Precision Docking of Very Large DNA Cargos in Mammalian Genomes

Informations projet

DNA-DOCK

N° de convention de subvention: 834631

DOI

10.3030/834631

Projet clôturé

Date de signature de la CE 22 Mai 2019

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 28 Février 2026

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 498 578,00

Contribution de l’UE

€ 2 498 578,00

Coordonné par

UNIVERSITY OF BRISTOL
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (14)

Bottom-up assembly of viral replication cycles

Auteurs: Oskar Staufer, Gösta Gantner, Ilia Platzman, Klaus Tanner, Imre Berger, Joachim P. Spatz
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-33661-7

Coenzyme Q10 protects keratinocytes against oxidation-induced energy stress as revealed by spatiotemporal analysis of cell energetics

Auteurs: Roland Abi Nahed, Ali Hussein, Cécile Cottet-Rousselle, Alexandra Vogelsang, Francesco Aulicino, Imre Berger, Thomas Blatt, Julia M. Weise, Uwe Schlattner
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-98793-4

Tuning VSV-G Expression Improves Baculovirus Integrity, Stability and Mammalian Cell Transduction Efficiency

Auteurs: Martina Mattioli, Renata A. Raele, Gunjan Gautam, Ufuk Borucu, Christiane Schaffitzel, Francesco Aulicino, Imre Berger
Publié dans: Viruses, Numéro 16, 2025, Page(s) 1475, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16091475

Genome editing and kidney health

Auteurs: Nadia Tavakolidakhrabadi, Francesco Aulicino, Carl J May, Moin A Saleem, Imre Berger, Gavin I Welsh
Publié dans: Clinical Kidney Journal, Numéro 17, 2024, ISSN 2048-8505
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/ckj/sfae119

Engineering the ADDobody protein scaffold for generation of high-avidity ADDomer super-binders

Auteurs: Dora Buzas, Huan Sun, Christine Toelzer, Sathish K.N. Yadav, Ufuk Borucu, Gunjan Gautam, Kapil Gupta, Joshua C. Bufton, Julien Capin, Richard B. Sessions, Frederic Garzoni, Imre Berger, Christiane Schaffitzel
Publié dans: Structure, Numéro 32, 2026, Page(s) 342-351.e6, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2023.12.010

An engineered baculoviral protein and DNA co-delivery system for CRISPR-based mammalian genome editing

Auteurs: Julien Capin; Alexandra Harrison; Renata A Raele; Sathish K N Yadav; Dominique Baiwir; Gabriel Mazzucchelli; Loic Quinton; Timothy J Satchwell; Ashley M Toye; Christiane Schaffitzel; Imre Berger; Francesco Aulicino
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 52(6), 2024, Page(s) 3450–3468, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae142

Unlocking the effective alliance of β-lapachone and hydroxytyrosol against triple-negative breast cancer cells

Auteurs: Jesús Calahorra, José L. Blaya-Cánovas, Olivia Castellini-Pérez, Ernesto Aparicio-Puerta, Candela Cives-Losada, Jose J.G. Marin, Markel Rementeria, Francisca E. Cara, Araceli López-Tejada, Carmen Griñán-Lisón, Francesco Aulicino, Imre Berger, Juan A. Marchal, Violeta Delgado-Almenta, Sergio Granados-Principal
Publié dans: Biomedicine & Pharmacotherapy, Numéro 174, 2026, Page(s) 116439, ISSN 0753-3322
Éditeur: Elsevier Masson
DOI: 10.1016/j.biopha.2024.116439

Microfluidic production and characterization of biofunctionalized giant unilamellar vesicles for targeted intracellular cargo delivery

Auteurs: Oskar Staufer, Silvia Antona, Dennis Zhang, Júlia Csatári, Martin Schröter, Jan-Willi Janiesch, Sebastian Fabritz, Imre Berger, Ilia Platzman, Joachim P. Spatz
Publié dans: Biomaterials, Numéro 264, 2025, Page(s) 120203, ISSN 0142-9612
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.biomaterials.2020.120203

The MultiBac BEVS: Basics, applications, performance and recent developments

Auteurs: Barbara Gorda, Christine Toelzer, Francesco Aulicino, Imre Berger
Publié dans: Methods in Enzymology, Numéro 00766879, 2021, Page(s) 129-154, ISSN 0076-6879
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/bs.mie.2021.06.018

The free fatty acid–binding pocket is a conserved hallmark in pathogenic β-coronavirus spike proteins from SARS-CoV to Omicron

Auteurs: Christine Toelzer, Kapil Gupta, Sathish K. N. Yadav, Lorna Hodgson, Maia Kavanagh Williamson, Dora Buzas, Ufuk Borucu, Kyle Powers, Richard Stenner, Kate Vasileiou, Frederic Garzoni, Daniel Fitzgerald, Christine Payré, Gunjan Gautam, Gérard Lambeau, Andrew D. Davidson, Paul Verkade, Martin Frank, Imre Berger, Christiane Schaffitzel
Publié dans: Science Advances, Numéro 8, 2024, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adc9179

