Integrating a novel layer of synthetic biology tools in Pseudomonas, inspired by bacterial viruses

Projektinformationen

BIONICbacteria

ID Finanzhilfevereinbarung: 819800

DOI

10.3030/819800

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 März 2019

Startdatum 1 September 2019

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 998 750,00

EU-Beitrag

€ 1 998 750,00

Koordiniert durch

KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN
Belgium

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (22)

Phage proteins target and co-opt host ribosomes immediately upon infection

Autoren: Milan Gerovac, Kotaro Chihara, Laura Wicke, Bettina Böttcher, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 9(3), 2024, Seite(n) 787-800, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41564-024-01616-x

Refining the transcriptional landscapes for distinct clades of virulent phages infecting Pseudomonas aeruginosa

Autoren: Leena Putzeys, Laura Wicke, Maarten Boon, Vera van Noort, Jörg Vogel, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: microLife, Ausgabe 5, 2024, Seite(n) uqae002, ISSN 2633-6693
Herausgeber: Oxford: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsml/uqae002

Impact of phage predation on <i>P. aeruginosa</i> adhered to human airway epithelium: major transcriptomic changes in metabolism and virulence-associated genes

Autoren: Ana C. Brandão; Leena Putzeys; Diana P. Pires; Marleen Voet; Jan Paeshuyse; Joana Azeredo; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: RNA Biology, Ausgabe Vol 20, Iss 1, 2023, Seite(n) 235-247, ISSN 1555-8584
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1080/15476286.2023.2216065

Tail-tape-fused virion and non-virion RNA polymerases of a thermophilic virus with an extremely long tail

Autoren: Anastasiia Chaban; Leonid Minakhin; Ekaterina Goldobina; Brain Bae; Yue Hao; Sergei Borukhov; Leena Putzeys; Maarten Boon; Florian Kabinger; Rob Lavigne; Kira S. Makarova; Eugene V. Koonin; Satish K. Nair; Shunsuke Tagami; Konstantin Severinov; Maria L. Sokolova
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, Seite(n) 317, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44630-z

Exploring the transcriptional landscape of phage–host interactions using novel high-throughput approaches

Autoren: Leena Putzeys; Laura Wicke; Ana Brandão; Maarten Boon; Diana P Pires; Joana Azeredo; Jörg Vogel; Rob Lavigne; Milan Gerovac
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe 77, 2024, Seite(n) 102419, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2023.102419

Sourcing Phage-Encoded Terminators Using ONT-cappable-seq for SynBio Applications in <i>Pseudomonas</i>

Autoren: Eveline-Marie Lammens; Leena Putzeys; Maarten Boon; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 12(5), 2023, Seite(n) 1415-1423, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.3c00101

SEVAtile: a standardised DNA assembly method optimised for Pseudomonas.

Autoren: Eveline-Marie Lammens; M. Boon; Dennis Grimon; Yves Briers; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Microbial biotechnology, 2021, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Society for Applied Microbiology and John Wiley & Sons Ltd
DOI: 10.1111/1751-7915.13922

A SEVA-based, CRISPR-Cas3-assisted genome engineering approach for Pseudomonas with efficient vector curing

Autoren: Eveline-Marie Lammens, Daniel Christophe Volke, Kaat Schroven, Marleen Voet, Alison Kerremans, Rob Lavigne, Hanne Hendrix
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, Ausgabe 11(6), 2023, Seite(n) e02707-23, ISSN 2165-0497
Herausgeber: Washington DC: ASM Press
DOI: 10.1128/spectrum.02707-23

Exploring the synthetic biology potential of bacteriophages for engineering non-model bacteria

Autoren: Eveline-Marie Lammens, Pablo Ivan Nikel, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19124-x

The phage-encoded PIT4 protein affects multiple two-component systems of Pseudomonas aeruginosa

Autoren: Kaat Schroven, Leena Putzeys, Alison Kerremans, Pieter-Jan Ceyssens, Marta Vallino, Jan Paeshuyse, Farhana Haque, Ahmed Yusuf, Matthias D Koch, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Microbiology Spectrum, Ausgabe 12;11(6), 2023, Seite(n) e0237223, ISSN 2165-0497
Herausgeber: Washington DC: ASM Press
DOI: 10.1128/spectrum.02372-23

Development of ONT-cappable-seq to unravel the transcriptional landscape of Pseudomonas phages

