Skip to main content
Oficjalna strona internetowa Unii EuropejskiejOficjalna strona internetowa UE
Przejdź do strony domowej Komisji Europejskiej (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
polski polski
CORDIS - Wyniki badań wspieranych przez UE
CORDIS

European Proteomics Infrastructure Consortium providing Access

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Delivery of 375 days of access at UCPH (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the availability of cloud-based data analysis pipelines based on software developed in the project (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on the availability of cloudbased data analysis pipelines based on software developed in the project

Report on the organization of training workshops (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Second progress report (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report 2 on Coordination activities with ELIXIR (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Lightweight NDA between industrial platform and EPIC-XS (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 133 days of access at KTH (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Status report 3 on publication performance resulting from TA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Disseminate the clinical phosphoproteomics and histone PTM analysis technology within and outside EPIC-XS (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Disseminate the clinical phosphoproteomics and histone PTM analysis technology within and outside EPICXS

Delivery of 180 days of access at IP (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Integrated structural characterization of target protein systems in vitro and in situ (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on rigorous quality control approaches and software for mass spectrometry proteomics data from clinical samples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the interaction with industrial parties (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Status report on publication performance resulting from TA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the transfer of methods to study proteome organization and structural and spatial proteomics to the EPIC-XS access sites (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on the transfer of methods to study proteome organization and structural and spatial proteomics to the EPICXS access sites

Delivery of 362 days of access at UU (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Summary report on networking activities with industry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 175 days of access at CRG (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Draft Engagement Plan (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Optimized protocol for the enrichment and large-scale analysis of currently uncharacterized protein modifications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Optimized protocol for the enrichment and largescale analysis of currently uncharacterized protein modifications

Report on outreach activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Dynamic structural and spatial proteome maps in response to perturbations or disease (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Recruitment of a Project Manager (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Optimized protocol for high-sensitivity proteomics towards single cell analysis including loss-less sample preparation methods and LC-MS/MS acquisition parameters with proof-of-concept on FACS-sorted cell populations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Optimized protocol for highsensitivity proteomics towards single cell analysis including lossless sample preparation methods and LCMSMS acquisition parameters with proofofconcept on FACSsorted cell populations

Disseminate developed robust and high-throughput plasma proteomics technology to hospitals and research groups (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Disseminate developed robust and highthroughput plasma proteomics technology to hospitals and research groups

Report on novel tools for the identification and quantification of cross-linked peptides (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on novel tools for the identification and quantification of crosslinked peptides

Report 2 on conferences and meetings with EPIC-XS representation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on conferences and meetings with EPICXS representation

Report on the integration of proteome organization data with functional protein association data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Foresight White Paper (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report 2 on outreach activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on outreach activities

Disseminate optimized and standardized protocol for the proteomic analysis of EVs in clinically relevant samples. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Disseminate optimized and standardized protocol for the proteomic analysis of EVs in clinically relevant samples

Management Guidelines (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Best practice DIA library-free and hybrid DIA workflows for comprehensive proteome analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Best practice DIA libraryfree and hybrid DIA workflows for comprehensive proteome analysis

Optimized LiP-MS and HDX protocols with enhanced sensitivity and in cell application (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the transfer of methods to study intact proteomes to the EPIC-XS access sites (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on the transfer of methods to study intact proteomes to the EPICXS access sites

Status report on TA project evaluations and TA delivery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
At least two articles for the general public (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 368 days of access at VIB (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
First report on the higher order organization of the plasma proteome (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 109 days of access at CNIO (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Disseminate protocols for enrichment and analysis of tissue leakage proteins from blood plasma and cell surface exposed proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Midterm summary report on networking activities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 345 days of access at ETH (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on conferences and meetings with EPIC-XS representation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the transfer of methods to study clinical proteomes to the EPIC-XS access sites (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on the transfer of methods to study clinical proteomes to the EPICXS access sites

Status report 2 on publication performance resulting from TA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on the organization of annual user meetings (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Status report 3 on TA project evaluations and TA delivery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Standard protocol for intact protein analysis including sample preparation, LC-MS/MS and data analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Standard protocol for intact protein analysis including sample preparation LCMSMS and data analysis

Report on Coordination activities with ELIXIR (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 140 days of access at TUM (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 22 access projects at IEO (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
First progress report (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on novel algorithms for top-down proteomics data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on novel algorithms for topdown proteomics data

Delivery of 40 days of access at MU (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Delivery of 80 days of access at IMIC (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on Machine Learning modules to predict fragmentation spectra for phosphorylated, ubiquitinylated and acylated peptides, and their implementation in performant DDA and DIA identification algorithms (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on Machine Learning modules to predict fragmentation spectra for phosphorylated ubiquitinylated and acylated peptides and their implementation in performant DDA and DIA identification algorithms

Final report (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on a novel fragmentation spectrum prediction algorithm for unmodified peptides, and its application in performant DDA and DIA identification algorithms (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Status report 2 on TA project evaluations and TA delivery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Report on algorithms for the reliable, unbiased identification of modifications in proteomes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Report on algorithms for the reliable unbiased identification of modifications in proteomes

Library of synthetic cross-linked peptides and optimized workflows for XL-MS (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Library of synthetic crosslinked peptides and optimized workflows for XLMS

Report on demands of the user community (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Protocols for cooperation with ESFRI BMS RIs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)
Optimized protocols for the preparation and analysis of protein assemblies using hybrid approaches in link with JRA4 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Publikacje

Integrated transcriptome and proteome analysis reveals posttranscriptional regulation of ribosomal genes in human brain organoids (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sidhaye, Jaydeep; Trepte, Philipp; Sepke, Natalie; Novatchkova, Maria; Schutzbier, Michael; Duernberger, Gerhard; Mechtler, Karl; Knoblich, Juergen A.
Opublikowane w: eLife, Numer 12, 2023, Strona(/y) e85135, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85135

DiagnoTop: A Computational Pipeline for Discriminating Bacterial Pathogens without Database Search (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Borges Lima D, Dupré M, Mariano Santos MD, Carvalho PC, Chamot-Rooke J.
Opublikowane w: J Am Soc Mass Spectrom, 2021, ISSN 1044-0305
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.1c00014

Implementing the reuse of public DIA proteomics datasets: from the PRIDE database to Expression Atlas. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Walzer M, García-Seisdedos D, Prakash A, Brack P, Crowther P, Graham RL, George N, Mohammed S, Moreno P, Papatheodorou I, Hubbard SJ, Vizcaíno JA. 
Opublikowane w: Scientific data, 2022, ISSN 2052-4463
Wydawca: Nature Pub
DOI: 10.1038/s41597-022-01380-9

Label-free visual proteomics: Coupling MS- and EM-based approaches in structural biology (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Klykov, Oleg; Kopylov, Mykhailo; Carragher, Bridget; Heck, Albert J. R.; Noble, Alex J.; Scheltema, Richard A.
Opublikowane w: Mol. Cell, Numer 82/2, 2022, Strona(/y) 285-303, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.12.027

TopDownApp: An open and modular platform for analysis and visualisation of top-down proteomics data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Walzer, Mathias; Jeong, Kyowon; Tabb, David L.; Vizcaino, Juan Antonio
Opublikowane w: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9861
Wydawca: WILEY
DOI: 10.1002/pmic.202200403

The biophysical, molecular, and anatomical landscape of pigeon CRY4: A candidate light-based quantal magnetosensor (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tobias Hochstoeger, Tarek Al Said, Dante Maestre, Florian Walter, Alexandra Vilceanu, Miriam Pedron, Thomas D. Cushion, William Snider, Simon Nimpf, Gregory Charles Nordmann, Lukas Landler, Nathaniel Edelman, Lennard Kruppa, Gerhard Dürnberger, Karl Mechtler, Stefan Schuechner, Egon Ogris, E. Pascal Malkemper, Stefan Weber, Erik Schleicher, David A. Keays
Opublikowane w: Science Advances, Numer 6/33, 2020, Strona(/y) eabb9110, ISSN 2375-2548
Wydawca: Amercian Assoc for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb9110

Investigating pathological epigenetic aberrations by epi-proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robusti G, Vai A, Bonaldi T, Noberini R.
Opublikowane w: Clinical Epigenetics, 2022, ISSN 1868-7083
Wydawca: BMC
DOI: 10.1186/s13148-022-01371-y

Neuroproteomics of the Synapse: Subcellular Quantification of Protein Networks and Signaling Dynamics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Charlotte A.G.H. van Gelder, Maarten Altelaar
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 20, 2021, Strona(/y) 100087, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100087

New Ruthenium-Cyclopentadienyl Complexes Affect Colorectal Cancer Hallmarks Showing High Therapeutic Potential (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bras, Ana Rita; Fernandes, Pedro; Moreira, Tiago; Morales-Sanfrutos, Julia; Sabido, Eduard; Antunes, Alexandra M. M.; Valente, Andreia; Preto, Ana
Opublikowane w: Pharmaceutics, Numer 15/6, 2023, Strona(/y) 1731, ISSN 1999-4923
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pharmaceutics15061731

 Impact of Modified Atmospheres on Growth and Metabolism of Meat-Spoilage Relevant Photobacterium spp. as Predicted by Comparative Proteomics.  (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fuertes-Perez S, Abele M, Ludwig C, Vogel RF, Hilgarth M.
Opublikowane w: Frontiers in Microbiology, 2022, ISSN 1664-302X
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2022.866629

A multiparameter optimization in middle-down analysis of monoclonal antibodies by LC-MS/MS (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dhenin, Jonathan; Dupre, Mathieu; Druart, Karen; Krick, Alain; Mauriac, Christine; Chamot-Rooke, Julia
Opublikowane w: J. Mass Spectrom., Numer 58/3, 2023, Strona(/y) e4909, ISSN 1076-5174
Wydawca: IM Publications
DOI: 10.1002/jms.4909

Protein Processing in Plant Mitochondria Compared to Yeast and Mammals (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Heidorn-Czarna M, Maziak A, Janska H
Opublikowane w: Front. Plant Sci., 2022, ISSN 1664-462X
Wydawca: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2022.824080

Is DIA proteomics data FAIR? Current data sharing practices, available bioinformatics infrastructure and recommendations for the future (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jones AR, Deutsch EW, Vizcaíno JA. 
Opublikowane w: Proteomics, 2022, ISSN 1615-9861
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/pmic.202200014

Mimicked synthetic ribosomal protein complex for benchmarking crosslinking mass spectrometry workflows (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matzinger M, Vasiu A, Madalinski M, Müller F, Stanek F, Mechtler K
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31701-w

High-Resolution mRNA and Secretome Atlas of Human Enteroendocrine Cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Joep Beumer, Jens Puschhof, Julia Bauzá-Martinez, Adriana Martínez-Silgado, Rasa Elmentaite, Kylie R. James, Alexander Ross, Delilah Hendriks, Benedetta Artegiani, Georg A. Busslinger, Bas Ponsioen, Amanda Andersson-Rolf, Aurelia Saftien, Charelle Boot, Kai Kretzschmar, Maarten H. Geurts, Yotam E. Bar-Ephraim, Cayetano Pleguezuelos-Manzano, Yorick Post, Harry Begthel, Franka van der Linden, Carm
Opublikowane w: Cell, Numer 181/6, 2020, Strona(/y) 1291-1306.e19, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.04.036

Complementary omics strategies to dissect p53 signaling networks under nutrient stress (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Galhuber, Markus; Michenthaler, Helene; Heininger, Christoph; Reinisch, Isabel; Noessing, Christoph; Krstic, Jelena; Kupper, Nadja; Moyschewitz, Elisabeth; Auer, Martina; Heitzer, Ellen; Ulz, Peter; Birner-Gruenberger, Ruth; Liesinger, Laura; Lenihan-Geels, Georgia Ngawai; Oster, Moritz; Spreitzer, Emil; Chiozzi, Riccardo Zenezini; Schulz, Tim J.; Schupp, Michael; Madl, Tobias; Heck, Albert J. R.;
Opublikowane w: Cell. Mol. Life Sci., Numer 79/6, 2022, Strona(/y) 326, ISSN 1420-682X
Wydawca: Birkhauser Verlag
DOI: 10.1007/s00018-022-04345-8

Advanced In Vivo Cross-Linking Mass Spectrometry Platform to Characterize Proteome-Wide Protein Interactions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Martial Rey, Jonathan Dhenin, Youxin Kong, Lucienne Nouchikian, Isaac Filella, Magalie Duchateau, Mathieu Dupré, Riccardo Pellarin, Guillaume Duménil, Julia Chamot-Rooke
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 93/9, 2021, Strona(/y) 4166-4174, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c04430

Proteomics contributions to epigenetic drug discovery (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Noberini, Roberta; Bonaldi, Tiziana
Opublikowane w: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200435

Selective ribosome profiling reveals a role for SecB in the co-translational inner membrane protein biogenesis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Eismann, Lena; Fijalkowski, Igor; Galmozzi, Carla Veronica; Koubek, Jiri; Tippmann, Frank; Van Damme, Petra; Kramer, Guenter
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 41/10, 2022, Strona(/y) 111776, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111776

Loss of CRMP2 O-GlcNAcylation leads to reduced novel object recognition performance in mice (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Muha, Villo; Williamson, Ritchie; Hills, Rachel; McNeilly, Alison D.; McWilliams, Thomas G.; Alonso, Jana; Schimpl, Marianne; Leney, Aneika C.; Heck, Albert J. R.; Sutherland, Calum; Read, Kevin D.; McCrimmon, Rory J.; Brooks, Simon P.; van Aalten, Daan M. F.
Opublikowane w: Open Biol, Numer 9/11, 2019, Strona(/y) 190192, ISSN 2046-2441
Wydawca: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.190192

The emerging landscape of spatial profiling technologie (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Moffitt JR, Lundberg E, Heyn H. 
Opublikowane w: Nature Reviews Genetics, 2022, ISSN 1471-0056
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00515-3

Allosteric Communication in the Multifunctional and Redox NQO1 Protein Studied by Cavity-Making Mutations (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pacheco-Garcia, Juan Luis; Loginov, Dmitry S.; Anoz-Carbonell, Ernesto; Vankova, Pavla; Palomino-Morales, Rogelio; Salido, Eduardo; Man, Petr; Medina, Milagros; Naganathan, Athi N.; Pey, Angel L.
Opublikowane w: Antioxidants, Numer 11/6, 2022, ISSN 2076-3921
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/antiox11061110

The Human Proteoform Project: Defining the human proteome (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Smith LM, Agar J, Chamot-Rooke J, Danis P, Ge Y, Loo J, Pasa-Tolic L, Tsybin YO, Kelleher N.
Opublikowane w: Science Advances, 2021, ISSN 2375-2548
Wydawca: Amercian Assoc for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abk0734

How paired PSII–LHCII supercomplexes mediate the stacking of plant thylakoid membranes unveiled by structural mass-spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pascal Albanese, Sem Tamara, Guido Saracco, Richard A. Scheltema, Cristina Pagliano
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15184-1

Panoramic Perspective on Human Phosphosites (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ramasamy P, Vandermarliere E, Vranken WF, Martens L.
Opublikowane w: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00164

Malignant tissues produce divergent antibody glycosylation of relevance for cancer gene therapy effectiveness (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Brucher, Dominik; Franc, Vojtech; Smith, Sheena N.; Heck, Albert J. R.; Pluckthun, Andreas
Opublikowane w: mAbs, Numer 12/1, 2020, Strona(/y) 1792084, ISSN 1942-0862
Wydawca: TAYLOR & FRANCIS INC
DOI: 10.1080/19420862.2020.1792084

