Multi-Parameter Live-Cell Observation of Biomolecular Processes with Single-Photon Detector Array

Informations projet

BrightEyes

N° de convention de subvention: 818669

DOI

10.3030/818669

Projet clôturé

Date de signature de la CE 4 Février 2019

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 28 Février 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 861 250,00

Contribution de l’UE

€ 1 861 250,00

Coordonné par

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA
Italy

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Publications

Peer reviewed articles (18)

The BrightEyes-TTM as an open-source time-tagging module for democratising single-photon microscopy

Auteurs: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Francesco Fersini, Martina Bruno, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanò, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Andrea Barberis, Marco Crepaldi, Eleonora Perego, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 7406, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35064-0

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Auteurs: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Tiziana Santini, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Serena Lattante, Mario Sabatelli, Dante Rotili, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49416-5

4D Single-particle tracking with asynchronous read-out single-photon avalanche diode array detector

Auteurs: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50512-9

Cooled SPAD array detector for low light-dose fluorescence laser scanning microscopy

Auteurs: Eli Slenders, Eleonora Perego, Mauro Buttafava, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzynska-Mach, Federica Villa, Enrica Maria Petrini, Andrea Barberis, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Biophysical Report, Numéro 1(2), 2021, Page(s) 100025, ISSN 2667-0747
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100025

The role of RNA in the nanoscale organization of α-synuclein phase separation

Auteurs: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: NAR Molecular Medicine, Numéro 2, 2025, ISSN 2976-856X
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narmme/ugaf012

Compact and effective photon-resolved image scanning microscope

Auteurs: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Advanced Photonics, Numéro 6(1), 2024, Page(s) 016003, ISSN 2577-5421
Éditeur: SPIE and Chinese Laser Press
DOI: 10.1117/1.ap.6.1.016003

Single-photon microscopy to study biomolecular condensates

Auteurs: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2023, Page(s) 8224, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43969-7

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of stress granules

Auteurs: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Angelo D’Angelo, Tiziana Santini, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52, 2024, Page(s) 13269-13289, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae942

Reconstructing the image scanning microscopy dataset: an inverse problem

Auteurs: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Inverse Problem, Numéro 39(6), 2023, Page(s) 064004, ISSN 0266-5611
Éditeur: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/accdc5

Two-photon image-scanning microscopy with SPAD array and blind image reconstruction

Auteurs: Sami V. Koho, Eli Slenders, Giorgio Tortarolo, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Elena Tcarenkova, Marcel Ameloot, Paolo Bianchini, Colin J. R. Sheppard, Alberto Diaspro, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 11/6, 2020, Page(s) 2905, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.374398

Confocal-based fluorescence fluctuation spectroscopy with a SPAD array detector

Auteurs: Eli Slenders, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Alberto Tosi, Luca Lanzanò, Sami Valtteri Koho, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Light: Science & Applications, Numéro 10/1, 2021, Page(s) 31, ISSN 2047-7538
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41377-021-00475-z

ISM-FLUX: MINFLUX with an array detector

Auteurs: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Physical Review Research, Numéro 5, 2023, ISSN 2643-1564
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.023033

Open-source 3D active sample stabilization for fluorescence microscopy

Auteurs: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Publié dans: Biophysical Reports, Numéro 5, 2025, Page(s) 100208, ISSN 2667-0747
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2025.100208

Image scanning microscopy reconstruction by autocorrelation inversion

Auteurs: Daniele Ancora, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini, Alvaro H Crevenna
Publié dans: Journal of Physics: Photonics, Numéro 6, 2024, Page(s) 045003, ISSN 2515-7647
Éditeur: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2515-7647/ad68dd

BrightEyes-MCS: a control software for multichannelscanning microscopy

Auteurs: Mattia Donato, Eli Slenders, Alessandro Zunino, Luca Bega, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Journal of Open Source Software, Numéro 9, 2024, Page(s) 7125, ISSN 2475-9066
Éditeur: The Open Journal
DOI: 10.21105/joss.07125

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Auteurs: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Alberto Diaspro, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 16, 2025, Page(s) 2135, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.559899

SPAD-based asynchronous-readout array detectors for image-scanning microscopy

Auteurs: Mauro Buttafava, Federica Villa, Marco Castello, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Mirko Sanzaro, Simonluca Piazza, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Franco Zappa, Giuseppe Vicidomini, Alberto Tosi
Publié dans: Optica, Numéro 7/7, 2020, Page(s) 755, ISSN 2334-2536
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/optica.391726

Focus image scanning microscopy for sharp and gentle super-resolved microscopy

Auteurs: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J. R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 7723, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35333-y

Other (14)

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of Stress Granules

Auteurs: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia di Timoteo, Andrea Giuliani, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.09.11.557245

ISM-FLUX: single-step MINFLUX with an array detector

Auteurs: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2022, Page(s) 2022.04.19.488747
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.19.488747

Structured Detection for Simultaneous Super-Resolution and Optical Sectioning in Laser Scanning Microscopy

Auteurs: Alessandro Zunino, Giacomo Garrè, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: arXiv, 2024
Éditeur: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2406.12542

Array Detection Enables Large Localization Range for Simple and Robust MINFLUX

Auteurs: Eli Slenders, Sanket Patil, Marcus Oliver Held, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.08.602588

Open-Source 3<i>D</i>Active Sample Stabilization for Fluorescence Microscopy

Auteurs: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Publié dans: bioRxiv, 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.01.10.631718

A Compact and Effective Photon-Resolved Image Scanning Microscope

Auteurs: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.07.28.549477

The role of RNA in the nanoscale organization of alpha-synuclein phase separation

Auteurs: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2024
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.03.610813

Focus-ISM for Sharp and Gentle Super-Resolved Microscopy

Auteurs: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J.R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, and Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2022, Page(s) 2022.04.28.489892
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.28.489892

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Auteurs: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Giuseppe Vicidomini, Dante Rotili, Mario Sabatelli, Serena Lattante, Irene Bozzoni
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.10.25.563954

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Auteurs: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.31.630574

4D Single-Particle Tracking with Asynchronous Read-Out SPAD-Array Detector

Auteurs: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.25.554867

Reconstructing the Image Scanning Microscopy Dataset: an Inverse Problem

Auteurs: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: arXiv, Numéro arXiv:2211.12510, 2022
Éditeur: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2211.12510

The BrightEyes-TTM: an Open-Source Time-Tagging Module for Single-Photon Microscopy

Auteurs: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Eleonora Perego, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanó, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Marco Crepaldi, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2021, Page(s) 2021.10.11.463950
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.10.11.463950

Content-enriched fluorescence lifetime fluctuation spectroscopy to study bio-molecular condensate formation

Auteurs: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: bioRxiv, 2023, Page(s) 2023.06.09.544221, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.09.544221

Non-peer reviewed articles (1)

Open-source tools enable accessible and advanced image scanning microscopy data analysis

Auteurs: Alessandro Zunino, Eli Slenders, Francesco Fersini, Andrea Bucci, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Publié dans: Nature Photonics, Numéro 17, 2023, Page(s) 457–458, ISSN 1749-4885
Éditeur: Nature Pub. Group
DOI: 10.1038/s41566-023-01216-x