Description du projet
Disséquer l’immunité bactérienne
Pour échapper à l’infection par des virus (bactériophages), les bactéries ont développé une batterie de mécanismes de défense. L’objectif principal du projet PredProkDef, financé par l’UE, est de comprendre quand les bactéries utilisent chaque stratégie. Les chercheurs suivront une approche multidisciplinaire comprenant des techniques d’écologie et de métagénomique pour étudier l’immunité microbienne. L’importance de ces connaissances est double puisqu’elles peuvent être employées pour protéger les bactéries utilisées dans les applications biotechnologiques par exemple. Dans le même temps, les bactériophages représentent une avenue thérapeutique pour surmonter la crise actuelle de résistance aux antibiotiques. Les informations générées pourraient donc être exploitées comme stratégie antimicrobienne.
Objectif
Bacteria are crucial for health, nutrient cycling and biotechnology but face a constant pressure from the viruses that infect them (phages). As such, bacteria have evolved a sophisticated suite of defence mechanisms that allow them to evade phages. These defence mechanisms can be classified into two basic classes: selfish or altruistic. A selfish system protects individuals, whereas an altruistic system protects the population. Interestingly, the distribution of this defensive arsenal is uneven, with large variations in the types carried, even among closely related species. This proposal aims to understand the basis of this distribution by using a multi-disciplinary approach that combines the precision of a model laboratory system with cutting-edge metagenomics techniques.
Specifically, I will use abortive infection as a model for altruistic defence and CRISPR as a model for selfish defence and test the role of spatial structure in determining the abundance of each type. High spatial structure is predicted to be a key determinant of altruistic defences as it results in proximate bacteria being closely related. I will then apply the findings from the first objectives to classify a novel, recently discovered, defence system. Together, these results will enable researchers to better understand microbial immunity, with key consequences for industry and healthcare.
The outgoing phase will take place at the University of Otago, New Zealand, using molecular biology expertise in abortive infection and CRISPR systems. The return phase will take place at the University of Exeter, UK, benefitting from expertise in ecology and evolution. The proposed project will allow me to complement my strong background in genomics and ecology with molecular biology and novel bioinformatic approaches. By working in two world-class research laboratories I will further develop independence and a strong collaborative network for the future.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinateur
EX4 4QJ Exeter
Royaume-Uni