Theoretical and computational investigation of tuberculosis antimicrobial resistance development based on extensive experimental library of mycobacterium strains

Projektinformationen

AMR-TB

ID Finanzhilfevereinbarung: 823922

DOI

10.3030/823922

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 September 2018

Startdatum 1 Februar 2019

Enddatum 31 Mai 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 731 400,00

EU-Beitrag

€ 731 400,00

Koordiniert durch

ASTON UNIVERSITY
United Kingdom

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Leistungen

Documents, reports (2)

Fitness landscape of resistant strains, publications

D4.2 Fitness landscape of resistant strains (month 12).

Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant, publications

D2.2 Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant (month 30).

Other (1)

Project website and project Web 2.0 presence

D5.1 Project website and project Web 2.0 presence (month 3).

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Complete Virion Simulated: All-Atom Model of an MS2 Bacteriophage with Native Genome

Autoren: Vladimir S. Farafonov, Michael Stich, Dmitry A. Nerukh
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 19, 2023, Seite(n) 7924-7933, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00846

Fitness Effect of the Isoniazid Resistance Mutation S315T of the Catalase-Peroxidase Enzyme KatG of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Autoren: Ugo Bastolla, Mikhail Rotkevich, Miguel Arenas, Manuel Arrayás, Marine Dogonadze, Anastasia Lavrova, Jorge Molina-Sejas, Michaël Tadesse, Ramón Xulvi-Brunet, Jonathan A G Cox, Dmitry Nerukh, Natalia González-Benítez, Michael Stich
Veröffentlicht in: Genome Biology and Evolution, Ausgabe 17, 2025, ISSN 1759-6653
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaf120

Reconstruction and validation of entire virus model with complete genome from mixed resolution cryo-EM density

Autoren: Vladimir S. Farafonov; Michael Stich; Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 5, 2022, ISSN 1364-5498
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00053a

WATER DYNAMICS AND STABILITY OF MAJOR BLOOD PROTEINS AT PRE-DENATURATION STAGE

Autoren: Natalia Atamas, Vitalii Y. Bardik, Serhiy Komisarenko, Yevgen M. Makogonenko, Edward V. Lugovskoi, Nikolai P. Malomuzh, Dmitry A. Nerukh, Pavlo K. Solonin
Veröffentlicht in: AAPP, 2019, ISSN 1825-1242
Herausgeber: AAPP
DOI: 10.1478/aapp.97s2a16

The nut-and-bolt motion of a bacteriophage sliding along a bacterial flagellum: a complete hydrodynamics model

Autoren: Sergey A. Karabasov, Mihail A. Zaitsev, Dmitry A. Nerukh
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 13, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-36186-1

Comprehensive Physicochemical Investigation of the Water-Soluble Adduct of C_<b>60</b> with <scp>l</scp>-Methionine (C_<b>60</b>(C_<b>5</b>H_<b>11</b>NO_<b>2</b>S)_<b>3</b>): Important Data for Further Applications

Autoren: Konstantin N. Semenov, Ali Mlhem, Alexander V. Akentiev, Dmitry A. Nerukh, Natalia V. Petukhova, Ilnaz T. Rakipov, Kirill V. Timoshchuk, Gleb O. Iurev, Andrey V. Petrov, Igor V. Murin, Nikolay A. Charykov, Olga S. Vezo, Anastasia V. Penkova, Dilafruz K. Kholmurodova, Jasur A. Rizaev, Aziz S. Kubaev, Vladimir V. Sharoyko
Veröffentlicht in: Journal of Chemical &amp; Engineering Data, Ausgabe 70, 2025, Seite(n) 3837-3850, ISSN 0021-9568
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jced.5c00146

Protein-Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation.

Autoren: Ekaterina Maximova; Eugene B. Postnikov; Anastasia I. Lavrova; Vladimir Farafonov; Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. Lett, Ausgabe 3, 2021, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.21203/rs.3.rs-816562/v1

Influence of various colloidal surfactants on the stability of MS2 bacteriophage suspension. The charge distribution on the PCV2 virus surface

Autoren: Natalya Vodolazkaya, Anna Laguta, Vladimir Farafonov, Marina Nikolskaya, Zita Balklava, Reza Khayat, Michael Stich, Nikolay Mchedlov-Petrossyan, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Liquids, Ausgabe 387, 2025, Seite(n) 122644, ISSN 0167-7322
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122644

Constant pH molecular dynamics of porcine circovirus 2 capsid protein reveals a mechanism for capsid assembly

Autoren: Elvira Tarasova, Noriaki Okimoto, Shanshan Feng, Dmitry Nerukh, Reza Khayat, Makoto Taiji
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe 23, 2024, Seite(n) 24617-24626, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp02874j

The influence of radiation emission on the thermodynamic and structural dynamic properties of liquid biosystems

Autoren: Nataliia Atamas, Dmytro Gavryushenko, Vitaly Bardik, Kirill Taradii, Maxim Lazarenko, Oleksander Alekseev, Julie Renea Gearheart, Anna Miroshnichenko, Gennadiy Taranyik
Veröffentlicht in: Pramana, Ausgabe 94, 2021, ISSN 0304-4289
Herausgeber: Indian Academy of Sciences
DOI: 10.1007/s12043-020-01946-5

Paralogism in the interpretation of thrombogram obtained with the thrombin generation assay of human blood plasma

Autoren: null null, Ye. M. Makogonenko, V. O. Chernyshenko, null null, V. Yu. Bardyk, null null, А. V. Udovenko, null null, S. V. Komisarenko, null null
Veröffentlicht in: The Ukrainian Biochemical Journal, Ausgabe 97, 2025, Seite(n) 75-79, ISSN 2409-4943
Herausgeber: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ubj97.01.075

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. II. Hybrid Equations of Motion Based on Variational Principles

Autoren: M. Bakumenko, V. Bardik, V. Farafonov, D. Nerukh
Veröffentlicht in: Ukrainian Journal of Physics, Ausgabe 69, 2024, Seite(n) 269, ISSN 2071-0194
Herausgeber: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe69.4.269

The crucial role of water in the formation of the physiological temperature range for warm-blooded organisms

Autoren: V. Bardik, Anatoliy I. Fisenko, Salvatore Magazu, Nikolay P. Malomuzh
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Liquids, Ausgabe 306, 2025, Seite(n) 112818, ISSN 0167-7322
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2020.112818

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. I. A Modified Control Volume Function for the Hybridized Mass and Momentum Equations

Autoren: M. Bakumenko, V. Bardik, D. Nerukh
Veröffentlicht in: Ukrainian Journal of Physics, Ausgabe 68, 2024, Seite(n) 517, ISSN 2071-0194
Herausgeber: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe68.8.517

The Spectrophotometric Determination of the Patchy Surface Potential of Viruses Using pH-Sensitive Molecular Probes

Autoren: Anna Laguta, Natalya Vodolazkaya, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Education, Ausgabe 101, 2024, Seite(n) 1190-1197, ISSN 0021-9584
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jchemed.3c00948

Protein–Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation

Autoren: Ekaterina Maximova, Eugene B. Postnikov, Anastasia I. Lavrova, Vladimir Farafonov, Dmitry Nerukh
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, Ausgabe 12, 2023, Seite(n) 10631-10636, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02952