Leistungen
Updated models publicly available on the DDDeCaF platform and as SBML exchangeable files
Pathway database with all ranking and analysis metricsDatabase containing the pathways and ranking metrics used
Report detailing the communication channels, such as the website and social media accounts
Project visuals and messagingReport detailing project visuals and messaging plaforms
Sustainability appraisal and risk assessment of 10 target moleculesVeröffentlichungen
Autoren:
Vítor Pereira, Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics, 15th International Conference (PACBB 2021), 2021, ISBN 978-3-030-86257-2
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-86258-9_16
Autoren:
Fernando Cruz, Diogo Lima, José P. Faria, Miguel Rocha, Oscar Dias
Veröffentlicht in:
Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 13th International Conference, Ausgabe 1005, 2020, Seite(n) 173-181, ISBN 978-3-030-23872-8
Herausgeber:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-23873-5_21
Autoren:
João Correia, Tiago Resende, Delora Baptista, Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Practical Applications of Computational Biology and Bioinformatics, 13th International Conference, Ausgabe 1005, 2020, Seite(n) 164-172, ISBN 978-3-030-23872-8
Herausgeber:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-23873-5_20
Autoren:
Pablo Carbonell
Veröffentlicht in:
New Frontiers and Applications of Synthetic Biology, 2022, Seite(n) 205-214, ISBN 978-0-12-824469-2
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/b978-0-12-824469-2.00024-5
Autoren:
Verónica Ramos-Viana; Iben Møller-Hansen; Paul Kempen; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
FEMS Yeast Research, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1567-1356
Herausgeber:
Blackwell
DOI:
10.1093/femsyr/foac037
Autoren:
Francesco Del Carratore, Erik KR Hanko, Rainer Breitling, Eriko Takano
Veröffentlicht in:
Current Opinion in Biotechnology, 2022, ISSN 1879-0429
Herausgeber:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.copbio.2022.102762
Autoren:
Omid Oftadeh, Pierre Salvy, Maria Masid, Maxime Curvat, Ljubisa Miskovic & Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 4790, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-25158-6
Autoren:
Erik K. R. Hanko, Tariq A. Joosab Noor Mahomed, Ruth A. Stoney, and Rainer Breitlin
Veröffentlicht in:
ACS Synthetic Biology, 2023, ISSN 2161-5063
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.2c00679
Autoren:
Subham Choudhury; Michael Moret; Pierre Salvy; Daniel Weilandt; Vassily Hatzimanikatis; Ljubisa Miskovic
Veröffentlicht in:
Nature Machine Intelligence, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2522-5839
Herausgeber:
Nature Group
DOI:
10.1101/2022.01.06.475020
Autoren:
Margarida Saramago; Cátia Bárria; Vanessa G. Costa; Caio S. Souza; Sandra C. Viegas; Susana Domingues; Diana Lousa; Cláudio M. Soares; Cecília M. Arraiano; Rute G. Matos
Veröffentlicht in:
The Febs Journal, Ausgabe 1, 2021, ISSN 1742-464X
Herausgeber:
Blackwell Publishing Inc.
DOI:
10.1111/febs.15815
Autoren:
Evangelia Vayena; Anush Chiappino-Pepe; Homa MohammadiPeyhani; Yannick Francioli; Noushin Hadadi; Meriç Ataman; Jasmin Hafner; Stavros Pavlou; Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
PNAS, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber:
National Academy of Sciences
DOI:
10.1101/2022.02.10.479881
Autoren:
Nicholas Milne; Javier Sáez‐Sáez; Annette Munch Nielsen; Jane Dannow Dyekjær; Daniela Rago; Mette Kristensen; Tune Wulff; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
ChemistryOpen, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2191-1363
Herausgeber:
Weinheim: Wiley-VCH-Verl.
