Descrizione del progetto
Analizzare l’immunità batterica
Per eludere l’infezione da parte dei virus (batteriofagi), i batteri hanno sviluppato una serie di meccanismi di difesa. La comprensione del momento in cui i batteri impiegano ciascuna di queste strategie è l’obiettivo principale del progetto PredProkDef, finanziato dall’UE. I ricercatori adotteranno un approccio multidisciplinare che prevede tecniche di ecologia e metagenomica per approfondire l’immunità microbica. L’importanza di queste conoscenze è duplice, in quanto può essere utilizzata per proteggere i batteri impiegati, ad esempio, nelle applicazioni di biotecnologia. Al tempo stesso, i batteriofagi rappresentano un’opzione terapeutica per superare l’attuale crisi di resistenza agli antibiotici, per cui le informazioni generate potrebbero essere sfruttate come strategia antibatterica.
Obiettivo
Bacteria are crucial for health, nutrient cycling and biotechnology but face a constant pressure from the viruses that infect them (phages). As such, bacteria have evolved a sophisticated suite of defence mechanisms that allow them to evade phages. These defence mechanisms can be classified into two basic classes: selfish or altruistic. A selfish system protects individuals, whereas an altruistic system protects the population. Interestingly, the distribution of this defensive arsenal is uneven, with large variations in the types carried, even among closely related species. This proposal aims to understand the basis of this distribution by using a multi-disciplinary approach that combines the precision of a model laboratory system with cutting-edge metagenomics techniques.
Specifically, I will use abortive infection as a model for altruistic defence and CRISPR as a model for selfish defence and test the role of spatial structure in determining the abundance of each type. High spatial structure is predicted to be a key determinant of altruistic defences as it results in proximate bacteria being closely related. I will then apply the findings from the first objectives to classify a novel, recently discovered, defence system. Together, these results will enable researchers to better understand microbial immunity, with key consequences for industry and healthcare.
The outgoing phase will take place at the University of Otago, New Zealand, using molecular biology expertise in abortive infection and CRISPR systems. The return phase will take place at the University of Exeter, UK, benefitting from expertise in ecology and evolution. The proposed project will allow me to complement my strong background in genomics and ecology with molecular biology and novel bioinformatic approaches. By working in two world-class research laboratories I will further develop independence and a strong collaborative network for the future.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinatore
EX4 4QJ Exeter
Regno Unito