Livrables
An initial demonstrator of the platform infrastructure will be delivered, for further development and optimisation throughout the project.
Recommended metadata standards and portal prototypeStandards for data descriptions across datasets and data types and a first implementation of the iPC interface
An assembly of key molecular interactions that define cancer types and subtypes as well as the positioning of patients and tumours according to their molecular similarity
Adaptation of MelanomaMine and LiMTox to the analysis of paediatric cancers and application to biomedical publications on paediatric cancersExtraction of relationships between molecules and bioentities from the publicly available paediatric literature
Application of software enabling computational deconvolution of bulk RNA-sequencing data to immune cell profiles of patient samplesThe generation of a celllevel map of the environment and composition of each tumour with a particular focus on immune cells
Identification of important regulatory elements using multi-level matrix factorization approachesMasterregulator analysis to identify key genes and pathways whose dysregulation contribute to tumour genesis and proliferation
Synthetic data for testing and training patient, cancer, and drug modelsSynthetic datasets will be assembled and distributed to modeling WPs for model construction training and testing
Collection of high-quality clinical and molecular paediatric cancer datasets, as well as other tumour typesDatasets identified will be listed and accessible and shared with WP38 for training and validating models
Collection of molecular-interaction data from high-throughput assays, perturbation and essentiality assays, molecular data and clinical annotations from ongoing and past clinical trialsA comprehensive collection and analyses of curated data and molecular assays sourced from large-scale experiments and databases.
Data-driven model for molecular targets and drug repositioningReport on the developed software implemented in R and integrated into the iPCCP that can generate a list of small molecules and siRNAs with a potential therapeutic benefit based on omics data
Integration of INtERAcT, MelanomaMine and LiMTox and application to biomedical publications on paediatric cancersCombination of 3 different NLP approaches for the analysis of unstructured data and application to specialised paediatric publications
Project quality planA handbook of the project management process, review process, quality checks, meeting organisation, which is communicated to all partners.
A cloudbased platform integrated into the project data portal allowing to visualize the networks built by the consortium and visualize omics profiles from the data portal on top of them
Internal and external IT communication infrastructure and project websiteThis deliverable constitutes the launch of the internal iPC communication infrastructure including the establishment of mailing lists, a subversion repository server and the iPC website.
Publications
Auteurs:
Captier, Nicolas; Merlevede, Jane; Molkenov, Askhat; Seisenova, Ainur; Zhubanchaliyev, Altynbek; Nazarov, Petr V.; Barillot, Emmanuel; Kairov, Ulykbek; Zinovyev, Andrei
Publié dans:
Bioinformatics, Volume 38, Numéro 10, 2022, Page(s) 2963–2964, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac204
Auteurs:
Paola Stolfi & Filippo Castiglione
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 22, Article number: 483 (2021), 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-021-04354-7
Auteurs:
Didier Surdez, Sakina Zaidi, Sandrine Grossetête, Karine Laud-Duval, Anna Sole Ferre, Lieke Mous, Thomas Vourc'h, Franck Tirode, Gaelle Pierron, Virginie Raynal, Sylvain Baulande, Erika Brunet, Véronique Hill, Olivier Delattre
Publié dans:
Cancer Cell, Numéro 39/6, 2021, Page(s) 810-826.e9, ISSN 1535-6108
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.ccell.2021.04.001
Auteurs:
Martin F. Orth, Didier Surdez, Tobias Faehling, Anna C. Ehlers, Aruna Marchetto, Sandrine Grossetête, Richard Volckmann, Danny A. Zwijnenburg, Julia S. Gerke, Sakina Zaidi, Javier Alonso, Ana Sastre, Sylvain Baulande, Martin Sill, Florencia Cidre-Aranaz, Shunya Ohmura, Thomas Kirchner, Stefanie M. Hauck, Eva Reischl, Melissa Gymrek, Stefan M. Pfister, Konstantin Strauch, Jan Koster, Olivier Delat
Publié dans:
Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.celrep.2022.111761
Auteurs:
Pavel Sumazin, Dolores H. López-Terrada
Publié dans:
Journal of Hepatology, 2021, ISSN 0168-8278
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1101/2021.07.15.445600
Auteurs:
Pietro Di Lena, Claudia Sala, Christine Nardini
Publié dans:
Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkab426
Auteurs:
Mario Failli, Salih Demir, Álvaro Del Río-Álvarez, Juan Carrillo-Reixach, Laura Royo, Montserrat Domingo-Sàbat, Margaret Childs, Rudolf Maibach, Rita Alaggio, Piotr Czauderna, Bruce Morland, Sophie Branchereau, Stefano Cairo, Roland Kappler, Carolina Armengol, Diego di Bernardo
Publié dans:
Hepatology, 2023, ISSN 0270-9139
Éditeur:
John Wiley & Sons Inc.