Experimental characterization of de novo proteins and their unevolved random-sequence counterparts (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Heames, Brennen; Buchel, Filip; Aubel, Margaux; Tretyachenko, Vyacheslav; Loginov, Dmitry; Novak, Petr; Lange, Andreas; Bornberg-Bauer, Erich; Hlouchova, Klara
Opublikowane w: Nat. Ecol. Evol., Numer 7/4, 2023, Strona(/y) 570, ISSN 2397-334X
Wydawca: NATURE PORTFOLIO
DOI: 10.1038/s41559-023-02010-2

Updated MS2PIP web server delivers fast and accurate MS2 peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gabriels, Ralf; Martens, Lennart; Degroeve, Sven
Opublikowane w: Nucleic Acids Res., Numer 47/W1, 2019, Strona(/y) W295-W299, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz299

A wealth of genotype-specific proteoforms fine-tunes hemoglobin scavenging by haptoglobin (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sem Tamara, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/27, 2020, Strona(/y) 15554-15564, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2002483117

Quality standards in proteomics research facilities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Cristina Chiva, Teresa Mendes Maia, Christian Panse, Karel Stejskal, Thibaut Douché, Mariette Matondo, Damarys Loew, Dominic Helm, Mandy Rettel, Karl Mechtler, Francis Impens, Paolo Nanni, Anna Shevchenko, Eduard Sabidó
Opublikowane w: EMBO reports, Numer 22/6, 2021, ISSN 1469-221X
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202152626

Changes in Medicago truncatula seed proteome along the rehydration-dehydration cycle highlight new players in the genotoxic stress response (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pagano, Andrea; Kunz, Laura; Dittmann, Antje; Araujo, Susana De Sousa; Macovei, Anca; Shridhar Gaonkar, Shraddha; Sincinelli, Federico; Wazeer, Hisham; Balestrazzi, Alma
Opublikowane w: Front. Plant Sci., Numer 14, 2023, Strona(/y) 1188546, ISSN 1664-462X
Wydawca: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fpls.2023.1188546

Transient suppression of SUMOylation in embryonic stem cells generates embryo-like structures (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Cossec, Jack-Christophe; Traboulsi, Tatiana; Sart, Sebastien; Loe-Mie, Yann; Guthmann, Manuel; Hendriks, Ivo A.; Theurillat, Ilan; Nielsen, Michael L.; Torres-Padilla, Maria-Elena; Baroud, Charles N.; Dejean, Anne
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 42/4, 2023, Strona(/y) 112380, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112380

Spatial-proteomics reveals phospho-signaling dynamics at subcellular resolution (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Martinez-Val A, Bekker-Jensen DB, Steigerwald S, Koenig C, Østergaard O, Mehta A, Tran T, Sikorski K, Torres-Vega E, Kwasniewicz E, Brynjólfsdóttir SH, Frankel LB, Kjøbsted R, Krogh N, Lundby A, Bekker-Jensen S, Lund-Johansen F, Olsen JV.
Opublikowane w: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27398-y

Sensitivity towards HDAC inhibition is associated with RTK/MAPK pathway activation in gastric cancer (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Seidlitz T, Schmäche T, Garcίa F, Lee JH, Qin N, Kochall S, Fohgrub J, Pauck D, Rothe A, Koo BK, Weitz J, Remke M, Muñoz J, Stange DE. 
Opublikowane w: EMBO Molecular Medicine, 2022, ISSN 1757-4676
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202215705

Peroxiredoxin 2 is required for the redox mediated adaptation to exercise (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Xia, Qin; Casas-Martinez, Jose C.; Zarzuela, Eduardo; Munoz, Javier; Miranda-Vizuete, Antonio; Goljanek-Whysall, Katarzyna; McDonagh, Brian
Opublikowane w: Redox Biol., Numer 60, 2023, Strona(/y) 102631, ISSN 2213-2317
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.redox.2023.102631

Dynamic 3D proteomes reveal protein functional alterations at high resolution in situ (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Valentina Cappelletti, Thomas Hauser, Ilaria Piazza, Monika Pepelnjak, Liliana Malinovska, Tobias Fuhrer, Yaozong Li, Christian Dörig, Paul Boersema, Ludovic Gillet, Jan Grossbach, Aurelien Dugourd, Julio Saez-Rodriguez, Andreas Beyer, Nicola Zamboni, Amedeo Caflisch, Natalie de Souza, Paola Picotti
Opublikowane w: Cell, Numer 184/2, 2021, Strona(/y) 545-559.e22, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.021

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI): a multi-laboratory comparison of established workflows (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Van Den Bossche T, Kunath BJ, Schallert K, Schäpe SS, Abraham PE, Armengaud J, Arntzen MØ, Bassignani A, Benndorf D, Fuchs S, Giannone RJ, Griffin TJ, Hagen LH, Halder R, Henry C, Hettich RL, Heyer R, Jagtap P, Jehmlich N, Jensen M, Juste C, Kleiner M, Langella O, Lehmann T, Leith E, May P, Mesuere B, Miotello G, Peters SL, Pible O, Queiros PT, Reichl U, Renard BY, Schiebenhoefer H, Sczyrba A, T
Opublikowane w: Nature Publishing Group, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27542-8

Motif orientation matters: Structural characterization of TEAD1 recognition of genomic DNA (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Růžena Filandrová, Karel Vališ, Jiří Černý, Josef Chmelík, Lukáš Slavata, Jan Fiala, Michal Rosůlek, Daniel Kavan, Petr Man, Tomáš Chum, Marek Cebecauer, Daniele Fabris, Petr Novák
Opublikowane w: Structure, Numer 29/4, 2021, Strona(/y) 345-356.e8, ISSN 0969-2126
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2020.11.018

 SPIN enables high throughput species identification of archaeological bone by proteomics. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Rüther PL, Husic IM, Bangsgaard P, Gregersen KM, Pantmann P, Carvalho M, Godinho RM, Friedl L, Cascalheira J, Taurozzi AJ, Jørkov MLS, Benedetti MM, Haws J, Bicho N, Welker F, Cappellini E, Olsen JV
Opublikowane w: Nat Commun, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30097-x

Benefits of Ion Mobility Separation and Parallel Accumulation–Serial Fragmentation Technology on timsTOF Pro for the Needs of Fast Photochemical Oxidation of Protein Analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dmitry S. Loginov, Jan Fiala, Josef Chmelik, Peter Brechlin, Gary Kruppa, Petr Novak
Opublikowane w: ACS Omega, Numer 6/15, 2021, Strona(/y) 10352-10361, ISSN 2470-1343
Wydawca: AMER CHEMICAL SOC
DOI: 10.1021/acsomega.1c00732

PepGM: a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Holstein, Tanja; Kistner, Franziska; Martens, Lennart; Muth, Thilo
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 39/5, 2023, Strona(/y) btad289, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad289

Machine Learning on Large-Scale Proteomics Data Identifies Tissue and Cell-Type Specific Proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Claeys, Tine; Menu, Maxime; Bouwmeester, Robbin; Gevaert, Kris; Martens, Lennart
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/4, 2023, Strona(/y) 1181-1192, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00644

An interactive mass spectrometry atlas of histone posttranslational modifications in T-cell acute leukemia (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Provez L, Van Puyvelde B, Corveleyn L, Demeulemeester N, Verhelst S, Lintermans B, Daled S, Roels J, Clement L, Martens L, Deforce D, Van Vlierberghe P, Dhaenens M.
Opublikowane w: Science Data, 2022, ISSN 2052-4463
Wydawca: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s41597-022-01736-1

Small molecule-induced epigenomic reprogramming of APL blasts leading to antiviral-like response and c-MYC downregulation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Amatori, Stefano; Persico, Giuseppe; Cantatore, Francesco; Rusin, Martina; Formica, Mauro; Giorgi, Luca; Macedi, Eleonora; Casciaro, Francesca; Provenzano, Alfredo Errico; Gambardella, Stefano; Noberini, Roberta; Bonaldi, Tiziana; Fusi, Vieri; Giorgio, Marco; Fanelli, Mirco
Opublikowane w: Cancer Gene Ther., Numer 30/5, 2023, Strona(/y) 671-682, ISSN 0929-1903
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41417-022-00576-w

Goat Milk Exosomes As Natural Nanoparticles for Detecting Inflammatory Processes By Optical Imaging (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ana Santos-Coquillat,María Isabel González,Agustín Clemente-Moragón,Mario González-Arjona,Virginia Albaladejo-García,Héctor Peinado,Javier Muñoz,Pilar Ximénez Embún,Borja Ibañez,Eduardo Oliver, Manuel Desco, Beatriz Salinas
Opublikowane w: Small, 2021, ISSN 1613-6810
Wydawca: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/smll.202105421

Characterising the RNA-binding protein atlas of the mammalian brain uncovers RBM5 misregulation in mouse models of Huntington's disease (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mullari, Meeli; Fossat, Nicolas; Skotte, Niels H.; Asenjo-Martinez, Andrea; Humphreys, David T.; Bukh, Jens; Kirkeby, Agnete; Scheel, Troels K. H.; Nielsen, Michael L.
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39936-x

Automated High-Throughput Method for the Fast, Robust, and Reproducible Enrichment of Newly Synthesized Proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Vargas-Diaz D, Altelaar M
Opublikowane w: J Proteome Res, 2022, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00743

From coarse to fine: the absolute Escherichia coli proteome under diverse growth conditions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matteo Mori, Zhongge Zhang, Amir Banaei‐Esfahani, Jean‐Benoît Lalanne, Hiroyuki Okano, Ben C Collins, Alexander Schmidt, Olga T Schubert, Deok‐Sun Lee, Gene‐Wei Li, Ruedi Aebersold, Terence Hwa, Christina Ludwig
Opublikowane w: Molecular Systems Biology, Numer 17/5, 2021, ISSN 1744-4292
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20209536

Chaperoning of the histone octamer by the acidic domain of DNA repair factor APLF (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Corbeski, Ivan; Guo, Xiaohu; Eckhardt, Bruna, V; Fasci, Domenico; Wiegant, Wouter; Graewert, Melissa A.; Vreeken, Kees; Wienk, Hans; Svergun, Dmitri, I; Heck, Albert J. R.; van Attikum, Haico; Boelens, Rolf; Sixma, Titia K.; Mattiroli, Francesca; van Ingen, Hugo
Opublikowane w: Sci. Adv., Numer 8/30, 2022, Strona(/y) eabo0517, ISSN 2375-2548
Wydawca: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.abo0517

The rise of single-cell proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ctortecka, Claudia; Mechtler, Karl
Opublikowane w: Anal. Sci. Adv., Numer 2/3-4, 2021, Strona(/y) 84-94, ISSN 2628-5452
Wydawca: WILEY
DOI: 10.1002/ansa.202000152

Meta-heterogeneity: Evaluating and Describing the Diversity in Glycosylation Between Sites on the Same Glycoprotein (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tomislav Čaval, Albert J.R. Heck, Karli R. Reiding
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 20, 2021, Strona(/y) 100010, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.r120.002093

Phosphorylation-Dependent Interactome of Ryanodine Receptor Type 2 in the Heart (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: David Y. Chiang, Satadru Lahiri, Guoliang Wang, Jason Karch, Meng C. Wang, Sung Y. Jung, Albert J. R. Heck, Arjen Scholten, Xander H. T. Wehrens
Opublikowane w: Proteomes, Numer 9/2, 2021, Strona(/y) 27, ISSN 2227-7382
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/proteomes9020027

Beneficial Effects of Mifepristone Treatment in Patients with Breast Cancer Selected by the Progesterone Receptor Isoform Ratio: Results from the MIPRA Trial (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Elia, Andres; Saldain, Leo; Vanzulli, Silvia I.; Helguero, Luisa A.; Lamb, Caroline A.; Fabris, Victoria; Pataccini, Gabriela; Martinez-Vazquez, Paula; Burruchaga, Javier; Caillet-Bois, Ines; Spengler, Eunice; Haab, Gabriela Acosta; Liguori, Marcos; Castets, Alejandra; Lovisi, Silvia; Abascal, Maria F.; Novaro, Virginia; Sanchez, Jana; Munoz, Javier; Belizan, Jose M.; Abba, Martin C.; Gass, Hugo;
Opublikowane w: Clin. Cancer Res., Numer 29/5, 2023, Strona(/y) 866-877, ISSN 1078-0432
Wydawca: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-22-2060

Volatilome and proteome responses to Colletotrichum lindemuthianum infection in a moderately resistant and a susceptible bean genotype (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Monti, Maurilia M.; Mancini, Ilaria; Gualtieri, Liberata; Domingo, Guido; Beccaccioli, Marzia; Bossa, Rosanna; Bracale, Marcella; Loreto, Francesco; Ruocco, Michelina
Opublikowane w: Physiol. Plant., Numer 175/5, 2023, Strona(/y) e14044, ISSN 0031-9317
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/ppl.14044

The Key Role of Metal Adducts in the Differentiation of Phosphopeptide from Sulfopeptide Sequences by High-Resolution Mass Spectrometry.  (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Piovesana S, Capriotti AL, Cavaliere C, Cerrato A, Montone CM, Zenezini Chiozzi R, Laganà A.
Opublikowane w: Anal Chem, 2022, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c05621

Molecular characterization of a complex of apoptosis-inducing factor 1 with cytochrome c oxidase of the mitochondrial respiratory chain (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Johannes F. Hevler, Riccardo Zenezeni Chiozzi, Alfredo Cabrera-Orefice, Ulrich Brandt, Susanne Arnold, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 118/39, 2021, Strona(/y) e2106950118, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2106950118

Quality Control for the Target Decoy Approach for Peptide Identification (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Debrie, Elke; Malfait, Milan; Gabriels, Ralf; Declerq, Arthur; Sticker, Adriaan; Martens, Lennart; Clement, Lieven
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/2, 2023, Strona(/y) 350-358, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00423

MegaGO: A Fast Yet Powerful Approach to Assess Functional Gene Ontology Similarity across Meta-Omics Data Sets (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pieter Verschaffelt, Tim Van Den Bossche, Wassim Gabriel, Michał Burdukiewicz, Alessio Soggiu, Lennart Martens, Bernhard Y. Renard, Henning Schiebenhoefer, Bart Mesuere
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/4, 2021, Strona(/y) 2083-2088, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00926

DAXX adds a de novo H3.3K9me3 deposition pathway to the histone chaperone network (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Carraro, Massimo; Hendriks, Ivo A.; Hammond, Colin M.; Solis-Mezarino, Victor; Volker-Albert, Moritz; Elsborg, Jonas D.; Weisser, Melanie B.; Spanos, Christos; Montoya, Guillermo; Rappsilber, Juri; Imhof, Axel; Nielsen, Michael L.; Groth, Anja
Opublikowane w: Mol. Cell, Numer 83/7, 2023, Strona(/y) 1075, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2023.02.009

Quantitative Accuracy and Precision in Multiplexed Single-Cell Proteomics.  (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ctortecka C, Stejskal K, Krššáková G, Mendjan S, Mechtler K
Opublikowane w: Anal Chem, 2022, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04174

