Navigating the evolutionary routes of influenza viruses

Informations projet

NaviFlu

N° de convention de subvention: 818353

DOI

10.3030/818353

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Juin 2019

Date de début 1 Juillet 2019

Date de fin 30 Juin 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 331,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 331,00

Coordonné par

STICHTING AMSTERDAM UMC
Netherlands

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (11)

Strategies for Using Antigen Rapid Diagnostic Tests to Reduce Transmission of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Low- and Middle-Income Countries: A Mathematical Modelling Study Applied to Zambia

Auteurs: Alvin X Han, Sarah J Girdwood, Shaukat Khan, Jilian A Sacks, Amy Toporowski, Naushin Huq, Emma Hannay, Colin A Russell, Brooke E Nichols
Publié dans: Clinical Infectious Diseases, 2023, ISSN 1058-4838
Éditeur: University of Chicago Press
DOI: 10.1093/cid/ciac814

Estimating the potential impact and diagnostic requirements for SARS-CoV-2 test-and-treat programs

Auteurs: Alvin X. Han; Emma Hannay; Sergio Carmona; Bill Rodriguez; Brooke E. Nichols; Colin A. Russell
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.10.05.22280727

Determinants of epidemic size and the impacts of lulls in seasonal influenza virus circulation

Auteurs: Simon P. J. de Jong, Zandra C. Felix Garza, Joseph C. Gibson, Sarah van Leeuwen, Robert P. de Vries, Geert-Jan Boons, Marliek van Hoesel, Karen de Haan, Laura E. van Groeningen, Katina D. Hulme, Hugo D. G. van Willigen, Elke Wynberg, Godelieve J. de Bree, Amy Matser, Margreet Bakker, Lia van der Hoek, Maria Prins, Neeltje A. Kootstra, Dirk Eggink, Brooke E. Nichols, Alvin X. Han, Menno D. de Jong,
Publié dans: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44668-z

Regional importation and asymmetric within-country spread of SARS-CoV-2 variants of concern in the Netherlands

Auteurs: Alvin X Han; Eva Kozanli; Jelle Koopsen; Harry Vennema; Karim Hajji; Annelies Kroneman; Ivo van Walle; Don Klinkenberg; Jacco Wallinga; Colin A Russell; Dirk Eggink; Chantal Reusken
Publié dans: elife, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2022.03.21.22272611

A single mRNA vaccine dose in COVID-19 patients boosts neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and variants of concern

Auteurs: Marit J. van Gils, Hugo D.G. van Willigen, Elke Wynberg, Alvin X. Han, Karlijn van der Straten, Judith A. Burger, Meliawati Poniman, Melissa Oomen, Khadija Tejjani, Joey H. Bouhuijs, Anouk Verveen, Romy Lebbink, Maartje Dijkstra, Brent Appelman, A.H. Ayesha Lavell, Tom G. Caniels, Ilja Bontjer, Lonneke A. van Vught, Alexander P.J. Vlaar, Jonne J. Sikkens, Marije K. Bomers, Colin A. Russell, Neeltj
Publié dans: Cell Reports Medicine, Numéro 3, 2023, Page(s) 100486, ISSN 2666-3791
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100486

Competition between transmission lineages mediated by human mobility shapes seasonal influenza epidemics in the US

Auteurs: Simon P. J. de Jong, Andrew J. K. Conlan, Alvin X. Han, Colin A. Russell
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59757-4

Within-host evolutionary dynamics of seasonal and pandemic human influenza A viruses in young children

Auteurs: Alvin X. Han; Zandra C. Felix Garza; Matthijs R.A. Welkers; René M Vigeveno; Tran Nhu Duong; Le Thi Quynh Mai; Pham Quang Thai; Dang Dinh Thoang; Tran Thi Ngoc Anh; Ha Manh Tuan; Nguyen Thanh Hung; Le Quoc Thinh; Le Thanh Hai; Hoang Thi Bich Ngoc; Kulkanya Chokephaibulkit; Pilaipan Puthavathana; Nguyen Van Vinh Chau; Nghiem My Ngoc; Nguyen Van Kinh; Dao Tuyet Trinh; Tran Tinh Hien; Tran Tinh Hien
Publié dans: eLife, Numéro 1, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.68917

Asynchrony between virus diversity and antibody selection limits influenza virus evolution

Auteurs: Dylan H Morris, Velislava N Petrova, Fernando W Rossine, Edyth Parker, Bryan T Grenfell, Richard A Neher, Simon A Levin, Colin A Russell
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.62105

SARS-CoV-2 diagnostic testing rates determine the sensitivity of genomic surveillance programs

Auteurs: Alvin X. Han, Amy Toporowski, Jilian A. Sacks, Mark D. Perkins, Sylvie Briand, Maria van Kerkhove, Emma Hannay, Sergio Carmona, Bill Rodriguez, Edyth Parker, Brooke E. Nichols, Colin A. Russell
Publié dans: Nature Genetics, 2023, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01267-w

Antigenic cartography using sera from sequence-confirmed SARS-CoV-2 variants of concern infections reveals antigenic divergence of Omicron

Auteurs: Karlijn van der Straten, Denise Guerra, Marit J van Gils, Ilja Bontjer, Tom G Caniels, Hugo DG van Willigen, Elke Wynberg, Meliawati Poniman, Judith A Burger, Joey H Bouhuijs, Jacqueline van Rijswijk, Wouter Olijhoek, Marinus H Liesdek, AH Lavell, Brent Appelman, Jonne J Sikkens, Marije K Bomers, Alvin X Han, Brooke E Nichols, Maria Prins, Harry Vennema, Chantal Reusken, Marije Menno D de Jong, Go
Publié dans: Immunity, 2022, ISSN 1074-7613
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2022.07.018

Co-evolution of immunity and seasonal influenza viruses

Auteurs: Alvin X. Han, Simon P. J. de Jong, Colin A. Russell
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 21, 2023, Page(s) 805-817, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-023-00945-8