Projektbeschreibung
Wie eine Stammzelle zur Nervenzelle wird
Das Humangenomprojekt hat alle im Genom des Menschen vorhandenen Gene identifiziert und eine Liste von Bausteinen geliefert, die uns erst zum Menschen machen. Wie diese Blöcke kombiniert werden, etwa, welche Gene wann und in welchen Zellen exprimiert werden, ist jedoch von entscheidender Bedeutung, um Funktionen bestimmen zu können. Besonders wichtig ist es während der Differenzierung von Stammzellen. Das EU-finanzierte Projekt SCAPA plant, seinen Teil zu dem Puzzle hinzuzufügen und Licht in die Genexpression bei der Differenzierung von Nervenzellen zu bringen. Die Wissenschaftlergruppe setzt Hightech-Verfahren ein, um einen bekannten Signalweg zu verfolgen, der die Genexpression, die alternative Polyadenylierung, steuert und die Verfügbarkeit von RNA-Bindungsstellen beeinflussen kann. Die Analysen könnten Hinweise auf molekulare Zielstrukturen geben, welche die Genexpression während der Neuronenentwicklung steuern. Hier liegen spannende Möglichkeiten für neue Therapien verborgen.
Ziel
Understanding how stem cells differentiate into the myriad of cell types that compose an organism is a fundamental question in biomedical sciences. The recent development of single-cell transcriptomic techniques has already allowed the study of the cell composition of organs and tissues, developmental stages, and even whole adult organisms. Yet, in most cases, these studies are primarily descriptive and often provide little insight into the mechanisms regulating gene expression during cell differentiation.
Here, I propose to study the role of alternative polyadenylation (APA) and associated RNA binding proteins (RBPs) in neuronal differentiation. For this purpose, I will: (i) develop new computational tools to detect and quantify APA events from single-cell transcriptomics data; and (ii) perform a single-cell-based functional CRISPR screen. The results obtained from this study will provide an in depth analysis of the changes in gene expression and APA during neuronal differentiation at a single cell resolution and identify dozens of APA targets specifically associated with individual RBPs.
Together, this study will provide a solid molecular knowledge of the role of APA in neural differentiation, enabling the development of new personalized medicine therapies, which is in compliance with the Horizon H2020 Health demographic change and wellbeing programme.
Wissenschaftliches Gebiet
- social sciencessociologydemography
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health scienceshealth sciencespersonalized medicine
- natural sciencesmathematicspure mathematicsmathematical analysisfunctional analysis
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsRNA
Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
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