Utilization of Fast Photochemical Oxidation of Proteins and Both Bottom-up and Top-down Mass Spectrometry for Structural Characterization of a Transcription Factor-dsDNA Complex (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Polak, Marek; Yassaghi, Ghazaleh; Kavan, Daniel; Filandr, Frantisek; Fiala, Jan; Kukacka, Zdenek; Halada, Petr; Loginov, Dmitry S.; Novak, Petr
Opublikowane w: Anal. Chem., Numer 94/7, 2022, Strona(/y) 3203-3210, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c04746

Prosit Transformer: A transformer for Prediction of MS2 Spectrum Intensities (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ekvall M, Truong P, Gabriel W, Wilhelm M, Käll L.
Opublikowane w: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00870

Loss of N-terminal acetyltransferase A activity induces thermally unstable ribosomal proteins and increases their turnover in Saccharomyces cerevisiae (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Guzman, Ulises H. H.; Aksnes, Henriette; Ree, Rasmus; Krogh, Nicolai; Jakobsson, Magnus E. E.; Jensen, Lars J. J.; Arnesen, Thomas; Olsen, Jesper V. V.
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 4517, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40224-x

Huntingtin structure is orchestrated by HAP40 and shows a polyglutamine expansion-specific interaction with exon 1 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Harding, R.J., Deme, J.C., Hevler, J.F. et al.
Opublikowane w: Nat Cell Biol., 2021, ISSN 1465-7392
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s42003-021-02895-4

lesSDRF is more: maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Claeys, Tine; van den Bossche, Tim; Perez-Riverol, Yasset; Gevaert, Kris; Vizcaino, Juan Antonio; Martens, Lennart
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 6743, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42543-5

The Q-junction and the inflammatory response are critical pathological and therapeutic factors in CoQ deficiency (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: González-García P, Díaz-Casado ME, Hidalgo-Gutiérrez A, Jiménez-Sánchez L, Bakkali M, Barriocanal-Casado E, Escames G, Chiozzi RZ, Völlmy F, Zaal EA, Berkers CR, Heck AJR, López LC
Opublikowane w: Redox Biology, 2022, ISSN 2213-2317
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.redox.2022.102403

A Sample Preparation Protocol for High Throughput Immunofluorescence of Suspension Cells on an Adherent Surface (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anna Bäckström, Laura Kugel, Christian Gnann, Hao Xu, Joseph E. Aslan, Emma Lundberg, Charlotte Stadler
Opublikowane w: Journal of Histochemistry & Cytochemistry, Numer 68/7, 2020, Strona(/y) 473-489, ISSN 0022-1554
Wydawca: Histochemical Society
DOI: 10.1369/0022155420935403

Coronary Artery Disease and Aortic Valve Stenosis: A Urine Proteomics Study (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Perpétuo L, Barros AS, Dalsuco J, Nogueira-Ferreira R, Resende-Gonçalves P, Falcão-Pires I, Ferreira R, Leite-Moreira A, Trindade F, Vitorino R. 
Opublikowane w: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms232113579

CAF-1 deposits newly synthesized histones during DNA replication using distinct mechanisms on the leading and lagging strands (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Rouillon, Clement; Eckhardt, Bruna, V; Kollenstart, Leonie; Gruss, Fabian; Verkennis, Alexander E. E.; Rondeel, Inge; Krijger, Peter H. L.; Ricci, Giulia; Biran, Alva; van Laar, Theo; de Fenffe, Charlotte M. Delvaux; Luppens, Georgiana; Albanese, Pascal; Sato, Koichi; Scheltema, Richard A.; de Laat, Wouter; Knipscheer, Puck; Dekker, Nynke H.; Groth, Anja; Mattiroli, Francesca
Opublikowane w: Nucleic Acids Res., Numer 51/8, 2023, Strona(/y) 3770-3792, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad171

Merits of Diazirine Photo-Immobilization for Target Profiling of Natural Products and Cofactors (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Prokofeva, Polina; Hoefer, Stefanie; Hornisch, Maximilian; Abele, Miriam; Kuster, Bernhard; Medard, Guillaume
Opublikowane w: ACS Chem. Biol., Numer 17/11, 2022, Strona(/y) 3100-3109, ISSN 1554-8929
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acschembio.2c00500

MRPS36 provides a structural link in the eukaryotic 2-oxoglutarate dehydrogenase complex (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hevler, Johannes F.; Albanese, Pascal; Cabrera-Orefice, Alfredo; Potter, Alisa; Jankevics, Andris; Misic, Jelena; Scheltema, Richard A.; Brandt, Ulrich; Arnold, Susanne; Heck, Albert J. R.
Opublikowane w: Open Biol, Numer 13/3, 2023, Strona(/y) 220363, ISSN 2046-2441
Wydawca: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.220363

Label-Free Quantitative Proteomic Analysis of Nitrogen Starvation in Arabidopsis Root Reveals New Aspects of H2S Signaling by Protein Persulfidation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ana Jurado-Flores, Luis C. Romero, Cecilia Gotor
Opublikowane w: Antioxidants, Numer 10/4, 2021, Strona(/y) 508, ISSN 2076-3921
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/antiox10040508

Robust and Easy-to-Use One-Pot Workflow for Label-Free Single-Cell Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matzinger, Manuel; Mueller, Elisabeth; Duernberger, Gerhard; Pichler, Peter; Mechtler, Karl
Opublikowane w: Anal. Chem., 2023, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.2c05022

Subcellular Transcriptomics and Proteomics: A Comparative Methods Review (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Christopher JA, Geladaki A, Dawson CS, Vennard OL, Lilley KS.
Opublikowane w: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9484
Wydawca: Elsiver
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100186

A universal GlycoDesign for lysosomal replacement enzymes to improve circulation time and biodistribution (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Chen, Yen-Hsi; Tian, Weihua; Yasuda, Makiko; Ye, Zilu; Song, Ming; Mandel, Ulla; Kristensen, Claus; Povolo, Lorenzo; Marques, Andre R. A.; Caval, Tomislav; Heck, Albert J. R.; Sampaio, Julio Lopes; Johannes, Ludger; Tsukimura, Takahiro; Desnick, Robert; Vakhrushev, Sergey Y. Y.; Yang, Zhang; Clausen, Henrik
Opublikowane w: Front. Bioeng. Biotechnol., Numer 11, 2023, Strona(/y) 1128371, ISSN 2296-4185
Wydawca: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fbioe.2023.1128371

Site‐specific ubiquitination of the E3 ligase HOIP regulates apoptosis and immune signaling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Lilian M Fennell, Carlos Gomez Diaz, Luiza Deszcz, Anoop Kavirayani, David Hoffmann, Kota Yanagitani, Alexander Schleiffer, Karl Mechtler, Astrid Hagelkruys, Josef Penninger, Fumiyo Ikeda
Opublikowane w: The EMBO Journal, Numer 39/24, 2020, ISSN 0261-4189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019103303

DNAJC9 integrates heat shock molecular chaperones into the histone chaperone network (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Colin M. Hammond, Hongyu Bao, Ivo A. Hendriks, Massimo Carraro, Alberto García-Nieto, Yanhong Liu, Nazaret Reverón-Gómez, Christos Spanos, Liu Chen, Juri Rappsilber, Michael L. Nielsen, Dinshaw J. Patel, Hongda Huang, Anja Groth
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 81/12, 2021, Strona(/y) 2533-2548.e9, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.03.041

Structure of the human signal peptidase complex reveals the determinants for signal peptide cleavage (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: A. Manuel Liaci, Barbara Steigenberger, Paulo Cesar Telles de Souza, Sem Tamara, Mariska Gröllers-Mulderij, Patrick Ogrissek, Siewert J. Marrink, Richard A. Scheltema, Friedrich Förster
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 81/19, 2021, Strona(/y) 3934-3948.e11, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.07.031

Subcellular proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Josie A. Christopher, Charlotte Stadler, Claire E. Martin, Marcel Morgenstern, Yanbo Pan, Cora N. Betsinger, David G. Rattray, Diana Mahdessian, Anne-Claude Gingras, Bettina Warscheid, Janne Lehtiö, Ileana M. Cristea, Leonard J. Foster, Andrew Emili, Kathryn S. Lilley
Opublikowane w: Nature Reviews Methods Primers, Numer 1/1, 2021, ISSN 2662-8449
Wydawca: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43586-021-00029-y

Top-Down Detection of Oxidative Protein Footprinting by Collision-Induced Dissociation, Electron-Transfer Dissociation, and Electron-Capture Dissociation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Yassaghi G, Kukačka Z, Fiala J, Kavan D, Halada P, Volný M, Novák P
Opublikowane w: Analytical Chemistry, 2022, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c05476

Deciphering the signaling network of breast cancer improves drug sensitivity prediction (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Marco Tognetti, Attila Gabor, Mi Yang, Valentina Cappelletti, Jonas Windhager, Oscar M. Rueda, Konstantina Charmpi, Elham Esmaeilishirazifard, Alejandra Bruna, Natalie de Souza, Carlos Caldas, Andreas Beyer, Paola Picotti, Julio Saez-Rodriguez, Bernd Bodenmiller
Opublikowane w: Cell Systems, Numer 12/5, 2021, Strona(/y) 401-418.e12, ISSN 2405-4712
Wydawca: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cels.2021.04.002

Identification of Protein Complexes by Integrating Protein Abundance and Interaction Features Using a Deep Learning Strategy (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Li, Bohui; Altelaar, Maarten; van Breukelen, Bas
Opublikowane w: Int. J. Mol. Sci., Numer 24/9, 2023, Strona(/y) 7884, ISSN 1661-6596
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/ijms24097884

Monitoring mAb proteoforms in mouse plasma using an automated immunocapture combined with top-down and middle-down mass spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dhenin, Jonathan; Lafont, Valerie; Dupre, Mathieu; Krick, Alain; Mauriac, Christine; Chamot-Rooke, Julia
Opublikowane w: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300069

Data, Reagents, Assays and Merits of Proteomics for SARS-CoV-2 Research and Testing (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zecha, Jana; Lee, Chien-Yun; Bayer, Florian P.; Meng, Chen; Grass, Vincent; Zerweck, Johannes; Schnatbaum, Karsten; Michler, Thomas; Pichlmair, Andreas; Ludwig, Christina; Kuster, Bernhard
Opublikowane w: Mol. Cell. Proteomics, Numer 19/9, 2020, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra120.002164

Fasting improves therapeutic response in hepatocellular carcinoma through p53-dependent metabolic synergism (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Krstic J, Reinisch I, Schindlmaier K, Galhuber M, Riahi Z, Berger N, Kupper N, Moyschewitz E, Auer M, Michenthaler H, Nössing C, Depaoli MR, Ramadani-Muja J, Usluer S, Stryeck S, Pichler M, Rinner B, Deutsch AJA, Reinisch A, Madl T, Chiozzi RZ, Heck AJR, Huch M, Malli R, Prokesch A.
Opublikowane w: Science Advances, 2022, ISSN 2375-2548
Wydawca: Am soc for the advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abh2635

Deep learning boosts sensitivity of mass spectrometry-based immunopeptidomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mathias Wilhelm, Daniel P. Zolg, Michael Graber, Siegfried Gessulat, Tobias Schmidt, Karsten Schnatbaum, Celina Schwencke-Westphal, Philipp Seifert, Niklas de Andrade Krätzig, Johannes Zerweck, Tobias Knaute, Eva Bräunlein, Patroklos Samaras, Ludwig Lautenbacher, Susan Klaeger, Holger Wenschuh, Roland Rad, Bernard Delanghe, Andreas Huhmer, Steven A. Carr, Karl R. Clauser, Angela M. Krackhardt, U
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23713-9

Reversible amyloids of pyruvate kinase couple cell metabolism and stress granule assembly (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Cereghetti G, Wilson-Zbinden C, Kissling VM, Diether M, Arm A, Yoo H, Piazza I, Saad S, Picotti P, Drummond DA, Sauer U, Dechant R, Peter M
Opublikowane w: Nature Cell Biology, 2021, ISSN 1465-7392
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-021-00760-4

MassIVE.quant: a community resource of quantitative mass spectrometry–based proteomics datasets (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Meena Choi, Jeremy Carver, Cristina Chiva, Manuel Tzouros, Ting Huang, Tsung-Heng Tsai, Benjamin Pullman, Oliver M. Bernhardt, Ruth Hüttenhain, Guo Ci Teo, Yasset Perez-Riverol, Jan Muntel, Maik Müller, Sandra Goetze, Maria Pavlou, Erik Verschueren, Bernd Wollscheid, Alexey I. Nesvizhskii, Lukas Reiter, Tom Dunkley, Eduard Sabidó, Nuno Bandeira, Olga Vitek
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 17/10, 2020, Strona(/y) 981-984, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0955-0

Bap-Independent Biofilm Formation in Staphylococcus xylosus (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Schiffer, Carolin J.; Abele, Miriam; Ehrmann, Matthias A.; Vogel, Rudi F.
Opublikowane w: Microorganisms, Numer 9/12, 2021, Strona(/y) 2610, ISSN 2076-2607
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/microorganisms9122610

Domestic animal proteomics in the 21st century: A global retrospective and viewpoint analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: André M. Almeida, Syed Azmal Ali, Fabrizio Ceciliani, P. David Eckersall, Lorenzo E. Hernández-Castellano, Rongwei Han, Jaka J. Hodnik, Shalini Jaswal, John D. Lippolis, Mark McLaughlin, Ingrid Miller, Ashok Kumar Mohanty, Vladimir Mrljak, Jarlath E. Nally, Paolo Nanni, Jeffrey E. Plowman, Mirele D. Poleti, David M. Ribeiro, Pedro Rodrigues, Bernd Roschitzki, Ralph Schlapbach, Jože Starič, Yon
Opublikowane w: Journal of Proteomics, Numer 241, 2021, Strona(/y) 104220, ISSN 1874-3919
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104220

Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kaige Yan, Jing Yang, Ziguo Zhang, Stephen H. McLaughlin, Leifu Chang, Domenico Fasci, Ann E. Ehrenhofer-Murray, Albert J. R. Heck, David Barford
Opublikowane w: Nature, Numer 574/7777, 2019, Strona(/y) 278-282, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1609-1

Proteome Dynamics of Persulfidation in Leaf Tissue under Light/Dark Conditions and Carbon Deprivation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jurado-Flores, Ana; Gotor, Cecilia; Romero, Luis C. C.
Opublikowane w: Antioxidants, Numer 12/4, 2023, Strona(/y) 789, ISSN 2076-3921
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/antiox12040789

Comparative Analysis of Antibodies and Heavily Glycosylated Macromolecular Immune Complexes by Size-Exclusion Chromatography Multi-Angle Light Scattering, Native Charge Detection Mass Spectrometry, and Mass Photometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: den Boer MA, Lai SH, Xue X, van Kampen MD, Bleijlevens B, Heck AJR
Opublikowane w: Anal Chem, 2022, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c03656

Regulation of Rad52-dependent replication fork recovery through serine ADP-ribosylation of PolD3 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Richards, Frederick; Llorca-Cardenosa, Marta J.; Langton, Jamie; Buch-Larsen, Sara C.; Shamkhi, Noor F.; Sharma, Abhishek Bharadwaj; Nielsen, Michael L.; Lakin, Nicholas D.
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40071-w

The PRIDE database resources in 2022: a hub for mass spectrometry-based proteomics evidences (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Perez-Riverol Y, Bai J, Bandla C, Hewapathirana S, García-Seisdedos D, Kamatchinathan S, Kundu D, Prakash A, Frericks-Zipper A, Eisenacher M, Walzer M, Wang S, Brazma A, Vizcaíno JA
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1038

