Integrating a novel layer of synthetic biology tools in Pseudomonas, inspired by bacterial viruses

Informations projet

BIONICbacteria

N° de convention de subvention: 819800

DOI

10.3030/819800

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Mars 2019

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 998 750,00

Contribution de l’UE

€ 1 998 750,00

Coordonné par

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

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Publications

Peer reviewed articles (22)

Phage proteins target and co-opt host ribosomes immediately upon infection

Auteurs: Milan Gerovac, Kotaro Chihara, Laura Wicke, Bettina Böttcher, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 9(3), 2024, Page(s) 787-800, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41564-024-01616-x

Refining the transcriptional landscapes for distinct clades of virulent phages infecting Pseudomonas aeruginosa

Auteurs: Leena Putzeys, Laura Wicke, Maarten Boon, Vera van Noort, Jörg Vogel, Rob Lavigne
Publié dans: microLife, Numéro 5, 2024, Page(s) uqae002, ISSN 2633-6693
Éditeur: Oxford: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsml/uqae002

Impact of phage predation on <i>P. aeruginosa</i> adhered to human airway epithelium: major transcriptomic changes in metabolism and virulence-associated genes

Auteurs: Ana C. Brandão; Leena Putzeys; Diana P. Pires; Marleen Voet; Jan Paeshuyse; Joana Azeredo; Rob Lavigne
Publié dans: RNA Biology, Numéro Vol 20, Iss 1, 2023, Page(s) 235-247, ISSN 1555-8584
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/15476286.2023.2216065

Tail-tape-fused virion and non-virion RNA polymerases of a thermophilic virus with an extremely long tail

Auteurs: Anastasiia Chaban; Leonid Minakhin; Ekaterina Goldobina; Brain Bae; Yue Hao; Sergei Borukhov; Leena Putzeys; Maarten Boon; Florian Kabinger; Rob Lavigne; Kira S. Makarova; Eugene V. Koonin; Satish K. Nair; Shunsuke Tagami; Konstantin Severinov; Maria L. Sokolova
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, Page(s) 317, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44630-z

Exploring the transcriptional landscape of phage–host interactions using novel high-throughput approaches

Auteurs: Leena Putzeys; Laura Wicke; Ana Brandão; Maarten Boon; Diana P Pires; Joana Azeredo; Jörg Vogel; Rob Lavigne; Milan Gerovac
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 77, 2024, Page(s) 102419, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2023.102419

Sourcing Phage-Encoded Terminators Using ONT-cappable-seq for SynBio Applications in <i>Pseudomonas</i>

Auteurs: Eveline-Marie Lammens; Leena Putzeys; Maarten Boon; Rob Lavigne
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 12(5), 2023, Page(s) 1415-1423, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00101

SEVAtile: a standardised DNA assembly method optimised for Pseudomonas.

Auteurs: Eveline-Marie Lammens; M. Boon; Dennis Grimon; Yves Briers; Rob Lavigne
Publié dans: Microbial biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Éditeur: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/1751-7915.13922

A SEVA-based, CRISPR-Cas3-assisted genome engineering approach for Pseudomonas with efficient vector curing

Auteurs: Eveline-Marie Lammens, Daniel Christophe Volke, Kaat Schroven, Marleen Voet, Alison Kerremans, Rob Lavigne, Hanne Hendrix
Publié dans: Microbiology Spectrum, Numéro 11(6), 2023, Page(s) e02707-23, ISSN 2165-0497
Éditeur: Washington DC: ASM Press
DOI: 10.1128/spectrum.02707-23

Exploring the synthetic biology potential of bacteriophages for engineering non-model bacteria

Auteurs: Eveline-Marie Lammens, Pablo Ivan Nikel, Rob Lavigne
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19124-x

The phage-encoded PIT4 protein affects multiple two-component systems of Pseudomonas aeruginosa

Auteurs: Kaat Schroven, Leena Putzeys, Alison Kerremans, Pieter-Jan Ceyssens, Marta Vallino, Jan Paeshuyse, Farhana Haque, Ahmed Yusuf, Matthias D Koch, Rob Lavigne
Publié dans: Microbiology Spectrum, Numéro 12;11(6), 2023, Page(s) e0237223, ISSN 2165-0497
Éditeur: Washington DC: ASM Press
DOI: 10.1128/spectrum.02372-23

Development of ONT-cappable-seq to unravel the transcriptional landscape of Pseudomonas phages

