Skip to main content
Vai all'homepage della Commissione europea (si apre in una nuova finestra)
italiano italiano
CORDIS - Risultati della ricerca dell’UE
CORDIS

European Proteomics Infrastructure Consortium providing Access

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Risultati finali

Delivery of 375 days of access at UCPH (si apre in una nuova finestra)
Report on the availability of cloud-based data analysis pipelines based on software developed in the project (si apre in una nuova finestra)

Report on the availability of cloudbased data analysis pipelines based on software developed in the project

Report on the organization of training workshops (si apre in una nuova finestra)
Second progress report (si apre in una nuova finestra)
Report 2 on Coordination activities with ELIXIR (si apre in una nuova finestra)
Lightweight NDA between industrial platform and EPIC-XS (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 133 days of access at KTH (si apre in una nuova finestra)
Status report 3 on publication performance resulting from TA (si apre in una nuova finestra)
Disseminate the clinical phosphoproteomics and histone PTM analysis technology within and outside EPIC-XS (si apre in una nuova finestra)

Disseminate the clinical phosphoproteomics and histone PTM analysis technology within and outside EPICXS

Delivery of 180 days of access at IP (si apre in una nuova finestra)
Integrated structural characterization of target protein systems in vitro and in situ (si apre in una nuova finestra)
Report on rigorous quality control approaches and software for mass spectrometry proteomics data from clinical samples (si apre in una nuova finestra)
Report on the interaction with industrial parties (si apre in una nuova finestra)
Status report on publication performance resulting from TA (si apre in una nuova finestra)
Report on the transfer of methods to study proteome organization and structural and spatial proteomics to the EPIC-XS access sites (si apre in una nuova finestra)

Report on the transfer of methods to study proteome organization and structural and spatial proteomics to the EPICXS access sites

Delivery of 362 days of access at UU (si apre in una nuova finestra)
Summary report on networking activities with industry (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 175 days of access at CRG (si apre in una nuova finestra)
Draft Engagement Plan (si apre in una nuova finestra)
Optimized protocol for the enrichment and large-scale analysis of currently uncharacterized protein modifications (si apre in una nuova finestra)

Optimized protocol for the enrichment and largescale analysis of currently uncharacterized protein modifications

Report on outreach activities (si apre in una nuova finestra)
Dynamic structural and spatial proteome maps in response to perturbations or disease (si apre in una nuova finestra)
Recruitment of a Project Manager (si apre in una nuova finestra)
Optimized protocol for high-sensitivity proteomics towards single cell analysis including loss-less sample preparation methods and LC-MS/MS acquisition parameters with proof-of-concept on FACS-sorted cell populations (si apre in una nuova finestra)

Optimized protocol for highsensitivity proteomics towards single cell analysis including lossless sample preparation methods and LCMSMS acquisition parameters with proofofconcept on FACSsorted cell populations

Disseminate developed robust and high-throughput plasma proteomics technology to hospitals and research groups (si apre in una nuova finestra)

Disseminate developed robust and highthroughput plasma proteomics technology to hospitals and research groups

Report on novel tools for the identification and quantification of cross-linked peptides (si apre in una nuova finestra)

Report on novel tools for the identification and quantification of crosslinked peptides

Report 2 on conferences and meetings with EPIC-XS representation (si apre in una nuova finestra)

Report on conferences and meetings with EPICXS representation

Report on the integration of proteome organization data with functional protein association data (si apre in una nuova finestra)
Foresight White Paper (si apre in una nuova finestra)
Report 2 on outreach activities (si apre in una nuova finestra)

Report on outreach activities

Disseminate optimized and standardized protocol for the proteomic analysis of EVs in clinically relevant samples. (si apre in una nuova finestra)

Disseminate optimized and standardized protocol for the proteomic analysis of EVs in clinically relevant samples

Management Guidelines (si apre in una nuova finestra)
Best practice DIA library-free and hybrid DIA workflows for comprehensive proteome analysis (si apre in una nuova finestra)

Best practice DIA libraryfree and hybrid DIA workflows for comprehensive proteome analysis

Optimized LiP-MS and HDX protocols with enhanced sensitivity and in cell application (si apre in una nuova finestra)
Report on the transfer of methods to study intact proteomes to the EPIC-XS access sites (si apre in una nuova finestra)

Report on the transfer of methods to study intact proteomes to the EPICXS access sites

Status report on TA project evaluations and TA delivery (si apre in una nuova finestra)
At least two articles for the general public (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 368 days of access at VIB (si apre in una nuova finestra)
First report on the higher order organization of the plasma proteome (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 109 days of access at CNIO (si apre in una nuova finestra)
Disseminate protocols for enrichment and analysis of tissue leakage proteins from blood plasma and cell surface exposed proteins (si apre in una nuova finestra)
Midterm summary report on networking activities (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 345 days of access at ETH (si apre in una nuova finestra)
Report on conferences and meetings with EPIC-XS representation (si apre in una nuova finestra)
Report on the transfer of methods to study clinical proteomes to the EPIC-XS access sites (si apre in una nuova finestra)

Report on the transfer of methods to study clinical proteomes to the EPICXS access sites

Status report 2 on publication performance resulting from TA (si apre in una nuova finestra)
Report on the organization of annual user meetings (si apre in una nuova finestra)
Status report 3 on TA project evaluations and TA delivery (si apre in una nuova finestra)
Standard protocol for intact protein analysis including sample preparation, LC-MS/MS and data analysis (si apre in una nuova finestra)

Standard protocol for intact protein analysis including sample preparation LCMSMS and data analysis

Report on Coordination activities with ELIXIR (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 140 days of access at TUM (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 22 access projects at IEO (si apre in una nuova finestra)
First progress report (si apre in una nuova finestra)
Report on novel algorithms for top-down proteomics data (si apre in una nuova finestra)

Report on novel algorithms for topdown proteomics data

Delivery of 40 days of access at MU (si apre in una nuova finestra)
Delivery of 80 days of access at IMIC (si apre in una nuova finestra)
Report on Machine Learning modules to predict fragmentation spectra for phosphorylated, ubiquitinylated and acylated peptides, and their implementation in performant DDA and DIA identification algorithms (si apre in una nuova finestra)

Report on Machine Learning modules to predict fragmentation spectra for phosphorylated ubiquitinylated and acylated peptides and their implementation in performant DDA and DIA identification algorithms

Final report (si apre in una nuova finestra)
Report on a novel fragmentation spectrum prediction algorithm for unmodified peptides, and its application in performant DDA and DIA identification algorithms (si apre in una nuova finestra)
Status report 2 on TA project evaluations and TA delivery (si apre in una nuova finestra)
Report on algorithms for the reliable, unbiased identification of modifications in proteomes (si apre in una nuova finestra)

Report on algorithms for the reliable unbiased identification of modifications in proteomes

Library of synthetic cross-linked peptides and optimized workflows for XL-MS (si apre in una nuova finestra)

Library of synthetic crosslinked peptides and optimized workflows for XLMS

Report on demands of the user community (si apre in una nuova finestra)
Protocols for cooperation with ESFRI BMS RIs (si apre in una nuova finestra)
Optimized protocols for the preparation and analysis of protein assemblies using hybrid approaches in link with JRA4 (si apre in una nuova finestra)

Pubblicazioni

Integrated transcriptome and proteome analysis reveals posttranscriptional regulation of ribosomal genes in human brain organoids (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sidhaye, Jaydeep; Trepte, Philipp; Sepke, Natalie; Novatchkova, Maria; Schutzbier, Michael; Duernberger, Gerhard; Mechtler, Karl; Knoblich, Juergen A.
Pubblicato in: eLife, Numero 12, 2023, Pagina/e e85135, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85135

DiagnoTop: A Computational Pipeline for Discriminating Bacterial Pathogens without Database Search (si apre in una nuova finestra)

Autori: Borges Lima D, Dupré M, Mariano Santos MD, Carvalho PC, Chamot-Rooke J.
Pubblicato in: J Am Soc Mass Spectrom, 2021, ISSN 1044-0305
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.1c00014

Implementing the reuse of public DIA proteomics datasets: from the PRIDE database to Expression Atlas. (si apre in una nuova finestra)

Autori: Walzer M, García-Seisdedos D, Prakash A, Brack P, Crowther P, Graham RL, George N, Mohammed S, Moreno P, Papatheodorou I, Hubbard SJ, Vizcaíno JA. 
Pubblicato in: Scientific data, 2022, ISSN 2052-4463
Editore: Nature Pub
DOI: 10.1038/s41597-022-01380-9

Label-free visual proteomics: Coupling MS- and EM-based approaches in structural biology (si apre in una nuova finestra)

Autori: Klykov, Oleg; Kopylov, Mykhailo; Carragher, Bridget; Heck, Albert J. R.; Noble, Alex J.; Scheltema, Richard A.
Pubblicato in: Mol. Cell, Numero 82/2, 2022, Pagina/e 285-303, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.12.027

TopDownApp: An open and modular platform for analysis and visualisation of top-down proteomics data (si apre in una nuova finestra)

Autori: Walzer, Mathias; Jeong, Kyowon; Tabb, David L.; Vizcaino, Juan Antonio
Pubblicato in: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9861
Editore: WILEY
DOI: 10.1002/pmic.202200403

The biophysical, molecular, and anatomical landscape of pigeon CRY4: A candidate light-based quantal magnetosensor (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tobias Hochstoeger, Tarek Al Said, Dante Maestre, Florian Walter, Alexandra Vilceanu, Miriam Pedron, Thomas D. Cushion, William Snider, Simon Nimpf, Gregory Charles Nordmann, Lukas Landler, Nathaniel Edelman, Lennard Kruppa, Gerhard Dürnberger, Karl Mechtler, Stefan Schuechner, Egon Ogris, E. Pascal Malkemper, Stefan Weber, Erik Schleicher, David A. Keays
Pubblicato in: Science Advances, Numero 6/33, 2020, Pagina/e eabb9110, ISSN 2375-2548
Editore: Amercian Assoc for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb9110

Investigating pathological epigenetic aberrations by epi-proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Robusti G, Vai A, Bonaldi T, Noberini R.
Pubblicato in: Clinical Epigenetics, 2022, ISSN 1868-7083
Editore: BMC
DOI: 10.1186/s13148-022-01371-y

Neuroproteomics of the Synapse: Subcellular Quantification of Protein Networks and Signaling Dynamics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Charlotte A.G.H. van Gelder, Maarten Altelaar
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 20, 2021, Pagina/e 100087, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100087

New Ruthenium-Cyclopentadienyl Complexes Affect Colorectal Cancer Hallmarks Showing High Therapeutic Potential (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bras, Ana Rita; Fernandes, Pedro; Moreira, Tiago; Morales-Sanfrutos, Julia; Sabido, Eduard; Antunes, Alexandra M. M.; Valente, Andreia; Preto, Ana
Pubblicato in: Pharmaceutics, Numero 15/6, 2023, Pagina/e 1731, ISSN 1999-4923
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pharmaceutics15061731

 Impact of Modified Atmospheres on Growth and Metabolism of Meat-Spoilage Relevant Photobacterium spp. as Predicted by Comparative Proteomics.  (si apre in una nuova finestra)

Autori: Fuertes-Perez S, Abele M, Ludwig C, Vogel RF, Hilgarth M.
Pubblicato in: Frontiers in Microbiology, 2022, ISSN 1664-302X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.866629

A multiparameter optimization in middle-down analysis of monoclonal antibodies by LC-MS/MS (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dhenin, Jonathan; Dupre, Mathieu; Druart, Karen; Krick, Alain; Mauriac, Christine; Chamot-Rooke, Julia
Pubblicato in: J. Mass Spectrom., Numero 58/3, 2023, Pagina/e e4909, ISSN 1076-5174
Editore: IM Publications
DOI: 10.1002/jms.4909

Protein Processing in Plant Mitochondria Compared to Yeast and Mammals (si apre in una nuova finestra)

Autori: Heidorn-Czarna M, Maziak A, Janska H
Pubblicato in: Front. Plant Sci., 2022, ISSN 1664-462X
Editore: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.824080

Is DIA proteomics data FAIR? Current data sharing practices, available bioinformatics infrastructure and recommendations for the future (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jones AR, Deutsch EW, Vizcaíno JA. 
Pubblicato in: Proteomics, 2022, ISSN 1615-9861
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200014

Mimicked synthetic ribosomal protein complex for benchmarking crosslinking mass spectrometry workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Matzinger M, Vasiu A, Madalinski M, Müller F, Stanek F, Mechtler K
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31701-w

High-Resolution mRNA and Secretome Atlas of Human Enteroendocrine Cells (si apre in una nuova finestra)

Autori: Joep Beumer, Jens Puschhof, Julia Bauzá-Martinez, Adriana Martínez-Silgado, Rasa Elmentaite, Kylie R. James, Alexander Ross, Delilah Hendriks, Benedetta Artegiani, Georg A. Busslinger, Bas Ponsioen, Amanda Andersson-Rolf, Aurelia Saftien, Charelle Boot, Kai Kretzschmar, Maarten H. Geurts, Yotam E. Bar-Ephraim, Cayetano Pleguezuelos-Manzano, Yorick Post, Harry Begthel, Franka van der Linden, Carm
Pubblicato in: Cell, Numero 181/6, 2020, Pagina/e 1291-1306.e19, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.036

Complementary omics strategies to dissect p53 signaling networks under nutrient stress (si apre in una nuova finestra)

Autori: Galhuber, Markus; Michenthaler, Helene; Heininger, Christoph; Reinisch, Isabel; Noessing, Christoph; Krstic, Jelena; Kupper, Nadja; Moyschewitz, Elisabeth; Auer, Martina; Heitzer, Ellen; Ulz, Peter; Birner-Gruenberger, Ruth; Liesinger, Laura; Lenihan-Geels, Georgia Ngawai; Oster, Moritz; Spreitzer, Emil; Chiozzi, Riccardo Zenezini; Schulz, Tim J.; Schupp, Michael; Madl, Tobias; Heck, Albert J. R.;
Pubblicato in: Cell. Mol. Life Sci., Numero 79/6, 2022, Pagina/e 326, ISSN 1420-682X
Editore: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-022-04345-8

Advanced In Vivo Cross-Linking Mass Spectrometry Platform to Characterize Proteome-Wide Protein Interactions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Martial Rey, Jonathan Dhenin, Youxin Kong, Lucienne Nouchikian, Isaac Filella, Magalie Duchateau, Mathieu Dupré, Riccardo Pellarin, Guillaume Duménil, Julia Chamot-Rooke
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 93/9, 2021, Pagina/e 4166-4174, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c04430

Proteomics contributions to epigenetic drug discovery (si apre in una nuova finestra)

Autori: Noberini, Roberta; Bonaldi, Tiziana
Pubblicato in: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200435

Selective ribosome profiling reveals a role for SecB in the co-translational inner membrane protein biogenesis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Eismann, Lena; Fijalkowski, Igor; Galmozzi, Carla Veronica; Koubek, Jiri; Tippmann, Frank; Van Damme, Petra; Kramer, Guenter
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 41/10, 2022, Pagina/e 111776, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111776

Loss of CRMP2 O-GlcNAcylation leads to reduced novel object recognition performance in mice (si apre in una nuova finestra)

Autori: Muha, Villo; Williamson, Ritchie; Hills, Rachel; McNeilly, Alison D.; McWilliams, Thomas G.; Alonso, Jana; Schimpl, Marianne; Leney, Aneika C.; Heck, Albert J. R.; Sutherland, Calum; Read, Kevin D.; McCrimmon, Rory J.; Brooks, Simon P.; van Aalten, Daan M. F.
Pubblicato in: Open Biol, Numero 9/11, 2019, Pagina/e 190192, ISSN 2046-2441
Editore: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.190192

The emerging landscape of spatial profiling technologie (si apre in una nuova finestra)

Autori: Moffitt JR, Lundberg E, Heyn H. 
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, 2022, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00515-3