Autoren: Leena Putzeys; Maarten Boon; Eveline-Marie Lammens; Konstantin Kuznedelov; Konstantin Severinov; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 20010370, 2022, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.05.034

Transcriptomics-Driven Characterization of LUZ100, a T7-like Pseudomonas Phage with Temperate Features

Autoren: Leena Putzeys; Jorien Poppeliers; Maarten Boon; Cédric Lood; Marta Vallino; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: mSystems, Ausgabe Vol. 8 No. 2, 2023, Seite(n) e01189-22, ISSN 2379-5077
Herausgeber: Washington DC: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.01189-22

SAPPHIRE: a neural network based classifier for σ70 promoter prediction in Pseudomonas

Autoren: Lucas Coppens, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 21/1, 2020, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03730-z

‘Drc’, a structurally novel ssDNA-binding transcriptionregulator of N4-related bacterial viruses

Autoren: Maarten Boon, Elke De Zitter, Jeroen De Smet, Jeroen Wagemans, Marleen Voet, Lisa Friederike Pennemann, Thomas Schalk, Konstantin Kuznedelov, Konstantin Severinov, Luc Van Meervelt, Marc De Maeyer, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/1, 2020, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1048

SAPPHIRE.CNN: Implementation of dRNA-seq-driven, species-specific promoter prediction using convolutional neural networks

Autoren: Lucas Coppens; Laura Wicke; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 20010370, 2022, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2022.09.006

The phage-encoded protein PIT2 impacts Pseudomonas aeruginosa quorum sensing by direct interaction with LasR

Autoren: Kaat Schroven, Leena Putzeys, Anne-Laure Swinnen, Hanne Hendrix, Jan Paeshuyse, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26(10), 2023, Seite(n) 107745, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2023.107745

Introducing differential RNA-seq mapping to track the early infection phase for Pseudomonas phage ɸKZ

Autoren: Laura Wicke, Falk Ponath, Lucas Coppens, Milan Gerovac, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Veröffentlicht in: RNA Biology, 2020, ISSN 1547-6286
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2020.1827785

A Grad-seq View of RNA and Protein Complexes in Pseudomonas aeruginosa under Standard and Bacteriophage Predation Conditions

Autoren: Milan Gerovac, Laura Wicke, Kotaro Chihara, Cornelius Schneider, Rob Lavigne, Jörg Vogel
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.03454-20

Bacteriophages as drivers of bacterial virulence and their potential for biotechnological exploitation

Autoren: Kaat Schroven, Abram Aertsen, Rob Lavigne
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, Ausgabe 45/1, 2020, ISSN 1574-6976
Herausgeber: FEMS microbiology reviews
DOI: 10.1093/femsre/fuaa041

Assessing the Orthogonality of Phage-Encoded RNA Polymerases for Tailored Synthetic Biology Applications in Pseudomonas Species

Autoren: Eveline-Marie Lammens; Nathalie Feyaerts; Alison Kerremans; Maarten Boon; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe Volume 24; Ausgabe 8, 2023, Seite(n) 7175, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24087175

Deconstructing the Phage–Bacterial Biofilm Interaction as a Basis to Establish New Antibiofilm Strategies

Autoren: Annegrete Visnapuu; Marie Van der Gucht; Jeroen Wagemans; Rob Lavigne
Veröffentlicht in: Viruses, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14051057

Differential transcription profiling of the phage LUZ19 infection process in different growth media

Autoren: Ana Brandão, Diana P. Pires, Lucas Coppens, Marleen Voet, Rob Lavigne, Joana Azeredo
Veröffentlicht in: RNA Biology, 2021, Seite(n) 1-13, ISSN 1547-6286
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15476286.2020.1870844

Book chapters (2)

Obtaining Detailed Phage Transcriptomes Using ONT-Cappable-Seq

Autoren: Leena Putzeys, Danish Intizar, Rob Lavigne, Maarten Boon
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Phage Engineering and Analysis, Ausgabe vol 2793, 2024, Seite(n) 207-235
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3798-2_14

Targeted Genome Editing of Virulent Pseudomonas Phages Using CRISPR-Cas3

Autoren: Kaat Schroven, Marleen Voet, Rob Lavigne, Hanne Hendrix
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Phage Engineering and Analysis, Ausgabe Vol 2793, 2024, Seite(n) 113-128
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3798-2_8