DOI:
10.1097/hep.0000000000000601
Auteurs:
Matteo Manica, Charlotte Bunne, Roland Mathis, Joris Cadow, Mehmet Eren Ahsen, Gustavo A Stolovitzky, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa942
Auteurs:
Alex Clavería-Cabello, Jose Maria Herranz, Maria Ujue Latasa, Maria Arechederra, Iker Uriarte, Antonio Pineda-Lucena, Felipe Prosper, Pedro Berraondo, Cristina Alonso, Bruno Sangro, Jose Juan García Marin, Maria Luz Martinez-Chantar, Sergio Ciordia, Fernando José Corrales, Paola Francalanci, Rita Alaggio, Jessica Zucman-Rossi, Emilie Indersie, Stefano Cairo, Montserrat Domingo-Sàbat, Laura Zan
Publié dans:
Journal of Hepatology, 2023, ISSN 1600-0641
Éditeur:
EASL
DOI:
10.1016/j.jhep.2023.05.031
Auteurs:
An-Phi Nguyen; Stefania Vasilaki; María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Briefings in Bioinformatics, 2023, ISSN 1477-4054
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bib/bbad056
Auteurs:
Gambardella G, Viscido G, Tumaini B, Isacchi A, Bosotti R, di Bernardo D
Publié dans:
Nature Communication, Numéro 13, Article number: 1714 (2022), 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-29358-6
Auteurs:
Emma L. Boys, Jia Liu, Phillip J Robinson, Roger R. Reddel
Publié dans:
Proteomics, 2022, ISSN 1615-9861
Éditeur:
John Wiley & Sons
DOI:
10.1002/pmic.202200238
Auteurs:
Judith Wienke, Lindy L. Visser, Waleed M. Kholosy, Kaylee M. Keller, Marta Barisa, Sophie Munnings-Tomes, Elizabeth Carlton, Evon Poon, Ana Rodriguez, Ronald Bernardi, Femke van den Ham, Sander R. van Hooff, Yvette A.H. Matser, Michelle L. Tas, Karin P.S. Langenberg, Philip Lijnzaad, Josephine G.M. Strijker, Alvaro Sanchez-Bernabeu, Annelisa M. Cornel, Frank C.P. Holstege, Juliet Gray, Lieve A.M.
Publié dans:
Cancer Cell, 2024, ISSN 1535-6108
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.ccell.2023.12.008
Auteurs:
Enrico Santus, Nicola Marino, Davide Cirillo, Emmanuele Chersoni, Arnau Montagud, Antonella Santuccione Chadha, Alfonso Valencia, Kevin Hughes, Charlotta Lindvall
Publié dans:
Journal of Medical Internet Research, Numéro 23/3, 2021, Page(s) e22453, ISSN 1438-8871
Éditeur:
Journal of medical Internet Research
DOI:
10.2196/22453
Auteurs:
Sunil Kumar, Xiao-Kang Lun, Bernd Bodenmiller, María Rodríguez Martínez & Heinz Koeppl
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 10, Article number: 1233 (2020), 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-019-56444-5
Auteurs:
Qian Li; Salih Demir, Álvaro Del Río-Álvarez; Rebecca Maxwell; Alexandra Wagner; Juan Carrillo-Reixach; Carolina Armengol; Christian Vokuhl; Beate Häberle; Dietrich von Schweinitz; Irene Schmid; Stefano Cairo; Roland Kappler
Publié dans:
Cancers, 2022, ISSN 2072-6694
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers14174196
Auteurs:
Jannis Born, Greta Markert, Nikita Janakarajan, Talia Kimber, Andrea Volkamer, María Rodríguez Martíne, Matteo Manica
Publié dans:
Digital Discovery, 2023, ISSN 2635-098X
Éditeur:
Royal Society of Chemistry
DOI:
10.1039/d2dd00099g
Auteurs:
Jordi Abril-Fornaguera; Laura Torrens; Carmen Andreu-Oller; Juan Carrillo-Reixach; Alex Rialdi; Ugne Balaseviciute; Roser Pinyol; Carla Montironi; Philipp K. Haber; Álvaro Del Río-Álvarez; Montserrat Domingo-Sàbat; Laura Royo; Nicholas K. Akers; Catherine E. Willoughby; Judit Peix; Miguel Torres-Martin; Marc Puigvehi; Stefano Cairo; Margaret Childs; Rudolf Maibach; Rita Alaggio; Piotr Czaudern
Publié dans:
Molecular Cancer Therapeutics, 2023, ISSN 1535-7163
Éditeur:
American Association for Cancer Research
DOI:
10.1158/1535-7163.mct-22-0335
Auteurs:
Ling Tao,Myrthala Moreno-Smith,Rodrigo Ibarra-García-Padilla,Giorgio Milazzo,Nathan A. Drolet,Blanca E. Hernandez,Young S. Oh,Ivanshi Patel,Jean J. Kim,Barry Zorman,Tajhal Patel,Abu Hena Mostafa Kamal,Yanling Zhao,John Hicks,Sanjeev A. Vasudevan,Nagireddy Putluri,Cristian Coarfa,Pavel Sumazin,Giovanni Perini,Ronald J. Parchem,Rosa A. Uribe,Eveline Barbieri
Publié dans:
Advanced Science, 2021, Page(s) e2005047, ISSN 2198-3844
Éditeur:
Wiley
DOI:
10.1002/advs.202005047
Auteurs:
Dejan Štepec; Danijel Skočaj
Publié dans:
Uporabna informatika, Numéro 1, 2021, ISSN 2630-435X
Éditeur:
Slovenian Society Informatika
DOI:
10.31449/upinf.136
Auteurs:
Michael R. Gerven; Eva Bozsaky; Yvette A. H. Matser; Julian Vosseberg; Sabine Taschner‐Mandl; Jan Koster; Godelieve A. M. Tytgat; Jan J. Molenaar; Marlinde Boogaard
Publié dans:
Cancer Science, Numéro 4, 2022, ISSN 1349-7006
Éditeur:
John Wiley & Sons
DOI:
10.1111/cas.15363
Auteurs:
Andreas Dräger, Tomáš Helikar, Matteo Barberis, Marc Birtwistle, Laurence Calzone, Claudine Chaouiya, Jan Hasenauer, Jonathan R Karr, Anna Niarakis, María Rodríguez Martínez, Julio Saez-Rodriguez, Juilee Thakar
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro Volume 37, Numéro 21, 1 November 2021, 2021, Page(s) 3702–3706, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab229
Auteurs:
Florian Ingelfinger; Donatella De Feo; Burkhard Becher
Publié dans:
Seminars in Immunology, Numéro Volume 56, August 2021, 2021, ISSN 1044-5323
Éditeur:
Academic Press
DOI:
10.1016/j.smim.2021.101518
Auteurs:
Elisa Zappa, Alice Vitali, Kathleen Anders, Jan J Molenaar, Judith Wienke, Annette Künkele
Publié dans:
European Journal of Cancer, 2023, ISSN 0959-8049
Éditeur:
Pergamon Press Ltd.
