Theoretical and computational investigation of tuberculosis antimicrobial resistance development based on extensive experimental library of mycobacterium strains

Informations projet

AMR-TB

N° de convention de subvention: 823922

DOI

10.3030/823922

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Septembre 2018

Date de début 1 Février 2019

Date de fin 31 Mai 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 731 400,00

Contribution de l’UE

€ 731 400,00

Coordonné par

ASTON UNIVERSITY
United Kingdom

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (2)

Fitness landscape of resistant strains, publications

D4.2 Fitness landscape of resistant strains (month 12).

Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant, publications

D2.2 Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant (month 30).

Other (1)

Project website and project Web 2.0 presence

D5.1 Project website and project Web 2.0 presence (month 3).

Publications

Peer reviewed articles (16)

Complete Virion Simulated: All-Atom Model of an MS2 Bacteriophage with Native Genome

Auteurs: Vladimir S. Farafonov, Michael Stich, Dmitry A. Nerukh
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 19, 2023, Page(s) 7924-7933, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00846

Fitness Effect of the Isoniazid Resistance Mutation S315T of the Catalase-Peroxidase Enzyme KatG of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Auteurs: Ugo Bastolla, Mikhail Rotkevich, Miguel Arenas, Manuel Arrayás, Marine Dogonadze, Anastasia Lavrova, Jorge Molina-Sejas, Michaël Tadesse, Ramón Xulvi-Brunet, Jonathan A G Cox, Dmitry Nerukh, Natalia González-Benítez, Michael Stich
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 17, 2025, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaf120

Reconstruction and validation of entire virus model with complete genome from mixed resolution cryo-EM density

Auteurs: Vladimir S. Farafonov; Michael Stich; Dmitry Nerukh
Publié dans: Crossref, Numéro 5, 2022, ISSN 1364-5498
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00053a

WATER DYNAMICS AND STABILITY OF MAJOR BLOOD PROTEINS AT PRE-DENATURATION STAGE

Auteurs: Natalia Atamas, Vitalii Y. Bardik, Serhiy Komisarenko, Yevgen M. Makogonenko, Edward V. Lugovskoi, Nikolai P. Malomuzh, Dmitry A. Nerukh, Pavlo K. Solonin
Publié dans: AAPP, 2019, ISSN 1825-1242
Éditeur: AAPP
DOI: 10.1478/aapp.97s2a16

The nut-and-bolt motion of a bacteriophage sliding along a bacterial flagellum: a complete hydrodynamics model

Auteurs: Sergey A. Karabasov, Mihail A. Zaitsev, Dmitry A. Nerukh
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 13, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-36186-1

Comprehensive Physicochemical Investigation of the Water-Soluble Adduct of C_<b>60</b> with <scp>l</scp>-Methionine (C_<b>60</b>(C_<b>5</b>H_<b>11</b>NO_<b>2</b>S)_<b>3</b>): Important Data for Further Applications

Auteurs: Konstantin N. Semenov, Ali Mlhem, Alexander V. Akentiev, Dmitry A. Nerukh, Natalia V. Petukhova, Ilnaz T. Rakipov, Kirill V. Timoshchuk, Gleb O. Iurev, Andrey V. Petrov, Igor V. Murin, Nikolay A. Charykov, Olga S. Vezo, Anastasia V. Penkova, Dilafruz K. Kholmurodova, Jasur A. Rizaev, Aziz S. Kubaev, Vladimir V. Sharoyko
Publié dans: Journal of Chemical &amp; Engineering Data, Numéro 70, 2025, Page(s) 3837-3850, ISSN 0021-9568
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jced.5c00146

Protein-Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation.

Auteurs: Ekaterina Maximova; Eugene B. Postnikov; Anastasia I. Lavrova; Vladimir Farafonov; Dmitry Nerukh
Publié dans: J. Phys. Chem. Lett, Numéro 3, 2021, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.21203/rs.3.rs-816562/v1

Influence of various colloidal surfactants on the stability of MS2 bacteriophage suspension. The charge distribution on the PCV2 virus surface

Auteurs: Natalya Vodolazkaya, Anna Laguta, Vladimir Farafonov, Marina Nikolskaya, Zita Balklava, Reza Khayat, Michael Stich, Nikolay Mchedlov-Petrossyan, Dmitry Nerukh
Publié dans: Journal of Molecular Liquids, Numéro 387, 2025, Page(s) 122644, ISSN 0167-7322
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122644

Constant pH molecular dynamics of porcine circovirus 2 capsid protein reveals a mechanism for capsid assembly

Auteurs: Elvira Tarasova, Noriaki Okimoto, Shanshan Feng, Dmitry Nerukh, Reza Khayat, Makoto Taiji
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro 23, 2024, Page(s) 24617-24626, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp02874j

The influence of radiation emission on the thermodynamic and structural dynamic properties of liquid biosystems

Auteurs: Nataliia Atamas, Dmytro Gavryushenko, Vitaly Bardik, Kirill Taradii, Maxim Lazarenko, Oleksander Alekseev, Julie Renea Gearheart, Anna Miroshnichenko, Gennadiy Taranyik
Publié dans: Pramana, Numéro 94, 2021, ISSN 0304-4289
Éditeur: Indian Academy of Sciences
DOI: 10.1007/s12043-020-01946-5

Paralogism in the interpretation of thrombogram obtained with the thrombin generation assay of human blood plasma

Auteurs: null null, Ye. M. Makogonenko, V. O. Chernyshenko, null null, V. Yu. Bardyk, null null, А. V. Udovenko, null null, S. V. Komisarenko, null null
Publié dans: The Ukrainian Biochemical Journal, Numéro 97, 2025, Page(s) 75-79, ISSN 2409-4943
Éditeur: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ubj97.01.075

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. II. Hybrid Equations of Motion Based on Variational Principles

Auteurs: M. Bakumenko, V. Bardik, V. Farafonov, D. Nerukh
Publié dans: Ukrainian Journal of Physics, Numéro 69, 2024, Page(s) 269, ISSN 2071-0194
Éditeur: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe69.4.269

The crucial role of water in the formation of the physiological temperature range for warm-blooded organisms

Auteurs: V. Bardik, Anatoliy I. Fisenko, Salvatore Magazu, Nikolay P. Malomuzh
Publié dans: Journal of Molecular Liquids, Numéro 306, 2025, Page(s) 112818, ISSN 0167-7322
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2020.112818

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. I. A Modified Control Volume Function for the Hybridized Mass and Momentum Equations

Auteurs: M. Bakumenko, V. Bardik, D. Nerukh
Publié dans: Ukrainian Journal of Physics, Numéro 68, 2024, Page(s) 517, ISSN 2071-0194
Éditeur: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe68.8.517

The Spectrophotometric Determination of the Patchy Surface Potential of Viruses Using pH-Sensitive Molecular Probes

Auteurs: Anna Laguta, Natalya Vodolazkaya, Dmitry Nerukh
Publié dans: Journal of Chemical Education, Numéro 101, 2024, Page(s) 1190-1197, ISSN 0021-9584
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jchemed.3c00948

Protein–Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation

Auteurs: Ekaterina Maximova, Eugene B. Postnikov, Anastasia I. Lavrova, Vladimir Farafonov, Dmitry Nerukh
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numéro 12, 2023, Page(s) 10631-10636, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02952