Fast Fluoroalkylation of Proteins Uncovers the Structure and Dynamics of Biological Macromolecules (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fojtík L, Fiala J, Pompach P, Chmelík J, Matoušek V, Beier P, Kukačka Z, Novák P.
Opublikowane w: J.Am.Chem. Soc., 2021, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c07771

Decoding protein methylation function with thermal stability analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sayago, Cristina; Sanchez-Wandelmer, Jana; Garcia, Fernando; Hurtado, Begona; Lafarga, Vanesa; Prieto, Patricia; Zarzuela, Eduardo; Ximenez-Embun, Pilar; Ortega, Sagrario; Megias, Diego; Fernandez-Capetillo, Oscar; Malumbres, Marcos; Munoz, Javier
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 3016, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38863-1

Spatial epi-proteomics enabled by histone post-translational modification analysis from low-abundance clinical samples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Roberta Noberini, Evelyn Oliva Savoia, Stefania Brandini, Francesco Greco, Francesca Marra, Giovanni Bertalot, Giancarlo Pruneri, Liam A. McDonnell, Tiziana Bonaldi
Opublikowane w: Clinical Epigenetics, Numer 13/1, 2021, ISSN 1868-7075
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1186/s13148-021-01120-7

azyx-1 is a new gene that overlaps with zyxin and affects its translation in C. elegans, impacting muscular integrity and locomotion (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Parmar, Bhavesh S.; Kieswetter, Amanda; Geens, Ellen; Vandewyer, Elke; Ludwig, Christina; Temmerman, Liesbet
Opublikowane w: PLoS. Biol., Numer 21/9, 2023, Strona(/y) e3002300, ISSN 1544-9173
Wydawca: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002300

Pharmacological inhibition of LSD1 triggers myeloid differentiation by targeting GSE1 oncogenic functions in AML.  (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Nicosia, L., Boffo, F.L., Ceccacci, E. et al.
Opublikowane w: Oncogene, 2021, ISSN 0950-9232
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-021-02123-7

An Integrative Structural Biology Analysis of Von Willebrand Factor Binding and Processing by ADAMTS-13 in Solution (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Laura del Amo-Maestro, Amin Sagar, Petr Pompach, Theodoros Goulas, Carsten Scavenius, Diego S. Ferrero, Mariana Castrillo-Briceño, Marta Taulés, Jan J. Enghild, Pau Bernadó, F. Xavier Gomis-Rüth
Opublikowane w: Journal of Molecular Biology, Numer 433/13, 2021, Strona(/y) 166954, ISSN 0022-2836
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.166954

Global analysis of protein-RNA interactions in SARS-CoV-2-infected cells reveals key regulators of infection (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wael Kamel, Marko Noerenberg, Berati Cerikan, Honglin Chen, Aino I. Järvelin, Mohamed Kammoun, Jeffrey Y. Lee, Ni Shuai, Manuel Garcia-Moreno, Anna Andrejeva, Michael J. Deery, Natasha Johnson, Christopher J. Neufeldt, Mirko Cortese, Michael L. Knight, Kathryn S. Lilley, Javier Martinez, Ilan Davis, Ralf Bartenschlager, Shabaz Mohammed, Alfredo Castello
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 81/13, 2021, Strona(/y) 2851-2867.e7, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.05.023

Pout2Prot:AnEfficient Tool to Create Protein (Sub)groups from Percolator Output Files (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Schallert, Kay; Verschaffelt, Pieter; Mesuere, Bart; Benndorf, Dirk; Martens, Lennart; Van den Bossche, Tim
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 21/4, 2022, Strona(/y) 1175-1180, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00685

Deep (phospho)proteomics profiling of pre- treatment needle biopsies identifies signatures of treatment resistance in HER2+breast cancer (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Debets, Donna O.; Stecker, Kelly E.; Piskopou, Anastasia; Liefaard, Marte C.; Wesseling, Jelle; Sonke, Gabe S.; Lips, Esther H.; Altelaar, Maarten
Opublikowane w: Cell Rep. Med., Numer 4/10, 2023, Strona(/y) 101203, ISSN 2666-3791
Wydawca: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.xcrm.2023.101203

Deep Single-Shot NanoLC-MS Proteome Profiling with a 1500 Bar UHPLC System, Long Fully Porous Columns, and HRAM MS (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zheng R, Stejskal K, Pynn C, Mechtler K, Boychenko A
Opublikowane w: J. Proteome Research, 2022, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00270

Precursor deconvolution error estimation: The missing puzzle piece in false discovery rate in top-down proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jeong, Kyowon; Kaulich, Philipp T.; Jung, Wonhyeuk; Kim, Jihyung; Tholey, Andreas; Kohlbacher, Oliver
Opublikowane w: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300068

The histone code of the fungal genus Aspergillus uncovered by evolutionary and proteomic analyses (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhang X, Noberini R, Bonaldi T, Collemare J, Seidl MF. 
Opublikowane w: Microbial Genomics, 2022, ISSN 2057-5858
Wydawca: MICROBIOLOGY SOC
DOI: 10.1099/mgen.0.000856

ANGEL2 is a member of the CCR4 family of deadenylases with 2′,3′-cyclic phosphatase activity (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pinto, Paola H.; Kroupova, Alena; Schleiffer, Alexander; Mechtler, Karl; Jinek, Martin; Weitzer, Stefan; Martinez, Javier
Opublikowane w: Science, Numer 369/6503, 2020, Strona(/y) 524, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aba9763

Generalized Calibration Across Liquid Chromatography Setups for Generic Prediction of Small-Molecule Retention Times (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bouwmeester, Robbin; Martens, Lennart; Degroeve, Sven
Opublikowane w: Anal. Chem., Numer 92/9, 2020, Strona(/y) 6571-6578, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00233

Similarities and differences in the structures and proteoform profiles of the complement proteins C6 and C7 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Marie V. Lukassen, Vojtech Franc, Johannes F. Hevler, Albert J.R. Heck
Opublikowane w: PROTEOMICS, 2021, Strona(/y) 2000310, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202000310

Lipid nanoparticles allow efficient and harmless ex vivo gene editing of human hematopoietic cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Vavassori, Valentina; Ferrari, Samuele; Beretta, Stefano; Asperti, Claudia; Albano, Luisa; Annoni, Andrea; Gaddoni, Chiara; Varesi, Angelica; Soldi, Monica; Cuomo, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Radrizzani, Marina; Merelli, Ivan; Naldini, Luigi
Opublikowane w: Blood, Numer 142/9, 2023, Strona(/y) 812-826, ISSN 0006-4971
Wydawca: American Society of Hematology
DOI: 10.1182/blood.2022019333

Zebrafish Ski7 tunes RNA levels during the oocyte-to-embryo transition (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Luis Enrique Cabrera-Quio, Alexander Schleiffer, Karl Mechtler, Andrea Pauli
Opublikowane w: PLOS Genetics, Numer 17/2, 2021, Strona(/y) e1009390, ISSN 1553-7404
Wydawca: Public Library Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009390

Mass Spectrometry-Driven Discovery of Neuropeptides Mediating Nictation Behavior of Nematodes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Cockx, Bram; Van Bael, Sven; Boelen, Rose; Vandewyer, Elke; Yang, Heeseung; Le, Tuan Anh; Dalzell, Johnathan J.; Beets, Isabel; Ludwig, Christina; Lee, Junho; Temmerman, Liesbet
Opublikowane w: Mol. Cell. Proteomics, Numer 22/2, 2023, Strona(/y) 100479, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100479

AKIRIN2 controls the nuclear import of proteasomes in vertebrates (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Melanie de Almeida, Matthias Hinterndorfer, Hanna Brunner, Irina Grishkovskaya, Kashish Singh, Alexander Schleiffer, Julian Jude, Sumit Deswal, Robert Kalis, Milica Vunjak, Thomas Lendl, Richard Imre, Elisabeth Roitinger, Tobias Neumann, Susanne Kandolf, Michael Schutzbier, Karl Mechtler, Gijs A. Versteeg, David Haselbach, Johannes Zuber
Opublikowane w: Nature, Numer 599/7885, 2021, Strona(/y) 491-496, ISSN 0028-0836
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-04035-8

In Vitro Evolution Reveals Noncationic Protein-RNA Interaction Mediated by Metal Ions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Giacobelli VG, Fujishima K, Lepšík M, Tretyachenko V, Kadavá T, Makarov M, Bednárová L, Novák P, Hlouchová K
Opublikowane w: Mol Biol Evol, 2022, ISSN 0737-4038
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msac032

Benefits of Collisional Cross Section Assisted Precursor Selection (caps-PASEF) for Cross-linking Mass Spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Barbara Steigenberger, Henk W. P. van den Toorn, Emiel Bijl, Jean-François Greisch, Oliver Räther, Markus Lubeck, Roland J. Pieters, Albert J. R. Heck, Richard A. Scheltema
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 19/10, 2020, Strona(/y) 1677-1687, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra120.002094

Decrypting drug actions and protein modifications by dose- and time-resolved proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zecha, Jana; Bayer, Florian P.; Wiechmann, Svenja; Woortman, Julia; Berner, Nicola; Mueller, Julian; Schneider, Annika; Kramer, Karl; Abril-Gil, Mar; Hopf, Thomas; Reichart, Leonie; Chen, Lin; Hansen, Fynn M.; Lechner, Severin; Samaras, Patroklos; Eckert, Stephan; Lautenbacher, Ludwig; Reinecke, Maria; Hamood, Firas; Prokofeva, Polina; Vornholz, Larsen; Falcomata, Chiara; Dorsch, Madeleine; Schroe
Opublikowane w: Science, Numer 380/6640, 2023, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade3925

A combination of molecular and clinical parameters provides a new strategy for high-grade serous ovarian cancer patient management (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bradbury, Melissa; Borras, Eva; Vilar, Marta; Castellvi, Josep; Luis Sanchez-Iglesias, Jose; Perez-Benavente, Assumpcio; Gil-Moreno, Antonio; Santamaria, Anna; Sabido, Eduard
Opublikowane w: J. Transl. Med., Numer 20/1, 2022, Strona(/y) 611, ISSN 1479-5876
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12967-022-03816-7

Scop3P: A Comprehensive Resource of Human Phosphosites within Their Full Context (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ramasamy, Pathmanaban; Turan, Demet; Tichshenko, Natalia; Hulstaert, Niels; Vandermarliere, Elien; Vranken, Wim; Martens, Lennart
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 19/8, 2020, Strona(/y) 3478-3486, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00306

Label-Free Mass Spectrometry-Based Quantification of Linker Histone H1 Variants in Clinical Samples (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Roberta Noberini, Cristina Morales Torres, Evelyn Oliva Savoia, Stefania Brandini, Maria Giovanna Jodice, Giovanni Bertalot, Giuseppina Bonizzi, Maria Capra, Giuseppe Diaferia, Paola Scaffidi, Tiziana Bonaldi
Opublikowane w: International Journal of Molecular Sciences, Numer 21/19, 2020, Strona(/y) 7330, ISSN 1422-0067
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21197330

Chromatin-Bound Proteome Profiling by Genome Capture (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sergi Aranda, Eva Borràs, Eduard Sabidó, Luciano Di Croce
Opublikowane w: STAR Protocols, Numer 1/1, 2020, Strona(/y) 100014, ISSN 2666-1667
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100014

Comparing Top-Down Proteoform Identification: Deconvolution, PrSM Overlap, and PTM Detection (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tabb, David L.; Jeong, Kyowon; Druart, Karen; Gant, Megan S.; Brown, Kyle A.; Nicora, Carrie; Zhou, Mowei; Couvillion, Sneha; Nakayasu, Ernesto; Williams, Janet E.; Peterson, Haley K.; McGuire, Michelle K.; McGuire, Mark A.; Metz, Thomas O.; Chamot-Rooke, Julia
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/7, 2023, Strona(/y) 2199-2217, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00673

Hybrid-DIA: intelligent data acquisition integrates targeted and discovery proteomics to analyze phospho-signaling in single spheroids (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Martinez-Val, Ana; Fort, Kyle; Koenig, Claire; van der Hoeven, Leander; Franciosa, Giulia; Moehring, Thomas; Ishihama, Yasushi; Chen, Yu-ju; Makarov, Alexander; Xuan, Yue; Olsen, Jesper V.
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39347-y

Feature-based molecular networking in the GNPS analysis environment (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Louis-Félix Nothias, Daniel Petras, Robin Schmid, Kai Dührkop, Johannes Rainer, Abinesh Sarvepalli, Ivan Protsyuk, Madeleine Ernst, Hiroshi Tsugawa, Markus Fleischauer, Fabian Aicheler, Alexander A. Aksenov, Oliver Alka, Pierre-Marie Allard, Aiko Barsch, Xavier Cachet, Andres Mauricio Caraballo-Rodriguez, Ricardo R. Da Silva, Tam Dang, Neha Garg, Julia M. Gauglitz, Alexey Gurevich, Giorgis Isaac
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 17/9, 2020, Strona(/y) 905-908, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0933-6

Combining CRISPRi and metabolomics for functional annotation of compound libraries (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anglada-Girotto M, Handschin G, Ortmayr K, Campos AI, Gillet L, Manfredi P, Mulholland CV, Berney M, Jenal U, Picotti P, Zampieri M.
Opublikowane w: Nat Chem Biol, 2022, ISSN 1552-4450
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-022-00970-3

Integrated Proteomics Unveils Nuclear PDE3A2 as a Regulator of Cardiac Myocyte Hypertrophy (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Subramaniam, Gunasekaran; Schleicher, Katharina; Kovanich, Duangnapa; Zerio, Anna; Folkmanaite, Milda; Chao, Ying-Chi; Surdo, Nicoletta C.; Koschinski, Andreas; Hu, Jianshu; Scholten, Arjen; Heck, Albert J. R.; Ercu, Maria; Sholokh, Anastasiia; Park, Kyung Chan; Klussmann, Enno; Meraviglia, Viviana; Bellin, Milena; Zanivan, Sara; Hester, Svenja; Mohammed, Shabaz; Zaccolo, Manuela
Opublikowane w: Circ.Res., Numer 132/7, 2023, Strona(/y) 828-848, ISSN 0009-7330
Wydawca: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circresaha.122.321448

N-terminal acetylation shields proteins from degradation and promotes age-dependent motility and longevity (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Varland, Sylvia; Silva, Rui Duarte; Kjosas, Ine; Faustino, Alexandra; Bogaert, Annelies; Billmann, Maximilian; Boukhatmi, Hadi; Kellen, Barbara; Costanzo, Michael; Drazic, Adrian; Osberg, Camilla; Chan, Katherine; Zhang, Xiang; Tong, Amy Hin Yan; Andreazza, Simonetta; Lee, Juliette J.; Nedyalkova, Lyudmila; Usaj, Matej; Whitworth, Alexander J.; Andrews, Brenda J.; Moffat, Jason; Myers, Chad L.; Ge
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 6774, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42342-y

The Role of Pseudo-Orthocaspase (SyOC) of Synechocystis sp. PCC 6803 in Attenuating the Effect of Oxidative Stress (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Saul Lema A, Marina Klemenčič, Franziska Völlmy, Maarten Altelaar, Christiane Funk
Opublikowane w: Frontiers in Microbiology, Numer 12, 2021, ISSN 1664-302X
Wydawca: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2021.634366