DOI:
10.1016/j.ejca.2023.113347
Auteurs:
Melania Franchini; Simona Pellecchia; Gaetano Viscido; Gennaro Gambardella
Publié dans:
NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 5, Numéro 1, March 2023,, 2023, ISSN 2631-9268
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nargab/lqad024
Auteurs:
Joris Cadow, Matteo Manica, Roland Mathis, Tiannan Guo, Ruedi Aebersold, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro Volume 37, Numéro Supplement_1, July 2021, 2021, Page(s) i245–i253, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab311
Auteurs:
Iker Núñez-Carpintero, Emily O'Connor, Maria Rigau, Mattia Bosio, Yoshiteru Azuma, Ana Topf, Rachel Thompson, Peter A.C. ’t Hoen, Teodora Chamova, Ivailo Tournev, Velina Guergueltcheva, Steven Laurie, Sergi Beltran, Salvador Capella, Davide Cirillo, Hanns Lochmüller, Alfonso Valencia
Publié dans:
Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2023.01.19.524736
Auteurs:
Cobos, Francisco Avila; Panah, Mohammad Javad Najaf; Epps, Jessica; Long, Xiaochen; Man, Tsz-Kwong; Chiu, Hua-Sheng; Chomsky, Elad; Kiner, Evgeny; Krueger, Michael J.; di Bernado, Diego; Voloch, Luis; Molenaar, Jan; von Hooff, Sander R.; Westermann, Frank; Jansky, Selina; Redell, Michele L.; Mestdagh, Pieter; Sumazin, Pavel
Publié dans:
Genome Biology, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.1186/s13059-023-03016-6
Auteurs:
Emanuel Gonçalves, Rebecca C Poulos, Zhaoxiang Cai, Syd Barthorpe, Srikanth S Manda, Natasha Lucas, Alexandra Beck, Daniel Bucio-Noble, Michael Dausmann, Caitlin Hall, Michael Hecker, Jennifer Koh, Sadia Mahboob, Iman Mali, James Morris, Laura Richardson1, Akila J Seneviratne4, Erin Sykes4, Frances Thomas, Sara Valentini, Steven G Williams, Yangxiu Wu, Dylan Xavier, Karen L MacKenzie, Peter G Hai
Publié dans:
Cancer Cell, 2022, ISSN 1535-6108
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.ccell.2022.06.010
Auteurs:
Sarah E. Woodfield, Yan Shi, Roma H. Patel, Zhenghu Chen, Aayushi P. Shah, Rohit K. Srivastava, Richard S. Whitlock, Aryana M. Ibarra, Samuel R. Larson, Stephen F. Sarabia, Andrew Badachhape, Zbigniew Starosolski, Ketan B. Ghaghada, Pavel Sumazin, D. Allen Annis, Dolores López-Terrada & Sanjeev A. Vasudevan
Publié dans:
scientific reports, Numéro 11, Article number: 2967 (2021), 2021, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-82542-4
Auteurs:
Jasmin Bartl; Marco Zanini; Flavia Bernardi; Antoine Forget; Lena Blümel; Julie Talbot; Daniel Picard; Nan Qin; Gabriele Cancila; Qingsong Gao; Soumav Nath; Idriss Mahoungou Koumba; Marietta Wolter; François Kuonen; Maike Langini; Thomas Beez; Christopher Munoz; David Pauck; Viktoria Marquardt; Hua Yu; Judith Souphron; Mascha Korsch; Christina Mölders; Daniel Berger; Sarah Göbbels; Frauke-Doro
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 7, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31574-z
Auteurs:
Rosa Hernansaiz-Ballesteros; Christian H. Holland; Aurelien Dugourd; Julio Saez-Rodriguez
Publié dans:
Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.5281/zenodo.5779097
Auteurs:
Myrthala Moreno-Smith, Giorgio Milazzo, Ling Tao, Baharan Fekry, Bokai Zhu, Mahmoud A. Mohammad, Simone Di Giacomo, Roshan Borkar, Karthik Reddy Kami Reddy, Mario Capasso, Sanjeev A. Vasudevan, Pavel Sumazin, John Hicks, Nagireddy Putluri, Giovanni Perini, Kristin Eckel-Mahan, Thomas P. Burris & Eveline Barbieri
Publié dans:
nature communications, Numéro 12, Article number: 4006 (2021), 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-021-24196-4
Auteurs:
Lucia Lorenzi; Hua-Sheng Chiu; Francisco Avila Cobos; Stephen Gross; Pieter-Jan Volders; Robrecht Cannoodt; Justine Nuytens; Katrien Vanderheyden; Jasper Anckaert; Steve Lefever; Aidan P. Tay; Eric J. de Bony; Wim Trypsteen; Fien Gysens; Marieke Vromman; Tine Goovaerts; Thomas Birkballe Hansen; Scott Kuersten; Nele Nijs; Tom Taghon; Karim Vermaelen; Ken R. Bracke; Yvan Saeys; T
Publié dans:
Nature Biotechnology, 2021, Page(s) 1453-1465, ISSN 1087-0156
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.5281/zenodo.5909808
Auteurs:
Srikanth S. Manda, Zainab Noor, Peter G. Hains, Qing Zhong
Publié dans:
Current Protocols, Numéro 1/3, 2021, ISSN 2691-1299
Éditeur:
Current Protocols in Bioinformatics
DOI:
10.1002/cpz1.69
Auteurs:
