Theoretical and computational investigation of tuberculosis antimicrobial resistance development based on extensive experimental library of mycobacterium strains

Projektinformationen

AMR-TB

ID Finanzhilfevereinbarung: 823922

DOI

10.3030/823922

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 September 2018

Startdatum 1 Februar 2019

Enddatum 31 Mai 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 731 400,00

EU-Beitrag

€ 731 400,00

Koordiniert durch

ASTON UNIVERSITY
United Kingdom

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (2)

Fitness landscape of resistant strains, publications

D4.2 Fitness landscape of resistant strains (month 12).

Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant, publications

D2.2 Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant (month 30).

Other (1)

Project website and project Web 2.0 presence

D5.1 Project website and project Web 2.0 presence (month 3).

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

Reconstruction and validation of entire virus model with complete genome from mixed resolution cryo-EM density

Autoren: Vladimir S. Farafonov, Michael Stich, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, Ausgabe 240, 2024, Seite(n) 152-167, ISSN 1359-6640
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00053a

Complete Virion Simulated: All-Atom Model of an MS2 Bacteriophage with Native Genome

Autoren: Vladimir S. Farafonov, Michael Stich, Dmitry A. Nerukh
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) 7924-7933, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00846

Fitness Effect of the Isoniazid Resistance Mutation S315T of the Catalase-Peroxidase Enzyme KatG of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Autoren: Ugo Bastolla, Mikhail Rotkevich, Miguel Arenas, Manuel Arrayás, Marine Dogonadze, Anastasia Lavrova, Jorge Molina-Sejas, Michaël Tadesse, Ramón Xulvi-Brunet, Jonathan A G Cox, Dmitry Nerukh, Natalia González-Benítez, Michael Stich
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 17, 2025, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaf120

WATER DYNAMICS AND STABILITY OF MAJOR BLOOD PROTEINS AT PRE-DENATURATION STAGE

Autoren: Natalia Atamas, Vitalii Y. Bardik, Serhiy Komisarenko, Yevgen M. Makogonenko, Edward V. Lugovskoi, Nikolai P. Malomuzh, Dmitry A. Nerukh, Pavlo K. Solonin
Veröffentlicht in: AAPP, 2019, ISSN 1825-1242
Herausgeber: AAPP
DOI: 10.1478/aapp.97s2a16

Influence of various colloidal surfactants on the stability of MS2 bacteriophage suspension. The charge distribution on the PCV2 virus surface

Autoren: Natalya Vodolazkaya, Anna Laguta, Vladimir Farafonov, Marina Nikolskaya, Zita Balklava, Reza Khayat, Michael Stich, Nikolay Mchedlov-Petrossyan, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Liquids, Ausgabe 387, 2025, Seite(n) 122644, ISSN 0167-7322
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122644

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. II. Hybrid Equations of Motion Based on Variational Principles

Autoren: M. Bakumenko, V. Bardik, V. Farafonov, D. Nerukh
Veröffentlicht in: Ukrainian Journal of Physics, Ausgabe 69, 2024, Seite(n) 269, ISSN 2071-0194
Herausgeber: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe69.4.269

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. I. A Modified Control Volume Function for the Hybridized Mass and Momentum Equations

Autoren: M. Bakumenko, V. Bardik, D. Nerukh
Veröffentlicht in: Ukrainian Journal of Physics, Ausgabe 68, 2024, Seite(n) 517, ISSN 2071-0194
Herausgeber: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe68.8.517

Protein–Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation

Autoren: Ekaterina Maximova, Eugene B. Postnikov, Anastasia I. Lavrova, Vladimir Farafonov, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 12, 2023, Seite(n) 10631-10636, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02952