Imaging Biomolecular Self-Assembly with a Molecular Photonic Scale

Informations projet

PHOTOMASS

N° de convention de subvention: 819593

DOI

10.3030/819593

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Janvier 2019

Date de début 1 Juin 2019

Date de fin 30 Novembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 574,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 574,00

Coordonné par

THE CHANCELLOR, MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF OXFORD
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (31)

Effect of temperature and nucleotide on the binding of <scp>BiP</scp> chaperone to a protein substrate

Auteurs: Maira Rivera; Francesca Burgos‐Bravo; Felipe Engelberger; Roi Asor; Miguel I. A. Lagos‐Espinoza; Maximiliano Figueroa; Philipp Kukura; César A. Ramírez‐Sarmiento; Mauricio Baez; Steven B. Smith; Christian A. M. Wilson
Publié dans: Protein Science, Numéro 32(7), 2023, Page(s) e4706, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.4706

Single molecule mass photometry of nucleic acids

Auteurs: Yiwen Li, Weston B Struwe, Philipp Kukura
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/17, 2020, Page(s) e97-e97, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa632

Lipids mediate supramolecular outer membrane protein assembly in bacteria

Auteurs: Melissa N. Webby; Abraham O. Oluwole; Conrado Pedebos; Patrick G. Inns; Anna Olerinyova; Dheeraj Prakaash; Nicholas G. Housden; Georgina Benn; Dawei Sun; Bart W. Hoogenboom; Philipp Kukura; Shabaz Mohammed; Carol V. Robinson; Syma Khalid; Colin Kleanthous
Publié dans: Crossref, Numéro 3, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.adc9566

Direct observation of the molecular mechanism underlying protein polymerization

Auteurs: Hundt, Nikolas; Cole, Daniel; Hantke, Max F; Miller, Jack J; Struwe, Weston B; Kukura, Philipp
Publié dans: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abm7935

Assembly principles of the human R2TP chaperone complex reveal the presence of R2T and R2P complexes

Auteurs: Seraphim TV, Nano N, Cheung YWS, Aluksanasuwan S, Colleti C, Mao Y-Q, Bhandari V, Young G, Höll L, Phanse S, Gordiyenko Y, Southworth DR, Robinson CV, Thongboonkerd V, Gava LM, Borges JC, Babu M, Barbosa LRS, Ramos CHI, Kukura P, Houry WA
Publié dans: Structure, Numéro 30, 2021, Page(s) 1-16, ISSN 1878-4186
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.str.2021.08.002

Characterization of membrane protein interactions by peptidisc-mediated mass photometry

Auteurs: John William Young, Emanuel Pfitzner, Raman van Wee, Carla Kirschbaum, Philipp Kukura, Carol V. Robinson
Publié dans: IScience, 2024, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2024.108785

Long-range ballistic propagation of carriers in methylammonium lead iodide perovskite thin films

Auteurs: Sung J, Schnedermann C, Ni L, Sadhanala A, Chen RYS, Cho C, Priest L, Lim JM, Kim HK, Monserrat B, Kukura P, Rao A
Publié dans: Nature Physics, Numéro 16, 2019, Page(s) 171-176, ISSN 1745-2473
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41567-019-0730-2

Myosin-5 varies its step length to carry cargo straight along the irregular F-actin track

Auteurs: Adam Fineberg; Yasuharu Takagi; Kavitha Thirumurugan; Joanna Andrecka; Neil Billington; Gavin Young; Daniel Cole; Stan A. Burgess; Alistair P. Curd; John A. Hammer; James R. Sellers; Philipp Kukura; Peter J. Knight
Publié dans: PNAS, Numéro 121 (13), 2024, Page(s) e2401625121, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2401625121

Micromirror total internal reflection microscopy for high-performance single particle tracking at interfaces

Auteurs: Meng, Xuanhui; Sonn-Segev, Adar; Schumacher, Anne; Cole, Daniel; Young, Gavin; Thorpe, Stephen; Style, Robert W.; Dufresne, Eric R.; Kukura, Philipp
Publié dans: ACSPhotonics, Numéro 8 10, 2021, Page(s) 3111-3118, ISSN 2330-4022
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsphotonics.1c01268

Quantifying Protein–Protein Interactions by Molecular Counting with Mass Photometry