David Corujo, Roberto Malinverni, Juan Carrillo-Reixach, Oliver Meers, Arce Garcia-Jaraquemada, Marguerite-Marie Le Pannérer, Vanesa Valero, Ainhoa Pérez, Álvaro Del Río-Álvarez, Laura Royo, Beatriz Pérez-González, Helena Raurell, Rafael D Acemel, José M Santos-Pereira, Marta Garrido-Pontnou, José Luis Gómez-Skarmeta, Lorenzo Pasquali, Josep Manyé, Carolina Armengol, Marcus Buschbeck
Publié dans:
Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.celrep.2022.110988
Auteurs:
Avila Cobos, Francisco; Alquicira-Hernandez, José; Powell, Joseph E.; Mestdagh, Pieter; De Preter, Katleen
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-020-19015-1
Auteurs:
Anna Niarakis, Juilee Thakar, Matteo Barberis, María Rodríguez Martínez, Tomáš Helikar, Marc Birtwistle, Claudine Chaouiya, Laurence Calzone, Andreas Dräger
Publié dans:
Bioinformatics, 2022, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac609
Auteurs:
Jena V. Lilly, Jo Lynne Rokita, Jennifer L. Mason, Tatiana Patton, Stephanie Stefankiewiz, David Higgins, Gerri Trooskin, Carina A. Larouci, Kamnaa Arya, Elizabeth Appert, Allison P. Heath, Yuankun Zhu, Miguel A. Brown, Bo Zhang, Bailey K. Farrow, Shannon Robins, Allison M. Morgan, Thinh Q. Nguyen, Elizabeth Frenkel, Kaitlin Lehmann, Emily Drake, Catherine Sullivan, Alexa Plisiewicz, Noel Coleman,
Publié dans:
Neoplasia, 2022, ISSN 1522-8002
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.neo.2022.100846
Auteurs:
Qing Zhong, Sun Rui, Adel T. Aref, Zainab Noor, Asim Anees, Yi Zhu, Natasha Lucas, Rebecca C. Poulos, Mengge Lyu, Tiansheng Zhu, Bo Wang, Guo-Bo Chen, Yingrui Wang, Xuan Ding, Dorothea Rutishauser, Niels J. Rupp, Jan H. Rueschoff, Cédric Poyet, Thomas Hermanns, Christian Fankhauser, María Rodríguez Martínez, Wenguang Shao, Marija Buljan, Janis Frederick Neumann, Andreas Beyer, Peter G. Hains,
Publié dans:
2023 Life Science Alliance LLC, February 2024 | Volume 7, No. 2, 2024, ISSN 2575-1077
Éditeur:
2023 Life Science Alliance LLC
DOI:
10.1101/2023.03.03.530910
Auteurs:
Gerda Kildisiute, Waleed M. Kholosy, Matthew D. Young, Kenny Roberts, Rasa Elmentaite, Sander R. van Hooff, Clarissa N. Pacyna, Eleonora Khabirova, Alice Piapi, Christine Thevanesan, Eva Bugallo-Blanco, Christina Burke, Lira Mamanova, Kaylee M. Keller, Karin P.S. Langenberg-Ververgaert, Philip Lijnzaad, Thanasis Margaritis, Frank C.P. Holstege, Michelle L. Tas, Marc H.W.A. Wijnen, Max M. van Noese
Publié dans:
Science Advances, Numéro 7/6, 2021, Page(s) eabd3311, ISSN 2375-2548
Éditeur:
Science Advances
DOI:
10.1126/sciadv.abd3311
Auteurs:
Anubha Gupta; Shiv Gehlot; Shubham Goswami; Sachin Motwani; Ritu Gupta; Álvaro García Faura; Dejan Štepec; Tomaž Martinčič; Reza Azad; Dorit Merhof; Afshin Bozorgpour; Babak Azad; Alaa Sulaiman; Deepanshu Pandey; Pradyumna Gupta; Sumit Bhattacharya; Aman Sinha; Rohit Agarwal; Xinyun Qiu; Yucheng Zhang; Ming Fan; Yoonbeom Park; Daehong Lee; Joon Sik Park; Kwangyeol Lee; Jaehyung Ye
Publié dans:
Medical Image Analysis, Numéro 1, 2022, ISSN 1361-8415
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.media.2022.102677
Auteurs:
Carolina Armengol, Stefano Cairo, Roland Kappler
Publié dans:
Hepatoma Research, 2021, ISSN 2454-2520
Éditeur:
HEPATOMA RESEARCH
DOI:
10.20517/2394-5079.2021.19
Auteurs:
Clémentine Decamps, Alexis Arnaud, Florent Petitprez, Mira Ayadi, Aurélia Baurès, Lucile Armenoult, HADACA consortium, Sergio Escalera, Isabelle Guyon, Rémy Nicolle, Richard Tomasini, Aurélien de Reyniès, Jérôme Cros, Yuna Blum & Magali Richard
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 22, Article number: 473 (2021), 2021, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-021-04381-4
Auteurs:
Ling Tao, Mahmoud A. Mohammad, Giorgio Milazzo, Myrthala Moreno-Smith, Tajhal Patel, Barry Zorman, Andrew Badachhape, Blanca E. Hernandez, Amber B. Wolf, Zihua Zeng, Jennifer H. Foster, Sara Aloisi, Pavel Sumazin, Youli Zu, John Hicks, Ketan B. Ghaghada, Nagireddy Putluri, Giovanni Perini, Cristian Coarfa, and Eveline Barbieri
Publié dans:
Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31331-2
Auteurs:
Davide Cirillo, Iker Núñez‐Carpintero, Alfonso Valencia
Publié dans:
Molecular Oncology, Numéro 15/4, 2021, Page(s) 817-829, ISSN 1574-7891
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1002/1878-0261.12920
Auteurs:
Matteo Manica, Hyunjae Ryan Kim, Roland Mathis, Philippe Chouvarine, Dorothea Rutishauser, Laura De Vargas Roditi, Bence Szalai, Ulrich Wagner, Kathrin Oehl, Karim Saba, Arati Pati, Julio Saez-Rodriguez, Angshumoy Roy, Donald W. Parsons, Peter J. Wild, María Rodríguez Martínez, Pavel Sumazin