Allosteric Communication in the Multifunctional and Redox NQO1 Protein Studied by Cavity-Making Mutations (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pacheco-Garcia, Juan Luis; Loginov, Dmitry S.; Anoz-Carbonell, Ernesto; Vankova, Pavla; Palomino-Morales, Rogelio; Salido, Eduardo; Man, Petr; Medina, Milagros; Naganathan, Athi N.; Pey, Angel L.
Pubblicato in: Antioxidants, Numero 11/6, 2022, ISSN 2076-3921
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/antiox11061110

The Human Proteoform Project: Defining the human proteome (si apre in una nuova finestra)

Autori: Smith LM, Agar J, Chamot-Rooke J, Danis P, Ge Y, Loo J, Pasa-Tolic L, Tsybin YO, Kelleher N.
Pubblicato in: Science Advances, 2021, ISSN 2375-2548
Editore: Amercian Assoc for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abk0734

How paired PSII–LHCII supercomplexes mediate the stacking of plant thylakoid membranes unveiled by structural mass-spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pascal Albanese, Sem Tamara, Guido Saracco, Richard A. Scheltema, Cristina Pagliano
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15184-1

Panoramic Perspective on Human Phosphosites (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ramasamy P, Vandermarliere E, Vranken WF, Martens L.
Pubblicato in: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00164

Malignant tissues produce divergent antibody glycosylation of relevance for cancer gene therapy effectiveness (si apre in una nuova finestra)

Autori: Brucher, Dominik; Franc, Vojtech; Smith, Sheena N.; Heck, Albert J. R.; Pluckthun, Andreas
Pubblicato in: mAbs, Numero 12/1, 2020, Pagina/e 1792084, ISSN 1942-0862
Editore: TAYLOR & FRANCIS INC
DOI: 10.1080/19420862.2020.1792084

Experimental characterization of de novo proteins and their unevolved random-sequence counterparts (si apre in una nuova finestra)

Autori: Heames, Brennen; Buchel, Filip; Aubel, Margaux; Tretyachenko, Vyacheslav; Loginov, Dmitry; Novak, Petr; Lange, Andreas; Bornberg-Bauer, Erich; Hlouchova, Klara
Pubblicato in: Nat. Ecol. Evol., Numero 7/4, 2023, Pagina/e 570, ISSN 2397-334X
Editore: NATURE PORTFOLIO
DOI: 10.1038/s41559-023-02010-2

Updated MS2PIP web server delivers fast and accurate MS2 peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gabriels, Ralf; Martens, Lennart; Degroeve, Sven
Pubblicato in: Nucleic Acids Res., Numero 47/W1, 2019, Pagina/e W295-W299, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz299

A wealth of genotype-specific proteoforms fine-tunes hemoglobin scavenging by haptoglobin (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sem Tamara, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 117/27, 2020, Pagina/e 15554-15564, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2002483117

Quality standards in proteomics research facilities (si apre in una nuova finestra)

Autori: Cristina Chiva, Teresa Mendes Maia, Christian Panse, Karel Stejskal, Thibaut Douché, Mariette Matondo, Damarys Loew, Dominic Helm, Mandy Rettel, Karl Mechtler, Francis Impens, Paolo Nanni, Anna Shevchenko, Eduard Sabidó
Pubblicato in: EMBO reports, Numero 22/6, 2021, ISSN 1469-221X
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202152626

Changes in Medicago truncatula seed proteome along the rehydration-dehydration cycle highlight new players in the genotoxic stress response (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pagano, Andrea; Kunz, Laura; Dittmann, Antje; Araujo, Susana De Sousa; Macovei, Anca; Shridhar Gaonkar, Shraddha; Sincinelli, Federico; Wazeer, Hisham; Balestrazzi, Alma
Pubblicato in: Front. Plant Sci., Numero 14, 2023, Pagina/e 1188546, ISSN 1664-462X
Editore: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2023.1188546

Transient suppression of SUMOylation in embryonic stem cells generates embryo-like structures (si apre in una nuova finestra)

Autori: Cossec, Jack-Christophe; Traboulsi, Tatiana; Sart, Sebastien; Loe-Mie, Yann; Guthmann, Manuel; Hendriks, Ivo A.; Theurillat, Ilan; Nielsen, Michael L.; Torres-Padilla, Maria-Elena; Baroud, Charles N.; Dejean, Anne
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 42/4, 2023, Pagina/e 112380, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112380

Spatial-proteomics reveals phospho-signaling dynamics at subcellular resolution (si apre in una nuova finestra)

Autori: Martinez-Val A, Bekker-Jensen DB, Steigerwald S, Koenig C, Østergaard O, Mehta A, Tran T, Sikorski K, Torres-Vega E, Kwasniewicz E, Brynjólfsdóttir SH, Frankel LB, Kjøbsted R, Krogh N, Lundby A, Bekker-Jensen S, Lund-Johansen F, Olsen JV.
Pubblicato in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27398-y

Sensitivity towards HDAC inhibition is associated with RTK/MAPK pathway activation in gastric cancer (si apre in una nuova finestra)

Autori: Seidlitz T, Schmäche T, Garcίa F, Lee JH, Qin N, Kochall S, Fohgrub J, Pauck D, Rothe A, Koo BK, Weitz J, Remke M, Muñoz J, Stange DE. 
Pubblicato in: EMBO Molecular Medicine, 2022, ISSN 1757-4676
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202215705

Peroxiredoxin 2 is required for the redox mediated adaptation to exercise (si apre in una nuova finestra)

Autori: Xia, Qin; Casas-Martinez, Jose C.; Zarzuela, Eduardo; Munoz, Javier; Miranda-Vizuete, Antonio; Goljanek-Whysall, Katarzyna; McDonagh, Brian
Pubblicato in: Redox Biol., Numero 60, 2023, Pagina/e 102631, ISSN 2213-2317
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.redox.2023.102631

Dynamic 3D proteomes reveal protein functional alterations at high resolution in situ (si apre in una nuova finestra)

Autori: Valentina Cappelletti, Thomas Hauser, Ilaria Piazza, Monika Pepelnjak, Liliana Malinovska, Tobias Fuhrer, Yaozong Li, Christian Dörig, Paul Boersema, Ludovic Gillet, Jan Grossbach, Aurelien Dugourd, Julio Saez-Rodriguez, Andreas Beyer, Nicola Zamboni, Amedeo Caflisch, Natalie de Souza, Paola Picotti
Pubblicato in: Cell, Numero 184/2, 2021, Pagina/e 545-559.e22, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.021

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen MØ, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, T
Pubblicato in: Nature Publishing Group, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27542-8

Motif orientation matters: Structural characterization of TEAD1 recognition of genomic DNA (si apre in una nuova finestra)

Autori: Růžena Filandrová, Karel Vališ, Jiří Černý, Josef Chmelík, Lukáš Slavata, Jan Fiala, Michal Rosůlek, Daniel Kavan, Petr Man, Tomáš Chum, Marek Cebecauer, Daniele Fabris, Petr Novák
Pubblicato in: Structure, Numero 29/4, 2021, Pagina/e 345-356.e8, ISSN 0969-2126
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2020.11.018

 SPIN enables high throughput species identification of archaeological bone by proteomics. (si apre in una nuova finestra)

Autori: Rüther PL, Husic IM, Bangsgaard P, Gregersen KM, Pantmann P, Carvalho M, Godinho RM, Friedl L, Cascalheira J, Taurozzi AJ, Jørkov MLS, Benedetti MM, Haws J, Bicho N, Welker F, Cappellini E, Olsen JV
Pubblicato in: Nat Commun, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30097-x

Benefits of Ion Mobility Separation and Parallel Accumulation–Serial Fragmentation Technology on timsTOF Pro for the Needs of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dmitry S. Loginov, Jan Fiala, Josef Chmelik, Peter Brechlin, Gary Kruppa, Petr Novak
Pubblicato in: ACS Omega, Numero 6/15, 2021, Pagina/e 10352-10361, ISSN 2470-1343
Editore: AMER CHEMICAL SOC
DOI: 10.1021/acsomega.1c00732

PepGM: a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores (si apre in una nuova finestra)

Autori: Holstein, Tanja; Kistner, Franziska; Martens, Lennart; Muth, Thilo
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 39/5, 2023, Pagina/e btad289, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad289

Machine Learning on Large-Scale Proteomics Data Identifies Tissue and Cell-Type Specific Proteins (si apre in una nuova finestra)

Autori: Claeys, Tine; Menu, Maxime; Bouwmeester, Robbin; Gevaert, Kris; Martens, Lennart
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/4, 2023, Pagina/e 1181-1192, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00644

An interactive mass spectrometry atlas of histone posttranslational modifications in T-cell acute leukemia (si apre in una nuova finestra)

Autori: Provez L, Van Puyvelde B, Corveleyn L, Demeulemeester N, Verhelst S, Lintermans B, Daled S, Roels J, Clement L, Martens L, Deforce D, Van Vlierberghe P, Dhaenens M.
Pubblicato in: Science Data, 2022, ISSN 2052-4463
Editore: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41597-022-01736-1

Small molecule-induced epigenomic reprogramming of APL blasts leading to antiviral-like response and c-MYC downregulation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Amatori, Stefano; Persico, Giuseppe; Cantatore, Francesco; Rusin, Martina; Formica, Mauro; Giorgi, Luca; Macedi, Eleonora; Casciaro, Francesca; Provenzano, Alfredo Errico; Gambardella, Stefano; Noberini, Roberta; Bonaldi, Tiziana; Fusi, Vieri; Giorgio, Marco; Fanelli, Mirco
Pubblicato in: Cancer Gene Ther., Numero 30/5, 2023, Pagina/e 671-682, ISSN 0929-1903
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41417-022-00576-w

Goat Milk Exosomes As Natural Nanoparticles for Detecting Inflammatory Processes By Optical Imaging (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ana Santos-Coquillat,María Isabel González,Agustín Clemente-Moragón,Mario González-Arjona,Virginia Albaladejo-García,Héctor Peinado,Javier Muñoz,Pilar Ximénez Embún,Borja Ibañez,Eduardo Oliver, Manuel Desco, Beatriz Salinas
Pubblicato in: Small, 2021, ISSN 1613-6810
Editore: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.202105421

Characterising the RNA-binding protein atlas of the mammalian brain uncovers RBM5 misregulation in mouse models of Huntington's disease (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mullari, Meeli; Fossat, Nicolas; Skotte, Niels H.; Asenjo-Martinez, Andrea; Humphreys, David T.; Bukh, Jens; Kirkeby, Agnete; Scheel, Troels K. H.; Nielsen, Michael L.
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39936-x

Automated High-Throughput Method for the Fast, Robust, and Reproducible Enrichment of Newly Synthesized Proteins (si apre in una nuova finestra)

Autori: Vargas-Diaz D, Altelaar M
Pubblicato in: J Proteome Res, 2022, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00743

From coarse to fine: the absolute Escherichia coli proteome under diverse growth conditions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Matteo Mori, Zhongge Zhang, Amir Banaei‐Esfahani, Jean‐Benoît Lalanne, Hiroyuki Okano, Ben C Collins, Alexander Schmidt, Olga T Schubert, Deok‐Sun Lee, Gene‐Wei Li, Ruedi Aebersold, Terence Hwa, Christina Ludwig
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17/5, 2021, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209536

Chaperoning of the histone octamer by the acidic domain of DNA repair factor APLF (si apre in una nuova finestra)

Autori: Corbeski, Ivan; Guo, Xiaohu; Eckhardt, Bruna, V; Fasci, Domenico; Wiegant, Wouter; Graewert, Melissa A.; Vreeken, Kees; Wienk, Hans; Svergun, Dmitri, I; Heck, Albert J. R.; van Attikum, Haico; Boelens, Rolf; Sixma, Titia K.; Mattiroli, Francesca; van Ingen, Hugo
Pubblicato in: Sci. Adv., Numero 8/30, 2022, Pagina/e eabo0517, ISSN 2375-2548
Editore: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.abo0517

The rise of single-cell proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ctortecka, Claudia; Mechtler, Karl
Pubblicato in: Anal. Sci. Adv., Numero 2/3-4, 2021, Pagina/e 84-94, ISSN 2628-5452
Editore: WILEY
DOI: 10.1002/ansa.202000152

Meta-heterogeneity: Evaluating and Describing the Diversity in Glycosylation Between Sites on the Same Glycoprotein (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tomislav Čaval, Albert J.R. Heck, Karli R. Reiding
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 20, 2021, Pagina/e 100010, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.r120.002093

Phosphorylation-Dependent Interactome of Ryanodine Receptor Type 2 in the Heart (si apre in una nuova finestra)

Autori: David Y. Chiang, Satadru Lahiri, Guoliang Wang, Jason Karch, Meng C. Wang, Sung Y. Jung, Albert J. R. Heck, Arjen Scholten, Xander H. T. Wehrens
Pubblicato in: Proteomes, Numero 9/2, 2021, Pagina/e 27, ISSN 2227-7382
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/proteomes9020027

Beneficial Effects of Mifepristone Treatment in Patients with Breast Cancer Selected by the Progesterone Receptor Isoform Ratio: Results from the MIPRA Trial (si apre in una nuova finestra)

Autori: Elia, Andres; Saldain, Leo; Vanzulli, Silvia I.; Helguero, Luisa A.; Lamb, Caroline A.; Fabris, Victoria; Pataccini, Gabriela; Martinez-Vazquez, Paula; Burruchaga, Javier; Caillet-Bois, Ines; Spengler, Eunice; Haab, Gabriela Acosta; Liguori, Marcos; Castets, Alejandra; Lovisi, Silvia; Abascal, Maria F.; Novaro, Virginia; Sanchez, Jana; Munoz, Javier; Belizan, Jose M.; Abba, Martin C.; Gass, Hugo;
Pubblicato in: Clin. Cancer Res., Numero 29/5, 2023, Pagina/e 866-877, ISSN 1078-0432
Editore: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-22-2060

Volatilome and proteome responses to Colletotrichum lindemuthianum infection in a moderately resistant and a susceptible bean genotype (si apre in una nuova finestra)

Autori: Monti, Maurilia M.; Mancini, Ilaria; Gualtieri, Liberata; Domingo, Guido; Beccaccioli, Marzia; Bossa, Rosanna; Bracale, Marcella; Loreto, Francesco; Ruocco, Michelina
Pubblicato in: Physiol. Plant., Numero 175/5, 2023, Pagina/e e14044, ISSN 0031-9317
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ppl.14044

The Key Role of Metal Adducts in the Differentiation of Phosphopeptide from Sulfopeptide Sequences by High-Resolution Mass Spectrometry.  (si apre in una nuova finestra)

Autori: Piovesana S, Capriotti AL, Cavaliere C, Cerrato A, Montone CM, Zenezini Chiozzi R, Laganà A.
Pubblicato in: Anal Chem, 2022, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c05621

Molecular characterization of a complex of apoptosis-inducing factor 1 with cytochrome c oxidase of the mitochondrial respiratory chain (si apre in una nuova finestra)

Autori: Johannes F. Hevler, Riccardo Zenezeni Chiozzi, Alfredo Cabrera-Orefice, Ulrich Brandt, Susanne Arnold, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 118/39, 2021, Pagina/e e2106950118, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2106950118

Quality Control for the Target Decoy Approach for Peptide Identification (si apre in una nuova finestra)

Autori: Debrie, Elke; Malfait, Milan; Gabriels, Ralf; Declerq, Arthur; Sticker, Adriaan; Martens, Lennart; Clement, Lieven
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/2, 2023, Pagina/e 350-358, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00423

MegaGO: A Fast Yet Powerful Approach to Assess Functional Gene Ontology Similarity across Meta-Omics Data Sets (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pieter Verschaffelt, Tim Van Den Bossche, Wassim Gabriel, Michał Burdukiewicz, Alessio Soggiu, Lennart Martens, Bernhard Y. Renard, Henning Schiebenhoefer, Bart Mesuere
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/4, 2021, Pagina/e 2083-2088, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00926

