Optimization and historical contingency in living systems: a biophysical approach

Projektinformationen

OptimHist

ID Finanzhilfevereinbarung: 851173

DOI

10.3030/851173

EK-Unterschriftsdatum 13 November 2019

Startdatum 1 März 2020

Enddatum 28 Februar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 498 214,00

EU-Beitrag

€ 1 498 214,00

Koordiniert durch

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (15)

Pairing interacting protein sequences using masked language modeling

Autoren: Umberto Lupo, Damiano Sgarbossa, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2023.08.14.553209

Frequent asymmetric migrations suppress natural selection in spatially structured populations

Autoren: Alia Abbara, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: PNAS Nexus, 2024, ISSN 2752-6542
Herausgeber: Oxford University Press on behalf of the National Academy of Sciences
DOI: 10.1101/2023.06.19.545559

Extracting phylogenetic dimensions of coevolution reveals hidden functional signals

Autoren: Colavin, Alexandre; Atolia, Esha; Bitbol, Anne-Florence; Huang, Kerwyn Casey
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 20452322, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04260-1

Interactions between pili affect the outcome of bacterial competition driven by the type VI secretion system

Autoren: Simon B. Otto, Richard Servajean, Alexandre Lemopoulos, Anne-Florence Bitbol, Melanie Blokesch
Veröffentlicht in: Current Biology, 2023, ISSN 0960-9822
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1101/2023.10.25.564063

Protein language models trained on multiple sequence alignments learn phylogenetic relationships

Autoren: Umberto Lupo, Damiano Sgarbossa, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 20411723, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34032-y

Hydrodynamic flow and concentration gradients in the gut enhance neutral bacterial diversity

Autoren: Darka Labavić, Claude Loverdo, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, Ausgabe 00278424, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2108671119

Impact of phylogeny on structural contact inference from protein sequence data

Autoren: Nicola Dietler; Umberto Lupo; Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Journal of the Royal Society Interface, 2023, ISSN 1742-5689
Herausgeber: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2022.0707

Combining phylogeny and coevolution improves the inference of interaction partners among paralogous proteins

Autoren: C.A. Gandarilla-Pérez, S. Pinilla, A.-F. Bitbol and M. Weigt
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, 2023, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1011010

Generative power of a protein language model trained on multiple sequence alignments

Autoren: Damiano Sgarbossa; Umberto Lupo; Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: eLife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.79854

Mutant fate in spatially structured populations on graphs: connecting models to experiments

Autoren: Alia Abbara, Lisa Pagani, Celia García-Pareja, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, 2024, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1101/2024.02.06.579097

Evolution of cooperation in deme-structured populations on graphs

Autoren: Alix Moawad, Alia Abbara, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Physical Review E, 2023, ISSN 2470-0045
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1101/2023.09.18.558261

Impact of phylogeny on the inference of functional sectors from protein sequence data

Autoren: Nicola Dietler, Alia Abbara, Subham Choudhury, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) e1012091, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012091

Impact of population size on early adaptation in rugged fitness landscapes

Autoren: Richard Servajean, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Philosphical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2023, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2022.0045

Toward a Universal Model for Spatially Structured Populations

Autoren: Loïc Marrec; Irene Lamberti; Anne-Florence Bitbol; Anne-Florence Bitbol; Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Physical Review Letters, Ausgabe 00319007, 2021, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.127.218102

Correlations from structure and phylogeny combine constructively in the inference of protein partners from sequences

Autoren: Andonis Gerardos; Nicola Dietler; Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 1553734X, 2022, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1010147