Publié dans:
npj Systems Biology and Applications, Numéro 6/1, 2020, ISSN 2056-7189
Éditeur:
npj Sytems Biology and Applications
DOI:
10.1038/s41540-020-00147-5
Auteurs:
An-phi Nguyen, Dana Lea Moreno, Nicolas Le Bel, Maria Rodriguez Martinez
Publié dans:
Bioinformatics Advances, 2023, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioadv/vbad016
Auteurs:
Juan Carrillo-Reixach, Laura Torrens, Marina Simon-Coma, Laura Royo, Montserrat Domingo-Sàbat, Jordi Abril-Fornaguera, Nicholas Akers, Margarita Sala, Sonia Ragull, Magdalena Arnal, Núria Villalmanzo, Stefano Cairo, Alberto Villanueva, Roland Kappler, Marta Garrido, Laura Guerra, Constantino Sábado, Gabriela Guillén, Mar Mallo, David Piñeyro, María Vázquez-Vitali, Olga Kuchuk, María Elena
Publié dans:
Journal of Hepatology, Numéro 73/2, 2020, Page(s) 328-341, ISSN 0168-8278
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.jhep.2020.03.025
Auteurs:
Joris Cadow, Jannis Born, Matteo Manica, Ali Oskooei, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro 48/W1, 2020, Page(s) W502-W508, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkaa327
Auteurs:
Jean-Marie Ravel, L. Cristobal Monraz Gomez, Nicolas Sompairac, Laurence Calzone, Boris Zhivotovsky, Guido Kroemer, Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev, Inna Kuperstein
Publié dans:
Cancers, Numéro 12/4, 2020, Page(s) 990, ISSN 2072-6694
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/cancers12040990
Auteurs:
Laura Cantini, Ulykbek Kairov, Aurélien de Reyniès, Emmanuel Barillot, François Radvanyi, Andrei Zinovyev
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 35/21, 2019, Page(s) 4307-4313, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz225
Auteurs:
Alexandra M. Stevens, Michael Xiang, Lisa N. Heppler, Isidora Tošić, Kevin Jiang, Jaime O. Munoz, Amos S. Gaikwad, Terzah M. Horton, Xin Long, Padmini Narayanan, Elizabeth L. Seashore, Maci C. Terrell, Raushan Rashid, Michael J. Krueger, Alicia E. Mangubat-Medina, Zachary T. Ball, Pavel Sumazin, Sarah R. Walker, Yoshimasa Hamada, Seiichi Oyadomari, Michele S. Redell, David A. Frank
Publié dans:
Blood Advances, Numéro 3/24, 2019, Page(s) 4215-4227, ISSN 2473-9529
Éditeur:
The American Society of Hematology
DOI:
10.1182/bloodadvances.2019000499
Auteurs:
Filippo Castiglione, Dario Ghersi, Franco Celada
Publié dans:
Frontiers in Immunology, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-3224
Éditeur:
Frontiers in Immunology
DOI:
10.3389/fimmu.2019.01513
Auteurs:
Matteo Manica, Ali Oskooei, Jannis Born, Vigneshwari Subramanian, Julio Sáez-Rodríguez, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Molecular Pharmaceutics, Numéro 16/12, 2019, Page(s) 4797-4806, ISSN 1543-8384
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1021/acs.molpharmaceut.9b00520
Auteurs:
Nicolas Sompairac, Petr V. Nazarov, Urszula Czerwinska, Laura Cantini, Anne Biton, Askhat Molkenov, Zhaxybay Zhumadilov, Emmanuel Barillot, Francois Radvanyi, Alexander Gorban, Ulykbek Kairov, Andrei Zinovyev
Publié dans:
International Journal of Molecular Sciences, Numéro 20/18, 2019, Page(s) 4414, ISSN 1422-0067
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/ijms20184414
Auteurs:
Marie-Ming Aynaud, Olivier Mirabeau, Nadege Gruel, Sandrine Grossetête, Valentina Boeva, Simon Durand, Didier Surdez, Olivier Saulnier, Sakina Zaïdi, Svetlana Gribkova, Aziz Fouché, Ulykbek Kairov, Virginie Raynal, Franck Tirode, Thomas G.P. Grünewald, Mylene Bohec, Sylvain Baulande, Isabelle Janoueix-Lerosey, Jean-Philippe Vert, Emmanuel Barillot, Olivier Delattre, Andrei Zinovyev
Publié dans:
Cell Reports, Numéro 30/6, 2020, Page(s) 1767-1779.e6, ISSN 2211-1247
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.celrep.2020.01.049
Auteurs:
Irina Balaur, Ludovic Roy, Alexander Mazein, S Gökberk Karaca, Ugur Dogrusoz, Emmanuel Barillot, Andrei Zinovyev
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 36/8, 2020, Page(s) 2620-2622, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz969
Auteurs:
Luca Albergante, Evgeny Mirkes, Jonathan Bac, Huidong Chen, Alexis Martin, Louis Faure, Emmanuel Barillot, Luca Pinello, Alexander Gorban, Andrei Zinovyev
Publié dans:
Entropy, Numéro 22/3, 2020, Page(s) 296, ISSN 1099-4300
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/e22030296
Auteurs:
