266
Auteurs:
Bharath Narayanan; Daniel Weilandt; Maria Masid; Ljubisa Miskovic; Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 1, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2022.11.14.516382
Auteurs:
Mahsa Babaei; Gheorghe Manuel Borja Zamfir; Xiao Chen; Hanne Bjerre Christensen; Mette Kristensen; Jens Nielsen; Jens Nielsen; Irina Borodina
Publié dans:
ACS Synthetic Biology, Numéro 6, 2020, ISSN 2161-5063
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.0c00048
Auteurs:
Tiago J. C. Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha
Publié dans:
Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 61 (11), 2021, Page(s) 5343–5361, ISSN 1549-9596
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jcim.0c01496
Auteurs:
Erik K. R. Hanko; João Correia; Caio S. Souza; Alison Green; Jakub Chromy; Ruth Stoney; Cunyu Yan; Eriko Takano; Diana Lousa; Cláudio M. Soares; Rainer Breitling
Publié dans:
BMC Research Notes, Numéro 1, 2023, ISSN 1756-0500
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.21203/rs.3.rs-2742541/v1
Auteurs:
Asli Sahin; Daniel R. Weilandt; Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 1, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-023-38159-4
Auteurs:
Mark S Dunstan, Christopher J Robinson, Adrian J Jervis, Cunyu Yan, Pablo Carbonell, Katherine A Hollywood, Andrew Currin, Neil Swainston, Rosalind Le Feuvre, Jason Micklefield, Jean-Loup Faulon, Rainer Breitling, Nicholas Turner, Eriko Takano, Nigel S Scrutton
Publié dans:
Synthetic Biology, Numéro 5 (1), 2020, ISSN 2397-7000
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysaa012
Auteurs:
Guokun Wang; Guokun Wang; Aline Tavares; Simone Schmitz; Simone Schmitz; Lucas Gabriel Souza França; Hugo Almeida; João Cavalheiro; Ana Carolas; Süleyman Øzmerih; Lars M. Blank; Bruno Sommer Ferreira; Irina Borodina
Publié dans:
Biotechnology and Bioengineering, Numéro 7, 2021, ISSN 0006-3592
Éditeur:
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI:
10.1002/bit.27992
Auteurs:
Javier Sáez-Sáez; Guokun Wang; Eko Roy Marella; Suresh Sudarsan; Marc Cernuda Pastor; Irina Borodina
Publié dans:
Metabolic Engineering, 2020, ISSN 1096-7176
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.08.009
Auteurs:
Mahsa Babaei, Philip Tinggaard Thomsen, Marc Cernuda Pastor, Michael Krogh Jensen, and Irina Borodina
Publié dans:
ACS Synthetic Biology, 2024, ISSN 2161-5063
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.3c00396
Auteurs:
Irene Otero-Muras, Pablo Carbonell
Publié dans:
Metabolic Engineering, Numéro 63, 2020, Page(s) 61-80, ISSN 1096-7176
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.11.012
Auteurs:
Carlos Costa; Iben Møller-Hansen; Aloia Romaní; José A. Teixeira; Irina Borodina; Lucília Domingues
Publié dans:
ACS Synthetic Biology, Numéro 6, 2021, ISSN 2161-5063
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.1c00120
Auteurs:
Carlos E. Costa; Aloia Romaní; Iben Møller-Hansen; José A. Teixeira; Irina Borodina; Lucília Domingues
Publié dans:
Green Chemistry, Numéro 1, 2022, ISSN 1463-9270
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2gc02429b
Auteurs:
Vítor Vieira, Paulo Maia, Miguel Rocha, Isabel Rocha
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-019-2934-y
Auteurs:
Christopher J. Robinson, Pablo Carbonell, Adrian J. Jervis, Cunyu Yan, Katherine A. Hollywood, Mark S. Dunstan, Andrew Currin, Neil Swainston, Reynard Spiess, Sandra Taylor, Paul Mulherin, Steven Parker, William Rowe, Nicholas E. Matthews, Kirk J. Malone, Rosalind Le Feuvre, Philip Shapira, Perdita Barran, Nicholas J. Turner, Jason Micklefield, Rainer Breitling, Eriko Takano, Nigel S. Scrutton
Publié dans:
Metabolic Engineering, Numéro 60, 2020, Page(s) 168-182, ISSN 1096-7176
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.04.008
Auteurs:
N. Milne, P. Thomsen, N. Mølgaard Knudsen, P. Rubaszka, M. Kristensen, I. Borodina
Publié dans:
Metabolic Engineering, Numéro 60, 2020, Page(s) 25-36, ISSN 1096-7176
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2019.12.007
Auteurs:
Gheorghe M. Borja, Angelica Rodriguez, Kate Campbell, Irina Borodina, Yun Chen, Jens Nielsen
Publié dans:
Microbial Cell Factories, Numéro 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-019-1244-4
Auteurs:
Vítor Vieira, Miguel Rocha
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 35/24, 2019, Page(s) 5361-5362, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz598
Auteurs:
Lewis Grozinger, Martyn Amos, Thomas E. Gorochowski, Pablo Carbonell, Diego A. Oyarzún, Ruud Stoof, Harold Fellermann, Paolo Zuliani, Huseyin Tas, Angel Goñi-Moreno
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-019-13232-z
