Navigating the evolutionary routes of influenza viruses

Projektinformationen

NaviFlu

ID Finanzhilfevereinbarung: 818353

DOI

10.3030/818353

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 Juni 2019

Startdatum 1 Juli 2019

Enddatum 30 Juni 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 331,00

EU-Beitrag

€ 1 999 331,00

Koordiniert durch

STICHTING AMSTERDAM UMC
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (11)

Strategies for Using Antigen Rapid Diagnostic Tests to Reduce Transmission of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Low- and Middle-Income Countries: A Mathematical Modelling Study Applied to Zambia

Autoren: Alvin X Han, Sarah J Girdwood, Shaukat Khan, Jilian A Sacks, Amy Toporowski, Naushin Huq, Emma Hannay, Colin A Russell, Brooke E Nichols
Veröffentlicht in: Clinical Infectious Diseases, 2023, ISSN 1058-4838
Herausgeber: University of Chicago Press
DOI: 10.1093/cid/ciac814

Estimating the potential impact and diagnostic requirements for SARS-CoV-2 test-and-treat programs

Autoren: Alvin X. Han; Emma Hannay; Sergio Carmona; Bill Rodriguez; Brooke E. Nichols; Colin A. Russell
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.10.05.22280727

Determinants of epidemic size and the impacts of lulls in seasonal influenza virus circulation

Autoren: Simon P. J. de Jong, Zandra C. Felix Garza, Joseph C. Gibson, Sarah van Leeuwen, Robert P. de Vries, Geert-Jan Boons, Marliek van Hoesel, Karen de Haan, Laura E. van Groeningen, Katina D. Hulme, Hugo D. G. van Willigen, Elke Wynberg, Godelieve J. de Bree, Amy Matser, Margreet Bakker, Lia van der Hoek, Maria Prins, Neeltje A. Kootstra, Dirk Eggink, Brooke E. Nichols, Alvin X. Han, Menno D. de Jong,
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44668-z

Regional importation and asymmetric within-country spread of SARS-CoV-2 variants of concern in the Netherlands

Autoren: Alvin X Han; Eva Kozanli; Jelle Koopsen; Harry Vennema; Karim Hajji; Annelies Kroneman; Ivo van Walle; Don Klinkenberg; Jacco Wallinga; Colin A Russell; Dirk Eggink; Chantal Reusken
Veröffentlicht in: elife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.1101/2022.03.21.22272611

A single mRNA vaccine dose in COVID-19 patients boosts neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and variants of concern

Autoren: Marit J. van Gils, Hugo D.G. van Willigen, Elke Wynberg, Alvin X. Han, Karlijn van der Straten, Judith A. Burger, Meliawati Poniman, Melissa Oomen, Khadija Tejjani, Joey H. Bouhuijs, Anouk Verveen, Romy Lebbink, Maartje Dijkstra, Brent Appelman, A.H. Ayesha Lavell, Tom G. Caniels, Ilja Bontjer, Lonneke A. van Vught, Alexander P.J. Vlaar, Jonne J. Sikkens, Marije K. Bomers, Colin A. Russell, Neeltj
Veröffentlicht in: Cell Reports Medicine, Ausgabe 3, 2023, Seite(n) 100486, ISSN 2666-3791
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100486

Competition between transmission lineages mediated by human mobility shapes seasonal influenza epidemics in the US

Autoren: Simon P. J. de Jong, Andrew J. K. Conlan, Alvin X. Han, Colin A. Russell
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59757-4

Within-host evolutionary dynamics of seasonal and pandemic human influenza A viruses in young children

Autoren: Alvin X. Han; Zandra C. Felix Garza; Matthijs R.A. Welkers; René M Vigeveno; Tran Nhu Duong; Le Thi Quynh Mai; Pham Quang Thai; Dang Dinh Thoang; Tran Thi Ngoc Anh; Ha Manh Tuan; Nguyen Thanh Hung; Le Quoc Thinh; Le Thanh Hai; Hoang Thi Bich Ngoc; Kulkanya Chokephaibulkit; Pilaipan Puthavathana; Nguyen Van Vinh Chau; Nghiem My Ngoc; Nguyen Van Kinh; Dao Tuyet Trinh; Tran Tinh Hien; Tran Tinh Hien
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.68917

Asynchrony between virus diversity and antibody selection limits influenza virus evolution

Autoren: Dylan H Morris, Velislava N Petrova, Fernando W Rossine, Edyth Parker, Bryan T Grenfell, Richard A Neher, Simon A Levin, Colin A Russell
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.62105

SARS-CoV-2 diagnostic testing rates determine the sensitivity of genomic surveillance programs

Autoren: Alvin X. Han, Amy Toporowski, Jilian A. Sacks, Mark D. Perkins, Sylvie Briand, Maria van Kerkhove, Emma Hannay, Sergio Carmona, Bill Rodriguez, Edyth Parker, Brooke E. Nichols, Colin A. Russell
Veröffentlicht in: Nature Genetics, 2023, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-022-01267-w

Antigenic cartography using sera from sequence-confirmed SARS-CoV-2 variants of concern infections reveals antigenic divergence of Omicron

Autoren: Karlijn van der Straten, Denise Guerra, Marit J van Gils, Ilja Bontjer, Tom G Caniels, Hugo DG van Willigen, Elke Wynberg, Meliawati Poniman, Judith A Burger, Joey H Bouhuijs, Jacqueline van Rijswijk, Wouter Olijhoek, Marinus H Liesdek, AH Lavell, Brent Appelman, Jonne J Sikkens, Marije K Bomers, Alvin X Han, Brooke E Nichols, Maria Prins, Harry Vennema, Chantal Reusken, Marije Menno D de Jong, Go
Veröffentlicht in: Immunity, 2022, ISSN 1074-7613
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2022.07.018

Co-evolution of immunity and seasonal influenza viruses

Autoren: Alvin X. Han, Simon P. J. de Jong, Colin A. Russell
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 21, 2023, Seite(n) 805-817, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-023-00945-8