Theoretical and computational investigation of tuberculosis antimicrobial resistance development based on extensive experimental library of mycobacterium strains

Informacje na temat projektu

AMR-TB

Identyfikator umowy o grant: 823922

DOI

10.3030/823922

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 20 Września 2018

Data rozpoczęcia 1 Lutego 2019

Data zakończenia 31 Maja 2025

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 731 400,00

Wkład UE

€ 731 400,00

Koordynowany przez

ASTON UNIVERSITY
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Documents, reports (2)

Fitness landscape of resistant strains, publications

D4.2 Fitness landscape of resistant strains (month 12).

Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant, publications

D2.2 Mechanism of INH binding, estimates of the affinity constant (month 30).

Other (1)

Project website and project Web 2.0 presence

D5.1 Project website and project Web 2.0 presence (month 3).

Publikacje

Peer reviewed articles (16)

Complete Virion Simulated: All-Atom Model of an MS2 Bacteriophage with Native Genome

Autorzy: Vladimir S. Farafonov, Michael Stich, Dmitry A. Nerukh
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer 19, 2023, Strona(/y) 7924-7933, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00846

Fitness Effect of the Isoniazid Resistance Mutation S315T of the Catalase-Peroxidase Enzyme KatG of <i>Mycobacterium tuberculosis</i>

Autorzy: Ugo Bastolla, Mikhail Rotkevich, Miguel Arenas, Manuel Arrayás, Marine Dogonadze, Anastasia Lavrova, Jorge Molina-Sejas, Michaël Tadesse, Ramón Xulvi-Brunet, Jonathan A G Cox, Dmitry Nerukh, Natalia González-Benítez, Michael Stich
Opublikowane w: Genome Biology and Evolution, Numer 17, 2025, ISSN 1759-6653
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evaf120

Reconstruction and validation of entire virus model with complete genome from mixed resolution cryo-EM density

Autorzy: Vladimir S. Farafonov; Michael Stich; Dmitry Nerukh
Opublikowane w: Crossref, Numer 5, 2022, ISSN 1364-5498
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00053a

WATER DYNAMICS AND STABILITY OF MAJOR BLOOD PROTEINS AT PRE-DENATURATION STAGE

Autorzy: Natalia Atamas, Vitalii Y. Bardik, Serhiy Komisarenko, Yevgen M. Makogonenko, Edward V. Lugovskoi, Nikolai P. Malomuzh, Dmitry A. Nerukh, Pavlo K. Solonin
Opublikowane w: AAPP, 2019, ISSN 1825-1242
Wydawca: AAPP
DOI: 10.1478/aapp.97s2a16

The nut-and-bolt motion of a bacteriophage sliding along a bacterial flagellum: a complete hydrodynamics model

Autorzy: Sergey A. Karabasov, Mihail A. Zaitsev, Dmitry A. Nerukh
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 13, 2023, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-36186-1

Comprehensive Physicochemical Investigation of the Water-Soluble Adduct of C_<b>60</b> with <scp>l</scp>-Methionine (C_<b>60</b>(C_<b>5</b>H_<b>11</b>NO_<b>2</b>S)_<b>3</b>): Important Data for Further Applications

Autorzy: Konstantin N. Semenov, Ali Mlhem, Alexander V. Akentiev, Dmitry A. Nerukh, Natalia V. Petukhova, Ilnaz T. Rakipov, Kirill V. Timoshchuk, Gleb O. Iurev, Andrey V. Petrov, Igor V. Murin, Nikolay A. Charykov, Olga S. Vezo, Anastasia V. Penkova, Dilafruz K. Kholmurodova, Jasur A. Rizaev, Aziz S. Kubaev, Vladimir V. Sharoyko
Opublikowane w: Journal of Chemical &amp; Engineering Data, Numer 70, 2025, Strona(/y) 3837-3850, ISSN 0021-9568
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jced.5c00146

Protein-Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation.