DAXX adds a de novo H3.3K9me3 deposition pathway to the histone chaperone network (si apre in una nuova finestra)

Autori: Carraro, Massimo; Hendriks, Ivo A.; Hammond, Colin M.; Solis-Mezarino, Victor; Volker-Albert, Moritz; Elsborg, Jonas D.; Weisser, Melanie B.; Spanos, Christos; Montoya, Guillermo; Rappsilber, Juri; Imhof, Axel; Nielsen, Michael L.; Groth, Anja
Pubblicato in: Mol. Cell, Numero 83/7, 2023, Pagina/e 1075, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.02.009

Quantitative Accuracy and Precision in Multiplexed Single-Cell Proteomics.  (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ctortecka C, Stejskal K, Krššáková G, Mendjan S, Mechtler K
Pubblicato in: Anal Chem, 2022, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04174

Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex (si apre in una nuova finestra)

Autori: Polak, Marek; Yassaghi, Ghazaleh; Kavan, Daniel; Filandr, Frantisek; Fiala, Jan; Kukacka, Zdenek; Halada, Petr; Loginov, Dmitry S.; Novak, Petr
Pubblicato in: Anal. Chem., Numero 94/7, 2022, Pagina/e 3203-3210, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04746

Prosit Transformer: A transformer for Prediction of MS2 Spectrum Intensities (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ekvall M, Truong P, Gabriel W, Wilhelm M, Käll L.
Pubblicato in: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00870

Loss of N-terminal acetyltransferase A activity induces thermally unstable ribosomal proteins and increases their turnover in Saccharomyces cerevisiae (si apre in una nuova finestra)

Autori: Guzman, Ulises H. H.; Aksnes, Henriette; Ree, Rasmus; Krogh, Nicolai; Jakobsson, Magnus E. E.; Jensen, Lars J. J.; Arnesen, Thomas; Olsen, Jesper V. V.
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 4517, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40224-x

Huntingtin structure is orchestrated by HAP40 and shows a polyglutamine expansion-specific interaction with exon 1 (si apre in una nuova finestra)

Autori: Harding, R.J., Deme, J.C., Hevler, J.F. et al.
Pubblicato in: Nat Cell Biol., 2021, ISSN 1465-7392
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s42003-021-02895-4

lesSDRF is more: maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Claeys, Tine; van den Bossche, Tim; Perez-Riverol, Yasset; Gevaert, Kris; Vizcaino, Juan Antonio; Martens, Lennart
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 6743, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42543-5

The Q-junction and the inflammatory response are critical pathological and therapeutic factors in CoQ deficiency (si apre in una nuova finestra)

Autori: González-García P, Díaz-Casado ME, Hidalgo-Gutiérrez A, Jiménez-Sánchez L, Bakkali M, Barriocanal-Casado E, Escames G, Chiozzi RZ, Völlmy F, Zaal EA, Berkers CR, Heck AJR, López LC
Pubblicato in: Redox Biology, 2022, ISSN 2213-2317
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.redox.2022.102403

A Sample Preparation Protocol for High Throughput Immunofluorescence of Suspension Cells on an Adherent Surface (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anna Bäckström, Laura Kugel, Christian Gnann, Hao Xu, Joseph E. Aslan, Emma Lundberg, Charlotte Stadler
Pubblicato in: Journal of Histochemistry & Cytochemistry, Numero 68/7, 2020, Pagina/e 473-489, ISSN 0022-1554
Editore: Histochemical Society
DOI: 10.1369/0022155420935403

Coronary Artery Disease and Aortic Valve Stenosis: A Urine Proteomics Study (si apre in una nuova finestra)

Autori: Perpétuo L, Barros AS, Dalsuco J, Nogueira-Ferreira R, Resende-Gonçalves P, Falcão-Pires I, Ferreira R, Leite-Moreira A, Trindade F, Vitorino R. 
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms232113579

CAF-1 deposits newly synthesized histones during DNA replication using distinct mechanisms on the leading and lagging strands (si apre in una nuova finestra)

Autori: Rouillon, Clement; Eckhardt, Bruna, V; Kollenstart, Leonie; Gruss, Fabian; Verkennis, Alexander E. E.; Rondeel, Inge; Krijger, Peter H. L.; Ricci, Giulia; Biran, Alva; van Laar, Theo; de Fenffe, Charlotte M. Delvaux; Luppens, Georgiana; Albanese, Pascal; Sato, Koichi; Scheltema, Richard A.; de Laat, Wouter; Knipscheer, Puck; Dekker, Nynke H.; Groth, Anja; Mattiroli, Francesca
Pubblicato in: Nucleic Acids Res., Numero 51/8, 2023, Pagina/e 3770-3792, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad171

Merits of Diazirine Photo-Immobilization for Target Profiling of Natural Products and Cofactors (si apre in una nuova finestra)

Autori: Prokofeva, Polina; Hoefer, Stefanie; Hornisch, Maximilian; Abele, Miriam; Kuster, Bernhard; Medard, Guillaume
Pubblicato in: ACS Chem. Biol., Numero 17/11, 2022, Pagina/e 3100-3109, ISSN 1554-8929
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00500

MRPS36 provides a structural link in the eukaryotic 2-oxoglutarate dehydrogenase complex (si apre in una nuova finestra)

Autori: Hevler, Johannes F.; Albanese, Pascal; Cabrera-Orefice, Alfredo; Potter, Alisa; Jankevics, Andris; Misic, Jelena; Scheltema, Richard A.; Brandt, Ulrich; Arnold, Susanne; Heck, Albert J. R.
Pubblicato in: Open Biol, Numero 13/3, 2023, Pagina/e 220363, ISSN 2046-2441
Editore: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.220363

Label-Free Quantitative Proteomic Analysis of Nitrogen Starvation in Arabidopsis Root Reveals New Aspects of H2S Signaling by Protein Persulfidation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ana Jurado-Flores, Luis C. Romero, Cecilia Gotor
Pubblicato in: Antioxidants, Numero 10/4, 2021, Pagina/e 508, ISSN 2076-3921
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/antiox10040508

Robust and Easy-to-Use One-Pot Workflow for Label-Free Single-Cell Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Matzinger, Manuel; Mueller, Elisabeth; Duernberger, Gerhard; Pichler, Peter; Mechtler, Karl
Pubblicato in: Anal. Chem., 2023, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05022

Subcellular Transcriptomics and Proteomics: A Comparative Methods Review (si apre in una nuova finestra)

Autori: Christopher JA, Geladaki A, Dawson CS, Vennard OL, Lilley KS.
Pubblicato in: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9484
Editore: Elsiver
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100186

A universal GlycoDesign for lysosomal replacement enzymes to improve circulation time and biodistribution (si apre in una nuova finestra)

Autori: Chen, Yen-Hsi; Tian, Weihua; Yasuda, Makiko; Ye, Zilu; Song, Ming; Mandel, Ulla; Kristensen, Claus; Povolo, Lorenzo; Marques, Andre R. A.; Caval, Tomislav; Heck, Albert J. R.; Sampaio, Julio Lopes; Johannes, Ludger; Tsukimura, Takahiro; Desnick, Robert; Vakhrushev, Sergey Y. Y.; Yang, Zhang; Clausen, Henrik
Pubblicato in: Front. Bioeng. Biotechnol., Numero 11, 2023, Pagina/e 1128371, ISSN 2296-4185
Editore: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fbioe.2023.1128371

Site‐specific ubiquitination of the E3 ligase HOIP regulates apoptosis and immune signaling (si apre in una nuova finestra)

Autori: Lilian M Fennell, Carlos Gomez Diaz, Luiza Deszcz, Anoop Kavirayani, David Hoffmann, Kota Yanagitani, Alexander Schleiffer, Karl Mechtler, Astrid Hagelkruys, Josef Penninger, Fumiyo Ikeda
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 39/24, 2020, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019103303

DNAJC9 integrates heat shock molecular chaperones into the histone chaperone network (si apre in una nuova finestra)

Autori: Colin M. Hammond, Hongyu Bao, Ivo A. Hendriks, Massimo Carraro, Alberto García-Nieto, Yanhong Liu, Nazaret Reverón-Gómez, Christos Spanos, Liu Chen, Juri Rappsilber, Michael L. Nielsen, Dinshaw J. Patel, Hongda Huang, Anja Groth
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 81/12, 2021, Pagina/e 2533-2548.e9, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.03.041

Structure of the human signal peptidase complex reveals the determinants for signal peptide cleavage (si apre in una nuova finestra)

Autori: A. Manuel Liaci, Barbara Steigenberger, Paulo Cesar Telles de Souza, Sem Tamara, Mariska Gröllers-Mulderij, Patrick Ogrissek, Siewert J. Marrink, Richard A. Scheltema, Friedrich Förster
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 81/19, 2021, Pagina/e 3934-3948.e11, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.07.031

Subcellular proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Josie A. Christopher, Charlotte Stadler, Claire E. Martin, Marcel Morgenstern, Yanbo Pan, Cora N. Betsinger, David G. Rattray, Diana Mahdessian, Anne-Claude Gingras, Bettina Warscheid, Janne Lehtiö, Ileana M. Cristea, Leonard J. Foster, Andrew Emili, Kathryn S. Lilley
Pubblicato in: Nature Reviews Methods Primers, Numero 1/1, 2021, ISSN 2662-8449
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43586-021-00029-y

Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation, Electron-Transfer Dissociation, and Electron-Capture Dissociation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Yassaghi G, Kukačka Z, Fiala J, Kavan D, Halada P, Volný M, Novák P
Pubblicato in: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c05476

Deciphering the signaling network of breast cancer improves drug sensitivity prediction (si apre in una nuova finestra)

Autori: Marco Tognetti, Attila Gabor, Mi Yang, Valentina Cappelletti, Jonas Windhager, Oscar M. Rueda, Konstantina Charmpi, Elham Esmaeilishirazifard, Alejandra Bruna, Natalie de Souza, Carlos Caldas, Andreas Beyer, Paola Picotti, Julio Saez-Rodriguez, Bernd Bodenmiller
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 12/5, 2021, Pagina/e 401-418.e12, ISSN 2405-4712
Editore: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cels.2021.04.002

Identification of Protein Complexes by Integrating Protein Abundance and Interaction Features Using a Deep Learning Strategy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Li, Bohui; Altelaar, Maarten; van Breukelen, Bas
Pubblicato in: Int. J. Mol. Sci., Numero 24/9, 2023, Pagina/e 7884, ISSN 1661-6596
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/ijms24097884

Monitoring mAb proteoforms in mouse plasma using an automated immunocapture combined with top-down and middle-down mass spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dhenin, Jonathan; Lafont, Valerie; Dupre, Mathieu; Krick, Alain; Mauriac, Christine; Chamot-Rooke, Julia
Pubblicato in: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300069

Data, Reagents, Assays and Merits of Proteomics for SARS-CoV-2 Research and Testing (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zecha, Jana; Lee, Chien-Yun; Bayer, Florian P.; Meng, Chen; Grass, Vincent; Zerweck, Johannes; Schnatbaum, Karsten; Michler, Thomas; Pichlmair, Andreas; Ludwig, Christina; Kuster, Bernhard
Pubblicato in: Mol. Cell. Proteomics, Numero 19/9, 2020, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra120.002164

Fasting improves therapeutic response in hepatocellular carcinoma through p53-dependent metabolic synergism (si apre in una nuova finestra)

Autori: Krstic J, Reinisch I, Schindlmaier K, Galhuber M, Riahi Z, Berger N, Kupper N, Moyschewitz E, Auer M, Michenthaler H, Nössing C, Depaoli MR, Ramadani-Muja J, Usluer S, Stryeck S, Pichler M, Rinner B, Deutsch AJA, Reinisch A, Madl T, Chiozzi RZ, Heck AJR, Huch M, Malli R, Prokesch A.
Pubblicato in: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Editore: Am soc for the advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abh2635

Deep learning boosts sensitivity of mass spectrometry-based immunopeptidomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mathias Wilhelm, Daniel P. Zolg, Michael Graber, Siegfried Gessulat, Tobias Schmidt, Karsten Schnatbaum, Celina Schwencke-Westphal, Philipp Seifert, Niklas de Andrade Krätzig, Johannes Zerweck, Tobias Knaute, Eva Bräunlein, Patroklos Samaras, Ludwig Lautenbacher, Susan Klaeger, Holger Wenschuh, Roland Rad, Bernard Delanghe, Andreas Huhmer, Steven A. Carr, Karl R. Clauser, Angela M. Krackhardt, U
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23713-9

Reversible amyloids of pyruvate kinase couple cell metabolism and stress granule assembly (si apre in una nuova finestra)

Autori: Cereghetti G, Wilson-Zbinden C, Kissling VM, Diether M, Arm A, Yoo H, Piazza I, Saad S, Picotti P, Drummond DA, Sauer U, Dechant R, Peter M
Pubblicato in: Nature Cell Biology, 2021, ISSN 1465-7392
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00760-4

MassIVE.quant: a community resource of quantitative mass spectrometry–based proteomics datasets (si apre in una nuova finestra)

Autori: Meena Choi, Jeremy Carver, Cristina Chiva, Manuel Tzouros, Ting Huang, Tsung-Heng Tsai, Benjamin Pullman, Oliver M. Bernhardt, Ruth Hüttenhain, Guo Ci Teo, Yasset Perez-Riverol, Jan Muntel, Maik Müller, Sandra Goetze, Maria Pavlou, Erik Verschueren, Bernd Wollscheid, Alexey I. Nesvizhskii, Lukas Reiter, Tom Dunkley, Eduard Sabidó, Nuno Bandeira, Olga Vitek
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 17/10, 2020, Pagina/e 981-984, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0955-0

Bap-Independent Biofilm Formation in Staphylococcus xylosus (si apre in una nuova finestra)

Autori: Schiffer, Carolin J.; Abele, Miriam; Ehrmann, Matthias A.; Vogel, Rudi F.
Pubblicato in: Microorganisms, Numero 9/12, 2021, Pagina/e 2610, ISSN 2076-2607
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9122610

Domestic animal proteomics in the 21st century: A global retrospective and viewpoint analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: André M. Almeida, Syed Azmal Ali, Fabrizio Ceciliani, P. David Eckersall, Lorenzo E. Hernández-Castellano, Rongwei Han, Jaka J. Hodnik, Shalini Jaswal, John D. Lippolis, Mark McLaughlin, Ingrid Miller, Ashok Kumar Mohanty, Vladimir Mrljak, Jarlath E. Nally, Paolo Nanni, Jeffrey E. Plowman, Mirele D. Poleti, David M. Ribeiro, Pedro Rodrigues, Bernd Roschitzki, Ralph Schlapbach, Jože Starič, Yon
Pubblicato in: Journal of Proteomics, Numero 241, 2021, Pagina/e 104220, ISSN 1874-3919
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104220

Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome (si apre in una nuova finestra)

Autori: Kaige Yan, Jing Yang, Ziguo Zhang, Stephen H. McLaughlin, Leifu Chang, Domenico Fasci, Ann E. Ehrenhofer-Murray, Albert J. R. Heck, David Barford
Pubblicato in: Nature, Numero 574/7777, 2019, Pagina/e 278-282, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1609-1

Proteome Dynamics of Persulfidation in Leaf Tissue under Light/Dark Conditions and Carbon Deprivation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jurado-Flores, Ana; Gotor, Cecilia; Romero, Luis C. C.
Pubblicato in: Antioxidants, Numero 12/4, 2023, Pagina/e 789, ISSN 2076-3921
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/antiox12040789

Comparative Analysis of Antibodies and Heavily Glycosylated Macromolecular Immune Complexes by Size-Exclusion Chromatography Multi-Angle Light Scattering, Native Charge Detection Mass Spectrometry, and Mass Photometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: den Boer MA, Lai SH, Xue X, van Kampen MD, Bleijlevens B, Heck AJR
Pubblicato in: Anal Chem, 2022, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c03656

