Multi-Parameter Live-Cell Observation of Biomolecular Processes with Single-Photon Detector Array

Información del proyecto

BrightEyes

Identificador del acuerdo de subvención: 818669

DOI

10.3030/818669

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 4 Febrero 2019

Fecha de inicio 1 Septiembre 2019

Fecha de finalización 28 Febrero 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 861 250,00

Aportación de la UE

€ 1 861 250,00

Coordinado por

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA
Italy

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Publicaciones

Peer reviewed articles (18)

The BrightEyes-TTM as an open-source time-tagging module for democratising single-photon microscopy

Autores: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Francesco Fersini, Martina Bruno, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanò, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Andrea Barberis, Marco Crepaldi, Eleonora Perego, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Nature Communications, Edición 13, 2022, Página(s) 7406, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35064-0

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Autores: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Tiziana Santini, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Serena Lattante, Mario Sabatelli, Dante Rotili, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49416-5

4D Single-particle tracking with asynchronous read-out single-photon avalanche diode array detector

Autores: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50512-9

Cooled SPAD array detector for low light-dose fluorescence laser scanning microscopy

Autores: Eli Slenders, Eleonora Perego, Mauro Buttafava, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzynska-Mach, Federica Villa, Enrica Maria Petrini, Andrea Barberis, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Biophysical Report, Edición 1(2), 2021, Página(s) 100025, ISSN 2667-0747
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100025

The role of RNA in the nanoscale organization of α-synuclein phase separation

Autores: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: NAR Molecular Medicine, Edición 2, 2025, ISSN 2976-856X
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narmme/ugaf012

Compact and effective photon-resolved image scanning microscope

Autores: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Advanced Photonics, Edición 6(1), 2024, Página(s) 016003, ISSN 2577-5421
Editor: SPIE and Chinese Laser Press
DOI: 10.1117/1.ap.6.1.016003

Single-photon microscopy to study biomolecular condensates

Autores: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Nature Communications, Edición 14, 2023, Página(s) 8224, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43969-7

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of stress granules

Autores: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Angelo D’Angelo, Tiziana Santini, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 52, 2024, Página(s) 13269-13289, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae942

Reconstructing the image scanning microscopy dataset: an inverse problem

Autores: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Inverse Problem, Edición 39(6), 2023, Página(s) 064004, ISSN 0266-5611
Editor: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/accdc5

Two-photon image-scanning microscopy with SPAD array and blind image reconstruction

Autores: Sami V. Koho, Eli Slenders, Giorgio Tortarolo, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Elena Tcarenkova, Marcel Ameloot, Paolo Bianchini, Colin J. R. Sheppard, Alberto Diaspro, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Biomedical Optics Express, Edición 11/6, 2020, Página(s) 2905, ISSN 2156-7085
Editor: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.374398

Confocal-based fluorescence fluctuation spectroscopy with a SPAD array detector

Autores: Eli Slenders, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Alberto Tosi, Luca Lanzanò, Sami Valtteri Koho, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Light: Science & Applications, Edición 10/1, 2021, Página(s) 31, ISSN 2047-7538
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41377-021-00475-z

ISM-FLUX: MINFLUX with an array detector

Autores: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Physical Review Research, Edición 5, 2023, ISSN 2643-1564
Editor: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.023033

Open-source 3D active sample stabilization for fluorescence microscopy

Autores: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Publicado en: Biophysical Reports, Edición 5, 2025, Página(s) 100208, ISSN 2667-0747
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2025.100208

Image scanning microscopy reconstruction by autocorrelation inversion

Autores: Daniele Ancora, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini, Alvaro H Crevenna
Publicado en: Journal of Physics: Photonics, Edición 6, 2024, Página(s) 045003, ISSN 2515-7647
Editor: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2515-7647/ad68dd

BrightEyes-MCS: a control software for multichannelscanning microscopy

Autores: Mattia Donato, Eli Slenders, Alessandro Zunino, Luca Bega, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Journal of Open Source Software, Edición 9, 2024, Página(s) 7125, ISSN 2475-9066
Editor: The Open Journal
DOI: 10.21105/joss.07125

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Autores: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Alberto Diaspro, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Biomedical Optics Express, Edición 16, 2025, Página(s) 2135, ISSN 2156-7085
Editor: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.559899

SPAD-based asynchronous-readout array detectors for image-scanning microscopy

Autores: Mauro Buttafava, Federica Villa, Marco Castello, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Mirko Sanzaro, Simonluca Piazza, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Franco Zappa, Giuseppe Vicidomini, Alberto Tosi
Publicado en: Optica, Edición 7/7, 2020, Página(s) 755, ISSN 2334-2536
Editor: The Optical Society
DOI: 10.1364/optica.391726

Focus image scanning microscopy for sharp and gentle super-resolved microscopy

Autores: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J. R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Nature Communications, Edición 13, 2022, Página(s) 7723, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35333-y

Other (14)

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of Stress Granules

Autores: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia di Timoteo, Andrea Giuliani, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publicado en: bioRxiv, 2023
Editor: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.09.11.557245

ISM-FLUX: single-step MINFLUX with an array detector

Autores: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2022, Página(s) 2022.04.19.488747
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.19.488747

Structured Detection for Simultaneous Super-Resolution and Optical Sectioning in Laser Scanning Microscopy

Autores: Alessandro Zunino, Giacomo Garrè, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: arXiv, 2024
Editor: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2406.12542

Array Detection Enables Large Localization Range for Simple and Robust MINFLUX

Autores: Eli Slenders, Sanket Patil, Marcus Oliver Held, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.08.602588

Open-Source 3<i>D</i>Active Sample Stabilization for Fluorescence Microscopy

Autores: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Publicado en: bioRxiv, 2025
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.01.10.631718

A Compact and Effective Photon-Resolved Image Scanning Microscope

Autores: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2023
Editor: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.07.28.549477

The role of RNA in the nanoscale organization of alpha-synuclein phase separation

Autores: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2024
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.03.610813

Focus-ISM for Sharp and Gentle Super-Resolved Microscopy

Autores: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J.R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, and Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2022, Página(s) 2022.04.28.489892
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.28.489892

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Autores: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Giuseppe Vicidomini, Dante Rotili, Mario Sabatelli, Serena Lattante, Irene Bozzoni
Publicado en: bioRxiv, 2023
Editor: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.10.25.563954

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Autores: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2025
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.31.630574

4D Single-Particle Tracking with Asynchronous Read-Out SPAD-Array Detector

Autores: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2023
Editor: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.25.554867

Reconstructing the Image Scanning Microscopy Dataset: an Inverse Problem

Autores: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: arXiv, Edición arXiv:2211.12510, 2022
Editor: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2211.12510

The BrightEyes-TTM: an Open-Source Time-Tagging Module for Single-Photon Microscopy

Autores: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Eleonora Perego, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanó, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Marco Crepaldi, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2021, Página(s) 2021.10.11.463950
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.10.11.463950

Content-enriched fluorescence lifetime fluctuation spectroscopy to study bio-molecular condensate formation

Autores: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: bioRxiv, 2023, Página(s) 2023.06.09.544221, ISSN 2692-8205
Editor: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.09.544221

Non-peer reviewed articles (1)

Open-source tools enable accessible and advanced image scanning microscopy data analysis

Autores: Alessandro Zunino, Eli Slenders, Francesco Fersini, Andrea Bucci, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Publicado en: Nature Photonics, Edición 17, 2023, Página(s) 457–458, ISSN 1749-4885
Editor: Nature Pub. Group
DOI: 10.1038/s41566-023-01216-x