Optineurin links Hace1-dependent Rac ubiquitylation to integrin-mediated mechanotransduction to control bacterial invasion and cell division (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Petracchini S, Hamaoui D, Doye A, Asnacios A, Fage F, Vitiello E, Balland M, Janel S, Lafont F, Gupta M, Ladoux B, Gilleron J, Maia TM, Impens F, Gagnoux-Palacios L, Daugaard M, Sorensen PH, Lemichez E, Mettouchi A.
Opublikowane w: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33803-x

Spatiotemporal proteomic profiling of the pro-inflammatory response to lipopolysaccharide in the THP-1 human leukaemia cell line (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Claire M. Mulvey, Lisa M. Breckels, Oliver M. Crook, David J. Sanders, Andre L. R. Ribeiro, Aikaterini Geladaki, Andy Christoforou, Nina Kočevar Britovšek, Tracey Hurrell, Michael J. Deery, Laurent Gatto, Andrew M. Smith, Kathryn S. Lilley
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26000-9

Serine ADP-ribosylation in Drosophila provides insights into the evolution of reversible ADP-ribosylation signalling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fontana, Pietro; Buch-Larsen, Sara C.; Suyari, Osamu; Smith, Rebecca; Suskiewicz, Marcin J.; Schutzenhofer, Kira; Ariza, Antonio; Rack, Johannes Gregor Matthias; Nielsen, Michael L.; Ahel, Ivan
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 3200, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38793-y

Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Van den Bossche, Tim; Verschaffelt, Pieter; Schallert, Kay; Barsnes, Harald; Dawyndt, Peter; Benndorf, Dirk; Renard, Bernhard Y.; Mesuere, Bart; Martens, Lennart; Muth, Thilo
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 19/8, 2020, Strona(/y) 3562-3566, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00136

Data Management of Sensitive Human Proteomics Data: Current Practices, Recommendations, and Perspectives for the Future (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Nuno Bandeira, Eric W. Deutsch, Oliver Kohlbacher, Lennart Martens, Juan Antonio Vizcaíno
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 20, 2021, Strona(/y) 100071, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100071

A machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ilaria Piazza, Nigel Beaton, Roland Bruderer, Thomas Knobloch, Crystel Barbisan, Lucie Chandat, Alexander Sudau, Isabella Siepe, Oliver Rinner, Natalie de Souza, Paola Picotti, Lukas Reiter
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18071-x

Urinary Collectrin (TMEM27) as Novel Marker for Acute Kidney Injury (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pajenda S, Wagner L, Gerges D, Herkner H, Tevdoradze T, Mechtler K, Schmidt A, Winnicki W. 
Opublikowane w: Life, 2022, ISSN 2075-1729
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/life12091391

Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: C Silva AS, Bouwmeester R, Martens L, Degroeve S
Opublikowane w: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz383

Neutrophil azurophilic granule glycoproteins are distinctively decorated by atypical pauci- and phosphomannose glycans (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Karli R. Reiding, Yu-Hsien Lin, Floris P. J. van Alphen, Alexander B. Meijer, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Communications Biology, Numer 4/1, 2021, ISSN 2399-3642
Wydawca: Nature Portfolio
DOI: 10.1038/s42003-021-02555-7

High Resolution Proteomic Analysis of Subcellular Fractionated Boar Spermatozoa Provides Comprehensive Insights Into Perinuclear Theca-Residing Proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhang M, Chiozzi RZ, Skerrett-Byrne DA, Veenendaal T, Klumperman J, Heck AJR, Nixon B, Helms JB, Gadella BM, Bromfield EG
Opublikowane w: Front Cell Dev Biol, 2022, ISSN 2296-634X
Wydawca: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fcell.2022.836208

Proteomic investigation of Cbl and Cbl-b in neuroblastoma cell differentiation highlights roles for SHP-2 and CDK16 (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anna-Kathrine Pedersen, Anamarija Pfeiffer, Gopal Karemore, Vyacheslav Akimov, Dorte B. Bekker-Jensen, Blagoy Blagoev, Chiara Francavilla, Jesper V. Olsen
Opublikowane w: iScience, Numer 24/4, 2021, Strona(/y) 102321, ISSN 2589-0042
Wydawca: EMBO PRESS
DOI: 10.1016/j.isci.2021.102321

A serum proteome signature to predict mortality in severe COVID-19 patients (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Franziska Völlmy, Henk van den Toorn, Riccardo Zenezini Chiozzi, Ottavio Zucchetti, Alberto Papi, Carlo Alberto Volta, Luisa Marracino, Francesco Vieceli Dalla Sega, Francesca Fortini, Vadim Demichev, Pinkus Tober-Lau, Gianluca Campo, Marco Contoli, Markus Ralser, Florian Kurth, Savino Spadaro, Paola Rizzo, Albert JR Heck
Opublikowane w: Life Science Alliance, Numer 4/9, 2021, Strona(/y) e202101099, ISSN 2575-1077
Wydawca: EMBO Press
DOI: 10.26508/lsa.202101099

BRCA1 mutations in high-grade serous ovarian cancer are associated with proteomic changes in DNA repair, splicing, transcription regulation and signaling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bradbury M, Borràs E, Castellví J, Méndez O, Sánchez-Iglesias JL, Pérez-Benavente A, Gil-Moreno A, Sabidó E, Santamaria A.
Opublikowane w: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-08461-0

Expression of NORAD correlates with breast cancer aggressiveness and protects breast cancer cells from chemotherapy (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alves-Vale, Catarina; Capela, Ana Maria; Tavares-Marcos, Carlota; Domingues-Silva, Beatriz; Pereira, Bruno; Santos, Francisco; Gomes, Carla Pereira; Espadas, Guadalupe; Vitorino, Rui; Sabido, Eduard; Borralho, Paula; Nobrega-Pereira, Sandrina; de Jesuse, Bruno Bernardes
Opublikowane w: Mol. Ther. Nucl. Acids, Numer 33, 2023, ISSN 2162-2531
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.omtn.2023.08.019

Waves of sumoylation support transcription dynamics during adipocyte differentiation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhao X, Hendriks IA, Le Gras S, Ye T, Ramos-Alonso L, Nguéa P A, Lien GF, Ghasemi F, Klungland A, Jost B, Enserink JM, Nielsen ML
Opublikowane w: Nucleic Acids Res, 2022, ISSN 1362-4962
Wydawca: OXFORD UNIV PRESS
DOI: 10.1093/nar/gkac027

Comparative Proteome Signatures of Trace Samples by Multiplexed Data-Independent Acquisition (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ctortecka C, Krššáková G, Stejskal K, Penninger JM, Mendjan S, Mechtler K, Stadlmann J.
Opublikowane w: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9484
Wydawca: Elsiver
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100177

MS Annika 2.0 Identifies Cross-Linked Peptides in MS2-MS3-Based Workflows at High Sensitivity and Specificity (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Birklbauer, Micha J. J.; Matzinger, Manuel; Mueller, Fraenze; Mechtler, Karl; Dorfer, Viktoria
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/9, 2023, Strona(/y) 3009-3021, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00325

Cross-ID: Analysis and Visualization of Complex XL–MS-Driven Protein Interaction Networks (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sebastiaan C. de Graaf, Oleg Klykov, Henk van den Toorn, Richard A. Scheltema
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 18/2, 2018, Strona(/y) 642-651, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00725

PhoX: An IMAC-Enrichable Cross-Linking Reagent (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Barbara Steigenberger, Roland J. Pieters, Albert J. R. Heck, Richard A. Scheltema
Opublikowane w: ACS Central Science, Numer 5/9, 2019, Strona(/y) 1514-1522, ISSN 2374-7943
Wydawca: ACS CENTRAL SCIENCE
DOI: 10.1021/acscentsci.9b00416

Binding of eIF3 in complex with eIF5 and eIF1 to the 40S ribosomal subunit is accompanied by dramatic structural changes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jakub Zeman, Yuzuru Itoh, Zdeněk Kukačka, Michal Rosůlek, Daniel Kavan, Tomáš Kouba, Myrte E Jansen, Mahabub P Mohammad, Petr Novák, Leoš S Valášek
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 47/15, 2019, Strona(/y) 8282-8300, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz570

Quantifying the impact of public omics data (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Yasset Perez-Riverol, Andrey Zorin, Gaurhari Dass, Manh-Tu Vu, Pan Xu, Mihai Glont, Juan Antonio Vizcaíno, Andrew F. Jarnuczak, Robert Petryszak, Peipei Ping, Henning Hermjakob
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-11461-w

N-terminal β-strand underpins biochemical specialization of an ATG8 isoform (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Erin K. Zess, Cassandra Jensen, Neftaly Cruz-Mireles, Juan Carlos De la Concepcion, Jan Sklenar, Madlen Stephani, Richard Imre, Elisabeth Roitinger, Richard Hughes, Khaoula Belhaj, Karl Mechtler, Frank L. H. Menke, Tolga Bozkurt, Mark J. Banfield, Sophien Kamoun, Abbas Maqbool, Yasin F. Dagdas
Opublikowane w: PLOS Biology, Numer 17/7, 2019, Strona(/y) e3000373, ISSN 1545-7885
Wydawca: PLOS BIOL
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000373

A Colorful Pallet of B-Phycoerythrin Proteoforms Exposed by a Multimodal Mass Spectrometry Approach (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sem Tamara, Max Hoek, Richard A. Scheltema, Aneika C. Leney, Albert J.R. Heck
Opublikowane w: Chem, Numer 5/5, 2019, Strona(/y) 1302-1317, ISSN 2451-9294
Wydawca: CHEM
DOI: 10.1016/j.chempr.2019.03.006

Isotopologue Multipoint Calibration for Proteomics Biomarker Quantification in Clinical Practice (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Cristina Chiva, Olga Pastor, Lucía Trilla-Fuertes, Angelo Gámez-Pozo, Juan Ángel Fresno Vara, Eduard Sabidó
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 91/8, 2019, Strona(/y) 4934-4938, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b05802

Phosphopeptide Fragmentation and Site Localization by Mass Spectrometry: An Update (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Clement M. Potel, Simone Lemeer, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 91/1, 2018, Strona(/y) 126-141, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.8b04746

MS-Based Approaches Enable the Structural Characterization of Transcription Factor/DNA Response Element Complex (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Slavata, Chmelík, Kavan, Filandrová, Fiala, Rosůlek, Mrázek, Kukačka, Vališ, Man, Miller, McIntyre, Fabris, Novák
Opublikowane w: Biomolecules, Numer 9/10, 2019, Strona(/y) 535, ISSN 2218-273X
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biom9100535

Improved Sensitivity in Low-Input Proteomics Using Micropillar Array-Based Chromatography (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Johannes Stadlmann, Otto Hudecz, Gabriela Krššáková, Claudia Ctortecka, Geert Van Raemdonck, Jeff Op De Beeck, Gert Desmet, Josef M. Penninger, Paul Jacobs, Karl Mechtler
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 91/22, 2019, Strona(/y) 14203-14207, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.9b02899

Absolute quantification of cohesin, CTCF and their regulators in human cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Johann Holzmann, Antonio Z Politi, Kota Nagasaka, Merle Hantsche-Grininger, Nike Walther, Birgit Koch, Johannes Fuchs, Gerhard Dürnberger, Wen Tang, Rene Ladurner, Roman R Stocsits, Georg A Busslinger, Béla Novák, Karl Mechtler, Iain Finley Davidson, Jan Ellenberg, Jan-Michael Peters
Opublikowane w: eLife, Numer 8, 2019, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.46269

Proteases Immobilization for In Situ Time-Limited Proteolysis on MALDI Chips (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Rosulek, Darebna, Pompach, Slavata, Novak
Opublikowane w: Catalysts, Numer 9/10, 2019, Strona(/y) 833, ISSN 2073-4344
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/catal9100833

Oncogenic Mutations Rewire Signaling Pathways by Switching Protein Recruitment to Phosphotyrosine Sites (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alicia Lundby, Giulia Franciosa, Kristina B. Emdal, Jan C. Refsgaard, Sebastian P. Gnosa, Dorte B. Bekker-Jensen, Anna Secher, Svetlana R. Maurya, Indranil Paul, Blanca L. Mendez, Christian D. Kelstrup, Chiara Francavilla, Marie Kveiborg, Guillermo Montoya, Lars J. Jensen, Jesper V. Olsen
Opublikowane w: Cell, Numer 179/2, 2019, Strona(/y) 543-560.e26, ISSN 0092-8674
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.09.008

Missing regions within the molecular architecture of human fibrin clots structurally resolved by XL-MS and integrative structural modeling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Oleg Klykov, Carmen van der Zwaan, Albert J. R. Heck, Alexander B. Meijer, Richard A. Scheltema
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 117/4, 2020, Strona(/y) 1976-1987, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1911785117

Targeting proline in (phospho)proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Saar A. M. Laarse, Charlotte A. G. H. Gelder, Marshall Bern, Michiel Akeroyd, Maurien M. A. Olsthoorn, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: The FEBS Journal, 2020, ISSN 1742-464X
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15190

Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ana S C. Silva, Robbin Bouwmeester, Lennart Martens, Sven Degroeve
Opublikowane w: Bioinformatics, Numer 35/24, 2019, Strona(/y) 5243-5248, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz383

Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent acquisition without the need for spectral libraries (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dorte B. Bekker-Jensen, Oliver M. Bernhardt, Alexander Hogrebe, Ana Martinez-Val, Lynn Verbeke, Tejas Gandhi, Christian D. Kelstrup, Lukas Reiter, Jesper V. Olsen
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-14609-1

EPIFANY: A Method for Efficient High-Confidence Protein Inference (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Julianus Pfeuffer, Timo Sachsenberg, Tjeerd M. H. Dijkstra, Oliver Serang, Knut Reinert, Oliver Kohlbacher
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00566

Enrichment of histones from patient samples for mass spectrometry-based analysis of post-translational modifications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Roberta Noberini, Camilla Restellini, Evelyn Oliva Savoia, Tiziana Bonaldi
Opublikowane w: Methods, 2019, ISSN 1046-2023
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.10.001

ThermoRawFileParser: Modular, Scalable, and Cross-Platform RAW File Conversion (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Niels Hulstaert, Jim Shofstahl, Timo Sachsenberg, Mathias Walzer, Harald Barsnes, Lennart Martens, Yasset Perez-Riverol
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 19/1, 2019, Strona(/y) 537-542, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00328

The Human Immunopeptidome Project: A Roadmap to Predict and Treat Immune Diseases (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Juan Antonio Vizcaíno, Peter Kubiniok, Kevin A. Kovalchik, Qing Ma, Jérôme D. Duquette, Ian Mongrain, Eric W. Deutsch, Bjoern Peters, Alessandro Sette, Isabelle Sirois, Etienne Caron
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 19/1, 2020, Strona(/y) 31-49, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.r119.001743

ESCO1 and CTCF enable formation of long chromatin loops by protecting cohesinSTAG1 from WAPL (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gordana Wutz, Rene Ladurner, Brian Glenn St Hilaire, Roman R Stocsits, Kota Nagasaka, Benoit Pignard, Adrian Sanborn, Wen Tang, Csilla Várnai, Miroslav P Ivanov, Stefan Schoenfelder, Petra van der Lelij, Xingfan Huang, Gerhard Dürnberger, Elisabeth Roitinger, Karl Mechtler, Iain Finley Davidson, Peter Fraser, Erez Lieberman-Aiden, Jan-Michael Peters
Opublikowane w: eLife, Numer 9, 2020, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.52091