Regulation of Rad52-dependent replication fork recovery through serine ADP-ribosylation of PolD3 (si apre in una nuova finestra)

Autori: Richards, Frederick; Llorca-Cardenosa, Marta J.; Langton, Jamie; Buch-Larsen, Sara C.; Shamkhi, Noor F.; Sharma, Abhishek Bharadwaj; Nielsen, Michael L.; Lakin, Nicholas D.
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40071-w

The PRIDE database resources in 2022: a hub for mass spectrometry-based proteomics evidences (si apre in una nuova finestra)

Autori: Perez-Riverol Y, Bai J, Bandla C, Hewapathirana S, García-Seisdedos D, Kamatchinathan S, Kundu D, Prakash A, Frericks-Zipper A, Eisenacher M, Walzer M, Wang S, Brazma A, Vizcaíno JA
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1038

Fast Fluoroalkylation of Proteins Uncovers the Structure and Dynamics of Biological Macromolecules (si apre in una nuova finestra)

Autori: Fojtík L, Fiala J, Pompach P, Chmelík J, Matoušek V, Beier P, Kukačka Z, Novák P.
Pubblicato in: J.Am.Chem. Soc., 2021, ISSN 0002-7863
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c07771

Decoding protein methylation function with thermal stability analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sayago, Cristina; Sanchez-Wandelmer, Jana; Garcia, Fernando; Hurtado, Begona; Lafarga, Vanesa; Prieto, Patricia; Zarzuela, Eduardo; Ximenez-Embun, Pilar; Ortega, Sagrario; Megias, Diego; Fernandez-Capetillo, Oscar; Malumbres, Marcos; Munoz, Javier
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 3016, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38863-1

Spatial epi-proteomics enabled by histone post-translational modification analysis from low-abundance clinical samples (si apre in una nuova finestra)

Autori: Roberta Noberini, Evelyn Oliva Savoia, Stefania Brandini, Francesco Greco, Francesca Marra, Giovanni Bertalot, Giancarlo Pruneri, Liam A. McDonnell, Tiziana Bonaldi
Pubblicato in: Clinical Epigenetics, Numero 13/1, 2021, ISSN 1868-7075
Editore: Springer Verlag
DOI: 10.1186/s13148-021-01120-7

azyx-1 is a new gene that overlaps with zyxin and affects its translation in C. elegans, impacting muscular integrity and locomotion (si apre in una nuova finestra)

Autori: Parmar, Bhavesh S.; Kieswetter, Amanda; Geens, Ellen; Vandewyer, Elke; Ludwig, Christina; Temmerman, Liesbet
Pubblicato in: PLoS. Biol., Numero 21/9, 2023, Pagina/e e3002300, ISSN 1544-9173
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002300

Pharmacological inhibition of LSD1 triggers myeloid differentiation by targeting GSE1 oncogenic functions in AML.  (si apre in una nuova finestra)

Autori: Nicosia, L., Boffo, F.L., Ceccacci, E. et al.
Pubblicato in: Oncogene, 2021, ISSN 0950-9232
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-021-02123-7

An Integrative Structural Biology Analysis of Von Willebrand Factor Binding and Processing by ADAMTS-13 in Solution (si apre in una nuova finestra)

Autori: Laura del Amo-Maestro, Amin Sagar, Petr Pompach, Theodoros Goulas, Carsten Scavenius, Diego S. Ferrero, Mariana Castrillo-Briceño, Marta Taulés, Jan J. Enghild, Pau Bernadó, F. Xavier Gomis-Rüth
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, Numero 433/13, 2021, Pagina/e 166954, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.166954

Global analysis of protein-RNA interactions in SARS-CoV-2-infected cells reveals key regulators of infection (si apre in una nuova finestra)

Autori: Wael Kamel, Marko Noerenberg, Berati Cerikan, Honglin Chen, Aino I. Järvelin, Mohamed Kammoun, Jeffrey Y. Lee, Ni Shuai, Manuel Garcia-Moreno, Anna Andrejeva, Michael J. Deery, Natasha Johnson, Christopher J. Neufeldt, Mirko Cortese, Michael L. Knight, Kathryn S. Lilley, Javier Martinez, Ilan Davis, Ralf Bartenschlager, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 81/13, 2021, Pagina/e 2851-2867.e7, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.05.023

Pout2Prot:AnEfficient Tool to Create Protein (Sub)groups from Percolator Output Files (si apre in una nuova finestra)

Autori: Schallert, Kay; Verschaffelt, Pieter; Mesuere, Bart; Benndorf, Dirk; Martens, Lennart; Van den Bossche, Tim
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 21/4, 2022, Pagina/e 1175-1180, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00685

Deep (phospho)proteomics profiling of pre- treatment needle biopsies identifies signatures of treatment resistance in HER2+breast cancer (si apre in una nuova finestra)

Autori: Debets, Donna O.; Stecker, Kelly E.; Piskopou, Anastasia; Liefaard, Marte C.; Wesseling, Jelle; Sonke, Gabe S.; Lips, Esther H.; Altelaar, Maarten
Pubblicato in: Cell Rep. Med., Numero 4/10, 2023, Pagina/e 101203, ISSN 2666-3791
Editore: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.xcrm.2023.101203

Deep Single-Shot NanoLC-MS Proteome Profiling with a 1500 Bar UHPLC System, Long Fully Porous Columns, and HRAM MS (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zheng R, Stejskal K, Pynn C, Mechtler K, Boychenko A
Pubblicato in: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00270

Precursor deconvolution error estimation: The missing puzzle piece in false discovery rate in top-down proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jeong, Kyowon; Kaulich, Philipp T.; Jung, Wonhyeuk; Kim, Jihyung; Tholey, Andreas; Kohlbacher, Oliver
Pubblicato in: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300068

The histone code of the fungal genus Aspergillus uncovered by evolutionary and proteomic analyses (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zhang X, Noberini R, Bonaldi T, Collemare J, Seidl MF. 
Pubblicato in: Microbial Genomics, 2022, ISSN 2057-5858
Editore: MICROBIOLOGY SOC
DOI: 10.1099/mgen.0.000856

ANGEL2 is a member of the CCR4 family of deadenylases with 2′,3′-cyclic phosphatase activity (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pinto, Paola H.; Kroupova, Alena; Schleiffer, Alexander; Mechtler, Karl; Jinek, Martin; Weitzer, Stefan; Martinez, Javier
Pubblicato in: Science, Numero 369/6503, 2020, Pagina/e 524, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aba9763

Generalized Calibration Across Liquid Chromatography Setups for Generic Prediction of Small-Molecule Retention Times (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bouwmeester, Robbin; Martens, Lennart; Degroeve, Sven
Pubblicato in: Anal. Chem., Numero 92/9, 2020, Pagina/e 6571-6578, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00233

Similarities and differences in the structures and proteoform profiles of the complement proteins C6 and C7 (si apre in una nuova finestra)

Autori: Marie V. Lukassen, Vojtech Franc, Johannes F. Hevler, Albert J.R. Heck
Pubblicato in: PROTEOMICS, 2021, Pagina/e 2000310, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202000310

Lipid nanoparticles allow efficient and harmless ex vivo gene editing of human hematopoietic cells (si apre in una nuova finestra)

Autori: Vavassori, Valentina; Ferrari, Samuele; Beretta, Stefano; Asperti, Claudia; Albano, Luisa; Annoni, Andrea; Gaddoni, Chiara; Varesi, Angelica; Soldi, Monica; Cuomo, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Radrizzani, Marina; Merelli, Ivan; Naldini, Luigi
Pubblicato in: Blood, Numero 142/9, 2023, Pagina/e 812-826, ISSN 0006-4971
Editore: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2022019333

Zebrafish Ski7 tunes RNA levels during the oocyte-to-embryo transition (si apre in una nuova finestra)

Autori: Luis Enrique Cabrera-Quio, Alexander Schleiffer, Karl Mechtler, Andrea Pauli
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 17/2, 2021, Pagina/e e1009390, ISSN 1553-7404
Editore: Public Library Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009390

Mass Spectrometry-Driven Discovery of Neuropeptides Mediating Nictation Behavior of Nematodes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Cockx, Bram; Van Bael, Sven; Boelen, Rose; Vandewyer, Elke; Yang, Heeseung; Le, Tuan Anh; Dalzell, Johnathan J.; Beets, Isabel; Ludwig, Christina; Lee, Junho; Temmerman, Liesbet
Pubblicato in: Mol. Cell. Proteomics, Numero 22/2, 2023, Pagina/e 100479, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100479

AKIRIN2 controls the nuclear import of proteasomes in vertebrates (si apre in una nuova finestra)

Autori: Melanie de Almeida, Matthias Hinterndorfer, Hanna Brunner, Irina Grishkovskaya, Kashish Singh, Alexander Schleiffer, Julian Jude, Sumit Deswal, Robert Kalis, Milica Vunjak, Thomas Lendl, Richard Imre, Elisabeth Roitinger, Tobias Neumann, Susanne Kandolf, Michael Schutzbier, Karl Mechtler, Gijs A. Versteeg, David Haselbach, Johannes Zuber
Pubblicato in: Nature, Numero 599/7885, 2021, Pagina/e 491-496, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-04035-8

In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Giacobelli VG, Fujishima K, Lepšík M, Tretyachenko V, Kadavá T, Makarov M, Bednárová L, Novák P, Hlouchová K
Pubblicato in: Mol Biol Evol, 2022, ISSN 0737-4038
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msac032

Benefits of Collisional Cross Section Assisted Precursor Selection (caps-PASEF) for Cross-linking Mass Spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Barbara Steigenberger, Henk W. P. van den Toorn, Emiel Bijl, Jean-François Greisch, Oliver Räther, Markus Lubeck, Roland J. Pieters, Albert J. R. Heck, Richard A. Scheltema
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 19/10, 2020, Pagina/e 1677-1687, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra120.002094

Decrypting drug actions and protein modifications by dose- and time-resolved proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zecha, Jana; Bayer, Florian P.; Wiechmann, Svenja; Woortman, Julia; Berner, Nicola; Mueller, Julian; Schneider, Annika; Kramer, Karl; Abril-Gil, Mar; Hopf, Thomas; Reichart, Leonie; Chen, Lin; Hansen, Fynn M.; Lechner, Severin; Samaras, Patroklos; Eckert, Stephan; Lautenbacher, Ludwig; Reinecke, Maria; Hamood, Firas; Prokofeva, Polina; Vornholz, Larsen; Falcomata, Chiara; Dorsch, Madeleine; Schroe
Pubblicato in: Science, Numero 380/6640, 2023, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade3925

A combination of molecular and clinical parameters provides a new strategy for high-grade serous ovarian cancer patient management (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bradbury, Melissa; Borras, Eva; Vilar, Marta; Castellvi, Josep; Luis Sanchez-Iglesias, Jose; Perez-Benavente, Assumpcio; Gil-Moreno, Antonio; Santamaria, Anna; Sabido, Eduard
Pubblicato in: J. Transl. Med., Numero 20/1, 2022, Pagina/e 611, ISSN 1479-5876
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12967-022-03816-7

Scop3P: A Comprehensive Resource of Human Phosphosites within Their Full Context (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ramasamy, Pathmanaban; Turan, Demet; Tichshenko, Natalia; Hulstaert, Niels; Vandermarliere, Elien; Vranken, Wim; Martens, Lennart
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 19/8, 2020, Pagina/e 3478-3486, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00306

Label-Free Mass Spectrometry-Based Quantification of Linker Histone H1 Variants in Clinical Samples (si apre in una nuova finestra)

Autori: Roberta Noberini, Cristina Morales Torres, Evelyn Oliva Savoia, Stefania Brandini, Maria Giovanna Jodice, Giovanni Bertalot, Giuseppina Bonizzi, Maria Capra, Giuseppe Diaferia, Paola Scaffidi, Tiziana Bonaldi
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Numero 21/19, 2020, Pagina/e 7330, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21197330

Chromatin-Bound Proteome Profiling by Genome Capture (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sergi Aranda, Eva Borràs, Eduard Sabidó, Luciano Di Croce
Pubblicato in: STAR Protocols, Numero 1/1, 2020, Pagina/e 100014, ISSN 2666-1667
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100014

Comparing Top-Down Proteoform Identification: Deconvolution, PrSM Overlap, and PTM Detection (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tabb, David L.; Jeong, Kyowon; Druart, Karen; Gant, Megan S.; Brown, Kyle A.; Nicora, Carrie; Zhou, Mowei; Couvillion, Sneha; Nakayasu, Ernesto; Williams, Janet E.; Peterson, Haley K.; McGuire, Michelle K.; McGuire, Mark A.; Metz, Thomas O.; Chamot-Rooke, Julia
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/7, 2023, Pagina/e 2199-2217, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00673

Hybrid-DIA: intelligent data acquisition integrates targeted and discovery proteomics to analyze phospho-signaling in single spheroids (si apre in una nuova finestra)

Autori: Martinez-Val, Ana; Fort, Kyle; Koenig, Claire; van der Hoeven, Leander; Franciosa, Giulia; Moehring, Thomas; Ishihama, Yasushi; Chen, Yu-ju; Makarov, Alexander; Xuan, Yue; Olsen, Jesper V.
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39347-y

Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment (si apre in una nuova finestra)

Autori: Louis-Félix Nothias, Daniel Petras, Robin Schmid, Kai Dührkop, Johannes Rainer, Abinesh Sarvepalli, Ivan Protsyuk, Madeleine Ernst, Hiroshi Tsugawa, Markus Fleischauer, Fabian Aicheler, Alexander A. Aksenov, Oliver Alka, Pierre-Marie Allard, Aiko Barsch, Xavier Cachet, Andres Mauricio Caraballo-Rodriguez, Ricardo R. Da Silva, Tam Dang, Neha Garg, Julia M. Gauglitz, Alexey Gurevich, Giorgis Isaac
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 17/9, 2020, Pagina/e 905-908, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0933-6

Combining CRISPRi and metabolomics for functional annotation of compound libraries (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anglada-Girotto M, Handschin G, Ortmayr K, Campos AI, Gillet L, Manfredi P, Mulholland CV, Berney M, Jenal U, Picotti P, Zampieri M.
Pubblicato in: Nat Chem Biol, 2022, ISSN 1552-4450
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-00970-3

Integrated Proteomics Unveils Nuclear PDE3A2 as a Regulator of Cardiac Myocyte Hypertrophy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Subramaniam, Gunasekaran; Schleicher, Katharina; Kovanich, Duangnapa; Zerio, Anna; Folkmanaite, Milda; Chao, Ying-Chi; Surdo, Nicoletta C.; Koschinski, Andreas; Hu, Jianshu; Scholten, Arjen; Heck, Albert J. R.; Ercu, Maria; Sholokh, Anastasiia; Park, Kyung Chan; Klussmann, Enno; Meraviglia, Viviana; Bellin, Milena; Zanivan, Sara; Hester, Svenja; Mohammed, Shabaz; Zaccolo, Manuela
Pubblicato in: Circ.Res., Numero 132/7, 2023, Pagina/e 828-848, ISSN 0009-7330
Editore: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.122.321448

N-terminal acetylation shields proteins from degradation and promotes age-dependent motility and longevity (si apre in una nuova finestra)

Autori: Varland, Sylvia; Silva, Rui Duarte; Kjosas, Ine; Faustino, Alexandra; Bogaert, Annelies; Billmann, Maximilian; Boukhatmi, Hadi; Kellen, Barbara; Costanzo, Michael; Drazic, Adrian; Osberg, Camilla; Chan, Katherine; Zhang, Xiang; Tong, Amy Hin Yan; Andreazza, Simonetta; Lee, Juliette J.; Nedyalkova, Lyudmila; Usaj, Matej; Whitworth, Alexander J.; Andrews, Brenda J.; Moffat, Jason; Myers, Chad L.; Ge
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 6774, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42342-y