DOI:
10.1002/open.202200266
Autoren:
Bharath Narayanan; Daniel Weilandt; Maria Masid; Ljubisa Miskovic; Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 1, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2022.11.14.516382
Autoren:
Mahsa Babaei; Gheorghe Manuel Borja Zamfir; Xiao Chen; Hanne Bjerre Christensen; Mette Kristensen; Jens Nielsen; Jens Nielsen; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
ACS Synthetic Biology, Ausgabe 6, 2020, ISSN 2161-5063
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.0c00048
Autoren:
Tiago J. C. Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 61 (11), 2021, Seite(n) 5343–5361, ISSN 1549-9596
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.jcim.0c01496
Autoren:
Erik K. R. Hanko; João Correia; Caio S. Souza; Alison Green; Jakub Chromy; Ruth Stoney; Cunyu Yan; Eriko Takano; Diana Lousa; Cláudio M. Soares; Rainer Breitling
Veröffentlicht in:
BMC Research Notes, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1756-0500
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.21203/rs.3.rs-2742541/v1
Autoren:
Asli Sahin; Daniel R. Weilandt; Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-023-38159-4
Autoren:
Mark S Dunstan, Christopher J Robinson, Adrian J Jervis, Cunyu Yan, Pablo Carbonell, Katherine A Hollywood, Andrew Currin, Neil Swainston, Rosalind Le Feuvre, Jason Micklefield, Jean-Loup Faulon, Rainer Breitling, Nicholas Turner, Eriko Takano, Nigel S Scrutton
Veröffentlicht in:
Synthetic Biology, Ausgabe 5 (1), 2020, ISSN 2397-7000
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysaa012
Autoren:
Guokun Wang; Guokun Wang; Aline Tavares; Simone Schmitz; Simone Schmitz; Lucas Gabriel Souza França; Hugo Almeida; João Cavalheiro; Ana Carolas; Süleyman Øzmerih; Lars M. Blank; Bruno Sommer Ferreira; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
Biotechnology and Bioengineering, Ausgabe 7, 2021, ISSN 0006-3592
Herausgeber:
Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI:
10.1002/bit.27992
Autoren:
Javier Sáez-Sáez; Guokun Wang; Eko Roy Marella; Suresh Sudarsan; Marc Cernuda Pastor; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
Metabolic Engineering, 2020, ISSN 1096-7176
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.08.009
Autoren:
Mahsa Babaei, Philip Tinggaard Thomsen, Marc Cernuda Pastor, Michael Krogh Jensen, and Irina Borodina
Veröffentlicht in:
ACS Synthetic Biology, 2024, ISSN 2161-5063
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.3c00396
Autoren:
Irene Otero-Muras, Pablo Carbonell
Veröffentlicht in:
Metabolic Engineering, Ausgabe 63, 2020, Seite(n) 61-80, ISSN 1096-7176
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.11.012
Autoren:
Carlos Costa; Iben Møller-Hansen; Aloia Romaní; José A. Teixeira; Irina Borodina; Lucília Domingues
Veröffentlicht in:
ACS Synthetic Biology, Ausgabe 6, 2021, ISSN 2161-5063
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.1c00120
Autoren:
Carlos E. Costa; Aloia Romaní; Iben Møller-Hansen; José A. Teixeira; Irina Borodina; Lucília Domingues
Veröffentlicht in:
Green Chemistry, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1463-9270
Herausgeber:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2gc02429b
Autoren:
Vítor Vieira, Paulo Maia, Miguel Rocha, Isabel Rocha
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-019-2934-y
Autoren:
Christopher J. Robinson, Pablo Carbonell, Adrian J. Jervis, Cunyu Yan, Katherine A. Hollywood, Mark S. Dunstan, Andrew Currin, Neil Swainston, Reynard Spiess, Sandra Taylor, Paul Mulherin, Steven Parker, William Rowe, Nicholas E. Matthews, Kirk J. Malone, Rosalind Le Feuvre, Philip Shapira, Perdita Barran, Nicholas J. Turner, Jason Micklefield, Rainer Breitling, Eriko Takano, Nigel S. Scrutton
Veröffentlicht in:
Metabolic Engineering, Ausgabe 60, 2020, Seite(n) 168-182, ISSN 1096-7176
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2020.04.008
Autoren:
N. Milne, P. Thomsen, N. Mølgaard Knudsen, P. Rubaszka, M. Kristensen, I. Borodina
Veröffentlicht in:
Metabolic Engineering, Ausgabe 60, 2020, Seite(n) 25-36, ISSN 1096-7176
Herausgeber:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.ymben.2019.12.007
Autoren:
Gheorghe M. Borja, Angelica Rodriguez, Kate Campbell, Irina Borodina, Yun Chen, Jens Nielsen
Veröffentlicht in:
Microbial Cell Factories, Ausgabe 18/1, 2019, ISSN 1475-2859
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12934-019-1244-4
Autoren:
Vítor Vieira, Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 35/24, 2019, Seite(n) 5361-5362, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz598
Autoren:
Lewis Grozinger, Martyn Amos, Thomas E. Gorochowski, Pablo Carbonell, Diego A. Oyarzún, Ruud Stoof, Harold Fellermann, Paolo Zuliani, Huseyin Tas, Angel Goñi-Moreno
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-019-13232-z
Autoren:
Francesco Del Carratore, Kamila Schmidt, Maria Vinaixa, Katherine A. Hollywood, Caitlin Greenland-Bews, Eriko Takano, Simon Rogers, Rainer Breitling
Veröffentlicht in:
Analytical Chemistry, Ausgabe 91/20, 2019, Seite(n) 12799-12807, ISSN 0003-2700
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.analchem.9b02354
Autoren:
Andrew Currin, Neil Swainston, Mark S Dunstan, Adrian J Jervis, Paul Mulherin, Christopher J Robinson, Sandra Taylor, Pablo Carbonell, Katherine A Hollywood, Cunyu Yan, Eriko Takano, Nigel S Scrutton, Rainer Breitling
Veröffentlicht in:
Synthetic Biology, 2019, ISSN 2397-7000
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysz025
Autoren:
Pablo Carbonell, Jean-Loup Faulon, Rainer Breitling
Veröffentlicht in:
IFAC-PapersOnLine, Ausgabe 52/26, 2019, Seite(n) 7-12, ISSN 2405-8963
Herausgeber:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.ifacol.2019.12.228
Autoren:
Margarida Saramago; Vanessa Costa; Caio Souza; Cátia Bárria; Susana Domingues; Sandra Viegas; Diana Lousa; Cláudio Soares; Cecília Arraiano; Rute Matos
Veröffentlicht in:
Microorganisms, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2076-2607
Herausgeber:
MDPI
DOI:
10.3390/microorganisms10020342
Autoren:
Pablo Carbonell; Pablo Carbonell; Rosalind Le Feuvre; Eriko Takano; Nigel S. Scrutton
Veröffentlicht in:
Synthetic Biology, Ausgabe 5 (1), 2020, Seite(n) ysaa020, ISSN 2397-7000
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/synbio/ysaa020
Autoren:
Guokun Wang; Douglas B. Kell; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
Essays in Biochemistry, 2021, ISSN 0071-1365
Herausgeber:
Portland Press, Ltd.
