Deciphering the cellular origin and evolution of malignant rhabdoid tumors

Informations projet

RhabdoEvo

N° de convention de subvention: 850571

DOI

10.3030/850571

Projet clôturé

Date de signature de la CE 26 Novembre 2019

Date de début 1 Decembre 2019

Date de fin 31 Mai 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

PRINSES MAXIMA CENTRUM VOOR KINDERONCOLOGIE BV
Netherlands

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Open Research Data Pilot

Publications

Peer reviewed articles (15)

Organoid models of childhood kidney tumours

Auteurs: Ariadne H. A. G. Ooms, Camilla Calandrini, Ronald R. de Krijger, Jarno Drost
Publié dans: Nature Reviews Urology, Numéro 17, 2023, Page(s) 311-313, ISSN 1759-4812
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41585-020-0315-y

In vitro Modeling of Embryonal Tumors

Auteurs: Lars Custers, Irene Paassen, Jarno Drost
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro February 2021 | Volume 9 | Article 640633, 2021, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2021.640633

Normal and tumor-derived organoids as a drug screening platform for tumor-specific drug vulnerabilities

Auteurs: Camilla Calandrini, Jarno Drost
Publié dans: STAR Protocols, Numéro Volume 3, Numéro 1, 18 March 2022, 2022, ISSN 2666-1667
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.101079

Atypical teratoid/rhabdoid tumoroids reveal subgroup-specific drug vulnerabilities

Auteurs: Irene Paassen, Justin Williams, Carla Ríos Arceo, Femke Ringnalda, Kimberly Shea Mercer, Juliane L. Buhl, Natalia Moreno, Aniello Federico, Niels E. Franke, Mariette Kranendonk, Santhosh A. Upadhyaya, Kornelius Kerl, Marc van de Wetering, Hans Clevers, Marcel Kool, Eelco W. Hoving, Martine F. Roussel, Jarno Drost
Publié dans: Oncogene, Numéro 42, 2023, Page(s) 1661-1671, ISSN 0950-9232
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41388-023-02681-y

Generation of Human Kidney Tubuloids from Tissue and Urine

Auteurs: Camilla Calandrini, Jarno Drost
Publié dans: The Journal of Visualized Experiments, 2021, ISSN 1940-087X
Éditeur: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62404

Single-cell transcriptomics reveals immune suppression and cell states predictive of patient outcomes in rhabdomyosarcoma

Auteurs: Jeff DeMartino, Michael T. Meister, Lindy L. Visser, Mariël Brok, Marian J. A. Groot Koerkamp, Amber K. L. Wezenaar, Laura S. Hiemcke-Jiwa, Terezinha de Souza, Johannes H. M. Merks, Anne C. Rios, Frank C. P. Holstege, Thanasis Margaritis, Jarno Drost
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38886-8

Single cell derived mRNA signals across human kidney tumors

Auteurs: Matthew D. Young, Thomas J. Mitchell, Lars Custers, Thanasis Margaritis, Francisco Morales-Rodriguez, Kwasi Kwakwa, Eleonora Khabirova, Gerda Kildisiute, Thomas R. W. Oliver, Ronald R. de Krijger, Marry M. van den Heuvel-Eibrink, Federico Comitani, Alice Piapi, Eva Bugallo-Blanco, Christine Thevanesan, Christina Burke, Elena Prigmore, Kirsty Ambridge, Kenny Roberts, Felipe A. Vieira Braga, Tim H.
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23949-5

An engineered tumor organoid model reveals cellular identity and signaling trajectories underlying SFPQ-TFE3 driven translocation RCC

Auteurs: Maroussia M.P. Ganpat, Francisco Morales-Rodriguez, Nhung Pham, Philip Lijnzaad, Terezinha de Souza, Sepide Derakhshan, Arianna Fumagalli, Peter Zeller, Aleksandra Balwierz, Dilara Ayyildiz, Marry M. van den Heuvel-Eibrink, Ronald R. de Krijger, Alexander van Oudenaarden, Thanasis Margaritis, Susana M. Chuva de Sousa Lopes, Jarno Drost
Publié dans: iScience, Numéro 28, 2025, Page(s) 112122, ISSN 2589-0042
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.isci.2025.112122