The Role of Pseudo-Orthocaspase (SyOC) of Synechocystis sp. PCC 6803 in Attenuating the Effect of Oxidative Stress (si apre in una nuova finestra)

Autori: Saul Lema A, Marina Klemenčič, Franziska Völlmy, Maarten Altelaar, Christiane Funk
Pubblicato in: Frontiers in Microbiology, Numero 12, 2021, ISSN 1664-302X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2021.634366

Optineurin links Hace1-dependent Rac ubiquitylation to integrin-mediated mechanotransduction to control bacterial invasion and cell division (si apre in una nuova finestra)

Autori: Petracchini S, Hamaoui D, Doye A, Asnacios A, Fage F, Vitiello E, Balland M, Janel S, Lafont F, Gupta M, Ladoux B, Gilleron J, Maia TM, Impens F, Gagnoux-Palacios L, Daugaard M, Sorensen PH, Lemichez E, Mettouchi A.
Pubblicato in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33803-x

Spatiotemporal proteomic profiling of the pro-inflammatory response to lipopolysaccharide in the THP-1 human leukaemia cell line (si apre in una nuova finestra)

Autori: Claire M. Mulvey, Lisa M. Breckels, Oliver M. Crook, David J. Sanders, Andre L. R. Ribeiro, Aikaterini Geladaki, Andy Christoforou, Nina Kočevar Britovšek, Tracey Hurrell, Michael J. Deery, Laurent Gatto, Andrew M. Smith, Kathryn S. Lilley
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26000-9

Serine ADP-ribosylation in Drosophila provides insights into the evolution of reversible ADP-ribosylation signalling (si apre in una nuova finestra)

Autori: Fontana, Pietro; Buch-Larsen, Sara C.; Suyari, Osamu; Smith, Rebecca; Suskiewicz, Marcin J.; Schutzenhofer, Kira; Ariza, Antonio; Rack, Johannes Gregor Matthias; Nielsen, Michael L.; Ahel, Ivan
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 3200, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38793-y

Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Van den Bossche, Tim; Verschaffelt, Pieter; Schallert, Kay; Barsnes, Harald; Dawyndt, Peter; Benndorf, Dirk; Renard, Bernhard Y.; Mesuere, Bart; Martens, Lennart; Muth, Thilo
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 19/8, 2020, Pagina/e 3562-3566, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00136

Data Management of Sensitive Human Proteomics Data: Current Practices, Recommendations, and Perspectives for the Future (si apre in una nuova finestra)

Autori: Nuno Bandeira, Eric W. Deutsch, Oliver Kohlbacher, Lennart Martens, Juan Antonio Vizcaíno
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 20, 2021, Pagina/e 100071, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100071

A machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ilaria Piazza, Nigel Beaton, Roland Bruderer, Thomas Knobloch, Crystel Barbisan, Lucie Chandat, Alexander Sudau, Isabella Siepe, Oliver Rinner, Natalie de Souza, Paola Picotti, Lukas Reiter
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18071-x

Urinary Collectrin (TMEM27) as Novel Marker for Acute Kidney Injury (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pajenda S, Wagner L, Gerges D, Herkner H, Tevdoradze T, Mechtler K, Schmidt A, Winnicki W. 
Pubblicato in: Life, 2022, ISSN 2075-1729
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/life12091391

Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions (si apre in una nuova finestra)

Autori: C Silva AS, Bouwmeester R, Martens L, Degroeve S
Pubblicato in: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz383

Neutrophil azurophilic granule glycoproteins are distinctively decorated by atypical pauci- and phosphomannose glycans (si apre in una nuova finestra)

Autori: Karli R. Reiding, Yu-Hsien Lin, Floris P. J. van Alphen, Alexander B. Meijer, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Communications Biology, Numero 4/1, 2021, ISSN 2399-3642
Editore: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42003-021-02555-7

High Resolution Proteomic Analysis of Subcellular Fractionated Boar Spermatozoa Provides Comprehensive Insights Into Perinuclear Theca-Residing Proteins (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zhang M, Chiozzi RZ, Skerrett-Byrne DA, Veenendaal T, Klumperman J, Heck AJR, Nixon B, Helms JB, Gadella BM, Bromfield EG
Pubblicato in: Front Cell Dev Biol, 2022, ISSN 2296-634X
Editore: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fcell.2022.836208

Proteomic investigation of Cbl and Cbl-b in neuroblastoma cell differentiation highlights roles for SHP-2 and CDK16 (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anna-Kathrine Pedersen, Anamarija Pfeiffer, Gopal Karemore, Vyacheslav Akimov, Dorte B. Bekker-Jensen, Blagoy Blagoev, Chiara Francavilla, Jesper V. Olsen
Pubblicato in: iScience, Numero 24/4, 2021, Pagina/e 102321, ISSN 2589-0042
Editore: EMBO PRESS
DOI: 10.1016/j.isci.2021.102321

A serum proteome signature to predict mortality in severe COVID-19 patients (si apre in una nuova finestra)

Autori: Franziska Völlmy, Henk van den Toorn, Riccardo Zenezini Chiozzi, Ottavio Zucchetti, Alberto Papi, Carlo Alberto Volta, Luisa Marracino, Francesco Vieceli Dalla Sega, Francesca Fortini, Vadim Demichev, Pinkus Tober-Lau, Gianluca Campo, Marco Contoli, Markus Ralser, Florian Kurth, Savino Spadaro, Paola Rizzo, Albert JR Heck
Pubblicato in: Life Science Alliance, Numero 4/9, 2021, Pagina/e e202101099, ISSN 2575-1077
Editore: EMBO Press
DOI: 10.26508/lsa.202101099

BRCA1 mutations in high-grade serous ovarian cancer are associated with proteomic changes in DNA repair, splicing, transcription regulation and signaling (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bradbury M, Borràs E, Castellví J, Méndez O, Sánchez-Iglesias JL, Pérez-Benavente A, Gil-Moreno A, Sabidó E, Santamaria A.
Pubblicato in: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-08461-0

Expression of NORAD correlates with breast cancer aggressiveness and protects breast cancer cells from chemotherapy (si apre in una nuova finestra)

Autori: Alves-Vale, Catarina; Capela, Ana Maria; Tavares-Marcos, Carlota; Domingues-Silva, Beatriz; Pereira, Bruno; Santos, Francisco; Gomes, Carla Pereira; Espadas, Guadalupe; Vitorino, Rui; Sabido, Eduard; Borralho, Paula; Nobrega-Pereira, Sandrina; de Jesuse, Bruno Bernardes
Pubblicato in: Mol. Ther. Nucl. Acids, Numero 33, 2023, ISSN 2162-2531
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.omtn.2023.08.019

Waves of sumoylation support transcription dynamics during adipocyte differentiation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zhao X, Hendriks IA, Le Gras S, Ye T, Ramos-Alonso L, Nguéa P A, Lien GF, Ghasemi F, Klungland A, Jost B, Enserink JM, Nielsen ML
Pubblicato in: Nucleic Acids Res, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: OXFORD UNIV PRESS
DOI: 10.1093/nar/gkac027

Comparative Proteome Signatures of Trace Samples by Multiplexed Data-Independent Acquisition (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ctortecka C, Krššáková G, Stejskal K, Penninger JM, Mendjan S, Mechtler K, Stadlmann J.
Pubblicato in: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9484
Editore: Elsiver
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100177

MS Annika 2.0 Identifies Cross-Linked Peptides in MS2-MS3-Based Workflows at High Sensitivity and Specificity (si apre in una nuova finestra)

Autori: Birklbauer, Micha J. J.; Matzinger, Manuel; Mueller, Fraenze; Mechtler, Karl; Dorfer, Viktoria
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/9, 2023, Pagina/e 3009-3021, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00325

Cross-ID: Analysis and Visualization of Complex XL–MS-Driven Protein Interaction Networks (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sebastiaan C. de Graaf, Oleg Klykov, Henk van den Toorn, Richard A. Scheltema
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 18/2, 2018, Pagina/e 642-651, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00725

PhoX: An IMAC-Enrichable Cross-Linking Reagent (si apre in una nuova finestra)

Autori: Barbara Steigenberger, Roland J. Pieters, Albert J. R. Heck, Richard A. Scheltema
Pubblicato in: ACS Central Science, Numero 5/9, 2019, Pagina/e 1514-1522, ISSN 2374-7943
Editore: ACS CENTRAL SCIENCE
DOI: 10.1021/acscentsci.9b00416

Binding of eIF3 in complex with eIF5 and eIF1 to the 40S ribosomal subunit is accompanied by dramatic structural changes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jakub Zeman, Yuzuru Itoh, Zdeněk Kukačka, Michal Rosůlek, Daniel Kavan, Tomáš Kouba, Myrte E Jansen, Mahabub P Mohammad, Petr Novák, Leoš S Valášek
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 47/15, 2019, Pagina/e 8282-8300, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz570

Quantifying the impact of public omics data (si apre in una nuova finestra)

Autori: Yasset Perez-Riverol, Andrey Zorin, Gaurhari Dass, Manh-Tu Vu, Pan Xu, Mihai Glont, Juan Antonio Vizcaíno, Andrew F. Jarnuczak, Robert Petryszak, Peipei Ping, Henning Hermjakob
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11461-w

N-terminal β-strand underpins biochemical specialization of an ATG8 isoform (si apre in una nuova finestra)

Autori: Erin K. Zess, Cassandra Jensen, Neftaly Cruz-Mireles, Juan Carlos De la Concepcion, Jan Sklenar, Madlen Stephani, Richard Imre, Elisabeth Roitinger, Richard Hughes, Khaoula Belhaj, Karl Mechtler, Frank L. H. Menke, Tolga Bozkurt, Mark J. Banfield, Sophien Kamoun, Abbas Maqbool, Yasin F. Dagdas
Pubblicato in: PLOS Biology, Numero 17/7, 2019, Pagina/e e3000373, ISSN 1545-7885
Editore: PLOS BIOL
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000373

A Colorful Pallet of B-Phycoerythrin Proteoforms Exposed by a Multimodal Mass Spectrometry Approach (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sem Tamara, Max Hoek, Richard A. Scheltema, Aneika C. Leney, Albert J.R. Heck
Pubblicato in: Chem, Numero 5/5, 2019, Pagina/e 1302-1317, ISSN 2451-9294
Editore: CHEM
DOI: 10.1016/j.chempr.2019.03.006

Isotopologue Multipoint Calibration for Proteomics Biomarker Quantification in Clinical Practice (si apre in una nuova finestra)

Autori: Cristina Chiva, Olga Pastor, Lucía Trilla-Fuertes, Angelo Gámez-Pozo, Juan Ángel Fresno Vara, Eduard Sabidó
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 91/8, 2019, Pagina/e 4934-4938, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b05802

Phosphopeptide Fragmentation and Site Localization by Mass Spectrometry: An Update (si apre in una nuova finestra)

Autori: Clement M. Potel, Simone Lemeer, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 91/1, 2018, Pagina/e 126-141, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b04746

MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex (si apre in una nuova finestra)

Autori: Slavata, Chmelík, Kavan, Filandrová, Fiala, Rosůlek, Mrázek, Kukačka, Vališ, Man, Miller, McIntyre, Fabris, Novák
Pubblicato in: Biomolecules, Numero 9/10, 2019, Pagina/e 535, ISSN 2218-273X
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/biom9100535

Improved Sensitivity in Low-Input Proteomics Using Micropillar Array-Based Chromatography (si apre in una nuova finestra)

Autori: Johannes Stadlmann, Otto Hudecz, Gabriela Krššáková, Claudia Ctortecka, Geert Van Raemdonck, Jeff Op De Beeck, Gert Desmet, Josef M. Penninger, Paul Jacobs, Karl Mechtler
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 91/22, 2019, Pagina/e 14203-14207, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.9b02899

Absolute quantification of cohesin, CTCF and their regulators in human cells (si apre in una nuova finestra)

Autori: Johann Holzmann, Antonio Z Politi, Kota Nagasaka, Merle Hantsche-Grininger, Nike Walther, Birgit Koch, Johannes Fuchs, Gerhard Dürnberger, Wen Tang, Rene Ladurner, Roman R Stocsits, Georg A Busslinger, Béla Novák, Karl Mechtler, Iain Finley Davidson, Jan Ellenberg, Jan-Michael Peters
Pubblicato in: eLife, Numero 8, 2019, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.46269

Proteases Immobilization for In Situ Time-Limited Proteolysis on MALDI Chips (si apre in una nuova finestra)

Autori: Rosulek, Darebna, Pompach, Slavata, Novak
Pubblicato in: Catalysts, Numero 9/10, 2019, Pagina/e 833, ISSN 2073-4344
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/catal9100833

Oncogenic Mutations Rewire Signaling Pathways by Switching Protein Recruitment to Phosphotyrosine Sites (si apre in una nuova finestra)

Autori: Alicia Lundby, Giulia Franciosa, Kristina B. Emdal, Jan C. Refsgaard, Sebastian P. Gnosa, Dorte B. Bekker-Jensen, Anna Secher, Svetlana R. Maurya, Indranil Paul, Blanca L. Mendez, Christian D. Kelstrup, Chiara Francavilla, Marie Kveiborg, Guillermo Montoya, Lars J. Jensen, Jesper V. Olsen
Pubblicato in: Cell, Numero 179/2, 2019, Pagina/e 543-560.e26, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.09.008

Missing regions within the molecular architecture of human fibrin clots structurally resolved by XL-MS and integrative structural modeling (si apre in una nuova finestra)

Autori: Oleg Klykov, Carmen van der Zwaan, Albert J. R. Heck, Alexander B. Meijer, Richard A. Scheltema
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 117/4, 2020, Pagina/e 1976-1987, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1911785117

Targeting proline in (phospho)proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Saar A. M. Laarse, Charlotte A. G. H. Gelder, Marshall Bern, Michiel Akeroyd, Maurien M. A. Olsthoorn, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15190

Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ana S C. Silva, Robbin Bouwmeester, Lennart Martens, Sven Degroeve
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 35/24, 2019, Pagina/e 5243-5248, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz383

Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent acquisition without the need for spectral libraries (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dorte B. Bekker-Jensen, Oliver M. Bernhardt, Alexander Hogrebe, Ana Martinez-Val, Lynn Verbeke, Tejas Gandhi, Christian D. Kelstrup, Lukas Reiter, Jesper V. Olsen
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-14609-1

EPIFANY: A Method for Efficient High-Confidence Protein Inference (si apre in una nuova finestra)

Autori: Julianus Pfeuffer, Timo Sachsenberg, Tjeerd M. H. Dijkstra, Oliver Serang, Knut Reinert, Oliver Kohlbacher
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00566

Enrichment of histones from patient samples for mass spectrometry-based analysis of post-translational modifications (si apre in una nuova finestra)

Autori: Roberta Noberini, Camilla Restellini, Evelyn Oliva Savoia, Tiziana Bonaldi
Pubblicato in: Methods, 2019, ISSN 1046-2023
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.10.001

ThermoRawFileParser: Modular, Scalable, and Cross-Platform RAW File Conversion (si apre in una nuova finestra)

Autori: Niels Hulstaert, Jim Shofstahl, Timo Sachsenberg, Mathias Walzer, Harald Barsnes, Lennart Martens, Yasset Perez-Riverol
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 19/1, 2019, Pagina/e 537-542, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00328

The Human Immunopeptidome Project: A Roadmap to Predict and Treat Immune Diseases (si apre in una nuova finestra)

Autori: Juan Antonio Vizcaíno, Peter Kubiniok, Kevin A. Kovalchik, Qing Ma, Jérôme D. Duquette, Ian Mongrain, Eric W. Deutsch, Bjoern Peters, Alessandro Sette, Isabelle Sirois, Etienne Caron
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 19/1, 2020, Pagina/e 31-49, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.r119.001743