Auteurs: Leena Putzeys; Maarten Boon; Eveline-Marie Lammens; Konstantin Kuznedelov; Konstantin Severinov; Rob Lavigne
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 20010370, 2022, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.05.034

Transcriptomics-Driven Characterization of LUZ100, a T7-like Pseudomonas Phage with Temperate Features

Auteurs: Leena Putzeys; Jorien Poppeliers; Maarten Boon; Cédric Lood; Marta Vallino; Rob Lavigne
Publié dans: mSystems, Numéro Vol. 8 No. 2, 2023, Page(s) e01189-22, ISSN 2379-5077
Éditeur: Washington DC: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.01189-22

SAPPHIRE: a neural network based classifier for σ70 promoter prediction in Pseudomonas

Auteurs: Lucas Coppens, Rob Lavigne
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03730-z

‘Drc’, a structurally novel ssDNA-binding transcriptionregulator of N4-related bacterial viruses

Auteurs: Maarten Boon, Elke De Zitter, Jeroen De Smet, Jeroen Wagemans, Marleen Voet, Lisa Friederike Pennemann, Thomas Schalk, Konstantin Kuznedelov, Konstantin Severinov, Luc Van Meervelt, Marc De Maeyer, Rob Lavigne
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/1, 2020, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1048

SAPPHIRE.CNN: Implementation of dRNA-seq-driven, species-specific promoter prediction using convolutional neural networks

Auteurs: Lucas Coppens; Laura Wicke; Rob Lavigne
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 20010370, 2022, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.09.006

The phage-encoded protein PIT2 impacts Pseudomonas aeruginosa quorum sensing by direct interaction with LasR

Auteurs: Kaat Schroven, Leena Putzeys, Anne-Laure Swinnen, Hanne Hendrix, Jan Paeshuyse, Rob Lavigne
Publié dans: iScience, Numéro 26(10), 2023, Page(s) 107745, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107745

Introducing differential RNA-seq mapping to track the early infection phase for Pseudomonas phage ɸKZ

Auteurs: Laura Wicke, Falk Ponath, Lucas Coppens, Milan Gerovac, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Publié dans: RNA Biology, 2020, ISSN 1547-6286
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2020.1827785

A Grad-seq View of RNA and Protein Complexes in Pseudomonas aeruginosa under Standard and Bacteriophage Predation Conditions

Auteurs: Milan Gerovac, Laura Wicke, Kotaro Chihara, Cornelius Schneider, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Publié dans: mBio, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2150-7511
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03454-20

Bacteriophages as drivers of bacterial virulence and their potential for biotechnological exploitation

Auteurs: Kaat Schroven, Abram Aertsen, Rob Lavigne
Publié dans: FEMS Microbiology Reviews, Numéro 45/1, 2020, ISSN 1574-6976
Éditeur: FEMS microbiology reviews
DOI: 10.1093/femsre/fuaa041

Assessing the Orthogonality of Phage-Encoded RNA Polymerases for Tailored Synthetic Biology Applications in Pseudomonas Species

Auteurs: Eveline-Marie Lammens; Nathalie Feyaerts; Alison Kerremans; Maarten Boon; Rob Lavigne
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro Volume 24; Numéro 8, 2023, Page(s) 7175, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24087175

Deconstructing the Phage–Bacterial Biofilm Interaction as a Basis to Establish New Antibiofilm Strategies

Auteurs: Annegrete Visnapuu; Marie Van der Gucht; Jeroen Wagemans; Rob Lavigne
Publié dans: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14051057

Differential transcription profiling of the phage LUZ19 infection process in different growth media

Auteurs: Ana Brandão, Diana P. Pires, Lucas Coppens, Marleen Voet, Rob Lavigne, Joana Azeredo
Publié dans: RNA Biology, 2021, Page(s) 1-13, ISSN 1547-6286
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2020.1870844

Book chapters (2)

Obtaining Detailed Phage Transcriptomes Using ONT-Cappable-Seq

Auteurs: Leena Putzeys, Danish Intizar, Rob Lavigne, Maarten Boon
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Phage Engineering and Analysis, Numéro vol 2793, 2024, Page(s) 207-235
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3798-2_14

Targeted Genome Editing of Virulent Pseudomonas Phages Using CRISPR-Cas3

Auteurs: Kaat Schroven, Marleen Voet, Rob Lavigne, Hanne Hendrix
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Phage Engineering and Analysis, Numéro Vol 2793, 2024, Page(s) 113-128
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3798-2_8