DOI:
10.1042/ebc20200137
Autoren:
Jasmin Hafner, Homa MohammadiPeyhani, Anastasia Sveshnikova, Alan Scheidegger, and Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
ACS Synthetic Biology, Ausgabe 9 (6), 2020, Seite(n) 1479-1482, ISSN 2161-5063
Herausgeber:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acssynbio.0c00052
Autoren:
Vítor Pereira, Fernando Cruz, Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 37 (16), 2021, Seite(n) 2494-2496, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab013
Autoren:
Mahsa Babaei; Luisa Sartori; Alexey Karpukhin; Dmitrii Abashkin; Elena Matrosova; Irina Borodina
Veröffentlicht in:
FEMS Yeast Research, Ausgabe 3, 2021, ISSN 1567-1356
Herausgeber:
Blackwell
DOI:
10.1093/femsyr/foab027
Autoren:
Tiago J. C. Sousa; João Correia; Vitor Pereira; Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
Applications of Evolutionary Computation, Ausgabe 24th International Conference, EvoApplications 2021, Held as Part of EvoStar 2021, Virtual Event, April 7–9, 2021, Proceedings, 2021, Seite(n) 81-96, ISBN 978-3-030-72699-7
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-72699-7_6
Autoren:
Miguel Martins; Miguel Rocha; Vitor Pereira
Veröffentlicht in:
2022 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), Ausgabe 1, 2022, ISBN 9788070439876
Herausgeber:
IEEE
DOI:
10.1109/cec55065.2022.9870421
Autoren:
Maria Guadalupe Camarena; Yadira Boada; Jesús Picó; Pablo Carbonell
Veröffentlicht in:
Actas de las Jornadas de Automática, Ausgabe yearly, 2021, ISBN 978-84-9749-804-3
Herausgeber:
CEA-IFAC
DOI:
10.17979/spudc.9788497498043.485
Autoren:
João Correia; Vítor Pereira; Miguel Rocha
Veröffentlicht in:
GECCO '23: Proceedings of the Genetic and Evolutionary Computation Conference, Ausgabe 1, 2023
Herausgeber:
Association for Computing Machinery
DOI:
10.1145/3583131.3590413
Autoren:
Saez Saez, Javier (PhD Student)Borodina, Irina (Main Supervisor)Babaei, Mahsa (Supervisor)Ingemann Jensen, Sheila (Supervisor)Morrissey, John (Examiner)Siewers, Verena (Examiner)
Veröffentlicht in:
2023
Herausgeber:
DTU
Autoren:
Weilandt, Daniel Robert
Veröffentlicht in:
2020
Herausgeber:
EPFL
DOI:
10.5075/epfl-thesis-7900
Autoren:
Daniel R. Weilandt, Pierre Salvy, Maria Masid, Georgios Fengos, Robin Denhardt-Erikson, Zhaleh Hosseini, Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Herausgeber:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2022.01.17.476618
Autoren:
María Camarena, Pablo Carbonell
Veröffentlicht in:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.09.09.459461
Autoren:
Anastasia Sveshnikova, Homa MohammadiPeyhani, Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.12.06.471405
Autoren:
Homa Mohammadi-Peyhani, Jasmin Hafner, Anastasia Sveshnikova, Victor Viterbo, Vassily Hatzimanikatis
Veröffentlicht in:
bioRxiv, 2021, ISSN 2692-8205
Herausgeber:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2021.02.17.431583
Autoren:
Subham Choudhury; Bharath Narayanan; Michael Moret; Vassily Hatzimanikatis; Ljubisa Miskovic
Veröffentlicht in:
bioRxiv, Ausgabe 1, 2023
Herausgeber:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2023.02.21.529387
Rechte des geistigen Eigentums
Antrags-/Publikationsnummer:
20
20075823
Datum:
2020-09-16
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