ESCO1 and CTCF enable formation of long chromatin loops by protecting cohesinSTAG1 from WAPL (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gordana Wutz, Rene Ladurner, Brian Glenn St Hilaire, Roman R Stocsits, Kota Nagasaka, Benoit Pignard, Adrian Sanborn, Wen Tang, Csilla Várnai, Miroslav P Ivanov, Stefan Schoenfelder, Petra van der Lelij, Xingfan Huang, Gerhard Dürnberger, Elisabeth Roitinger, Karl Mechtler, Iain Finley Davidson, Peter Fraser, Erez Lieberman-Aiden, Jan-Michael Peters
Pubblicato in: eLife, Numero 9, 2020, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.52091

Generating high quality libraries for DIA MS with empirically corrected peptide predictions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Brian C. Searle, Kristian E. Swearingen, Christopher A. Barnes, Tobias Schmidt, Siegfried Gessulat, Bernhard Küster, Mathias Wilhelm
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15346-1

The omics discovery REST interface (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gaurhari Dass, Manh-Tu Vu, Pan Xu, Enrique Audain, Marc-Phillip Hitz, Björn A Grüning, Henning Hermjakob, Yasset Perez-Riverol
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2020, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa326

FLASHDeconv: Ultrafast, High-Quality Feature Deconvolution for Top-Down Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Kyowon Jeong, Jihyung Kim, Manasi Gaikwad, Siti Nurul Hidayah, Laura Heikaus, Hartmut Schlüter, Oliver Kohlbacher
Pubblicato in: Cell Systems, Numero 10/2, 2020, Pagina/e 213-218.e6, ISSN 2405-4712
Editore: Cell Press, Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.cels.2020.01.003

Removing the Hidden Data Dependency of DIA with Predicted Spectral Libraries (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bart Van Puyvelde, Sander Willems, Ralf Gabriels, Simon Daled, Laura De Clerck, Sofie Vande Casteele, An Staes, Francis Impens, Dieter Deforce, Lennart Martens, Sven Degroeve, Maarten Dhaenens
Pubblicato in: PROTEOMICS, Numero 20/3-4, 2020, Pagina/e 1900306, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.201900306

To Cleave or Not To Cleave in XL-MS? (si apre in una nuova finestra)

Autori: B. Steigenberger, P. Albanese, A. J. R. Heck, R. A. Scheltema
Pubblicato in: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Numero 31/2, 2020, Pagina/e 196-206, ISSN 1044-0305
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.9b00085

Resolving heterogeneous macromolecular assemblies by Orbitrap-based single-particle charge detection mass spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tobias P. Wörner, Joost Snijder, Antonette Bennett, Mavis Agbandje-McKenna, Alexander A. Makarov, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 17/4, 2020, Pagina/e 395-398, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0770-7

Simple Peptide Quantification Approach for MS-Based Proteomics Quality Control (si apre in una nuova finestra)

Autori: Teresa Mendes Maia, An Staes, Kim Plasman, Jarne Pauwels, Katie Boucher, Andrea Argentini, Lennart Martens, Tony Montoye, Kris Gevaert, Francis Impens
Pubblicato in: ACS Omega, Numero 5/12, 2020, Pagina/e 6754-6762, ISSN 2470-1343
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.0c00080

N-Terminal Proteoforms in Human Disease (si apre in una nuova finestra)

Autori: Annelies Bogaert, Esperanza Fernandez, Kris Gevaert
Pubblicato in: Trends in Biochemical Sciences, Numero 45/4, 2020, Pagina/e 308-320, ISSN 0968-0004
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2019.12.009

The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling ‘big data’ approaches in proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Eric W Deutsch, Nuno Bandeira, Vagisha Sharma, Yasset Perez-Riverol, Jeremy J Carver, Deepti J Kundu, David García-Seisdedos, Andrew F Jarnuczak, Suresh Hewapathirana, Benjamin S Pullman, Julie Wertz, Zhi Sun, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Henning Hermjakob, Brendan MacLean, Michael J MacCoss, Yunping Zhu, Yasushi Ishihama, Juan A Vizcaíno
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz984

Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jan Fiala, Zdeněk Kukačka, Petr Novák
Pubblicato in: Journal of Proteomics, Numero 218, 2020, Pagina/e 103716, ISSN 1874-3919
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103716

COSS: A fast and user-friendly tool for spectral library searching (si apre in una nuova finestra)

Autori: Genet Abay Shiferaw, Elien Vandermarliere, Niels Hulstaert, Ralf Gabriels, Lennart Martens, Pieter-Jan Volders
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00743

Fast and Highly Efficient Affinity Enrichment of Azide-A-DSBSO Cross-Linked Peptides (si apre in una nuova finestra)

Autori: Manuel Matzinger, Wolfgang Kandioller, Philipp Doppler, Elke H. Heiss, Karl Mechtler
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 19/5, 2020, Pagina/e 2071-2079, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00003

Fishing for newly synthesized proteins with phosphonate-handles (si apre in una nuova finestra)

Autori: Fleur Kleinpenning, Barbara Steigenberger, Wei Wu, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17010-0

A synthetic peptide library for benchmarking crosslinking-mass spectrometry search engines for proteins and protein complexes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Rebecca Beveridge, Johannes Stadlmann, Josef M. Penninger, Karl Mechtler
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-14608-2

The Age of Data‐Driven Proteomics: How Machine Learning Enables Novel Workflows (si apre in una nuova finestra)

Autori: Robbin Bouwmeester, Ralf Gabriels, Tim Van Den Bossche, Lennart Martens, Sven Degroeve
Pubblicato in: PROTEOMICS, 2020, Pagina/e 1900351, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.201900351

Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tim Van Den Bossche, Pieter Verschaffelt, Kay Schallert, Harald Barsnes, Peter Dawyndt, Dirk Benndorf, Bernhard Y. Renard, Bart Mesuere, Lennart Martens, Thilo Muth
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00136

Robust Summarization and Inference in Proteome-wide Label-free Quantification (si apre in una nuova finestra)

Autori: Adriaan Sticker, Ludger Goeminne, Lennart Martens, Lieven Clement
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 19/7, 2020, Pagina/e 1209-1219, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra119.001624

Generalized Calibration Across Liquid Chromatography Setups for Generic Prediction of Small-Molecule Retention Times (si apre in una nuova finestra)

Autori: Robbin Bouwmeester, Lennart Martens, Sven Degroeve
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 92/9, 2020, Pagina/e 6571-6578, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00233

Scop3P: A Comprehensive Resource of Human Phosphosites within Their Full Context (si apre in una nuova finestra)

Autori: Pathmanaban Ramasamy, Demet Turan, Natalia Tichshenko, Niels Hulstaert, Elien Vandermarliere, Wim Vranken, Lennart Martens
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00306

Updated MS²PIP web server delivers fast and accurate MS² peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ralf Gabriels, Lennart Martens, Sven Degroeve
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 47/W1, 2019, Pagina/e W295-W299, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz299

New findings on the action of hypericin in hypoxic cancer cells with a focus on the modulation of side population cells (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bukova, Viktoria; Vargova, Jana; Babincak, Marian; Jendzelovsky, Rastislav; Zdrahal, Zbynek; Roudnicky, Pavel; Kosuth, Jan; Fedorocko, Peter
Pubblicato in: Biomed. Pharmacother., Numero 163, 2023, Pagina/e 114829, ISSN 0753-3322
Editore: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2023.114829

Notch–Jagged signaling complex defined by an interaction mosaic (si apre in una nuova finestra)

Autori: Matthieu R. Zeronian, Oleg Klykov, Júlia Portell i de Montserrat, Maria J. Konijnenberg, Anamika Gaur, Richard A. Scheltema, Bert J. C. Janssen
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 118/30, 2021, Pagina/e e2102502118, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2102502118

MSstats Version 4.0: Statistical Analyses of Quantitative Mass Spectrometry-Based Proteomic Experiments with Chromatography-Based Quantification at Scale (si apre in una nuova finestra)

Autori: Kohler, Devon; Staniak, Mateusz; Tsai, Tsung-Heng; Huang, Ting; Shulman, Nicholas; Bernhardt, Oliver M.; MacLean, Brendan X.; Nesvizhskii, Alexey I.; Reiter, Lukas; Sabido, Eduard; Choi, Meena; Vitek, Olga
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/5, 2023, Pagina/e 1466-1482, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00834

psm_utils: A High-Level Python API for Parsing and Handling Peptide-Spectrum Matches and Proteomics Search Results (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gabriels, Ralf; Declercq, Arthur; Bouwmeester, Robbin; Degroeve, Sven; Martens, Lennart
Pubblicato in: J. Proteome Res., 2022, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00609

Mass spectrometry‐based characterization of histones in clinical samples: applications, progresses, and challenges (si apre in una nuova finestra)

Autori: Roberta Noberini, Giulia Robusti, Tiziana Bonaldi
Pubblicato in: The FEBS Journal, 2021, ISSN 1742-464X
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15707

The LncRNA LENOX Interacts with RAP2C to Regulate Metabolism and Promote Resistance to MAPK Inhibition in Melanoma (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gambi, Giovanni; Mengus, Gabrielle; Davidson, Guillaume; Demesmaeker, Ewout; Cuomo, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Katopodi, Vicky; Malouf, Gabriel G.; Leucci, Eleonora; Davidson, Irwin
Pubblicato in: Cancer Res., Numero 82/24, 2022, Pagina/e 4555-4570, ISSN 0008-5472
Editore: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-22-0959

β-RA Targets Mitochondrial Metabolism and Adipogenesis, Leading to Therapeutic Benefits against CoQ Deficiency and Age-Related Overweight (si apre in una nuova finestra)

Autori: Agustín Hidalgo-Gutiérrez, Eliana Barriocanal-Casado, María Elena Díaz-Casado, Pilar González-García, Riccardo Zenezini Chiozzi, Darío Acuña-Castroviejo, Luis Carlos López
Pubblicato in: Biomedicines, Numero 9/10, 2021, Pagina/e 1457, ISSN 2227-9059
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/biomedicines9101457

Optimization of a Top-Down Proteomics Platform for Closely Related Pathogenic Bacterial Discrimination (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mathieu Dupré, Magalie Duchateau, Christian Malosse, Diogo Borges-Lima, Valeria Calvaresi, Isabelle Podglajen, Dominique Clermont, Martial Rey, Julia Chamot-Rooke
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00351

DUX4-r exerts a neomorphic activity that depends on GTF2I in acute lymphoblastic leukemia (si apre in una nuova finestra)

Autori: Campolungo, Daniele; Salome, Mara; Biferali, Beatrice; Tascini, Anna Sofia; Gabellini, Davide
Pubblicato in: Sci. Adv., Numero 9/37, 2023, Pagina/e eadi3771, ISSN 2375-2548
Editore: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.adi3771

Deciphering of benzothiadiazole (BTH)-induced response of tomato (Solanum lycopersicum L.) and its effect on early response to virus infection through the multi-omics approach (si apre in una nuova finestra)

Autori: Frackowiak, Patryk; Wrzesinska, Barbara; Wieczorek, Przemyslaw; Sanchez-Bel, Paloma; Kunz, Laura; Dittmann, Antje; Obrepalska-Steplowska, Aleksandra
Pubblicato in: Plant Soil, Numero 481/1-2, 2022, Pagina/e 511-534, ISSN 0032-079X
Editore: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11104-022-05651-7

Detection and quantification of the histone code in the fungal genus Aspergillus (si apre in una nuova finestra)

Autori: Zhang, Xin; Noberini, Roberta; Vai, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Seidl, Michael F.; Collemare, Jerome
Pubblicato in: Fungal Genet. Biol., Numero 167, 2023, Pagina/e 103800, ISSN 1087-1845
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2023.103800

 Predicting fragment intensities and retention time of iTRAQ- and TMTPro-labeled peptides with Prosit-TMT (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gabriel W, Giurcoiu V, Lautenbacher L, Wilhelm M.
Pubblicato in: Proteomics, 2022, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100257

Extending Native Top-Down Electron Capture Dissociation to MDa Immunoglobulin Complexes Provides Useful Sequence Tags Covering Their Critical Variable Complementarity-Determining Regions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Greisch, Jean-Francois; den Boer, Maurits A.; Lai, Szu-Hsueh; Gallagher, Kelly; Bondt, Albert; Commandeur, Jan; Heck, Albert J. R.
Pubblicato in: Anal. Chem., Numero 93/48, 2021, Pagina/e 16068-16075, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c03740

Enzyme expression kinetics by Escherichia coli during transition from rich to minimal media depends on proteome reserves (si apre in una nuova finestra)

Autori: Wu, Chenhao; Mori, Matteo; Abele, Miriam; Banaei-Esfahani, Amir; Zhang, Zhongge; Okano, Hiroyuki; Aebersold, Ruedi; Ludwig, Christina; Hwa, Terence
Pubblicato in: NAT. MICROBIOL, Numero 8/2, 2023, Pagina/e 347, ISSN 2058-5276
Editore: NATURE PORTFOLIO
DOI: 10.1038/s41564-022-01310-w

Cleavable Cross-Linkers and Mass Spectrometry for the Ultimate Task of Profiling Protein–Protein Interaction Networks in Vivo (si apre in una nuova finestra)

Autori: Manuel Matzinger, Karl Mechtler
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/1, 2021, Pagina/e 78-93, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00583

Human plasma IgG1 repertoires are simple, unique, and dynamic (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bondt, Albert; Hoek, Max; Tamara, Sem; Bastiaan de Graaf; Peng, Weiwei; Schulte, Douwe; van Rijswijck, Danique M. H.; den Boer, Maurits A.; Greisch, Jean-Francois; Varkila, Meri R. J.; Snijder, Joost; Cremer, Olaf L.; Bonten, Marc J. M.; Heck, Albert J. R.
Pubblicato in: Cell Syst., Numero 12/12, 2021, Pagina/e 1131, ISSN 2405-4712
Editore: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cels.2021.08.008

Ultrasensitive NanoLC-MS of Subnanogram Protein Samples Using Second Generation Micropillar Array LC Technology with Orbitrap Exploris 480 and FAIMS PRO (si apre in una nuova finestra)

Autori: Karel Stejskal, Jeff Op de Beeck, Gerhard Dürnberger, Paul Jacobs, Karl Mechtler
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 93/25, 2021, Pagina/e 8704-8710, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c00990

Molecular principles of Piwi-mediated cotranscriptional silencing through the dimeric SFiNX complex (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jakob Schnabl, Juncheng Wang, Ulrich Hohmann, Maja Gehre, Julia Batki, Veselin I. Andreev, Kim Purkhauser, Nina Fasching, Peter Duchek, Maria Novatchkova, Karl Mechtler, Clemens Plaschka, Dinshaw J. Patel, Julius Brennecke
Pubblicato in: Genes & Development, Numero 35/5-6, 2021, Pagina/e 392-409, ISSN 0890-9369
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.347989.120

Repurposing the antipsychotic drug amisulpride for targeting synovial fibroblast activation in arthritis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Papadopoulou, Dimitra; Roumelioti, Fani; Tzaferis, Christos; Chouvardas, Panagiotis; Pedersen, Anna-Kathrine; Charalampous, Filippos; Christodoulou-Vafeiadou, Eleni; Ntari, Lydia; Karagianni, Niki; Denis, Maria C.; V. Olsen, Jesper V.; Matralis, Alexios N.; Kollias, George
Pubblicato in: JCI Insight, Numero 8/9, 2023, Pagina/e e165024, ISSN 2379-3708
Editore: AMER SOC CLINICAL INVESTIGATION INC
DOI: 10.1172/jci.insight.165024

Identification of Carcinogenesis and Tumor Progression Processes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Using High-Throughput Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Trilla-Fuertes L, Gámez-Pozo A, Lumbreras-Herrera MI, López-Vacas R, Heredia-Soto V, Ghanem I, López-Camacho E, Zapater-Moros A, Miguel M, Peña-Burgos EM, Palacios E, De Uribe M, Guerra L, Dittmann A, Mendiola M, Fresno Vara JÁ, Feliu J
Pubblicato in: Cancers, 2022, ISSN 2072-6694
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14102414