Julien Vibert, Olivier Saulnier, Celine Collin, Floriane Petit, Kyra J.E. Borgman, Jeromine Vigneau, Maud Gautier, Sakina Zaidi, Gaelle Pierron, Sarah Watson, Nadege Gruel, Clemence Henon, Sophie Postel-Vinay, Marc Deloger, Virginie Raynal, Sylvain Baulande, Karine Laud-Duval, Veronique Hill, Sandrine Grossetete, Florent Dingli,Damarys Loew, Jacob Torrejon, Olivier Ayrault, Martin F. Orth, Thomas
Publié dans:
Molecular Cell, 2022, Page(s) P2458-2471.E9, ISSN 1097-2765
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.molcel.2022.04.019
Auteurs:
Andrei Zinovyev
Publié dans:
Physics of Life Reviews, 2021, Page(s) 132-134, ISSN 1571-0645
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.plrev.2021.05.004
Auteurs:
Dylan XavierNatasha LucasSteven G WilliamsJennifer M. S. KohKeith AshmanClare LoudonRoger ReddelPeter G. HainsPhillip J. Robinson
Publié dans:
Analytical Chemistry, 2023, ISSN 0003-2700
Éditeur:
American Chemical Society
DOI:
10.1101/2023.09.27.559846
Auteurs:
Cristian Axenie, Roman Bauer and María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Symmetry 2021, 2021, ISSN 2073-8994
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/sym13091559
Auteurs:
Maria Kuksin, Daphné Morel, Marine Aglave, François-Xavier Danlos, Aurélien Marabelle, Andrei Zinovyev, Daniel Gautheret, Loïc Verlingue
Publié dans:
European Journal of Cancer, Numéro 149, 2021, Page(s) 193-210, ISSN 0959-8049
Éditeur:
Pergamon Press Ltd.
DOI:
10.1016/j.ejca.2021.03.005
Auteurs:
Paola Stolfi, Luigi Manni, Marzia Soligo, Davide Vergni, Paolo Tieri
Publié dans:
Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-634X
Éditeur:
Front Cell Dev Biol.
DOI:
10.3389/fcell.2020.545089
Auteurs:
Matteo Manica, Raphael Polig, Mitra Purandare, Roland Mathis, Christoph Hagleitner, Maria Rodriguez Martinez
Publié dans:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Numéro 17/6, 2020, Page(s) 2141-2147, ISSN 1545-5963
Éditeur:
IEEE Computer Society
DOI:
10.1109/tcbb.2019.2936836
Auteurs:
Jannis Born, Matteo Manica, Joris Cadow, Greta Markert, Nil Adell Mill, Modestas Filipavicius, Nikita Janakarajan, Antonio Cardinale, Teodoro Laino, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
Machine Learning: Science and Technology, Numéro 2/2, 2021, Page(s) 025024, ISSN 2632-2153
Éditeur:
Machine Learning: Science and Technology
DOI:
10.1088/2632-2153/abe808
Auteurs:
Salih Demir, Negin Razizadeh, Emilie Indersie, Sophie Branchereau, Stefano Cairo, Roland Kappler
Publié dans:
Hepatology Communications, 2024, ISSN 2471-254x
Éditeur:
Hepatology Communications
DOI:
10.1097/hc9.0000000000000378
Auteurs:
Michael R. van Gerven, Linda Schild, Jennemiek van Arkel, Bianca Koopmans, Luuk A. Broeils, Loes A. M. Meijs, Romy van Oosterhout, Max M. van Noesel, Jan Koster, Sander R. van Hooff, Jan J. Molenaar, Marlinde L. van den Boogaard
Publié dans:
PLOS ONE, 2023, ISSN 1932-6203
Éditeur:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0289084
Auteurs:
Zinovyev A, Sadovsky M, Calzone L, Fouche A, Groeneveld CS, Chervov A, Barillot E, Gorban AN
Publié dans:
Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, ISSN 2296-889X
Éditeur:
Lausanne: Frontiers Media S.A.,
DOI:
10.3389/fmolb.2021.793912
Auteurs:
Haiying Wang, Estelle Pujos-Guillot, Blandine Comte, Joao Luis de Miranda, Vojtech Spiwok, Ivan Chorbev, Filippo Castiglione, Paolo Tieri, Steven Watterson, Roisin McAllister, Tiago de Melo Malaquias, Massimiliano Zanin, Taranjit Singh Rai, Huiru Zheng
Publié dans:
Briefings in Bioinformatics, Numéro Volume 22, Numéro 2, March 2021, 2021, Page(s) 1543–1559, ISSN 1477-4054
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bib/bbaa237
Auteurs:
Pietro Di Lena, Claudia Sala, Andrea Prodi, Christine Nardini
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-020-03592-5
Auteurs:
Concetta Ragone, Carmen Manolio, Beatrice Cavalluzzo, Angela Mauriello, Maria Lina Tornesello, Franco M Buonaguro, Filippo Castiglione, Luigi Vitagliano, Emanuela Iaccarino, Menotti Ruvo, Maria Tagliamonte, Luigi Buonaguro
Publié dans:
Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Numéro 9/5, 2021, Page(s) e002694, ISSN 2051-1426
Éditeur:
Journal for ImmunoTherapy of Cancer
DOI:
10.1136/jitc-2021-002694
Auteurs:
van den Boogaard, M.L.; Oka, R.; Hakkert, A.; Schild, L.; Ebus, M.E.; van Gerven, M.R.; Zwijnenburg, D.A.; Molenaar, P.; Hoyng, L.L.; Dolman, M.E.M.; Essing, A.H.W.; Koopmans, B.; Helleday, T.; Drost, J.; van Boxtel, R.; Versteeg, R.; Koster, J.; Molenaar, J.J.