Synthetic Virus-Derived Nanosystems (SVNs) for Delivery and Precision Docking of Large Multifunctional DNA Circuitry in Mammalian Cells

Auteurs: Francesco Aulicino, Julien Capin, Imre Berger
Publié dans: Pharmaceutics, Numéro 12/8, 2020, Page(s) 759, ISSN 1999-4923
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pharmaceutics12080759

Highly efficient CRISPR-mediated large DNA docking and multiplexed prime editing using a single baculovirus

Auteurs: Francesco Aulicino; Martin Pelosse; Christine Toelzer; Julien Capin; Erwin Ilegems; Parisa Meysami; Ruth Rollarson; Per-Olof Berggren; Mark Simon Dillingham; Christiane Schaffitzel; Moin A Saleem; Gavin I Welsh; Imre Berger
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 50/13, 2022, Page(s) 7783–7799, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac587

Cryo-EM reveals binding of linoleic acid to SARS-CoV-2 spike glycoprotein, suggesting an antiviral treatment strategy

Auteurs: Christine Toelzer, Kapil Gupta, Imre Berger, Christiane Schaffitzel
Publié dans: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Numéro 79, 2025, Page(s) 111-121, ISSN 2059-7983
Éditeur: International Union of Crystallography (IUCr)
DOI: 10.1107/s2059798323000049

<i>In vitro</i> generated antibodies guide thermostable ADDomer nanoparticle design for nasal vaccination and passive immunization against SARS-CoV-2

Auteurs: Dora Buzas; Adrian H Bunzel; Oskar Staufer; Emily J Milodowski; Grace L Edmunds; Joshua C Bufton; Beatriz V Vidana Mateo; Sathish K N Yadav; Kapil Gupta; Charlotte Fletcher; Maia K Williamson; Alexandra Harrison; Ufuk Borucu; Julien Capin; Ore Francis; Georgia Balchin; Sophie Hall; Mirella V Vega; Fabien Durbesson; Srikanth Lingappa; Renaud Vincentelli; Joe Roe; Linda Wooldridge; Rachel Burt; Ross
Publié dans: Antibody Therapeutics, Numéro 6, 2023, Page(s) 277–297, ISSN 2516-4236
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/abt/tbad024

Thesis and dissertations (3)

SynBac: minimal synthetic baculovirus genomes

Auteurs: Barbara Gorda
Publié dans: 2022, Page(s) Entire Thesis
Éditeur: University of Bristol

A Baculoviral ‘Swag Bag’ Protein and DNA Delivery Toolkit for CRISPR-based Editing of Human Genomes

Auteurs: Julien Capin
Publié dans: 2022, Page(s) Entire Thesis
Éditeur: University of Bristol

Harnessing Baculoviruses for Gene Therapy: A Protein Delivery ApproachAlexandra Harrison

Auteurs: Alexandra Harrison
Publié dans: 2024
Éditeur: University of Bristol

Book chapters (2)

FRET-Based Sensor for Measuring Adenine Nucleotide Binding to AMPK

Auteurs: Roland Abi Nahed, Martin Pelosse, Francesco Aulicino, Florine Cottaz, Imre Berger, Uwe Schlattner
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Nutrient Sensing in Eukaryotes, 2025, Page(s) 15-45
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-4284-9_2

Assembly of Baculovirus Vectors for Multiplexed Prime Editing

Auteurs: Francesco Aulicino, Renata A. Raele, Alexandra Harrison, Imre Berger
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Baculovirus, 2024, Page(s) 301-327
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3961-0_24

Other (2)

Antibodies generated <i>in vitro</i> and <i>in vivo</i> elucidate design of a thermostable ADDomer COVID-19 nasal nanoparticle vaccine

Auteurs: Dora Buzas, H Adrian Bunzel, Oskar Staufer, Emily J Milodowski, Grace L Edmunds, Joshua C Bufton, Beatriz V Vidana Mateo, Sathish K N Yadav, Kapil Gupta, Charlotte Fletcher, Maia Kavanagh Williamson, Alexandra Harrison, Ufuk Borucu, Julien Capin, Ore Francis, Georgia Balchin, Sophie Hall, Mirella Vivoli Vega, Fabien Durbesson, Renaud Vincentelli, Joe Roe, Linda Wooldridge, Rachel Burt, J L Ross An
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2023.03.17.533092

Baculovirus-vectored precision delivery of large DNA cargoes in human genomes

Auteurs: Francesco Aulicino, Martin Pelosse, Christine Toelzer, Julien Capin, Parisa Meysami, Mark Simon Dillingham, Christiane Schaffitzel, Imre Berger
Publié dans: 2026
Éditeur: openRxiv
DOI: 10.1101/2020.08.17.253898