Generating high quality libraries for DIA MS with empirically corrected peptide predictions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Brian C. Searle, Kristian E. Swearingen, Christopher A. Barnes, Tobias Schmidt, Siegfried Gessulat, Bernhard Küster, Mathias Wilhelm
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15346-1

The omics discovery REST interface (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gaurhari Dass, Manh-Tu Vu, Pan Xu, Enrique Audain, Marc-Phillip Hitz, Björn A Grüning, Henning Hermjakob, Yasset Perez-Riverol
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2020, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa326

FLASHDeconv: Ultrafast, High-Quality Feature Deconvolution for Top-Down Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kyowon Jeong, Jihyung Kim, Manasi Gaikwad, Siti Nurul Hidayah, Laura Heikaus, Hartmut Schlüter, Oliver Kohlbacher
Opublikowane w: Cell Systems, Numer 10/2, 2020, Strona(/y) 213-218.e6, ISSN 2405-4712
Wydawca: Cell Press, Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.cels.2020.01.003

Removing the Hidden Data Dependency of DIA with Predicted Spectral Libraries (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bart Van Puyvelde, Sander Willems, Ralf Gabriels, Simon Daled, Laura De Clerck, Sofie Vande Casteele, An Staes, Francis Impens, Dieter Deforce, Lennart Martens, Sven Degroeve, Maarten Dhaenens
Opublikowane w: PROTEOMICS, Numer 20/3-4, 2020, Strona(/y) 1900306, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.201900306

To Cleave or Not To Cleave in XL-MS? (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: B. Steigenberger, P. Albanese, A. J. R. Heck, R. A. Scheltema
Opublikowane w: Journal of the American Society for Mass Spectrometry, Numer 31/2, 2020, Strona(/y) 196-206, ISSN 1044-0305
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1021/jasms.9b00085

Resolving heterogeneous macromolecular assemblies by Orbitrap-based single-particle charge detection mass spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tobias P. Wörner, Joost Snijder, Antonette Bennett, Mavis Agbandje-McKenna, Alexander A. Makarov, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 17/4, 2020, Strona(/y) 395-398, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-020-0770-7

Simple Peptide Quantification Approach for MS-Based Proteomics Quality Control (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Teresa Mendes Maia, An Staes, Kim Plasman, Jarne Pauwels, Katie Boucher, Andrea Argentini, Lennart Martens, Tony Montoye, Kris Gevaert, Francis Impens
Opublikowane w: ACS Omega, Numer 5/12, 2020, Strona(/y) 6754-6762, ISSN 2470-1343
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.0c00080

N-Terminal Proteoforms in Human Disease (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Annelies Bogaert, Esperanza Fernandez, Kris Gevaert
Opublikowane w: Trends in Biochemical Sciences, Numer 45/4, 2020, Strona(/y) 308-320, ISSN 0968-0004
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2019.12.009

The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling ‘big data’ approaches in proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Eric W Deutsch, Nuno Bandeira, Vagisha Sharma, Yasset Perez-Riverol, Jeremy J Carver, Deepti J Kundu, David García-Seisdedos, Andrew F Jarnuczak, Suresh Hewapathirana, Benjamin S Pullman, Julie Wertz, Zhi Sun, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Henning Hermjakob, Brendan MacLean, Michael J MacCoss, Yunping Zhu, Yasushi Ishihama, Juan A Vizcaíno
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz984

Influence of cross-linker polarity on selectivity towards lysine side chains (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jan Fiala, Zdeněk Kukačka, Petr Novák
Opublikowane w: Journal of Proteomics, Numer 218, 2020, Strona(/y) 103716, ISSN 1874-3919
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jprot.2020.103716

COSS: A fast and user-friendly tool for spectral library searching (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Genet Abay Shiferaw, Elien Vandermarliere, Niels Hulstaert, Ralf Gabriels, Lennart Martens, Pieter-Jan Volders
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00743

Fast and Highly Efficient Affinity Enrichment of Azide-A-DSBSO Cross-Linked Peptides (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Manuel Matzinger, Wolfgang Kandioller, Philipp Doppler, Elke H. Heiss, Karl Mechtler
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 19/5, 2020, Strona(/y) 2071-2079, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00003

Fishing for newly synthesized proteins with phosphonate-handles (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fleur Kleinpenning, Barbara Steigenberger, Wei Wu, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17010-0

A synthetic peptide library for benchmarking crosslinking-mass spectrometry search engines for proteins and protein complexes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Rebecca Beveridge, Johannes Stadlmann, Josef M. Penninger, Karl Mechtler
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-14608-2

The Age of Data‐Driven Proteomics: How Machine Learning Enables Novel Workflows (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robbin Bouwmeester, Ralf Gabriels, Tim Van Den Bossche, Lennart Martens, Sven Degroeve
Opublikowane w: PROTEOMICS, 2020, Strona(/y) 1900351, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.201900351

Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for Seamless End-to-End Metaproteomics Data Analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tim Van Den Bossche, Pieter Verschaffelt, Kay Schallert, Harald Barsnes, Peter Dawyndt, Dirk Benndorf, Bernhard Y. Renard, Bart Mesuere, Lennart Martens, Thilo Muth
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00136

Robust Summarization and Inference in Proteome-wide Label-free Quantification (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Adriaan Sticker, Ludger Goeminne, Lennart Martens, Lieven Clement
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 19/7, 2020, Strona(/y) 1209-1219, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra119.001624

Generalized Calibration Across Liquid Chromatography Setups for Generic Prediction of Small-Molecule Retention Times (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Robbin Bouwmeester, Lennart Martens, Sven Degroeve
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 92/9, 2020, Strona(/y) 6571-6578, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c00233

Scop3P: A Comprehensive Resource of Human Phosphosites within Their Full Context (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Pathmanaban Ramasamy, Demet Turan, Natalia Tichshenko, Niels Hulstaert, Elien Vandermarliere, Wim Vranken, Lennart Martens
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00306

Updated MS²PIP web server delivers fast and accurate MS² peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ralf Gabriels, Lennart Martens, Sven Degroeve
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 47/W1, 2019, Strona(/y) W295-W299, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz299

New findings on the action of hypericin in hypoxic cancer cells with a focus on the modulation of side population cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bukova, Viktoria; Vargova, Jana; Babincak, Marian; Jendzelovsky, Rastislav; Zdrahal, Zbynek; Roudnicky, Pavel; Kosuth, Jan; Fedorocko, Peter
Opublikowane w: Biomed. Pharmacother., Numer 163, 2023, Strona(/y) 114829, ISSN 0753-3322
Wydawca: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2023.114829

Notch–Jagged signaling complex defined by an interaction mosaic (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matthieu R. Zeronian, Oleg Klykov, Júlia Portell i de Montserrat, Maria J. Konijnenberg, Anamika Gaur, Richard A. Scheltema, Bert J. C. Janssen
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 118/30, 2021, Strona(/y) e2102502118, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2102502118

MSstats Version 4.0: Statistical Analyses of Quantitative Mass Spectrometry-Based Proteomic Experiments with Chromatography-Based Quantification at Scale (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kohler, Devon; Staniak, Mateusz; Tsai, Tsung-Heng; Huang, Ting; Shulman, Nicholas; Bernhardt, Oliver M.; MacLean, Brendan X.; Nesvizhskii, Alexey I.; Reiter, Lukas; Sabido, Eduard; Choi, Meena; Vitek, Olga
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/5, 2023, Strona(/y) 1466-1482, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00834

psm_utils: A High-Level Python API for Parsing and Handling Peptide-Spectrum Matches and Proteomics Search Results (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gabriels, Ralf; Declercq, Arthur; Bouwmeester, Robbin; Degroeve, Sven; Martens, Lennart
Opublikowane w: J. Proteome Res., 2022, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00609

Mass spectrometry‐based characterization of histones in clinical samples: applications, progresses, and challenges (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Roberta Noberini, Giulia Robusti, Tiziana Bonaldi
Opublikowane w: The FEBS Journal, 2021, ISSN 1742-464X
Wydawca: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/febs.15707

The LncRNA LENOX Interacts with RAP2C to Regulate Metabolism and Promote Resistance to MAPK Inhibition in Melanoma (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gambi, Giovanni; Mengus, Gabrielle; Davidson, Guillaume; Demesmaeker, Ewout; Cuomo, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Katopodi, Vicky; Malouf, Gabriel G.; Leucci, Eleonora; Davidson, Irwin
Opublikowane w: Cancer Res., Numer 82/24, 2022, Strona(/y) 4555-4570, ISSN 0008-5472
Wydawca: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-22-0959

β-RA Targets Mitochondrial Metabolism and Adipogenesis, Leading to Therapeutic Benefits against CoQ Deficiency and Age-Related Overweight (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Agustín Hidalgo-Gutiérrez, Eliana Barriocanal-Casado, María Elena Díaz-Casado, Pilar González-García, Riccardo Zenezini Chiozzi, Darío Acuña-Castroviejo, Luis Carlos López
Opublikowane w: Biomedicines, Numer 9/10, 2021, Strona(/y) 1457, ISSN 2227-9059
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biomedicines9101457

Optimization of a Top-Down Proteomics Platform for Closely Related Pathogenic Bacterial Discrimination (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mathieu Dupré, Magalie Duchateau, Christian Malosse, Diogo Borges-Lima, Valeria Calvaresi, Isabelle Podglajen, Dominique Clermont, Martial Rey, Julia Chamot-Rooke
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, 2020, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00351

DUX4-r exerts a neomorphic activity that depends on GTF2I in acute lymphoblastic leukemia (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Campolungo, Daniele; Salome, Mara; Biferali, Beatrice; Tascini, Anna Sofia; Gabellini, Davide
Opublikowane w: Sci. Adv., Numer 9/37, 2023, Strona(/y) eadi3771, ISSN 2375-2548
Wydawca: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.adi3771

Deciphering of benzothiadiazole (BTH)-induced response of tomato (Solanum lycopersicum L.) and its effect on early response to virus infection through the multi-omics approach (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Frackowiak, Patryk; Wrzesinska, Barbara; Wieczorek, Przemyslaw; Sanchez-Bel, Paloma; Kunz, Laura; Dittmann, Antje; Obrepalska-Steplowska, Aleksandra
Opublikowane w: Plant Soil, Numer 481/1-2, 2022, Strona(/y) 511-534, ISSN 0032-079X
Wydawca: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11104-022-05651-7

Detection and quantification of the histone code in the fungal genus Aspergillus (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Zhang, Xin; Noberini, Roberta; Vai, Alessandro; Bonaldi, Tiziana; Seidl, Michael F.; Collemare, Jerome
Opublikowane w: Fungal Genet. Biol., Numer 167, 2023, Strona(/y) 103800, ISSN 1087-1845
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.fgb.2023.103800

 Predicting fragment intensities and retention time of iTRAQ- and TMTPro-labeled peptides with Prosit-TMT (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gabriel W, Giurcoiu V, Lautenbacher L, Wilhelm M.
Opublikowane w: Proteomics, 2022, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100257

Extending Native Top-Down Electron Capture Dissociation to MDa Immunoglobulin Complexes Provides Useful Sequence Tags Covering Their Critical Variable Complementarity-Determining Regions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Greisch, Jean-Francois; den Boer, Maurits A.; Lai, Szu-Hsueh; Gallagher, Kelly; Bondt, Albert; Commandeur, Jan; Heck, Albert J. R.
Opublikowane w: Anal. Chem., Numer 93/48, 2021, Strona(/y) 16068-16075, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c03740

Enzyme expression kinetics by Escherichia coli during transition from rich to minimal media depends on proteome reserves (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wu, Chenhao; Mori, Matteo; Abele, Miriam; Banaei-Esfahani, Amir; Zhang, Zhongge; Okano, Hiroyuki; Aebersold, Ruedi; Ludwig, Christina; Hwa, Terence
Opublikowane w: NAT. MICROBIOL, Numer 8/2, 2023, Strona(/y) 347, ISSN 2058-5276
Wydawca: NATURE PORTFOLIO
DOI: 10.1038/s41564-022-01310-w

Cleavable Cross-Linkers and Mass Spectrometry for the Ultimate Task of Profiling Protein–Protein Interaction Networks in Vivo (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Manuel Matzinger, Karl Mechtler
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/1, 2021, Strona(/y) 78-93, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00583

Human plasma IgG1 repertoires are simple, unique, and dynamic (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bondt, Albert; Hoek, Max; Tamara, Sem; Bastiaan de Graaf; Peng, Weiwei; Schulte, Douwe; van Rijswijck, Danique M. H.; den Boer, Maurits A.; Greisch, Jean-Francois; Varkila, Meri R. J.; Snijder, Joost; Cremer, Olaf L.; Bonten, Marc J. M.; Heck, Albert J. R.
Opublikowane w: Cell Syst., Numer 12/12, 2021, Strona(/y) 1131, ISSN 2405-4712
Wydawca: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cels.2021.08.008

Ultrasensitive NanoLC-MS of Subnanogram Protein Samples Using Second Generation Micropillar Array LC Technology with Orbitrap Exploris 480 and FAIMS PRO (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Karel Stejskal, Jeff Op de Beeck, Gerhard Dürnberger, Paul Jacobs, Karl Mechtler
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 93/25, 2021, Strona(/y) 8704-8710, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c00990

Molecular principles of Piwi-mediated cotranscriptional silencing through the dimeric SFiNX complex (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jakob Schnabl, Juncheng Wang, Ulrich Hohmann, Maja Gehre, Julia Batki, Veselin I. Andreev, Kim Purkhauser, Nina Fasching, Peter Duchek, Maria Novatchkova, Karl Mechtler, Clemens Plaschka, Dinshaw J. Patel, Julius Brennecke
Opublikowane w: Genes & Development, Numer 35/5-6, 2021, Strona(/y) 392-409, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.347989.120

Repurposing the antipsychotic drug amisulpride for targeting synovial fibroblast activation in arthritis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Papadopoulou, Dimitra; Roumelioti, Fani; Tzaferis, Christos; Chouvardas, Panagiotis; Pedersen, Anna-Kathrine; Charalampous, Filippos; Christodoulou-Vafeiadou, Eleni; Ntari, Lydia; Karagianni, Niki; Denis, Maria C.; V. Olsen, Jesper V.; Matralis, Alexios N.; Kollias, George
Opublikowane w: JCI Insight, Numer 8/9, 2023, Strona(/y) e165024, ISSN 2379-3708
Wydawca: AMER SOC CLINICAL INVESTIGATION INC
DOI: 10.1172/jci.insight.165024

Identification of Carcinogenesis and Tumor Progression Processes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Using High-Throughput Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Trilla-Fuertes L, Gámez-Pozo A, Lumbreras-Herrera MI, López-Vacas R, Heredia-Soto V, Ghanem I, López-Camacho E, Zapater-Moros A, Miguel M, Peña-Burgos EM, Palacios E, De Uribe M, Guerra L, Dittmann A, Mendiola M, Fresno Vara JÁ, Feliu J
Opublikowane w: Cancers, 2022, ISSN 2072-6694
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14102414

Quantifying Positional Isomers (QPI) by Top-Down Mass Spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Andrea M. Brunner, Philip Lössl, Paul P. Geurink, Huib Ovaa, P. Albanese, A.F. Maarten Altelaar, Albert J.R. Heck, Richard A. Scheltema
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 20, 2021, Strona(/y) 100070, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100070