Publié dans:
PNAS, Numéro 1, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur:
National Academy of Sciences
DOI:
10.1073/pnas.2007898118
Auteurs:
Akila J Seneviratne, Sean Peters, David Clarke, Michael Dausmann, Michael Hecker, Brett Tully, Peter G Hains, Qing Zhong
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro Volume 37, Numéro 24, 2021, Page(s) 4719-4726, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab563
Auteurs:
Weber, Anna; Born, Jannis; Martínez, María Rodríguez
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro Volume 37, Numéro Supplement_1, July 2021, 2021, Page(s) i237–i244, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab294
Auteurs:
Iker Núñez-Carpintero, Marianyela Petrizzelli, Andrei Zinovyev, Davide Cirillo, Alfonso Valencia
Publié dans:
iScience, Numéro 24/4, 2021, Page(s) 102365, ISSN 2589-0042
Éditeur:
iScience
DOI:
10.1016/j.isci.2021.102365
Auteurs:
Zhaoxiang Cai, Rebecca C. Poulos, Jia Liu, Qing Zhong
Publié dans:
iScience, Volume 25, Numéro 2, 2022, 103798, 2022, ISSN 2589-0042
Éditeur:
Elsevier Inc.
DOI:
10.1016/j.isci.2022.103798
Auteurs:
Iliana Papadopoulou, An-phi Nguyen, Anna Weber, Maria Rodriguez Martinez
Publié dans:
Bioinformatics, 2022, ISSN 1460-2059
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac257
Auteurs:
Elizabeth A. Connolly, Peter S. Grimison, Lisa G. Horvath, Phillip J. Robinson and Roger R. Reddel
Publié dans:
Frontiers in Oncology, 2023, ISSN 2234-943X
Éditeur:
Frontiers Media S. A.
DOI:
10.3389/fonc.2023.1126736
Auteurs:
Rebecca C Poulos, Zhaoxiang Cai, Phillip J Robinson, Qing Zhong
Publié dans:
Proteomics, Numéro 16159861, 2022, ISSN 1615-9861
Éditeur:
John Wiley & Sons
DOI:
10.1002/pmic.202200031
Auteurs:
Filippo Castiglione; Debashrito Deb; Anurag P. Srivastava; Pietro Liò; Arcangelo Liso
Publié dans:
Front. Immunol., 07 September 2021 Sec. Viral Immunology Volume 12 - 2021, Numéro 15, 2021, ISSN 1664-3224
Éditeur:
Frontiers in Immunology
DOI:
10.17863/cam.75782
Auteurs:
Linzner, Dominik
Publié dans:
Numéro 1, 2021
Éditeur:
TUprints
DOI:
10.12921/tuprints-00017403
Auteurs:
Lena, Pietro Di; Sala, Claudia; Prodi, Andrea; Nardini, Christine
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Springer
DOI:
10.6084/m9.figshare.12585955
Auteurs:
Lena, Pietro Di; Sala, Claudia; Prodi, Andrea; Nardini, Christine
Publié dans:
2020
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.6084/m9.figshare.12585952.v1
Auteurs:
An-phi Nguyen, Maria Rodriguez Martinez
Publié dans:
2021
Éditeur:
arXiv
DOI:
10.48550/arxiv.2106.10086
Auteurs:
Lena, Pietro Di; Sala, Claudia; Prodi, Andrea; Nardini, Christine
Publié dans:
2020
Éditeur:
Springer
DOI:
10.6084/m9.figshare.12585958.v1
Auteurs:
Sergey E. Golovenkin, Jonathan Bac, Alexander Chervov, Evgeny M. Mirkes, Yuliya V. Orlova, Emmanuel Barillot, Alexander N. Gorban and Andrei Zinovyev
Publié dans:
2020
Éditeur:
ArXiv
DOI:
10.5281/zenodo.4018714
Auteurs:
Nil A. Schubert, Sander R. van Hooff, Linda Schild, Kimberley Ober, Marjolein Hortensius, Kim van den Handel, Anke H.W. Essing, Bianca Koopmans, Manon Boeije, Natalie Proost, Marieke van de Ven, Selina Jansky, Sabine A. Stainczyk, Umut H. Toprak, Frank Westermann, Selma Eising, Jan J. Molenaar, Marlinde L. van den Boogaard
Publié dans:
2021
Éditeur:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2021.10.27.465137
Auteurs:
Lorenzi, Lucia; Chiu, Hua-Sheng; Cobos, Francisco Avila; Gross, Stephen; Volders, Pieter-Jan; Cannoodt, Robrecht; Nuytens, Justine; Vanderheyden, Katrien; Anckaert, Jasper; Lefever, Steve; Goovaerts, Tine; Birkballe Hansen, Thomas; Kuersten, Scott; Nijs, Nele; Taghon, Tom; Vermaelen, Karim; Bracke, Ken R.; Saeys, Yvan; De Meyer, Tim; Deshpande, Nandan; Anande, Govardhan; Chen, Ting-Wen; Wilkins, M
