EMBL Interdisciplinary Postdoc Programme 4

Projektinformationen

EIPOD4

ID Finanzhilfevereinbarung: 847543

DOI

10.3030/847543

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 7 Mai 2019

Startdatum 1 Dezember 2019

Enddatum 31 Mai 2025

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 13 240 800,00

EU-Beitrag

€ 6 620 400,00

Koordiniert durch

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (35)

Mislocalization of pathogenic RBM20 variants in dilated cardiomyopathy is caused by loss-of-interaction with Transportin-3

Autoren: Julia Kornienko, Marta Rodríguez-Martínez, Kai Fenzl, Florian Hinze, Daniel Schraivogel, Markus Grosch, Brigit Tunaj, Dominik Lindenhofer, Laura Schraft, Moritz Kueblbeck, Eric Smith, Chad Mao, Emily Brown, Anjali Owens, Ardan M. Saguner, Benjamin Meder, Victoria Parikh, Michael Gotthardt, Lars M. Steinmetz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-39965-6

Chromatin enables precise and scalable gene regulation with factors of limited specificity

Autoren: Mindy Liu Perkins, Justin Crocker, Gašper Tkačik
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 122, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2411887121

MosaiCatcher v2: a single-cell structural variations detection and analysis reference framework based on Strand-seq

Autoren: Thomas Weber, Marco Raffaele Cosenza, Jan Korbel
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad633

Variable microtubule architecture in the malaria parasite

Autoren: Josie L. Ferreira, Vojtěch Pražák, Daven Vasishtan, Marc Siggel, Franziska Hentzschel, Annika M. Binder, Emma Pietsch, Jan Kosinski, Friedrich Frischknecht, Tim W. Gilberger, Kay Grünewald
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36627-5

A ubiquitin-specific, proximity-based labeling approach for the identification of ubiquitin ligase substrates

Autoren: Urbi Mukhopadhyay, Sophie Levantovsky, Teresa Maria Carusone, Sarah Gharbi, Frank Stein, Christian Behrends, Sagar Bhogaraju
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 10, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adp3000

Decipher enzymes from human microbiota for drug discovery and development

Autoren: Mariia A. Beliaeva, Matthias Wilmanns, Michael Zimmermann
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 80, 2024, Seite(n) 102567, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2023.102567

Understanding the interplay of membrane trafficking, cell surface mechanics, and stem cell differentiation

Autoren: Jia Hui Li, Vikas Trivedi, Alba Diz-Muñoz
Veröffentlicht in: Seminars in Cell & Developmental Biology, Ausgabe 133, 2024, Seite(n) 123-134, ISSN 1084-9521
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.semcdb.2022.05.010

A synthetic synthesis to explore animal evolution and development

Autoren: Mindy Liu Perkins, Lautaro Gandara, Justin Crocker
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 377, 2023, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2020.0517

Sensing their plasma membrane curvature allows migrating cells to circumvent obstacles

Autoren: Ewa Sitarska, Silvia Dias Almeida, Marianne Sandvold Beckwith, Julian Stopp, Jakub Czuchnowski, Marc Siggel, Rita Roessner, Aline Tschanz, Christer Ejsing, Yannick Schwab, Jan Kosinski, Michael Sixt, Anna Kreshuk, Anna Erzberger, Alba Diz-Muñoz
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-41173-1

A novel subgroup of light-driven sodium pumps with an additional Schiff base counterion

Autoren: E. Podoliak, G. H. U. Lamm, A. Alekseev, E. Marin, A. V. Schellbach, D. A. Fedotov, A. Stetsenko, N. Maliar, G. Bourenkov, T. Balandin, C. Baeken, R. Astashkin, T. R. Schneider, A. Bateman, J. Wachtveitl, I. Schapiro, V. Busskamp, A. Guskov, V. Gordeliy, K. Kovalev
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2023.10.11.561842

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals II: Applying libraries for functional genetics

Autoren: Carlos Geert Pieter Voogdt, Surya Tripathi, Stefan Oliver Bassler, Saria A. McKeithen-Mead, Emma R. Guiberson, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Cullen Buie, Michael Zimmermann, Justin L. Sonnenburg, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 113519, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113519

High-precision targeting workflow for volume electron microscopy

Autoren: Paolo Ronchi ORCID logo , Giulia Mizzon ORCID logo , Pedro Machado ORCID logo , Edoardo D’Imprima ORCID logo , Benedikt T. Best, Lucia Cassella ORCID logo , Sebastian Schnorrenberg, Marta G. Montero ORCID logo , Martin Jechlinger ORCID logo , Anne Ephrussi ORCID logo , Maria Leptin ORCID logo , Julia Mahamid ORCID logo , Yannick Schwab
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, Ausgabe June 23, 2021 220(9), 2021, Seite(n) e202104069, ISSN 1540-8140
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.202104069

Rapid response of fly populations to gene dosage across development and generations

Autoren: Xueying C. Li, Lautaro Gandara, Måns Ekelöf, Kerstin Richter, Theodore Alexandrov, Justin Crocker
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.09.28.509860