FLASHIda enables intelligent data acquisition for top-down proteomics to boost proteoform identification counts (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jeong, Kyowon; Babovic, Masa; Gorshkov, Vladimir; Kim, Jihyung; Jensen, Ole N.; Kohlbacher, Oliver
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 13/1, 2022, Strona(/y) 4407, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31922-z

Systemic LRG1 Expression in Melanoma is Associated with Disease Progression and Recurrence (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Hoefsmit, Esmee P.; Vollmy, Franziska; Rozeman, Elisa A.; Reijers, Irene L. M.; Versluis, Judith M.; Hoekman, Liesbeth; van Akkooi, Alexander C. J.; Long, Georgina, V; Schadendorf, Dirk; Dummer, Reinhard; Altelaar, Maarten; Blank, Christian U.
Opublikowane w: Cancer Res. Commun., 2023, ISSN 2767-9764
Wydawca: AMER ASSOC CANCER RESEARCH
DOI: 10.1158/2767-9764.crc-23-0015

Nse5/6 inhibits the Smc5/6 ATPase and modulates DNA substrate binding (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Michael Taschner, Jérôme Basquin, Barbara Steigenberger, Ingmar B Schäfer, Young‐Min Soh, Claire Basquin, Esben Lorentzen, Markus Räschle, Richard A Scheltema, Stephan Gruber
Opublikowane w: The EMBO Journal, Numer 40/15, 2021, ISSN 0261-4189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021107807

Single-cell derived tumor organoids display diversity in HLA class I peptide presentation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Laura C. Demmers, Kai Kretzschmar, Arne Van Hoeck, Yotam E. Bar-Epraïm, Henk W. P. van den Toorn, Mandy Koomen, Gijs van Son, Joost van Gorp, Apollo Pronk, Niels Smakman, Edwin Cuppen, Hans Clevers, Albert J. R. Heck, Wei Wu
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19142-9

Quantitative Longitudinal Inventory of the N -Glycoproteome of Human Milk from a Single Donor Reveals the Highly Variable Repertoire and Dynamic Site-Specific Changes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jing Zhu, Yu-Hsien Lin, Kelly A. Dingess, Marko Mank, Bernd Stahl, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 19/5, 2020, Strona(/y) 1941-1952, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00753

Staphylococcal protein A inhibits complement activation by interfering with IgG hexamer formation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ana Rita Cruz, Maurits A. den Boer, Jürgen Strasser, Seline A. Zwarthoff, Frank J. Beurskens, Carla J. C. de Haas, Piet C. Aerts, Guanbo Wang, Rob N. de Jong, Fabio Bagnoli, Jos A. G. van Strijp, Kok P. M. van Kessel, Janine Schuurman, Johannes Preiner, Albert J. R. Heck, Suzan H. M. Rooijakkers
Opublikowane w: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numer 118/7, 2021, Strona(/y) e2016772118, ISSN 0027-8424
Wydawca: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2016772118

Cov-MS: A Community-Based Template Assay for Mass-Spectrometry-Based Protein Detection in SARS-CoV-2 Patients (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bart Van Puyvelde, Katleen Van Uytfanghe, Olivier Tytgat, Laurence Van Oudenhove, Ralf Gabriels, Robbin Bouwmeester, Simon Daled, Tim Van Den Bossche, Pathmanaban Ramasamy, Sigrid Verhelst, Laura De Clerck, Laura Corveleyn, Sander Willems, Nathan Debunne, Evelien Wynendaele, Bart De Spiegeleer, Peter Judak, Kris Roels, Laurie De Wilde, Peter Van Eenoo, Tim Reyns, Marc Cherlet, Emmie Dumont, Griet
Opublikowane w: JACS Au, Numer 1/6, 2021, Strona(/y) 750-765, ISSN 2691-3704
Wydawca: Amer Chem Soc
DOI: 10.1021/jacsau.1c00048

ProteomicsML: An Online Platform for Community-Curated Data sets and Tutorials for Machine Learning in Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Rehfeldt, Tobias G.; Gabriels, Ralf; Bouwmeester, Robbin; Gessulat, Siegfried; Neely, Benjamin A.; Palmblad, Magnus; Perez-Riverol, Yasset; Schmidt, Tobias; Vizcaino, Juan Antonio; Deutsch, Eric W.
Opublikowane w: J. Proteome Res., 2023, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00629

Label-free single cell proteomics utilizing ultrafast LC and MS instrumentation: A valuable complementary technique to multiplexing (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Matzinger, Manuel; Mayer, Rupert L.; Mechtler, Karl
Opublikowane w: Proteomics, Numer 23/13-14, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202200162

Crosstalk between H2A variant-specific modifications impacts vital cell functions (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anna Schmücker, Bingkun Lei, Zdravko J. Lorković, Matías Capella, Sigurd Braun, Pierre Bourguet, Olivier Mathieu, Karl Mechtler, Frédéric Berger
Opublikowane w: PLOS Genetics, Numer 17/6, 2021, Strona(/y) e1009601, ISSN 1553-7404
Wydawca: PUBLIC LIBRARY SCIENCE
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009601

Spatial proteomics defines the content of trafficking vesicles captured by golgin tethers (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: John J. H. Shin, Oliver M. Crook, Alicia C. Borgeaud, Jérôme Cattin-Ortolá, Sew Y. Peak-Chew, Lisa M. Breckels, Alison K. Gillingham, Jessica Chadwick, Kathryn S. Lilley, Sean Munro
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19840-4

Mapping Physiological ADP-Ribosylation Using Activated Ion Electron Transfer Dissociation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sara C. Buch-Larsen, Ivo A. Hendriks, Jean M. Lodge, Martin Rykær, Benjamin Furtwängler, Evgenia Shishkova, Michael S. Westphall, Joshua J. Coon, Michael L. Nielsen
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 32/12, 2020, Strona(/y) 108176, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108176

MS(2)Rescore: Data-Driven Rescoring Dramatically Boosts Immunopeptide Identification Rates (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Declercq A, Bouwmeester R, Hirschler A, Carapito C, Degroeve S, Martens L, Gabriels R.
Opublikowane w: Mol Cell Proteomics, 2022, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100266

Sensitive and Specific Spectral Library Searching with CompOmics Spectral Library Searching Tool and Percolator (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Shiferaw, Genet Abay; Gabriels, Ralf; Bouwmeester, Robbin; Van den Bossche, Tim; Vandermarliere, Elien; Martens, Lennart; Volders, Pieter-Jan
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 21/5, 2022, Strona(/y) 1365-1370, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00075

MaxQuant.Live Enables Enhanced Selectivity and Identification of Peptides Modified by Endogenous SUMO and Ubiquitin (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ivo A. Hendriks, Vyacheslav Akimov, Blagoy Blagoev, Michael L. Nielsen
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/4, 2021, Strona(/y) 2042-2055, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00892

MS Annika: A New Cross-Linking Search Engine (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Georg J. Pirklbauer, Christian E. Stieger, Manuel Matzinger, Stephan Winkler, Karl Mechtler, Viktoria Dorfer
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/5, 2021, Strona(/y) 2560-2569, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c01000

LFQ-Based Peptide and Protein Intensity Differential Expression Analysis (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bai, Mingze; Deng, Jingwen; Dai, Chengxin; Pfeuffer, Julianus; Sachsenberg, Timo; Perez-Riverol, Yasset
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/6, 2023, Strona(/y) 2114-2123, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.2c00812

Optimal analytical strategies for sensitive and quantitative phosphoproteomics using TMT-based multiplexing (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Koenig C, Martinez-Val A, Franciosa G, Olsen JV.
Opublikowane w: Proteomics, Numer 16159853, 2022, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100245

"Response to ""BAP1 Germline Mutation Associated with Bilateral Primary Uveal Melanoma" (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Herwig-Carl MC, Sharma A, Melzer C, Holz FG, Loeffler KU.
Opublikowane w: Ocular Oncology and Pathlogy, 2021, ISSN 2296-4681
Wydawca: Kager AG
DOI: 10.1159/000513554

Protocol for high-throughput semi-automated label-free- or TMT-based phosphoproteome profiling (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Koenig, Claire; Martinez-Val, Ana; Naicker, Previn; Stoychev, Stoyan; Jordaan, Justin; Oslen, Jesper, V
Opublikowane w: STAR Protoc., Numer 4/3, 2023, Strona(/y) 102536, ISSN 2666-1667
Wydawca: ELSEVIER
DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102536

PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data, (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: PDBe-KB consortium
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab988

Obtaining Complete Human Proteomes (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Martinez-Val, Ana; Guzman, Ulises H.; Olsen, Jesper, V
Opublikowane w: Annu. Rev. Genomics Hum. Genet., Numer 23, 2022, Strona(/y) 99-121, ISSN 1527-8204
Wydawca: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-genom-112921-024948

Robust Summarization and Inference in Proteome-wide Label-free Quantification (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sticker, Adriaan; Goeminne, Ludger; Martens, Lennart; Clement, Lieven
Opublikowane w: Mol. Cell. Proteomics, Numer 19/7, 2020, Strona(/y) 1209-1219, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra119.001624

Widespread amyloidogenicity potential of multiple myeloma patient-derived immunoglobulin light chains (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sternke-Hoffmann, Rebecca; Pauly, Thomas; Norrild, Rasmus K.; Hansen, Jan; Tucholski, Florian; Hoie, Magnus Haraldson; Marcatili, Paolo; Dupre, Mathieu; Duchateau, Magalie; Rey, Martial; Malosse, Christian; Metzger, Sabine; Boquoi, Amelie; Platten, Florian; Egelhaaf, Stefan U.; Chamot-Rooke, Julia; Fenk, Roland; Nagel-Steger, Luitgard; Haas, Rainer; Buell, Alexander K.
Opublikowane w: BMC Biol., Numer 21/1, 2023, Strona(/y) 21, ISSN 1741-7007
Wydawca: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-022-01506-w

Oktoberfest: Open-source spectral library generation and rescoring pipeline based on Prosit (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Picciani, Mario; Gabriel, Wassim; Giurcoiu, Victor-George; Shouman, Omar; Hamood, Firas; Lautenbacher, Ludwig; Jensen, Cecilia Bang; Mueller, Julian; Kalhor, Mostafa; Soleymaniniya, Armin; Kuster, Bernhard; The, Matthew; Wilhelm, Mathias
Opublikowane w: Proteomics, 2023, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300112

The regulatory landscape of the human HPF1- and ARH3-dependent ADP-ribosylome (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ivo A. Hendriks, Sara C. Buch-Larsen, Evgeniia Prokhorova, Jonas D. Elsborg, Alexandra K.L.F.S. Rebak, Kang Zhu, Dragana Ahel, Claudia Lukas, Ivan Ahel, Michael L. Nielsen
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26172-4

Secretome Screening of BRAFV600E-Mutated Colon Cancer Cells Resistant to Vemurafenib (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Car, Iris; Dittmann, Antje; Klobucar, Marko; Grbcic, Petra; Pavelic, Sandra Kraljevic; Sedic, Mirela
Opublikowane w: Biology, Numer 12/4, 2023, Strona(/y) 608, ISSN 2079-7737
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/biology12040608

De Novo Sequencing of Antibody Light Chain Proteoforms from Patients with Multiple Myeloma (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mathieu Dupré, Magalie Duchateau, Rebecca Sternke-Hoffmann, Amelie Boquoi, Christian Malosse, Roland Fenk, Rainer Haas, Alexander K. Buell, Martial Rey, Julia Chamot-Rooke
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 93/30, 2021, Strona(/y) 10627-10634, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01955

System-wide analysis of RNA and protein subcellular localization dynamics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Villanueva, Eneko; Smith, Tom; Pizzinga, Mariavittoria; Elzek, Mohamed; Queiroz, Rayner M. L.; Harvey, Robert F.; Breckels, Lisa M.; Crook, Oliver M.; Monti, Mie; Dezi, Veronica; Willis, Anne E.; Lilley, Kathryn S.
Opublikowane w: Nat. Methods, 2023, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02101-9

Oxonium Ion-Guided Optimization of Ion Mobility-Assisted Glycoproteomics on the timsTOF Pro (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mukherjee, Soumya; Jankevics, Andris; Busch, Florian; Lubeck, Markus; Zou, Yang; Kruppa, Gary; Heck, Albert J. R.; Scheltema, Richard A.; Reiding, Karli R.
Opublikowane w: Mol. Cell. Proteomics, Numer 22/2, 2023, Strona(/y) 100486, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2022.100486

Real-Time Spectral Library Matching for Sample Multiplexed Quantitative Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: McGann, Chris D.; Barshop, William D.; Canterbury, Jesse D.; Lin, Chuwei; Gabriel, Wassim; Huang, Jingjing; Bergen, David; Zabrouskov, Vlad; Melani, Rafael D.; Wilhelm, Mathias; McAlister, Graeme C.; Schweppe, Devin K.
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 22/9, 2023, Strona(/y) 2836-2846, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00085

Juxtaposition of Bub1 and Cdc20 on phosphorylated Mad1 during catalytic mitotic checkpoint complex assembly (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Fischer ES, Yu CWH, Hevler JF, McLaughlin SH, Maslen SL, Heck AJR, Freund SMV, Barford D. 
Opublikowane w: Nature Communication, 2022, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34058-2

Hydroxyl radical footprinting analysis of a human haptoglobin-hemoglobin complex. (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Loginov DS, Fiala J, Brechlin P, Kruppa G, Novak P.
Opublikowane w: Biochemica et Biophysica Acta, 2021, ISSN 1570-9639
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbapap.2021.140735

Bacterial-type ferroxidase tunes iron-dependent phosphate sensing during Arabidopsis root development.  (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Naumann C, Heisters M, Brandt W, Janitza P, Alfs C, Tang N, Toto Nienguesso A, Ziegler J, Imre R, Mechtler K, Dagdas Y, Hoehenwarter W, Sawers G, Quint M, Abel S.
Opublikowane w: Current Biology, 2022, ISSN 0960-9822
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2022.04.005

Updated MS2PIP web server supports cutting-edge proteomics applications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Declercq, Arthur; Bouwmeester, Robbin; Chiva, Cristina; Sabido, Eduard; Hirschler, Aurelie; Carapito, Christine; Martens, Lennart; Degroeve, Sven; Gabriels, Ralf
Opublikowane w: Nucleic Acids Res., Numer 51/W1, 2023, Strona(/y) W338-W342, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad335

Selectivity over coverage in de novo sequencing of IgGs (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: den Boer, Maurits A.; Greisch, Jean-Francois; Tamara, Sem; Bondt, Albert; Heck, Albert J. R.
Opublikowane w: Chem. Sci., Numer 11/43, 2020, Strona(/y) 11886-11896, ISSN 2041-6520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0sc03438j

Optimized Suspension Trapping Method for Phosphoproteomics Sample Preparation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wang, Fujia; Veth, Tim; Kuipers, Marije; Altelaar, Maarten; Stecker, Kelly E.
Opublikowane w: Anal. Chem., Numer 95/25, 2023, Strona(/y) 9471-9479, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c00324

Temporal and Site-Specific ADP-Ribosylation Dynamics upon Different Genotoxic Stresses (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Sara C. Buch-Larsen, Alexandra K.L.F.S.rebak, Ivo. A. Hendriks and Michael L. Nielsen
Opublikowane w: Cells, 2021, ISSN 2073-4409
Wydawca: MDPI
DOI: 10.3390/cells10112927