Auteurs:
Francesco Del Carratore, Kamila Schmidt, Maria Vinaixa, Katherine A. Hollywood, Caitlin Greenland-Bews, Eriko Takano, Simon Rogers, Rainer Breitling
Publié dans:
Analytical Chemistry, Numéro 91/20, 2019, Page(s) 12799-12807, ISSN 0003-2700
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.9b02354
Auteurs:
Andrew Currin, Neil Swainston, Mark S Dunstan, Adrian J Jervis, Paul Mulherin, Christopher J Robinson, Sandra Taylor, Pablo Carbonell, Katherine A Hollywood, Cunyu Yan, Eriko Takano, Nigel S Scrutton, Rainer Breitling
Publié dans:
Synthetic Biology, 2019, ISSN 2397-7000
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysz025
Auteurs:
Pablo Carbonell, Jean-Loup Faulon, Rainer Breitling
Publié dans:
IFAC-PapersOnLine, Numéro 52/26, 2019, Page(s) 7-12, ISSN 2405-8963
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.ifacol.2019.12.228
Auteurs:
Margarida Saramago; Vanessa Costa; Caio Souza; Cátia Bárria; Susana Domingues; Sandra Viegas; Diana Lousa; Cláudio Soares; Cecília Arraiano; Rute Matos
Publié dans:
Microorganisms, Numéro 1, 2022, ISSN 2076-2607
Éditeur:
MDPI
DOI:
10.3390/microorganisms10020342
Auteurs:
Pablo Carbonell; Pablo Carbonell; Rosalind Le Feuvre; Eriko Takano; Nigel S. Scrutton
Publié dans:
Synthetic Biology, Numéro 5 (1), 2020, Page(s) ysaa020, ISSN 2397-7000
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysaa020
Auteurs:
Guokun Wang; Douglas B. Kell; Irina Borodina
Publié dans:
Essays in Biochemistry, 2021, ISSN 0071-1365
Éditeur:
Portland Press, Ltd.
DOI:
10.1042/ebc20200137
Auteurs:
Jasmin Hafner, Homa MohammadiPeyhani, Anastasia Sveshnikova, Alan Scheidegger, and Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
ACS Synthetic Biology, Numéro 9 (6), 2020, Page(s) 1479-1482, ISSN 2161-5063
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.0c00052
Auteurs:
Vítor Pereira, Fernando Cruz, Miguel Rocha
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 37 (16), 2021, Page(s) 2494-2496, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab013
Auteurs:
Mahsa Babaei; Luisa Sartori; Alexey Karpukhin; Dmitrii Abashkin; Elena Matrosova; Irina Borodina
Publié dans:
FEMS Yeast Research, Numéro 3, 2021, ISSN 1567-1356
Éditeur:
Blackwell
DOI:
10.1093/femsyr/foab027
Auteurs:
Tiago J. C. Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha
Publié dans:
Applications of Evolutionary Computation, Numéro 24th International Conference, EvoApplications 2021, Held as Part of EvoStar 2021, Virtual Event, April 7–9, 2021, Proceedings, 2021, Page(s) 81-96, ISBN 978-3-030-72699-7
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-72699-7_6
Auteurs:
Miguel Martins; Miguel Rocha; Vitor Pereira
Publié dans:
2022 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), Numéro 1, 2022, ISBN 9788070439876
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/cec55065.2022.9870421
Auteurs:
Maria Guadalupe Camarena; Yadira Boada; Jesús Picó; Pablo Carbonell
Publié dans:
Actas de las Jornadas de Automática, Numéro yearly, 2021, ISBN 978-84-9749-804-3
Éditeur:
CEA-IFAC
DOI:
10.17979/spudc.9788497498043.485
Auteurs:
João Correia; Vítor Pereira; Miguel Rocha
Publié dans:
GECCO '23: Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference, Numéro 1, 2023
Éditeur:
Association for Computing Machinery
DOI:
10.1145/3583131.3590413
Auteurs:
Saez Saez, Javier (PhD Student)Borodina, Irina (Main Supervisor)Babaei, Mahsa (Supervisor)Ingemann Jensen, Sheila (Supervisor)Morrissey, John (Examiner)Siewers, Verena (Examiner)
Publié dans:
2023
Éditeur:
DTU
Auteurs:
Weilandt, Daniel Robert
Publié dans:
2020
Éditeur:
EPFL
DOI:
10.5075/epfl-thesis-7900
Auteurs:
Daniel R. Weilandt, Pierre Salvy, Maria Masid, Georgios Fengos, Robin Denhardt-Erikson, Zhaleh Hosseini, Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2022.01.17.476618
Auteurs:
María Camarena, Pablo Carbonell
Publié dans:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.09.09.459461
Auteurs:
Anastasia Sveshnikova, Homa MohammadiPeyhani, Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.12.06.471405
Auteurs:
Homa Mohammadi-Peyhani, Jasmin Hafner, Anastasia Sveshnikova, Victor Viterbo, Vassily Hatzimanikatis
Publié dans:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.02.17.431583
Auteurs:
Subham Choudhury; Bharath Narayanan; Michael Moret; Vassily Hatzimanikatis; Ljubisa Miskovic
Publié dans:
bioRxiv, Numéro 1, 2023
Éditeur:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2023.02.21.529387
Droits de propriété intellectuelle
Numéro de demande/publication:
20
20075823
Date:
2020-09-16
Recherche de données OpenAIRE...
Une erreur s’est produite lors de la recherche de données OpenAIRE
Aucun résultat disponible