Flow in fetoplacental-like microvessels in vitro enhances perfusion, barrier function, and matrix stability

Autoren: Marta Cherubini, Scott Erickson, Prasanna Padmanaban, Per Haberkant, Frank Stein, Violeta Beltran-Sastre, Kristina Haase
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 9, 2024, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/sciadv.adj8540

Modular control of vertebrate axis segmentation in time and space

Autoren: Ali Seleit, Ian Brettell, Tomas Fitzgerald, Carina Vibe, Felix Loosli, Joachim Wittbrodt, Kiyoshi Naruse, Ewan Birney, Alexander Aulehla
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 4068-4091, ISSN 1460-2075
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44318-024-00186-2

Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones

Autoren: Stephanie Cheung, Danila Bredikhin, Tobias Gerber, Petrus J. Steenbergen, Soham Basu, Richard Bailleul, Pauline Hansen, Alexandre Paix, Matthew A. Benton, Hendrik C. Korswagen, Detlev Arendt, Oliver Stegle, Aissam Ikmi
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 60, 2025, Seite(n) 780-793.e7, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2024.11.001

Enhancer architecture and chromatin accessibility constrain phenotypic space during Drosophila development

Autoren: Rafael Galupa, Gilberto Alvarez-Canales, Noa Ottilie Borst, Timothy Fuqua, Lautaro Gandara, Natalia Misunou, Kerstin Richter, Mariana R.P. Alves, Esther Karumbi, Melinda Liu Perkins, Tin Kocijan, Christine A. Rushlow, Justin Crocker
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 58, 2024, Seite(n) 51-62.e4, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2022.12.003

Structural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors

Autoren: Michal Razew, Angelique Fraudeau, Moritz M. Pfleiderer, Romain Linares, Wojciech P. Galej
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 84, 2024, Seite(n) 2542-2552.e5, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.05.009

Light and electron microscopy continuum-resolution imaging of 3D cell cultures

Autoren: Edoardo D’Imprima, Marta Garcia Montero, Sylwia Gawrzak, Paolo Ronchi, Ievgeniia Zagoriy, Yannick Schwab, Martin Jechlinger, Julia Mahamid
Veröffentlicht in: Developmental Cell, 2024, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2021.07.02.450855

Developmental phenomics suggests that H3K4 monomethylation confers multi-level phenotypic robustness

Autoren: Lautaro Gandara, Albert Tsai, Måns Ekelöf, Rafael Galupa, Ella Preger-Ben Noon, Theodore Alexandrov, Justin Crocker
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 41, 2024, Seite(n) 111832, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2022.111832

The molecular dissection of TRIM25’s RNA-binding mechanism provides key insights into its antiviral activity

Autoren: Lucía Álvarez, Kevin Haubrich, Louisa Iselin, Laurent Gillioz, Vincenzo Ruscica, Karine Lapouge, Sandra Augsten, Ina Huppertz, Nila Roy Choudhury, Bernd Simon, Pawel Masiewicz, Mathilde Lethier, Stephen Cusack, Katrin Rittinger, Frank Gabel, Alexander Leitner, Gracjan Michlewski, Matthias W. Hentze, Frédéric H. T. Allain, Alfredo Castello, Janosch Hennig
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52918-x

USP7/Maged1-mediated H2A monoubiquitination in the paraventricular thalamus: an epigenetic mechanism involved in cocaine use disorder

Autoren: Julian Cheron, Leonardo Beccari, Perrine Hagué, Romain Icick, Chloé Despontin, Teresa Carusone, Matthieu Defrance, Sagar Bhogaraju, Elena Martin-Garcia, Roberto Capellan, Rafael Maldonado, Florence Vorspan, Jérôme Bonnefont, Alban de Kerchove d’Exaerde
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44120-2

Endogenous protein tagging in medaka using a simplified CRISPR/Cas9 knock-in approach

Autoren: Ali Seleit, Alexander Aulehla, Alexandre Paix
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.75050

Plasticity of the binding pocket in peptide transporters underpins promiscuous substrate recognition

Autoren: Vadim Kotov, Maxime Killer, Katharina E.J. Jungnickel, Jian Lei, Giada Finocchio, Josi Steinke, Kim Bartels, Jan Strauss, Florine Dupeux, Anne-Sophie Humm, Irina Cornaciu, José A. Márquez, Els Pardon, Jan Steyaert, Christian Löw
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 42, 2025, Seite(n) 112831, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112831

Randomly barcoded transposon mutant libraries for gut commensals I: Strategies for efficient library construction

Autoren: Surya Tripathi, Carlos Geert Pieter Voogdt, Stefan Oliver Bassler, Mary Anderson, Po-Hsun Huang, Nazgul Sakenova, Tümay Capraz, Sunit Jain, Alexandra Koumoutsi, Afonso Martins Bravo, Valentine Trotter, Michael Zimmerman, Justin L. Sonnenburg, Cullen Buie, Athanasios Typas, Adam M. Deutschbauer, Anthony L. Shiver, Kerwyn Casey Huang
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 43, 2024, Seite(n) 113517, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.113517