Auteurs: Fabian Soltermann, Eric D. B. Foley, Veronica Pagnoni, Martin Galpin, Justin L. P. Benesch, Philipp Kukura, Weston B. Struwe
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 59/27, 2020, Page(s) 10774-10779, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202001578

The dynamic nature of netrin-1 and the structural basis for glycosaminoglycan fragment-induced filament formation

Auteurs: Markus Meier; Monika Gupta; Serife Akgül; Matthew McDougall; Thomas Imhof; Denise Nikodemus; Raphael Reuten; Aniel Moya-Torres; Vu To; Fraser Ferens; Fabian Heide; Gay Pauline Padilla-Meier; Philipp Kukura; Wenming Huang; Birgit Gerisch; Matthias Mörgelin; Kate Poole; Adam Antebi; Manuel Koch; Jörg Stetefeld
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36692-w

Coupled Metabolic Cycles Allow Out‐of‐Equilibrium Autopoietic Vesicle Replication

Auteurs: Anthonius H. J. Engwerda; Josh Southworth; Maria A. Lebedeva; Robert J. H. Scanes; Philipp Kukura; Stephen P. Fletcher
Publié dans: Angewandte Chemie (International Ed. in English), Numéro 2, 2020, ISSN 1521-3773
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/anie.202007302

Characterising biomolecular interactions and dynamics with mass photometry

Auteurs: Asor, R; Kukura, P
Publié dans: Crossref, Numéro 2, 2022, Page(s) 102132, ISSN 1367-5931
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2022.102132

Lifting the Concentration Limit of Mass Photometry by PEG Nanopatterning

Auteurs: Jiří Kratochvíl, Roi Asor, Seham Helmi, Weston B. Struwe, Philipp Kukura
Publié dans: Nano Letters, Numéro 24, 2024, Page(s) 10032-10039, ISSN 1530-6984
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.nanolett.4c01667

Myosin II filament dynamics in action networks revealed with interferometric scattering microscopy

Auteurs: Mosby LS, Hundt N, Young G, Fineberg A, Polin M, Mayor S, Kukura P, Koester DV
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 118 (8), 2020, Page(s) 1946-1957, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2020.02.025

A quantitative description for optical mass measurement of single biomolecules

Auteurs: Jan Becker; Jack S. Peters; Ivor Crooks; Seham Helmi; Marie Synakewicz; Benjamin Schuler; Philipp Kukura
Publié dans: ACS Photonics, Numéro 10 (8), 2023, Page(s) 2699-2710, ISSN 2330-4022
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsphotonics.3c00422

Enhanced Interferometric Imaging by Rotating Coherent Scattering Microscopy

Auteurs: Kishwar Iqbal, Jan Christoph Thiele, Emanuel Pfitzner, Philipp Kukura
Publié dans: ACS Photonics, 2025, ISSN 2330-4022
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsphotonics.5c00123

Mass Photometry of Membrane Proteins

Auteurs: Anna Olerinyova; Adar Sonn-Segev; Joseph Gault; Cédric Eichmann; Johannes Schimpf; Adrian H. Kopf; Lucas S.P. Rudden; Dzmitry Ashkinadze; Radoslaw Bomba; Jason Greenwald; Matteo T. Degiacomi; J. Antoinette Killian; Thorsten Friedrich; Roland Riek; Weston B. Struwe; Philipp Kukura
Publié dans: Chem, Numéro Volume 7, issue 1, 2020, Page(s) 224-236, ISSN 1097-4172
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1101/2020.02.28.969287

Single molecule mass photometry reveals the dynamic oligomerization of human and plant peroxiredoxins

Auteurs: Michael Liebthal, Manish Singh Kushwah, Philipp Kukura, Karl-Josef Dietz
Publié dans: iScience, Numéro 19.11.2021, 2021, Page(s) 103258, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2021.103258

Roadmap on Label-Free Super-Resolution Imaging

Auteurs: Vasily N. Astratov,* Yair Ben Sahel, Yonina C. Eldar, Luzhe Huang, Aydogan Ozcan,Nikolay Zheludev, Junxiang Zhao, Zachary Burns, Zhaowei Liu, Evgenii Narimanov,Neha Goswami, Gabriel Popescu, Emanuel Pfitzner, Philipp Kukura, Yi-Teng Hsiao,Chia-Lung Hsieh, Brian Abbey, Alberto Diaspro, Aymeric LeGratiet, Paolo Bianchini,Natan T. Shaked, Bertrand Simon, Nicolas Verrier, Matthieu Debailleul, Olivier
Publié dans: Laser & Photonics Review, Numéro Volume 17, Numéro 12, 2023, ISSN 1863-8880
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/lpor.202200029