Publié dans:
Numéro 7, 2019
Éditeur:
Biorixv - The Preprint server for biology
DOI:
10.1101/807529
Auteurs:
Decamps, Clémentine; Arnaud, Alexis; Petitprez, Florent; Ayadi, Mira; Baurès, Aurélia; Armenoult, Lucile; Escalera, Sergio; Guyon, Isabelle; Nicolle, Rémy; Tomasini, Richard; de Reyniès, Aurélien; Cros, Jérôme; Blum, Yuna; Richard, Magali
Publié dans:
Numéro 12, 2021
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.6084/m9.figshare.16726873
Auteurs:
Alexander Chervov, Andrei Zinovyev
Publié dans:
2022
Éditeur:
arXiv
DOI:
10.48550/arxiv.2208.05229
Auteurs:
Borovitskiy, Viacheslav; Karimi, Mohammad Reza; Somnath, Vignesh Ram; Krause, Andreas
Publié dans:
26th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS), 2022
Éditeur:
arXiv
DOI:
10.48550/arxiv.2211.01689
Auteurs:
"Dominik Linzner, Heinz Koeppl """
Publié dans:
2021
Éditeur:
38th International Conference on Machine Learning (ICML 2021)
DOI:
10.5281/zenodo.5234917
Auteurs:
Alexander Chervov; Andrei Zinovyev
Publié dans:
Crossref, Numéro 6, 2021
Éditeur:
Zenodo
DOI:
10.1109/ijcnn52387.2021.9534249
Auteurs:
Somnath, Vignesh Ram; Pariset, Matteo; Hsieh, Ya-Ping; Martinez, Maria Rodriguez; Krause, Andreas; Bunne, Charlotte
Publié dans:
39th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 2023, 2023
Éditeur:
arXiv
DOI:
10.48550/arxiv.2302.11419
Auteurs:
Dejan Štepec, Danijel Skočaj
Publié dans:
ROSUS 2020 - Računalniška obdelava slik in njena uporaba v Sloveniji 2020: Zbornik 15. strokovne konference, 2020, Page(s) 7-26, ISBN 9789612863371
Éditeur:
University of Maribor Press
DOI:
10.18690/978-961-286-337-1.1
Auteurs:
Stepec, D.; Skocaj, D.
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
Springer
DOI:
10.5281/zenodo.4288328
Auteurs:
Dominik Linzner
Michael Schmidt
Heinz Koeppl
Publié dans:
33rd Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2019), 2019
Éditeur:
NIPS
Auteurs:
Dominik Linzner
Heinz Koeppl
Publié dans:
Association for the Advancement of Artificial Intelligence, 2019
Éditeur:
Association for the Advancement of Artificial Intelligence
Auteurs:
Engelmann, Nikolai; Linzner, Dominik; Koeppl, Heinz
Publié dans:
Numéro 10, 2020
Éditeur:
37th International Conference on Machine Learning (ICML)
DOI:
10.5281/zenodo.3957199
Auteurs:
Jannis Born, Matteo Manica, Ali Oskooei, María Rodríguez Martínez
Publié dans:
2019
Éditeur:
Workshop for Physical Sciences at NeurIPS
DOI:
10.5281/zenodo.3610233
Auteurs:
Dejan Štepec, Danijel Skočaj
Publié dans:
2020, ISBN 9789-612863371
Éditeur:
University of Maribor Press
DOI:
10.18690/978-961-286-337-1
Auteurs:
Matthias Eisenmann; Dejan Štepec; et. al.
Publié dans:
IEEE / CVF Computer Vision and Pattern Recognition Conference (CVPR), 2023
Éditeur:
IEEE Xplore
DOI:
10.1109/cvpr52729.2023.01911
Auteurs:
Haab, Jonathan; Deutschmann, Nicolas; Martínez, Maria Rodríguez
Publié dans:
ECML PKDD International Workshop on eXplainable Knowledge Discovery in Data Mining, Grenoble/France (19 September 2022), 2022
Éditeur:
arXiv
DOI:
10.48550/arxiv.2207.13018
Auteurs:
Dejan Stepec, Danijel Skocaj
Publié dans:
2021
Éditeur:
Computer Vision for Microscopy Image Analysis (CVMI) workshop
DOI:
10.5281/zenodo.5158712
Auteurs:
Álvaro García Faura, Dejan Štepec, Tomaž Martinčič, Danijel Skočaj
Publié dans:
2021
Éditeur:
arXiv.org
Auteurs:
Petrizzelli, Marianyela; Merlevede, Jane; Zinovyev, Andrei
Publié dans:
Numéro 2, 2020, ISBN 978-1-0716-1019-0
Éditeur:
Springer
DOI:
10.5281/zenodo.3952244
Auteurs:
Ali Oskooei, Sophie Mai Chau, Jonas Weiss, Arvind Sridhar, María Rodríguez Martínez, Bruno Michel
Publié dans:
Explainable AI in Healthcare and Medicine, 2021, Page(s) 93-105, ISBN 978-3-030-53352-6
Éditeur:
Springer
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