Descrizione del progetto
Seguire una cellula staminale nel suo viaggio per diventare un neurone
Il Progetto genoma umano ha identificato tutti i geni presenti nel genoma umano, fornendo un elenco degli elementi costitutivi che ci rendono umani. Tuttavia, come questi blocchi vengono combinati, quali geni vengono espressi quando e in quali cellule, è fondamentale per identificare le funzioni ed è particolarmente importante durante la differenziazione delle cellule staminali. Il progetto SCAPA, finanziato dall’UE, prevede di aggiungere il proprio pezzo al puzzle, facendo luce sull’espressione genica durante la differenziazione delle cellule neuronali. Gli scienziati stanno utilizzando metodi ad alta tecnologia per tracciare un percorso ben noto che controlla l’espressione genica, la poliadenilazione alternativa, che può influenzare la disponibilità dei siti di legame dell’RNA. Le analisi potrebbero puntare verso bersagli molecolari che controllano l’espressione genica durante lo sviluppo dei neuroni con un potenziale eccitante per nuove terapie.
Obiettivo
Understanding how stem cells differentiate into the myriad of cell types that compose an organism is a fundamental question in biomedical sciences. The recent development of single-cell transcriptomic techniques has already allowed the study of the cell composition of organs and tissues, developmental stages, and even whole adult organisms. Yet, in most cases, these studies are primarily descriptive and often provide little insight into the mechanisms regulating gene expression during cell differentiation.
Here, I propose to study the role of alternative polyadenylation (APA) and associated RNA binding proteins (RBPs) in neuronal differentiation. For this purpose, I will: (i) develop new computational tools to detect and quantify APA events from single-cell transcriptomics data; and (ii) perform a single-cell-based functional CRISPR screen. The results obtained from this study will provide an in depth analysis of the changes in gene expression and APA during neuronal differentiation at a single cell resolution and identify dozens of APA targets specifically associated with individual RBPs.
Together, this study will provide a solid molecular knowledge of the role of APA in neural differentiation, enabling the development of new personalized medicine therapies, which is in compliance with the Horizon H2020 Health demographic change and wellbeing programme.
Campo scientifico
- social sciencessociologydemography
- medical and health sciencesmedical biotechnologycells technologiesstem cells
- medical and health scienceshealth sciencespersonalized medicine
- natural sciencesmathematicspure mathematicsmathematical analysisfunctional analysis
- natural sciencesbiological sciencesgeneticsRNA
Parole chiave
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinatore
08003 Barcelona
Spagna