Multi-Parameter Live-Cell Observation of Biomolecular Processes with Single-Photon Detector Array

Informazioni relative al progetto

BrightEyes

ID dell’accordo di sovvenzione: 818669

DOI

10.3030/818669

Progetto chiuso

Data della firma CE 4 Febbraio 2019

Data di avvio 1 Settembre 2019

Data di completamento 28 Febbraio 2025

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 861 250,00

Contributo UE

€ 1 861 250,00

Coordinato da

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA
Italy

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

The BrightEyes-TTM as an open-source time-tagging module for democratising single-photon microscopy

Autori: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Francesco Fersini, Martina Bruno, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanò, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Andrea Barberis, Marco Crepaldi, Eleonora Perego, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2022, Pagina/e 7406, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35064-0

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Autori: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Tiziana Santini, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Serena Lattante, Mario Sabatelli, Dante Rotili, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49416-5

4D Single-particle tracking with asynchronous read-out single-photon avalanche diode array detector

Autori: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50512-9

Cooled SPAD array detector for low light-dose fluorescence laser scanning microscopy

Autori: Eli Slenders, Eleonora Perego, Mauro Buttafava, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzynska-Mach, Federica Villa, Enrica Maria Petrini, Andrea Barberis, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Biophysical Report, Numero 1(2), 2021, Pagina/e 100025, ISSN 2667-0747
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.bpr.2021.100025

The role of RNA in the nanoscale organization of α-synuclein phase separation

Autori: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: NAR Molecular Medicine, Numero 2, 2025, ISSN 2976-856X
Editore: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/narmme/ugaf012

Compact and effective photon-resolved image scanning microscope

Autori: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Advanced Photonics, Numero 6(1), 2024, Pagina/e 016003, ISSN 2577-5421
Editore: SPIE and Chinese Laser Press
DOI: 10.1117/1.ap.6.1.016003

Single-photon microscopy to study biomolecular condensates

Autori: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 14, 2023, Pagina/e 8224, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43969-7

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of stress granules

Autori: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Angelo D’Angelo, Tiziana Santini, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 13269-13289, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae942

Reconstructing the image scanning microscopy dataset: an inverse problem

Autori: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Inverse Problem, Numero 39(6), 2023, Pagina/e 064004, ISSN 0266-5611
Editore: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6420/accdc5

Two-photon image-scanning microscopy with SPAD array and blind image reconstruction

Autori: Sami V. Koho, Eli Slenders, Giorgio Tortarolo, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Elena Tcarenkova, Marcel Ameloot, Paolo Bianchini, Colin J. R. Sheppard, Alberto Diaspro, Alberto Tosi, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Biomedical Optics Express, Numero 11/6, 2020, Pagina/e 2905, ISSN 2156-7085
Editore: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.374398

Confocal-based fluorescence fluctuation spectroscopy with a SPAD array detector

Autori: Eli Slenders, Marco Castello, Mauro Buttafava, Federica Villa, Alberto Tosi, Luca Lanzanò, Sami Valtteri Koho, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Light: Science & Applications, Numero 10/1, 2021, Pagina/e 31, ISSN 2047-7538
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41377-021-00475-z

ISM-FLUX: MINFLUX with an array detector

Autori: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Physical Review Research, Numero 5, 2023, ISSN 2643-1564
Editore: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevresearch.5.023033

Open-source 3D active sample stabilization for fluorescence microscopy

Autori: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Pubblicato in: Biophysical Reports, Numero 5, 2025, Pagina/e 100208, ISSN 2667-0747
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bpr.2025.100208

Image scanning microscopy reconstruction by autocorrelation inversion

Autori: Daniele Ancora, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini, Alvaro H Crevenna
Pubblicato in: Journal of Physics: Photonics, Numero 6, 2024, Pagina/e 045003, ISSN 2515-7647
Editore: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2515-7647/ad68dd

BrightEyes-MCS: a control software for multichannelscanning microscopy

Autori: Mattia Donato, Eli Slenders, Alessandro Zunino, Luca Bega, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Journal of Open Source Software, Numero 9, 2024, Pagina/e 7125, ISSN 2475-9066
Editore: The Open Journal
DOI: 10.21105/joss.07125

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Autori: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Alberto Diaspro, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Biomedical Optics Express, Numero 16, 2025, Pagina/e 2135, ISSN 2156-7085
Editore: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.559899

SPAD-based asynchronous-readout array detectors for image-scanning microscopy

Autori: Mauro Buttafava, Federica Villa, Marco Castello, Giorgio Tortarolo, Enrico Conca, Mirko Sanzaro, Simonluca Piazza, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Franco Zappa, Giuseppe Vicidomini, Alberto Tosi
Pubblicato in: Optica, Numero 7/7, 2020, Pagina/e 755, ISSN 2334-2536
Editore: The Optical Society
DOI: 10.1364/optica.391726