Somatic mutations and single-cell transcriptomes reveal the root of malignant rhabdoid tumours

Auteurs: Lars Custers, Eleonora Khabirova, Tim H. H. Coorens, Thomas R. W. Oliver, Camilla Calandrini, Matthew D. Young, Felipe A. Vieira Braga, Peter Ellis, Lira Mamanova, Heidi Segers, Arie Maat, Marcel Kool, Eelco W. Hoving, Marry M. van den Heuvel-Eibrink, James Nicholson, Karin Straathof, Liz Hook, Ronald R. de Krijger, Claire Trayers, Kieren Allinson, Sam Behjati, Jarno Drost
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21675-6

Organoid-based drug screening reveals neddylation as therapeutic target for malignant rhabdoid tumors

Auteurs: Camilla Calandrini, Sander R. van Hooff, Irene Paassen, Dilara Ayyildiz, Sepide Derakhshan, M. Emmy M. Dolman, Karin P.S. Langenberg, Marieke van de Ven, Cecilia de Heus, Nalan Liv, Marcel Kool, Ronald R. de Krijger, Godelieve A.M. Tytgat, Marry M. van den Heuvel-Eibrink, Jan J. Molenaar, Jarno Drost
Publié dans: Cell Reports, Numéro AUGUST 24, 2021, 2021, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.109568

Bridging the gap: advancing cancer cell culture to reveal key metabolic targets

Auteurs: Marjolein M. G. Kes, Celia R. Berkers, Jarno Drost
Publié dans: Frontiers in Oncology, Numéro 14, 2024, ISSN 2234-943X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2024.1480613

Integration of multiple lineage measurements from the same cell reconstructs parallel tumor evolution

Auteurs: Lennart Kester, Buys de Barbanson, Anna Lyubimova, Li-Ting Chen, Valérie van der Schrier, Anna Alemany, Dylan Mooijman, Josi Peterson-Maduro, Jarno Drost, Jeroen de Ridder, Alexander van Oudenaarden
Publié dans: Cell Genomics, 2022, ISSN 2666-979X
Éditeur: CellPress
DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100096

Mesenchymal tumor organoid models recapitulate rhabdomyosarcoma subtypes

Auteurs: Meister, M.T., Groot Koerkamp, M.J.A., de Souza, T., Breunis, W.B., Frazer-Mendelewska, E., Brok, M., DeMartino, J., Manders, F., Calandrini, C., Kerstens, H.H.D., Janse, A., Dolman, M.E.M., Eising, S., Langenberg, K.P.S., van Tuil, M., Knops, R.R.G., van Scheltinga, S.T., Hiemcke-Jiwa, L.S., Flucke, U., Merks, J.H.M., van Noesel, M.M., Tops, B.B.J., Hehir-Kwa, J.Y., Kemmeren, P., Molenaar, J.J.,
Publié dans: EMBO Molecular Medicine, 2022, ISSN 1757-4676
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202216001

SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors.

Auteurs: Ning Qing Liu, Irene Paassen, Lars Custers, Peter Zeller, Hans Teunissen, Dilara Ayyildiz, Jiayou He, Juliane Laura Buhl, Eelco Wieger Hoving, Alexander van Oudenaarden, Elzo de Wit, Jarno Drost.
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43498-3

High resolution clonal architecture of hypomutated Wilms tumours

Auteurs: Henry Lee-Six, Taryn D. Treger, Manas Dave, Tim HH Coorens, Nathaniel D. Anderson, Yvonne Tiersma, Sepide Derakhshan, Sanne de Haan, Marry M. van den Heuvel-Eibrink, Yichen Wang, Anna Wenger, Reem Al-Saadi, Alice Lawford, Aleksandra Letunovska, Jenny Wegert, Conor Parks, Guillaume Morcrette, Manfred Gessler, Gordan Vujanic, Tanzina Chowdhury, Maureen J O’Sullivan, Ronald R. de Krijger, Michael R
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59854-4