Ribosomes hibernate on mitochondria during cellular stress

Autoren: Olivier Gemin, Maciej Gluc, Higor Rosa, Michael Purdy, Moritz Niemann, Yelena Peskova, Simone Mattei, Ahmad Jomaa
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52911-4

Pulsed stimulated Brillouin microscopy enables high-sensitivity mechanical imaging of live and fragile biological specimens

Autoren: Fan Yang, Carlo Bevilacqua, Sebastian Hambura, Ana Neves, Anusha Gopalan, Koki Watanabe, Matt Govendir, Maria Bernabeu, Jan Ellenberg, Alba Diz-Muñoz, Simone Köhler, Georgia Rapti, Martin Jechlinger, Robert Prevedel
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 1971-1979, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-02054-z

Induction of territorial behavior and dominance hierarchies in laboratory mice

Autoren: Dorian Battivelli, Lucas Boldrini, Mohit Jaiswal, Pradnya Patil, Sofia Torchia, Elizabeth Engelen, Luca Spagnoletti, Sarah Kaspar, Cornelius T. Gross
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.21203/rs.3.rs-4617383/v1

ColabSeg: An interactive tool for editing, processing, and visualizing membrane segmentations from cryo-ET data

Autoren: Marc Siggel, Rasmus K. Jensen, Valentin J. Maurer, Julia Mahamid, Jan Kosinski
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 216, 2024, Seite(n) 108067, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jsb.2024.108067

Single-cell ultra-high-throughput multiplexed chromatin and RNA profiling reveals gene regulatory dynamics

Autoren: Sara Lobato-Moreno, Umut Yildiz, Annique Claringbould, Nila H. Servaas, Evi P. Vlachou, Christian Arnold, Hanke Gwendolyn Bauersachs, Víctor Campos-Fornés, Minyoung Kim, Ivan Berest, Karin D. Prummel, Kyung-Min Noh, Mikael Marttinen, Judith B. Zaugg
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 22, 2025, Seite(n) 1213-1225, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-025-02700-8

AlphaDesign: a de novo protein design framework based on AlphaFold

Autoren: Michael A Jendrusch, Alessio L J Yang, Elisabetta Cacace, Jacob Bobonis, Carlos G P Voogdt, Sarah Kaspar, Kristian Schweimer, Cecilia Perez-Borrajero, Karine Lapouge, Jacob Scheurich, Kim Remans, Janosch Hennig, Athanasios Typas, Jan O Korbel, S Kashif Sadiq
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, 2025, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44320-025-00119-z

Glycolytic activity instructs germ layer proportions through regulation of Nodal and Wnt signaling

Autoren: Kristina S. Stapornwongkul, Elisa Hahn, Patryk Poliński, Laura Salamó Palau, Krisztina Arató, LiAng Yao, Kate Williamson, Nicola Gritti, Kerim Anlas, Mireia Osuna Lopez, Kiran R. Patil, Idse Heemskerk, Miki Ebisuya, Vikas Trivedi
Veröffentlicht in: Cell Stem Cell, Ausgabe 32, 2025, Seite(n) 744-758.e7, ISSN 1934-5909
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2025.03.011

Mechanisms of inward transmembrane proton translocation

Autoren: Kirill Kovalev, Fedor Tsybrov, Alexey Alekseev, Vitaly Shevchenko, Dmytro Soloviov, Sergey Siletsky, Gleb Bourenkov, Michael Agthe, Marina Nikolova, David von Stetten, Roman Astashkin, Sergey Bukhdruker, Igor Chizhov, Antoine Royant, Alexander Kuzmin, Ivan Gushchin, Riccardo Rosselli, Francisco Rodriguez-Valera, Nikolay Ilyinskiy, Andrey Rogachev, Valentin Borshchevskiy, Thomas R. Schneider, Ernst
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 30, 2023, Seite(n) 970-979, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-023-01020-9

Direct observation of motor protein stepping in living cells using MINFLUX

Autoren: Takahiro Deguchi, Malina K. Iwanski, Eva-Maria Schentarra, Christopher Heidebrecht, Lisa Schmidt, Jennifer Heck, Tobias Weihs, Sebastian Schnorrenberg, Philipp Hoess, Sheng Liu, Veronika Chevyreva, Kyung-Min Noh, Lukas C. Kapitein, Jonas Ries
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 379, 2024, Seite(n) 1010-1015, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade2676

A combinatorial approach to uncover an additional Integrator subunit

Autoren: Sarah R. Offley, Moritz M. Pfleiderer, Avery Zucco, Angelique Fraudeau, Sarah A. Welsh, Michal Razew, Wojciech P. Galej, Alessandro Gardini
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 42, 2024, Seite(n) 112244, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112244

Non-peer reviewed articles (1)

Zooming into lipid droplet biology through the lens of electron microscopy

Autoren: Wioleta Dudka, Veijo T. Salo, Julia Mahamid
Veröffentlicht in: FEBS Letters, Ausgabe 598, 2025, Seite(n) 1127-1142, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14899