Autorzy: Ekaterina Maximova; Eugene B. Postnikov; Anastasia I. Lavrova; Vladimir Farafonov; Dmitry Nerukh
Opublikowane w: J. Phys. Chem. Lett, Numer 3, 2021, ISSN 0002-7863
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.21203/rs.3.rs-816562/v1

Influence of various colloidal surfactants on the stability of MS2 bacteriophage suspension. The charge distribution on the PCV2 virus surface

Autorzy: Natalya Vodolazkaya, Anna Laguta, Vladimir Farafonov, Marina Nikolskaya, Zita Balklava, Reza Khayat, Michael Stich, Nikolay Mchedlov-Petrossyan, Dmitry Nerukh
Opublikowane w: Journal of Molecular Liquids, Numer 387, 2025, Strona(/y) 122644, ISSN 0167-7322
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2023.122644

Constant pH molecular dynamics of porcine circovirus 2 capsid protein reveals a mechanism for capsid assembly

Autorzy: Elvira Tarasova, Noriaki Okimoto, Shanshan Feng, Dmitry Nerukh, Reza Khayat, Makoto Taiji
Opublikowane w: Physical Chemistry Chemical Physics, Numer 23, 2024, Strona(/y) 24617-24626, ISSN 1463-9076
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cp02874j

The influence of radiation emission on the thermodynamic and structural dynamic properties of liquid biosystems

Autorzy: Nataliia Atamas, Dmytro Gavryushenko, Vitaly Bardik, Kirill Taradii, Maxim Lazarenko, Oleksander Alekseev, Julie Renea Gearheart, Anna Miroshnichenko, Gennadiy Taranyik
Opublikowane w: Pramana, Numer 94, 2021, ISSN 0304-4289
Wydawca: Indian Academy of Sciences
DOI: 10.1007/s12043-020-01946-5

Paralogism in the interpretation of thrombogram obtained with the thrombin generation assay of human blood plasma

Autorzy: null null, Ye. M. Makogonenko, V. O. Chernyshenko, null null, V. Yu. Bardyk, null null, А. V. Udovenko, null null, S. V. Komisarenko, null null
Opublikowane w: The Ukrainian Biochemical Journal, Numer 97, 2025, Strona(/y) 75-79, ISSN 2409-4943
Wydawca: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ubj97.01.075

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. II. Hybrid Equations of Motion Based on Variational Principles

Autorzy: M. Bakumenko, V. Bardik, V. Farafonov, D. Nerukh
Opublikowane w: Ukrainian Journal of Physics, Numer 69, 2024, Strona(/y) 269, ISSN 2071-0194
Wydawca: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe69.4.269

The crucial role of water in the formation of the physiological temperature range for warm-blooded organisms

Autorzy: V. Bardik, Anatoliy I. Fisenko, Salvatore Magazu, Nikolay P. Malomuzh
Opublikowane w: Journal of Molecular Liquids, Numer 306, 2025, Strona(/y) 112818, ISSN 0167-7322
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.molliq.2020.112818

The Multiscale Hybrid Method with a Localized Constraint. I. A Modified Control Volume Function for the Hybridized Mass and Momentum Equations

Autorzy: M. Bakumenko, V. Bardik, D. Nerukh
Opublikowane w: Ukrainian Journal of Physics, Numer 68, 2024, Strona(/y) 517, ISSN 2071-0194
Wydawca: National Academy of Sciences of Ukraine (Co. LTD Ukrinformnauka) (Publications)
DOI: 10.15407/ujpe68.8.517

The Spectrophotometric Determination of the Patchy Surface Potential of Viruses Using pH-Sensitive Molecular Probes

Autorzy: Anna Laguta, Natalya Vodolazkaya, Dmitry Nerukh
Opublikowane w: Journal of Chemical Education, Numer 101, 2024, Strona(/y) 1190-1197, ISSN 0021-9584
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jchemed.3c00948

Protein–Ligand Dissociation Rate Constant from All-Atom Simulation

Autorzy: Ekaterina Maximova, Eugene B. Postnikov, Anastasia I. Lavrova, Vladimir Farafonov, Dmitry Nerukh
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry Letters, Numer 12, 2023, Strona(/y) 10631-10636, ISSN 1948-7185
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c02952