Use of Linear Ion Traps in Data-Independent Acquisition Methods Benefits Low-Input Proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Eva Borràs, Olga Pastor, Eduard Sabidó
Opublikowane w: Analytical Chemistry, Numer 93/34, 2021, Strona(/y) 11649-11653, ISSN 0003-2700
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.1c01885

MS Amanda 2.0: Advancements in the standalone implementation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Viktoria Dorfer, Marina Strobl, Stephan Winkler, Karl Mechtler
Opublikowane w: Rapid Communications in Mass Spectrometry, Numer 35/11, 2021, ISSN 0951-4198
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/rcm.9088

Profiling of the Helicobacter pylori redox switch HP1021 regulon using a multi-omics approach (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Noszka, Mateusz; Strzalka, Agnieszka; Muraszko, Jakub; Kolenda, Rafal; Meng, Chen; Ludwig, Christina; Stingl, Kerstin; Zawilak-Pawlik, Anna
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2023, Strona(/y) 6715, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42364-6

Platelet factor 4 is a biomarker for lymphatic-promoted disorders (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Wanshu Ma, Hyea Jin Gil, Noelia Escobedo, Alberto Benito-Martín, Pilar Ximénez-Embún, Javier Muñoz, Héctor Peinado, Stanley G. Rockson, Guillermo Oliver
Opublikowane w: JCI Insight, Numer 5/13, 2020, ISSN 2379-3708
Wydawca: Amercian Soc Clinical Investigation
DOI: 10.1172/jci.insight.135109

A deeper look at carrier proteome effects for single-cell proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Ye Z, Batth TS, Rüther P, Olsen JV
Opublikowane w: Commun Biol, 2022, ISSN 2399-3642
Wydawca: Nature portfolio
DOI: 10.1038/s42003-022-03095-4

Glycoproteoform Profiles of Individual Patients’ Plasma Alpha-1-Antichymotrypsin are Unique and Extensively Remodeled Following a Septic Episode (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tomislav Čaval, Yu-Hsien Lin, Meri Varkila, Karli R. Reiding, Marc J. M. Bonten, Olaf L. Cremer, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck
Opublikowane w: Frontiers in Immunology, Numer 11, 2021, ISSN 1664-3224
Wydawca: FRONTIERS MEDIA SA
DOI: 10.3389/fimmu.2020.608466

Spectral Prediction Features as a Solution for the Search Space Size Problem in Proteogenomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Steven Verbruggen, Siegfried Gessulat, Ralf Gabriels, Anna Matsaroki, Hendrik Van de Voorde, Bernhard Kuster, Sven Degroeve, Lennart Martens, Wim Van Criekinge, Mathias Wilhelm, Gerben Menschaert
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 20, 2021, Strona(/y) 100076, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100076

The ProteomeXchange consortium at 10 years: 2023 update (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Deutsch, Eric W.; Bandeira, Nuno; Perez-Riverol, Yasset; Sharma, Vagisha; Carver, Jeremy J.; Mendoza, Luis; Kundu, Deepti J.; Wang, Shengbo; Bandla, Chakradhar; Kamatchinathan, Selvakumar; Hewapathirana, Suresh; Pullman, Benjamin S.; Wertz, Julie; Sun, Zhi; Kawano, Shin; Okuda, Shujiro; Watanabe, Yu; MacLean, Brendan; MacCoss, Michael J.; Zhu, Yunping; Ishihama, Yasushi; Vizcaino, Juan Antonio
Opublikowane w: Nucleic Acids Res., Numer 51/D1, 2023, Strona(/y) D1539-D1548, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1040

Serum proteomics profiling identifies a preliminary signature for the diagnosis of early-stage lung cancer (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Gasparri, Roberto; Noberini, Roberta; Cuomo, Alessandro; Yadav, Avinash; Tricarico, Davide; Salvetto, Carola; Maisonneuve, Patrick; Caminiti, Valentina; Sedda, Giulia; Sabalic, Angela; Bonaldi, Tiziana; Spaggiari, Lorenzo
Opublikowane w: Proteom. Clin. Appl., 2023, ISSN 1862-8346
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/prca.202200093

Foresight in clinical proteomics: current status, ethical considerations, and future perspectives (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Mundt F, Albrechtsen NJW, Mann SP, Treit P, Ghodgaonkar-Steger M, O'Flaherty M, Raijmakers R, Vizcaíno JA, Heck AJR, Mann M
Opublikowane w: Open Res Eur, Numer 3/59, 2023, ISSN 2732-5121
Wydawca: F1000 Research Limited on behalf of the European Commission
DOI: 10.12688/openreseurope.15810.2

A cyclin-dependent kinase-mediated phosphorylation switch of disordered protein condensation (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Valverde, Juan Manuel; Dubra, Geronimo; Phillips, Michael; Haider, Austin; Elena-Real, Carlos; Fournet, Aurelie; Alghoul, Emile; Chahar, Dhanvantri; Andres-Sanchez, Nuria; Paloni, Matteo; Bernado, Pau; van Mierlo, Guido; Vermeulen, Michiel; van den Toorn, Henk; Heck, Albert J. R.; Constantinou, Angelos; Barducci, Alessandro; Ghosh, Kingshuk; Sibille, Nathalie; Knipscheer, Puck; Krasinska, Liliana;
Opublikowane w: Nat. Commun., Numer 14/1, 2020, Strona(/y) 6316, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42049-0

Cells Responding to Closely Related Cholesterol-Dependent Cytolysins Release Extracellular Vesicles with a Common Proteomic Content Including Membrane Repair Proteins (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Alves, Sara; Pereira, Joana M.; Mayer, Rupert L.; Goncalves, Alexandre D. A.; Impens, Francis; Cabanes, Didier; Sousa, Sandra
Opublikowane w: Toxins, Numer 15/1, 2023, Strona(/y) 4, ISSN 2072-6651
Wydawca: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/toxins15010004

Selective cross‐linking of coinciding protein assemblies by in‐gel cross‐linking mass spectrometry (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Johannes F Hevler, Marie V Lukassen, Alfredo Cabrera‐Orefice, Susanne Arnold, Matti F Pronker, Vojtech Franc, Albert J R Heck
Opublikowane w: The EMBO Journal, Numer 40/4, 2021, ISSN 0261-4189
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2020106174

A novel dynamic proteomics approach for the measurement of broiler chicken protein fractional synthesis rate (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Peinado-Izaguerri, Jorge; Zarzuela, Eduardo; McLaughlin, Mark; Small, Alexandra C.; Riva, Francesca; McKeegan, Dorothy E. F.; Bain, Maureen; Munoz, Javier; Bhide, Mangesh; Preston, Tom
Opublikowane w: Rapid Commun. Mass Spectrom., Numer 37/10, 2023, Strona(/y) e9497, ISSN 0951-4198
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/rcm.9497

BioContainers Registry: Searching Bioinformatics and Proteomics Tools, Packages, and Containers (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Jingwen Bai, Chakradhar Bandla, Jiaxin Guo, Roberto Vera Alvarez, Mingze Bai, Juan Antonio Vizcaíno, Pablo Moreno, Björn Grüning, Olivier Sallou, Yasset Perez-Riverol
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/4, 2021, Strona(/y) 2056-2061, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00904

QCloud2: An Improved Cloud-based Quality-Control System for Mass-Spectrometry-based Proteomics Laboratories (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Roger Olivella, Cristina Chiva, Marc Serret, Daniel Mancera, Luca Cozzuto, Antoni Hermoso, Eva Borràs, Guadalupe Espadas, Julia Morales, Olga Pastor, Amanda Solé, Julia Ponomarenko, Eduard Sabidó
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/4, 2021, Strona(/y) 2010-2013, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00853

Operation of a TCA cycle subnetwork in the mammalian nucleus (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Kafkia, Eleni; Andres-Pons, Amparo; Ganter, Kerstin; Seiler, Markus; Smith, Tom S.; Andrejeva, Anna; Jouhten, Paula; Pereira, Filipa; Franco, Catarina; Kuroshchenkova, Anna; Leone, Sergio; Sawarkar, Ritwick; Boston, Rebecca; Thaventhiran, James; Zaugg, Judith B.; Lilley, Kathryn S.; Lancrin, Christophe; Beck, Martin; Patil, Kiran Raosaheb
Opublikowane w: Sci. Adv., Numer 8/35, 2022, Strona(/y) eabq5206, ISSN 2375-2548
Wydawca: AMER ASSOC ADVANCEMENT SCIENCE
DOI: 10.1126/sciadv.abq5206

Phosphoproteomics of primary AML patient samples reveals rationale for AKT combination therapy and p53 context to overcome selinexor resistance (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Emdal KB, Palacio-Escat N, Wigerup C, Eguchi A, Nilsson H, Bekker-Jensen DB, Rönnstrand L, Kazi JU, Puissant A, Itzykson R, Saez-Rodriguez J, Masson K, Blume-Jensen P, Olsen JV.
Opublikowane w: Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111177

Proteomics of resistance to Notch1 inhibition in acute lymphoblastic leukemia reveals targetable kinase signatures (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Giulia Franciosa, Jos G. A. Smits, Sonia Minuzzo, Ana Martinez-Val, Stefano Indraccolo, Jesper V. Olsen
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22787-9

Clinico-pathological correlation of lacrimal caruncle tumors: a retrospective analysis over 22 years at the University Eye Hospital Bonn (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Clemens, A. C.; Loeffler, K. U.; Holz, F. G.; Herwig-Carl, M. C.
Opublikowane w: Graefes Arch. Clin. Exp. Ophthalmol., Numer 260/4, 2022, Strona(/y) 1415-1425, ISSN 0721-832X
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00417-021-05464-x

Complete and cooperative in vitro assembly of computationally designed self-assembling protein nanomaterials (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Adam J. Wargacki, Tobias P. Wörner, Michiel van de Waterbeemd, Daniel Ellis, Albert J. R. Heck, Neil P. King
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21251-y

Structural basis of soluble membrane attack complex packaging for clearance (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anaïs Menny, Marie V. Lukassen, Emma C. Couves, Vojtech Franc, Albert J. R. Heck, Doryen Bubeck
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26366-w

Molecular characterization of triple negative breast cancer formaldehyde‐fixed paraffin‐embedded samples by data‐independent acquisition proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Silvia García‐Adrián, Lucía Trilla‐Fuertes, Angelo Gámez‐Pozo, Cristina Chiva, Rocío López‐Vacas, Elena López‐Camacho, Andrea Zapater‐Moros, María I. Lumbreras‐Herrera, David Hardisson, Laura Yébenes, Pilar Zamora, Eduard Sabidó, Juan Ángel Fresno Vara, Enrique Espinosa
Opublikowane w: PROTEOMICS, 2021, Strona(/y) 2100110, ISSN 1615-9853
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202100110

Utility of CYP2D6 copy number variants as prognostic biomarker in localized anal squamous cell carcinoma (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Trilla-Fuertes, Lucia; Gamez-Pozo, Angelo; Nogue, Miguel; Busquier, Isabel; Arias, Fernando; Lopez-Campos, Fernando; Fernandez-Montes, Ana; Ruiz, Ana; Velazquez, Concepcion; Martin-Bravo, Celia; Perez-Ruiz, Elisabeth; Asensio, Elena; Hernandez-Yague, Xavier; Rodrigues, Aline; Ghanem, Ismael; Lopez-Vacas, Rocio; Hafez, Ahmed; Arias, Pedro; Dapia, Irene; Solis, Mario; Dittmann, Antje; Ramos, Ricardo
Opublikowane w: Cancer, Numer 129/16, 2023, Strona(/y) 2581-2592, ISSN 0008-543X
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/cncr.34797

DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Bouwmeester, R., Gabriels, R., Hulstaert, N. et al.
Opublikowane w: Nature Methods, 2021, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01301-5

Systems approach reveals distinct and shared signaling networks of the four PGE 2 receptors in T cells (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Anna M. Lone, Piero Giansanti, Marthe Jøntvedt Jørgensen, Enio Gjerga, Aurelien Dugourd, Arjen Scholten, Julio Saez-Rodriguez, Albert J. R. Heck, Kjetil Taskén
Opublikowane w: Science Signaling, Numer 14/703, 2021, ISSN 1937-9145
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/scisignal.abc8579

Proteomics Standards Initiative's ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: LeDuc, Richard D.; Deutsch, Eric W.; Binz, Pierre-Alain; Fellers, Ryan T.; Cesnik, Anthony J.; Klein, Joshua A.; Van den Bossche, Tim; Gabriels, Ralf; Yalavarthi, Arshika; Perez-Riverol, Yasset; Carver, Jeremy; Bittremieux, Wout; Kawano, Shin; Pullman, Benjamin; Bandeira, Nuno; Kelleher, Neil L.; Thomas, Paul M.; Vizcaino, Juan Antonio
Opublikowane w: J. Proteome Res., Numer 21/4, 2022, Strona(/y) 1189-1195, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00771

Universal Spectrum Explorer: A Standalone (Web-)Application for Cross-Resource Spectrum Comparison (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Tobias Schmidt, Patroklos Samaras, Viktoria Dorfer, Christian Panse, Tobias Kockmann, Leon Bichmann, Bart van Puyvelde, Yasset Perez-Riverol, Eric W. Deutsch, Bernhard Kuster, Mathias Wilhelm
Opublikowane w: Journal of Proteome Research, Numer 20/6, 2021, Strona(/y) 3388-3394, ISSN 1535-3893
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.1c00096

TDFragMapper: a visualization tool for evaluating experimental parameters in top-down proteomics (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dhenin J, Borges Lima D, Dupré M, Chamot-Rooke J.
Opublikowane w: Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab784

Postlymphadenectomy Analysis of Exosomes from Lymphatic Exudate/Exudative Seroma of Melanoma Patients (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Susana García-Silva, Pilar Ximénez-Embún, Javier Muñoz, Héctor Peinado
Opublikowane w: Melanoma - Methods and Protocols, Numer 2265, 2021, Strona(/y) 345-359, ISBN 978-1-0716-1204-0
Wydawca: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-1205-7_25

A Compact Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer with FAIMS Interface Improves Proteome Coverage in Short LC Gradients (odnośnik otworzy się w nowym oknie)

Autorzy: Dorte B. Bekker-Jensen, Ana Martínez-Val, Sophia Steigerwald, Patrick Rüther, Kyle L. Fort, Tabiwang N. Arrey, Alexander Harder, Alexander Makarov, Jesper V. Olsen
Opublikowane w: Molecular & Cellular Proteomics, Numer 19/4, 2020, Strona(/y) 716-729, ISSN 1535-9476
Wydawca: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.tir119.001906

Prawa własności intelektualnej

PHOSPHONATE-CONTAINING CROSSLINKERS

Numer wniosku/publikacji: 19 828850
Data: 2019-09-20
Wnioskodawca/wnioskodawcy:

METHOD AND TOOLS FOR THE DETERMINATION OF CONFORMATIONS AND CONFORMATIONAL CHANGES OF PROTEINS AND OF DERIVATIVES THEREOF

Numer wniosku/publikacji: 20 22083223
Data: 2022-11-25
Wnioskodawca/wnioskodawcy:

Wyszukiwanie danych OpenAIRE...

Podczas wyszukiwania danych OpenAIRE wystąpił błąd

Brak wyników