Single-protein optical holography

Auteurs: Jan Christoph Thiele, Emanuel Pfitzner, Philipp Kukura
Publié dans: Nature Photonics, Numéro 18, 2024, Page(s) 388-395, ISSN 1749-4885
Éditeur: Nature Pub. Group
DOI: 10.1038/s41566-024-01405-2

Emergence and Rearrangement of Dynamic Supramolecular Aggregates Visualized by Interferometric Scattering Microscopy.

Auteurs: Maria A. Lebedeva; Elena Palmieri; Philipp Kukura; Stephen P. Fletcher
Publié dans: ACS Nanao, Numéro 5, 2020, Page(s) 11160-11168, ISSN 1936-086X
Éditeur: ACSPublications
DOI: 10.1021/acsnano.0c02414

Ultrafast Tracking of Exciton and Charge Carrier Transport in Optoelectronic Materials on the Nanometer Scale

Auteurs: Schnedermann C, Sung J, Pandya R, Verma SD, Chen RYS, Gauriot N, Bretscher H, Kukura P, Rao A
Publié dans: Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 10 21, 2019, Page(s) 7627-6733, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b02437

The linear ubiquitin chain assembly complex (LUBAC) generates heterotypic ubiquitin chains

Auteurs: Alan Rodriguez Carvajal, Irina Grishkovskaya, Carlos Gomez Diaz, Antonia Vogel, Adar Sonn-Segev, Manish S Kushwah, Katrin Schodl, Luiza Deszcz, Zsuzsanna Orban-Nemeth, Shinji Sakamoto, Karl Mechtler, Philipp Kukura, Tim Clausen, David Haselbach, Fumiyo Ikeda
Publié dans: eLife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60660

McsB forms a gated kinase chamber to mark aberrant bacterial proteins for degradation

Auteurs: Bence Hajdusits, Marcin J Suskiewicz, Nikolas Hundt, Anton Meinhart, Robert Kurzbauer, Julia Leodolter, Philipp Kukura, Tim Clausen
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63505

Sensing force and charge at the nanoscale with a single-molecule tether

Auteurs: Xuanhui Meng, Philipp Kukura, Sanli Faez
Publié dans: Nanoscale, Numéro 13/29, 2021, Page(s) 12687-12696, ISSN 2040-3364
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1nr01970h

Mass photometry enables label-free tracking and mass measurement of single proteins on lipid bilayers

Auteurs: Foley EDB, Kushwah MS, Young G, Kukura P
Publié dans: Nature methods, Numéro 18, 2021, Page(s) 1247-1252, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01261-w

Quantifying the Monomer–Dimer Equilibrium of Tubulin with Mass Photometry

Auteurs: Adam Fineberg; Thomas Surrey; Philipp Kukura
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 432 23, 2020, Page(s) 6168-6172, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.10.013

Label-free methods for optical in vitro characterization of protein–protein interactions

Auteurs: Fabian Soltermann, Weston B. Struwe, Philipp Kukura
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 23/31, 2021, Page(s) 16488-16500, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp01072g

Oligomerization-driven avidity correlates with SARS-CoV-2 cellular binding and inhibition

Auteurs: Roi Asor, Anna Olerinyova, Sean A Burnap, Manish S Kushwah, Fabian Soltermann, Lucas S P Rudden, Mario Hensen, Snežana Vasiljevic, Juliane Brun, Michelle Hill, Liu Chang, Wanwisa Dejnirattisai, Piyada Supasa, Juthathip Mongkolsapaya, Daming Zhou, David I Stuart, Gavin R Screaton, Matteo T Degiacomi, Nicole Zitzmann, Justin L P Benesch, Weston B Struwe, Philipp Kukura
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 1091-6490
Éditeur: PNAS
DOI: 10.1073/pnas.2403260121

Scattering-based Light Microscopy: From Metal Nanoparticles to Single Proteins

Auteurs: Lee Priest, Jack S. Peters, Philipp Kukura
Publié dans: Chemical Reviews, Numéro 121/19, 2021, Page(s) 11937-11970, ISSN 0009-2665
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.1c00271