Focus image scanning microscopy for sharp and gentle super-resolved microscopy

Autori: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J. R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 13, 2022, Pagina/e 7723, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35333-y

Other (14)

ALS-associated FUS mutation reshapes the RNA and protein composition of Stress Granules

Autori: Davide Mariani, Adriano Setti, Francesco Castagnetti, Erika Vitiello, Lorenzo Stufera Mecarelli, Gaia di Timoteo, Andrea Giuliani, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Nara Liessi, Andrea Armirotti, Giuseppe Vicidomini, Irene Bozzoni
Pubblicato in: bioRxiv, 2023
Editore: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.09.11.557245

ISM-FLUX: single-step MINFLUX with an array detector

Autori: Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2022, Pagina/e 2022.04.19.488747
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.19.488747

Structured Detection for Simultaneous Super-Resolution and Optical Sectioning in Laser Scanning Microscopy

Autori: Alessandro Zunino, Giacomo Garrè, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: arXiv, 2024
Editore: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2406.12542

Array Detection Enables Large Localization Range for Simple and Robust MINFLUX

Autori: Eli Slenders, Sanket Patil, Marcus Oliver Held, Alessandro Zunino, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.07.08.602588

Open-Source 3<i>D</i>Active Sample Stabilization for Fluorescence Microscopy

Autori: Sanket Patil, Giuseppe Vicidomini, Eli Slenders
Pubblicato in: bioRxiv, 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.01.10.631718

A Compact and Effective Photon-Resolved Image Scanning Microscope

Autori: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Simonluca Piazza, Mattia Donato, Sabrina Zappone, Agnieszka Pierzyńska-Mach, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2023
Editore: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.07.28.549477

The role of RNA in the nanoscale organization of alpha-synuclein phase separation

Autori: Sabrina Zappone, Eleonora Perego, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Eli Slenders, Gian Gaetano Tartaglia, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2024
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.09.03.610813

Focus-ISM for Sharp and Gentle Super-Resolved Microscopy

Autori: Giorgio Tortarolo, Alessandro Zunino, Francesco Fersini, Marco Castello, Simonluca Piazza, Colin J.R. Sheppard, Paolo Bianchini, Alberto Diaspro, Sami Koho, and Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2022, Pagina/e 2022.04.28.489892
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.28.489892

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Autori: Gaia Di Timoteo, Andrea Giuliani, Adriano Setti, Martina C. Biagi, Michela Lisi, Alessia Grandioso, Davide Mariani, Francesco Castagnetti, Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Giuseppe Vicidomini, Dante Rotili, Mario Sabatelli, Serena Lattante, Irene Bozzoni
Pubblicato in: bioRxiv, 2023
Editore: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.10.25.563954

Wavefront estimation through structured detection in laser scanning microscopy

Autori: Francesco Fersini, Alessandro Zunino, Pietro Morerio, Francesca Baldini, Martin J. Booth, Alessio Del Bue, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2025
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.12.31.630574

4D Single-Particle Tracking with Asynchronous Read-Out SPAD-Array Detector

Autori: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2023
Editore: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.08.25.554867

Reconstructing the Image Scanning Microscopy Dataset: an Inverse Problem

Autori: Alessandro Zunino, Marco Castello, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: arXiv, Numero arXiv:2211.12510, 2022
Editore: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2211.12510

The BrightEyes-TTM: an Open-Source Time-Tagging Module for Single-Photon Microscopy

Autori: Alessandro Rossetta, Eli Slenders, Mattia Donato, Eleonora Perego, Francesco Diotalevi, Luca Lanzanó, Sami Koho, Giorgio Tortarolo, Marco Crepaldi, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2021, Pagina/e 2021.10.11.463950
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.10.11.463950

Content-enriched fluorescence lifetime fluctuation spectroscopy to study bio-molecular condensate formation

Autori: Eleonora Perego, Sabrina Zappone, Francesco Castagnetti, Davide Mariani, Erika Vitiello, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Gian Gaetano Tartaglia, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: bioRxiv, 2023, Pagina/e 2023.06.09.544221, ISSN 2692-8205
Editore: Cold Spring Harbour Laboratory
DOI: 10.1101/2023.06.09.544221

Non-peer reviewed articles (1)

Open-source tools enable accessible and advanced image scanning microscopy data analysis

Autori: Alessandro Zunino, Eli Slenders, Francesco Fersini, Andrea Bucci, Mattia Donato, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Photonics, Numero 17, 2023, Pagina/e 457–458, ISSN 1749-4885
Editore: Nature Pub. Group
DOI: 10.1038/s41566-023-01216-x