Navigating the evolutionary routes of influenza viruses

Información del proyecto

NaviFlu

Identificador del acuerdo de subvención: 818353

DOI

10.3030/818353

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 19 Junio 2019

Fecha de inicio 1 Julio 2019

Fecha de finalización 30 Junio 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 331,00

Aportación de la UE

€ 1 999 331,00

Coordinado por

STICHTING AMSTERDAM UMC
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (11)

Strategies for Using Antigen Rapid Diagnostic Tests to Reduce Transmission of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Low- and Middle-Income Countries: A Mathematical Modelling Study Applied to Zambia

Autores: Alvin X Han, Sarah J Girdwood, Shaukat Khan, Jilian A Sacks, Amy Toporowski, Naushin Huq, Emma Hannay, Colin A Russell, Brooke E Nichols
Publicado en: Clinical Infectious Diseases, 2023, ISSN 1058-4838
Editor: University of Chicago Press
DOI: 10.1093/cid/ciac814

Estimating the potential impact and diagnostic requirements for SARS-CoV-2 test-and-treat programs

Autores: Alvin X. Han; Emma Hannay; Sergio Carmona; Bill Rodriguez; Brooke E. Nichols; Colin A. Russell
Publicado en: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.10.05.22280727

Determinants of epidemic size and the impacts of lulls in seasonal influenza virus circulation

Autores: Simon P. J. de Jong, Zandra C. Felix Garza, Joseph C. Gibson, Sarah van Leeuwen, Robert P. de Vries, Geert-Jan Boons, Marliek van Hoesel, Karen de Haan, Laura E. van Groeningen, Katina D. Hulme, Hugo D. G. van Willigen, Elke Wynberg, Godelieve J. de Bree, Amy Matser, Margreet Bakker, Lia van der Hoek, Maria Prins, Neeltje A. Kootstra, Dirk Eggink, Brooke E. Nichols, Alvin X. Han, Menno D. de Jong,
Publicado en: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44668-z

Regional importation and asymmetric within-country spread of SARS-CoV-2 variants of concern in the Netherlands

Autores: Alvin X Han; Eva Kozanli; Jelle Koopsen; Harry Vennema; Karim Hajji; Annelies Kroneman; Ivo van Walle; Don Klinkenberg; Jacco Wallinga; Colin A Russell; Dirk Eggink; Chantal Reusken
Publicado en: elife, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2022.03.21.22272611

A single mRNA vaccine dose in COVID-19 patients boosts neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and variants of concern

Autores: Marit J. van Gils, Hugo D.G. van Willigen, Elke Wynberg, Alvin X. Han, Karlijn van der Straten, Judith A. Burger, Meliawati Poniman, Melissa Oomen, Khadija Tejjani, Joey H. Bouhuijs, Anouk Verveen, Romy Lebbink, Maartje Dijkstra, Brent Appelman, A.H. Ayesha Lavell, Tom G. Caniels, Ilja Bontjer, Lonneke A. van Vught, Alexander P.J. Vlaar, Jonne J. Sikkens, Marije K. Bomers, Colin A. Russell, Neeltj
Publicado en: Cell Reports Medicine, Edición 3, 2023, Página(s) 100486, ISSN 2666-3791
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100486

Competition between transmission lineages mediated by human mobility shapes seasonal influenza epidemics in the US

Autores: Simon P. J. de Jong, Andrew J. K. Conlan, Alvin X. Han, Colin A. Russell
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59757-4

Within-host evolutionary dynamics of seasonal and pandemic human influenza A viruses in young children

Autores: Alvin X. Han; Zandra C. Felix Garza; Matthijs R.A. Welkers; René M Vigeveno; Tran Nhu Duong; Le Thi Quynh Mai; Pham Quang Thai; Dang Dinh Thoang; Tran Thi Ngoc Anh; Ha Manh Tuan; Nguyen Thanh Hung; Le Quoc Thinh; Le Thanh Hai; Hoang Thi Bich Ngoc; Kulkanya Chokephaibulkit; Pilaipan Puthavathana; Nguyen Van Vinh Chau; Nghiem My Ngoc; Nguyen Van Kinh; Dao Tuyet Trinh; Tran Tinh Hien; Tran Tinh Hien
Publicado en: eLife, Edición 1, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.68917

Asynchrony between virus diversity and antibody selection limits influenza virus evolution

Autores: Dylan H Morris, Velislava N Petrova, Fernando W Rossine, Edyth Parker, Bryan T Grenfell, Richard A Neher, Simon A Levin, Colin A Russell
Publicado en: eLife, Edición 9, 2020, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.62105

SARS-CoV-2 diagnostic testing rates determine the sensitivity of genomic surveillance programs

Autores: Alvin X. Han, Amy Toporowski, Jilian A. Sacks, Mark D. Perkins, Sylvie Briand, Maria van Kerkhove, Emma Hannay, Sergio Carmona, Bill Rodriguez, Edyth Parker, Brooke E. Nichols, Colin A. Russell
Publicado en: Nature Genetics, 2023, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01267-w

Antigenic cartography using sera from sequence-confirmed SARS-CoV-2 variants of concern infections reveals antigenic divergence of Omicron

Autores: Karlijn van der Straten, Denise Guerra, Marit J van Gils, Ilja Bontjer, Tom G Caniels, Hugo DG van Willigen, Elke Wynberg, Meliawati Poniman, Judith A Burger, Joey H Bouhuijs, Jacqueline van Rijswijk, Wouter Olijhoek, Marinus H Liesdek, AH Lavell, Brent Appelman, Jonne J Sikkens, Marije K Bomers, Alvin X Han, Brooke E Nichols, Maria Prins, Harry Vennema, Chantal Reusken, Marije Menno D de Jong, Go
Publicado en: Immunity, 2022, ISSN 1074-7613
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2022.07.018

Co-evolution of immunity and seasonal influenza viruses

Autores: Alvin X. Han, Simon P. J. de Jong, Colin A. Russell
Publicado en: Nature Reviews Microbiology, Edición 21, 2023, Página(s) 805-817, ISSN 1740-1526
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-023-00945-8