Quantifying Positional Isomers (QPI) by Top-Down Mass Spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Andrea M. Brunner, Philip Lössl, Paul P. Geurink, Huib Ovaa, P. Albanese, A.F. Maarten Altelaar, Albert J.R. Heck, Richard A. Scheltema
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 20, 2021, Pagina/e 100070, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100070

FLASHIda enables intelligent data acquisition for top-down proteomics to boost proteoform identification counts (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jeong, Kyowon; Babovic, Masa; Gorshkov, Vladimir; Kim, Jihyung; Jensen, Ole N.; Kohlbacher, Oliver
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 13/1, 2022, Pagina/e 4407, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31922-z

Systemic LRG1 Expression in Melanoma is Associated with Disease Progression and Recurrence (si apre in una nuova finestra)

Autori: Hoefsmit, Esmee P.; Vollmy, Franziska; Rozeman, Elisa A.; Reijers, Irene L. M.; Versluis, Judith M.; Hoekman, Liesbeth; van Akkooi, Alexander C. J.; Long, Georgina, V; Schadendorf, Dirk; Dummer, Reinhard; Altelaar, Maarten; Blank, Christian U.
Pubblicato in: Cancer Res. Commun., 2023, ISSN 2767-9764
Editore: AMER ASSOC CANCER RESEARCH
DOI: 10.1158/2767-9764.crc-23-0015

Nse5/6 inhibits the Smc5/6 ATPase and modulates DNA substrate binding (si apre in una nuova finestra)

Autori: Michael Taschner, Jérôme Basquin, Barbara Steigenberger, Ingmar B Schäfer, Young‐Min Soh, Claire Basquin, Esben Lorentzen, Markus Räschle, Richard A Scheltema, Stephan Gruber
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 40/15, 2021, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021107807

Single-cell derived tumor organoids display diversity in HLA class I peptide presentation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Laura C. Demmers, Kai Kretzschmar, Arne Van Hoeck, Yotam E. Bar-Epraïm, Henk W. P. van den Toorn, Mandy Koomen, Gijs van Son, Joost van Gorp, Apollo Pronk, Niels Smakman, Edwin Cuppen, Hans Clevers, Albert J. R. Heck, Wei Wu
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19142-9

Quantitative Longitudinal Inventory of the N -Glycoproteome of Human Milk from a Single Donor Reveals the Highly Variable Repertoire and Dynamic Site-Specific Changes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jing Zhu, Yu-Hsien Lin, Kelly A. Dingess, Marko Mank, Bernd Stahl, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 19/5, 2020, Pagina/e 1941-1952, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00753

Staphylococcal protein A inhibits complement activation by interfering with IgG hexamer formation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ana Rita Cruz, Maurits A. den Boer, Jürgen Strasser, Seline A. Zwarthoff, Frank J. Beurskens, Carla J. C. de Haas, Piet C. Aerts, Guanbo Wang, Rob N. de Jong, Fabio Bagnoli, Jos A. G. van Strijp, Kok P. M. van Kessel, Janine Schuurman, Johannes Preiner, Albert J. R. Heck, Suzan H. M. Rooijakkers
Pubblicato in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numero 118/7, 2021, Pagina/e e2016772118, ISSN 0027-8424
Editore: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2016772118

Cov-MS: A Community-Based Template Assay for Mass-Spectrometry-Based Protein Detection in SARS-CoV-2 Patients (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bart Van Puyvelde, Katleen Van Uytfanghe, Olivier Tytgat, Laurence Van Oudenhove, Ralf Gabriels, Robbin Bouwmeester, Simon Daled, Tim Van Den Bossche, Pathmanaban Ramasamy, Sigrid Verhelst, Laura De Clerck, Laura Corveleyn, Sander Willems, Nathan Debunne, Evelien Wynendaele, Bart De Spiegeleer, Peter Judak, Kris Roels, Laurie De Wilde, Peter Van Eenoo, Tim Reyns, Marc Cherlet, Emmie Dumont, Griet
Pubblicato in: JACS Au, Numero 1/6, 2021, Pagina/e 750-765, ISSN 2691-3704
Editore: Amer Chem Soc
DOI: 10.1021/jacsau.1c00048

ProteomicsML: An Online Platform for Community-Curated Data sets and Tutorials for Machine Learning in Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Rehfeldt, Tobias G.; Gabriels, Ralf; Bouwmeester, Robbin; Gessulat, Siegfried; Neely, Benjamin A.; Palmblad, Magnus; Perez-Riverol, Yasset; Schmidt, Tobias; Vizcaino, Juan Antonio; Deutsch, Eric W.
Pubblicato in: J. Proteome Res., 2023, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00629

Label-free single cell proteomics utilizing ultrafast LC and MS instrumentation: A valuable complementary technique to multiplexing (si apre in una nuova finestra)

Autori: Matzinger, Manuel; Mayer, Rupert L.; Mechtler, Karl
Pubblicato in: Proteomics, Numero 23/13-14, 2023, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200162

Crosstalk between H2A variant-specific modifications impacts vital cell functions (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anna Schmücker, Bingkun Lei, Zdravko J. Lorković, Matías Capella, Sigurd Braun, Pierre Bourguet, Olivier Mathieu, Karl Mechtler, Frédéric Berger
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 17/6, 2021, Pagina/e e1009601, ISSN 1553-7404
Editore: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009601

Spatial proteomics defines the content of trafficking vesicles captured by golgin tethers (si apre in una nuova finestra)

Autori: John J. H. Shin, Oliver M. Crook, Alicia C. Borgeaud, Jérôme Cattin-Ortolá, Sew Y. Peak-Chew, Lisa M. Breckels, Alison K. Gillingham, Jessica Chadwick, Kathryn S. Lilley, Sean Munro
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19840-4

Mapping Physiological ADP-Ribosylation Using Activated Ion Electron Transfer Dissociation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sara C. Buch-Larsen, Ivo A. Hendriks, Jean M. Lodge, Martin Rykær, Benjamin Furtwängler, Evgenia Shishkova, Michael S. Westphall, Joshua J. Coon, Michael L. Nielsen
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 32/12, 2020, Pagina/e 108176, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108176

MS(2)Rescore: Data-Driven Rescoring Dramatically Boosts Immunopeptide Identification Rates (si apre in una nuova finestra)

Autori: Declercq A, Bouwmeester R, Hirschler A, Carapito C, Degroeve S, Martens L, Gabriels R.
Pubblicato in: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100266

Sensitive and Specific Spectral Library Searching with CompOmics Spectral Library Searching Tool and Percolator (si apre in una nuova finestra)

Autori: Shiferaw, Genet Abay; Gabriels, Ralf; Bouwmeester, Robbin; Van den Bossche, Tim; Vandermarliere, Elien; Martens, Lennart; Volders, Pieter-Jan
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 21/5, 2022, Pagina/e 1365-1370, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00075

MaxQuant.Live Enables Enhanced Selectivity and Identification of Peptides Modified by Endogenous SUMO and Ubiquitin (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ivo A. Hendriks, Vyacheslav Akimov, Blagoy Blagoev, Michael L. Nielsen
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/4, 2021, Pagina/e 2042-2055, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00892

MS Annika: A New Cross-Linking Search Engine (si apre in una nuova finestra)

Autori: Georg J. Pirklbauer, Christian E. Stieger, Manuel Matzinger, Stephan Winkler, Karl Mechtler, Viktoria Dorfer
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/5, 2021, Pagina/e 2560-2569, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c01000

LFQ-Based Peptide and Protein Intensity Differential Expression Analysis (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bai, Mingze; Deng, Jingwen; Dai, Chengxin; Pfeuffer, Julianus; Sachsenberg, Timo; Perez-Riverol, Yasset
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/6, 2023, Pagina/e 2114-2123, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00812

Optimal analytical strategies for sensitive and quantitative phosphoproteomics using TMT-based multiplexing (si apre in una nuova finestra)

Autori: Koenig C, Martinez-Val A, Franciosa G, Olsen JV.
Pubblicato in: Proteomics, Numero 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100245

"Response to ""BAP1 Germline Mutation Associated with Bilateral Primary Uveal Melanoma" (si apre in una nuova finestra)

Autori: Herwig-Carl MC, Sharma A, Melzer C, Holz FG, Loeffler KU.
Pubblicato in: Ocular Oncology and Pathlogy, 2021, ISSN 2296-4681
Editore: Kager AG
DOI: 10.1159/000513554

Protocol for high-throughput semi-automated label-free- or TMT-based phosphoproteome profiling (si apre in una nuova finestra)

Autori: Koenig, Claire; Martinez-Val, Ana; Naicker, Previn; Stoychev, Stoyan; Jordaan, Justin; Oslen, Jesper, V
Pubblicato in: STAR Protoc., Numero 4/3, 2023, Pagina/e 102536, ISSN 2666-1667
Editore: ELSEVIER
DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102536

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data, (si apre in una nuova finestra)

Autori: PDBe-KB consortium
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

Obtaining Complete Human Proteomes (si apre in una nuova finestra)

Autori: Martinez-Val, Ana; Guzman, Ulises H.; Olsen, Jesper, V
Pubblicato in: Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., Numero 23, 2022, Pagina/e 99-121, ISSN 1527-8204
Editore: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-genom-112921-024948

Robust Summarization and Inference in Proteome-wide Label-free Quantification (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sticker, Adriaan; Goeminne, Ludger; Martens, Lennart; Clement, Lieven
Pubblicato in: Mol. Cell. Proteomics, Numero 19/7, 2020, Pagina/e 1209-1219, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra119.001624

Widespread amyloidogenicity potential of multiple myeloma patient-derived immunoglobulin light chains (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sternke-Hoffmann, Rebecca; Pauly, Thomas; Norrild, Rasmus K.; Hansen, Jan; Tucholski, Florian; Hoie, Magnus Haraldson; Marcatili, Paolo; Dupre, Mathieu; Duchateau, Magalie; Rey, Martial; Malosse, Christian; Metzger, Sabine; Boquoi, Amelie; Platten, Florian; Egelhaaf, Stefan U.; Chamot-Rooke, Julia; Fenk, Roland; Nagel-Steger, Luitgard; Haas, Rainer; Buell, Alexander K.
Pubblicato in: BMC Biol., Numero 21/1, 2023, Pagina/e 21, ISSN 1741-7007
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01506-w

Oktoberfest: Open-source spectral library generation and rescoring pipeline based on Prosit (si apre in una nuova finestra)

Autori: Picciani, Mario; Gabriel, Wassim; Giurcoiu, Victor-George; Shouman, Omar; Hamood, Firas; Lautenbacher, Ludwig; Jensen, Cecilia Bang; Mueller, Julian; Kalhor, Mostafa; Soleymaniniya, Armin; Kuster, Bernhard; The, Matthew; Wilhelm, Mathias
Pubblicato in: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300112

The regulatory landscape of the human HPF1- and ARH3-dependent ADP-ribosylome (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ivo A. Hendriks, Sara C. Buch-Larsen, Evgeniia Prokhorova, Jonas D. Elsborg, Alexandra K.L.F.S. Rebak, Kang Zhu, Dragana Ahel, Claudia Lukas, Ivan Ahel, Michael L. Nielsen
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26172-4

Secretome Screening of BRAFV600E-Mutated Colon Cancer Cells Resistant to Vemurafenib (si apre in una nuova finestra)

Autori: Car, Iris; Dittmann, Antje; Klobucar, Marko; Grbcic, Petra; Pavelic, Sandra Kraljevic; Sedic, Mirela
Pubblicato in: Biology, Numero 12/4, 2023, Pagina/e 608, ISSN 2079-7737
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/biology12040608

De Novo Sequencing of Antibody Light Chain Proteoforms from Patients with Multiple Myeloma (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mathieu Dupré, Magalie Duchateau, Rebecca Sternke-Hoffmann, Amelie Boquoi, Christian Malosse, Roland Fenk, Rainer Haas, Alexander K. Buell, Martial Rey, Julia Chamot-Rooke
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 93/30, 2021, Pagina/e 10627-10634, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01955

System-wide analysis of RNA and protein subcellular localization dynamics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Villanueva, Eneko; Smith, Tom; Pizzinga, Mariavittoria; Elzek, Mohamed; Queiroz, Rayner M. L.; Harvey, Robert F.; Breckels, Lisa M.; Crook, Oliver M.; Monti, Mie; Dezi, Veronica; Willis, Anne E.; Lilley, Kathryn S.
Pubblicato in: Nat. Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02101-9

Oxonium Ion-Guided Optimization of Ion Mobility-Assisted Glycoproteomics on the timsTOF Pro (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mukherjee, Soumya; Jankevics, Andris; Busch, Florian; Lubeck, Markus; Zou, Yang; Kruppa, Gary; Heck, Albert J. R.; Scheltema, Richard A.; Reiding, Karli R.
Pubblicato in: Mol. Cell. Proteomics, Numero 22/2, 2023, Pagina/e 100486, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100486

Real-Time Spectral Library Matching for Sample Multiplexed Quantitative Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: McGann, Chris D.; Barshop, William D.; Canterbury, Jesse D.; Lin, Chuwei; Gabriel, Wassim; Huang, Jingjing; Bergen, David; Zabrouskov, Vlad; Melani, Rafael D.; Wilhelm, Mathias; McAlister, Graeme C.; Schweppe, Devin K.
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 22/9, 2023, Pagina/e 2836-2846, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00085

Juxtaposition of Bub1 and Cdc20 on phosphorylated Mad1 during catalytic mitotic checkpoint complex assembly (si apre in una nuova finestra)

Autori: Fischer ES, Yu CWH, Hevler JF, McLaughlin SH, Maslen SL, Heck AJR, Freund SMV, Barford D. 
Pubblicato in: Nature Communication, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34058-2

Hydroxyl radical footprinting analysis of a human haptoglobin-hemoglobin complex. (si apre in una nuova finestra)

Autori: Loginov DS, Fiala J, Brechlin P, Kruppa G, Novak P.
Pubblicato in: Biochemica et Biophysica Acta, 2021, ISSN 1570-9639
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbapap.2021.140735

Bacterial-type ferroxidase tunes iron-dependent phosphate sensing during Arabidopsis root development.  (si apre in una nuova finestra)

Autori: Naumann C, Heisters M, Brandt W, Janitza P, Alfs C, Tang N, Toto Nienguesso A, Ziegler J, Imre R, Mechtler K, Dagdas Y, Hoehenwarter W, Sawers G, Quint M, Abel S.
Pubblicato in: Current Biology, 2022, ISSN 0960-9822
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2022.04.005

Updated MS2PIP web server supports cutting-edge proteomics applications (si apre in una nuova finestra)

Autori: Declercq, Arthur; Bouwmeester, Robbin; Chiva, Cristina; Sabido, Eduard; Hirschler, Aurelie; Carapito, Christine; Martens, Lennart; Degroeve, Sven; Gabriels, Ralf
Pubblicato in: Nucleic Acids Res., Numero 51/W1, 2023, Pagina/e W338-W342, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad335

Selectivity over coverage in de novo sequencing of IgGs (si apre in una nuova finestra)

Autori: den Boer, Maurits A.; Greisch, Jean-Francois; Tamara, Sem; Bondt, Albert; Heck, Albert J. R.
Pubblicato in: Chem. Sci., Numero 11/43, 2020, Pagina/e 11886-11896, ISSN 2041-6520
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0sc03438j

Optimized Suspension Trapping Method for Phosphoproteomics Sample Preparation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Wang, Fujia; Veth, Tim; Kuipers, Marije; Altelaar, Maarten; Stecker, Kelly E.
Pubblicato in: Anal. Chem., Numero 95/25, 2023, Pagina/e 9471-9479, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c00324

Temporal and Site-Specific ADP-Ribosylation Dynamics upon Different Genotoxic Stresses (si apre in una nuova finestra)

Autori: Sara C. Buch-Larsen, Alexandra K.L.F.S.rebak, Ivo. A. Hendriks and Michael L. Nielsen
Pubblicato in: Cells, 2021, ISSN 2073-4409
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/cells10112927

Use of Linear Ion Traps in Data-Independent Acquisition Methods Benefits Low-Input Proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Eva Borràs, Olga Pastor, Eduard Sabidó
Pubblicato in: Analytical Chemistry, Numero 93/34, 2021, Pagina/e 11649-11653, ISSN 0003-2700
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01885

MS Amanda 2.0: Advancements in the standalone implementation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Viktoria Dorfer, Marina Strobl, Stephan Winkler, Karl Mechtler
Pubblicato in: Rapid Communications in Mass Spectrometry, Numero 35/11, 2021, ISSN 0951-4198
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/rcm.9088

Profiling of the Helicobacter pylori redox switch HP1021 regulon using a multi-omics approach (si apre in una nuova finestra)

Autori: Noszka, Mateusz; Strzalka, Agnieszka; Muraszko, Jakub; Kolenda, Rafal; Meng, Chen; Ludwig, Christina; Stingl, Kerstin; Zawilak-Pawlik, Anna
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2023, Pagina/e 6715, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42364-6

Platelet factor 4 is a biomarker for lymphatic-promoted disorders (si apre in una nuova finestra)

Autori: Wanshu Ma, Hyea Jin Gil, Noelia Escobedo, Alberto Benito-Martín, Pilar Ximénez-Embún, Javier Muñoz, Héctor Peinado, Stanley G. Rockson, Guillermo Oliver
Pubblicato in: JCI Insight, Numero 5/13, 2020, ISSN 2379-3708
Editore: Amercian Soc Clinical Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.135109

A deeper look at carrier proteome effects for single-cell proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Ye Z, Batth TS, Rüther P, Olsen JV
Pubblicato in: Commun Biol, 2022, ISSN 2399-3642
Editore: Nature portfolio
DOI: 10.1038/s42003-022-03095-4

Glycoproteoform Profiles of Individual Patients’ Plasma Alpha-1-Antichymotrypsin are Unique and Extensively Remodeled Following a Septic Episode (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tomislav Čaval, Yu-Hsien Lin, Meri Varkila, Karli R. Reiding, Marc J. M. Bonten, Olaf L. Cremer, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck
Pubblicato in: Frontiers in Immunology, Numero 11, 2021, ISSN 1664-3224
Editore: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fimmu.2020.608466

Spectral Prediction Features as a Solution for the Search Space Size Problem in Proteogenomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Steven Verbruggen, Siegfried Gessulat, Ralf Gabriels, Anna Matsaroki, Hendrik Van de Voorde, Bernhard Kuster, Sven Degroeve, Lennart Martens, Wim Van Criekinge, Mathias Wilhelm, Gerben Menschaert
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 20, 2021, Pagina/e 100076, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100076

The ProteomeXchange consortium at 10 years: 2023 update (si apre in una nuova finestra)

Autori: Deutsch, Eric W.; Bandeira, Nuno; Perez-Riverol, Yasset; Sharma, Vagisha; Carver, Jeremy J.; Mendoza, Luis; Kundu, Deepti J.; Wang, Shengbo; Bandla, Chakradhar; Kamatchinathan, Selvakumar; Hewapathirana, Suresh; Pullman, Benjamin S.; Wertz, Julie; Sun, Zhi; Kawano, Shin; Okuda, Shujiro; Watanabe, Yu; MacLean, Brendan; MacCoss, Michael J.; Zhu, Yunping; Ishihama, Yasushi; Vizcaino, Juan Antonio
Pubblicato in: Nucleic Acids Res., Numero 51/D1, 2023, Pagina/e D1539-D1548, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1040

Serum proteomics profiling identifies a preliminary signature for the diagnosis of early-stage lung cancer (si apre in una nuova finestra)

Autori: Gasparri, Roberto; Noberini, Roberta; Cuomo, Alessandro; Yadav, Avinash; Tricarico, Davide; Salvetto, Carola; Maisonneuve, Patrick; Caminiti, Valentina; Sedda, Giulia; Sabalic, Angela; Bonaldi, Tiziana; Spaggiari, Lorenzo
Pubblicato in: Proteom. Clin. Appl., 2023, ISSN 1862-8346
Editore: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/prca.202200093

Foresight in clinical proteomics: current status, ethical considerations, and future perspectives (si apre in una nuova finestra)

Autori: Mundt F, Albrechtsen NJW, Mann SP, Treit P, Ghodgaonkar-Steger M, O'Flaherty M, Raijmakers R, Vizcaíno JA, Heck AJR, Mann M
Pubblicato in: Open Res Eur, Numero 3/59, 2023, ISSN 2732-5121
Editore: F1000 Research Limited on behalf of the European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.15810.2

A cyclin-dependent kinase-mediated phosphorylation switch of disordered protein condensation (si apre in una nuova finestra)

Autori: Valverde, Juan Manuel; Dubra, Geronimo; Phillips, Michael; Haider, Austin; Elena-Real, Carlos; Fournet, Aurelie; Alghoul, Emile; Chahar, Dhanvantri; Andres-Sanchez, Nuria; Paloni, Matteo; Bernado, Pau; van Mierlo, Guido; Vermeulen, Michiel; van den Toorn, Henk; Heck, Albert J. R.; Constantinou, Angelos; Barducci, Alessandro; Ghosh, Kingshuk; Sibille, Nathalie; Knipscheer, Puck; Krasinska, Liliana;
Pubblicato in: Nat. Commun., Numero 14/1, 2020, Pagina/e 6316, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42049-0

Cells Responding to Closely Related Cholesterol-Dependent Cytolysins Release Extracellular Vesicles with a Common Proteomic Content Including Membrane Repair Proteins (si apre in una nuova finestra)

Autori: Alves, Sara; Pereira, Joana M.; Mayer, Rupert L.; Goncalves, Alexandre D. A.; Impens, Francis; Cabanes, Didier; Sousa, Sandra
Pubblicato in: Toxins, Numero 15/1, 2023, Pagina/e 4, ISSN 2072-6651
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/toxins15010004

Selective cross‐linking of coinciding protein assemblies by in‐gel cross‐linking mass spectrometry (si apre in una nuova finestra)

Autori: Johannes F Hevler, Marie V Lukassen, Alfredo Cabrera‐Orefice, Susanne Arnold, Matti F Pronker, Vojtech Franc, Albert J R Heck
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 40/4, 2021, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2020106174

A novel dynamic proteomics approach for the measurement of broiler chicken protein fractional synthesis rate (si apre in una nuova finestra)

Autori: Peinado-Izaguerri, Jorge; Zarzuela, Eduardo; McLaughlin, Mark; Small, Alexandra C.; Riva, Francesca; McKeegan, Dorothy E. F.; Bain, Maureen; Munoz, Javier; Bhide, Mangesh; Preston, Tom
Pubblicato in: Rapid Commun. Mass Spectrom., Numero 37/10, 2023, Pagina/e e9497, ISSN 0951-4198
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/rcm.9497

BioContainers Registry: Searching Bioinformatics and Proteomics Tools, Packages, and Containers (si apre in una nuova finestra)

Autori: Jingwen Bai, Chakradhar Bandla, Jiaxin Guo, Roberto Vera Alvarez, Mingze Bai, Juan Antonio Vizcaíno, Pablo Moreno, Björn Grüning, Olivier Sallou, Yasset Perez-Riverol
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/4, 2021, Pagina/e 2056-2061, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00904

QCloud2: An Improved Cloud-based Quality-Control System for Mass-Spectrometry-based Proteomics Laboratories (si apre in una nuova finestra)

Autori: Roger Olivella, Cristina Chiva, Marc Serret, Daniel Mancera, Luca Cozzuto, Antoni Hermoso, Eva Borràs, Guadalupe Espadas, Julia Morales, Olga Pastor, Amanda Solé, Julia Ponomarenko, Eduard Sabidó
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/4, 2021, Pagina/e 2010-2013, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00853

Operation of a TCA cycle subnetwork in the mammalian nucleus (si apre in una nuova finestra)

Autori: Kafkia, Eleni; Andres-Pons, Amparo; Ganter, Kerstin; Seiler, Markus; Smith, Tom S.; Andrejeva, Anna; Jouhten, Paula; Pereira, Filipa; Franco, Catarina; Kuroshchenkova, Anna; Leone, Sergio; Sawarkar, Ritwick; Boston, Rebecca; Thaventhiran, James; Zaugg, Judith B.; Lilley, Kathryn S.; Lancrin, Christophe; Beck, Martin; Patil, Kiran Raosaheb
Pubblicato in: Sci. Adv., Numero 8/35, 2022, Pagina/e eabq5206, ISSN 2375-2548
Editore: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.abq5206

Phosphoproteomics of primary AML patient samples reveals rationale for AKT combination therapy and p53 context to overcome selinexor resistance (si apre in una nuova finestra)

Autori: Emdal KB, Palacio-Escat N, Wigerup C, Eguchi A, Nilsson H, Bekker-Jensen DB, Rönnstrand L, Kazi JU, Puissant A, Itzykson R, Saez-Rodriguez J, Masson K, Blume-Jensen P, Olsen JV.
Pubblicato in: Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111177

Proteomics of resistance to Notch1 inhibition in acute lymphoblastic leukemia reveals targetable kinase signatures (si apre in una nuova finestra)

Autori: Giulia Franciosa, Jos G. A. Smits, Sonia Minuzzo, Ana Martinez-Val, Stefano Indraccolo, Jesper V. Olsen
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22787-9

Clinico-pathological correlation of lacrimal caruncle tumors: a retrospective analysis over 22 years at the University Eye Hospital Bonn (si apre in una nuova finestra)

Autori: Clemens, A. C.; Loeffler, K. U.; Holz, F. G.; Herwig-Carl, M. C.
Pubblicato in: Graefes Arch. Clin. Exp. Ophthalmol., Numero 260/4, 2022, Pagina/e 1415-1425, ISSN 0721-832X
Editore: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00417-021-05464-x

Complete and cooperative in vitro assembly of computationally designed self-assembling protein nanomaterials (si apre in una nuova finestra)

Autori: Adam J. Wargacki, Tobias P. Wörner, Michiel van de Waterbeemd, Daniel Ellis, Albert J. R. Heck, Neil P. King
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21251-y

Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anaïs Menny, Marie V. Lukassen, Emma C. Couves, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck, Doryen Bubeck
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26366-w

Molecular characterization of triple negative breast cancer formaldehyde‐fixed paraffin‐embedded samples by data‐independent acquisition proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Silvia García‐Adrián, Lucía Trilla‐Fuertes, Angelo Gámez‐Pozo, Cristina Chiva, Rocío López‐Vacas, Elena López‐Camacho, Andrea Zapater‐Moros, María I. Lumbreras‐Herrera, David Hardisson, Laura Yébenes, Pilar Zamora, Eduard Sabidó, Juan Ángel Fresno Vara, Enrique Espinosa
Pubblicato in: PROTEOMICS, 2021, Pagina/e 2100110, ISSN 1615-9853
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100110

Utility of CYP2D6 copy number variants as prognostic biomarker in localized anal squamous cell carcinoma (si apre in una nuova finestra)

Autori: Trilla-Fuertes, Lucia; Gamez-Pozo, Angelo; Nogue, Miguel; Busquier, Isabel; Arias, Fernando; Lopez-Campos, Fernando; Fernandez-Montes, Ana; Ruiz, Ana; Velazquez, Concepcion; Martin-Bravo, Celia; Perez-Ruiz, Elisabeth; Asensio, Elena; Hernandez-Yague, Xavier; Rodrigues, Aline; Ghanem, Ismael; Lopez-Vacas, Rocio; Hafez, Ahmed; Arias, Pedro; Dapia, Irene; Solis, Mario; Dittmann, Antje; Ramos, Ricardo
Pubblicato in: Cancer, Numero 129/16, 2023, Pagina/e 2581-2592, ISSN 0008-543X
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/cncr.34797

DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications (si apre in una nuova finestra)

Autori: Bouwmeester, R., Gabriels, R., Hulstaert, N. et al.
Pubblicato in: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01301-5

Systems approach reveals distinct and shared signaling networks of the four PGE 2 receptors in T cells (si apre in una nuova finestra)

Autori: Anna M. Lone, Piero Giansanti, Marthe Jøntvedt Jørgensen, Enio Gjerga, Aurelien Dugourd, Arjen Scholten, Julio Saez-Rodriguez, Albert J. R. Heck, Kjetil Taskén
Pubblicato in: Science Signaling, Numero 14/703, 2021, ISSN 1937-9145
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scisignal.abc8579

Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms (si apre in una nuova finestra)

Autori: LeDuc, Richard D.; Deutsch, Eric W.; Binz, Pierre-Alain; Fellers, Ryan T.; Cesnik, Anthony J.; Klein, Joshua A.; Van den Bossche, Tim; Gabriels, Ralf; Yalavarthi, Arshika; Perez-Riverol, Yasset; Carver, Jeremy; Bittremieux, Wout; Kawano, Shin; Pullman, Benjamin; Bandeira, Nuno; Kelleher, Neil L.; Thomas, Paul M.; Vizcaino, Juan Antonio
Pubblicato in: J. Proteome Res., Numero 21/4, 2022, Pagina/e 1189-1195, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00771

Universal Spectrum Explorer: A Standalone (Web-)Application for Cross-Resource Spectrum Comparison (si apre in una nuova finestra)

Autori: Tobias Schmidt, Patroklos Samaras, Viktoria Dorfer, Christian Panse, Tobias Kockmann, Leon Bichmann, Bart van Puyvelde, Yasset Perez-Riverol, Eric W. Deutsch, Bernhard Kuster, Mathias Wilhelm
Pubblicato in: Journal of Proteome Research, Numero 20/6, 2021, Pagina/e 3388-3394, ISSN 1535-3893
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00096

TDFragMapper: a visualization tool for evaluating experimental parameters in top-down proteomics (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dhenin J, Borges Lima D, Dupré M, Chamot-Rooke J.
Pubblicato in: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab784

Postlymphadenectomy Analysis of Exosomes from Lymphatic Exudate/Exudative Seroma of Melanoma Patients (si apre in una nuova finestra)

Autori: Susana García-Silva, Pilar Ximénez-Embún, Javier Muñoz, Héctor Peinado
Pubblicato in: Melanoma - Methods and Protocols, Numero 2265, 2021, Pagina/e 345-359, ISBN 978-1-0716-1204-0
Editore: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-1205-7_25

A Compact Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer with FAIMS Interface Improves Proteome Coverage in Short LC Gradients (si apre in una nuova finestra)

Autori: Dorte B. Bekker-Jensen, Ana Martínez-Val, Sophia Steigerwald, Patrick Rüther, Kyle L. Fort, Tabiwang N. Arrey, Alexander Harder, Alexander Makarov, Jesper V. Olsen
Pubblicato in: Molecular & Cellular Proteomics, Numero 19/4, 2020, Pagina/e 716-729, ISSN 1535-9476
Editore: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.tir119.001906

Diritti di proprietà intellettuale

PHOSPHONATE-CONTAINING CROSSLINKERS

Numero candidatura/pubblicazione: 19 828850
Data: 2019-09-20
Candidato/i: UNIVERSITEIT UTRECHT

METHOD AND TOOLS FOR THE DETERMINATION OF CONFORMATIONS AND CONFORMATIONAL CHANGES OF PROTEINS AND OF DERIVATIVES THEREOF

Numero candidatura/pubblicazione: 20 22083223
Data: 2022-11-25
Candidato/i: EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH

È in corso la ricerca di dati su OpenAIRE...

Si è verificato un errore durante la ricerca dei dati su OpenAIRE

Nessun risultato disponibile

Il mio fascicolo 0 0