RAtional design of canceR ImmunoTherapY: one size does not fit all

Informations projet

RARITY

N° de convention de subvention: 852832

DOI

10.3030/852832

Projet clôturé

Date de signature de la CE 27 Novembre 2019

Date de début 1 Decembre 2019

Date de fin 30 Novembre 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 795,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 795,00

Coordonné par

ACADEMISCH ZIEKENHUIS LEIDEN
Netherlands

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

The participant will submit a plan describing how to deal with the research data generated in the current project

Publications

Peer reviewed articles (22)

Visual cohort comparison for spatial single-cell omics-data

Auteurs: Antonios Somarakis, Marieke E. Ijsselsteijn, Sietse J. Luk, Boyd Kenkhuis, Noel F.C.C. de Miranda, Boudewijn P.F. Lelieveldt, Thomas Hollt
Publié dans: IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, Numéro 27/2, 2021, Page(s) 733-743, ISSN 1077-2626
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tvcg.2020.3030336

Semi‐automated background removal limits data loss and normalizes imaging mass cytometry data

Auteurs: Marieke E. Ijsselsteijn, Antonios Somarakis, Boudewijn P. F. Lelieveldt, Thomas Höllt, Noel F. C. C. Miranda
Publié dans: Cytometry Part A, 2021, ISSN 1552-4922
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cyto.a.24480

PENGUIN: A rapid and efficient image preprocessing tool for multiplexed spatial proteomics

Auteurs: A.M. Sequeira, M.E. Ijsselsteijn, M. Rocha, Noel F.C.C. de Miranda
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 23, 2025, Page(s) 3920-3928, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2024.10.048

Cancer-Associated Fibroblasts Are Key Determinants of Cancer Cell Invasion in the Earliest Stage of Colorectal Cancer

Auteurs: Hao Dang, Tom J. Harryvan, Chen-Yi Liao, Erik H.J. Danen, Vienna N.L.N. Spalburg, Szymon M. Kielbasa, Hailiang Mei, Jelle J. Goeman, Eveline S. de Jonge-Muller, Stefanus G.T. Janson, Johan J. van der Reijden, Stijn Crobach, James C.H. Hardwick, Jurjen J. Boonstra, Noel F.C.C. de Miranda, Lukas J.A.C. Hawinkels
Publié dans: Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology, Numéro 16, 2024, Page(s) 107-131, ISSN 2352-345X
Éditeur: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2023.04.004

Integration of mass cytometry and mass spectrometry imaging for spatially resolved single-cell metabolic profiling

Auteurs: Joana B. Nunes, Marieke E. Ijsselsteijn, Tamim Abdelaal, Rick Ursem, Manon van der Ploeg, Martin Giera, Bart Everts, Ahmed Mahfouz, Bram Heijs, Noel F. C. C. de Miranda
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 1796-1800, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02392-6

CD103 and CD39 coexpression identifies neoantigen-specific cytotoxic T cells in colorectal cancers with low mutation burden

Auteurs: Jitske van den Bulk, Manon van der Ploeg, Marieke E Ijsselsteijn, Dina Ruano, Ruud van der Breggen, Rebekka Duhen, Koen C M J Peeters, Arantza Fariña-Sarasqueta, Els M E Verdegaal, Sjoerd H van der Burg, Thomas Duhen, Noel F C C de Miranda
Publié dans: Journal for ImmunoTherapy of Cancer, Numéro 11, 2024, Page(s) e005887, ISSN 2051-1426
Éditeur: SITC
DOI: 10.1136/jitc-2022-005887

Transcriptomic and immunophenotypic profiling reveals molecular and immunological hallmarks of colorectal cancer tumourigenesis

Auteurs: Jessica Roelands; Manon van der Ploeg; Marieke E Ijsselsteijn; Hao Dang; Jurjen J Boonstra; James C H Hardwick; Lukas J A C Hawinkels; Hans Morreau; Noel F C C de Miranda
Publié dans: Gut, Numéro 1, 2022, ISSN 1468-3288
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/gutjnl-2022-327608

Local and systemic immune profiles of human pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by single-cell mass cytometry

Auteurs: Brouwer TP, de Vries NL, Abdelaal T, Krog RT, Li Z, Ruano D, Fariña A, Lelieveldt BPF, Morreau H, Bonsing BA, Vahrmeijer AL, Koning F, de Miranda NFCC
Publié dans: J Immunother Cancer, 2022, ISSN 2051-1426
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/jitc-2022-004638

Enabling next-generation engineered TCR-T therapies based on high-throughput TCR discovery from diagnostic tumor biopsies

Auteurs: Thomas Kuilman, Deborah S. Schrikkema, Jules Gadiot, Raquel Gomez-Eerland, Laura Bies, Julia Walker, Robbert M. Spaapen, Hanna Kok, Demi Houg, Milena Viyacheva, Yvonne B. Claassen, Manuel Saornil, Oscar Krijgsman, Bas Stringer, Huiwen Ding, Anou Geleijnse, Anne C. Meinema, Bianca Weissbrich, Melissa Lancee, Carmen G. Engele, Marianna Sabatino, Pei-Ling Chen, Kenneth Y. Tsai, James J. Mulé, Vernon
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-55420-6

Neoantigen Targetability in Progressive Advanced Melanoma

Auteurs: Jitske van den Bulk, Els M.E. Verdegaal, Manon van der Ploeg, Marten Visser, Joana B. Nunes, Arnoud H. de Ru, Rayman T.N. Tjokrodirijo, Marieke E. Ijsselsteijn, Natasja I. Janssen, Ruud van der Breggen, Linda de Bruin, Pita de Kok, George M.C. Janssen, Dina Ruano, Ellen H.W. Kapiteijn, Peter A. van Veelen, Noel F.C.C. de Miranda, Sjoerd H. van der Burg
Publié dans: Clinical Cancer Research, Numéro 29, 2023, Page(s) 4278-4288, ISSN 1078-0432
Éditeur: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-23-1106

Tumor-specific T cells support chemokine-driven spatial organization of intratumoral immune microaggregates needed for long survival

Auteurs: Ziena Abdulrahman; Saskia J Santegoets; Gregor Sturm; Pornpimol Charoentong; Marieke E Ijsselsteijn; Antonios Somarakis; Thomas Höllt; Francesca Finotello; Zlatko Trajanoski; Sylvia L van Egmond; Dana A M Mustafa; Marij J P Welters; Noel F C C de Miranda; Sjoerd H van der Burg
Publié dans: J Immunother Cancer, Numéro 2, 2022, ISSN 1756-1833
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/jitc-2021-004346

Enhanced immune responses are accompanied by increased MAGEA expression in osteosarcoma metastases

Auteurs: Debora M Meijer, Siddh van Oost, Jessica P Roelands, Dina Ruano, I H Briaire-de Bruijn, B E van den Akker, A B Kruisselbrink, P M Wijers-Koster, Manon van der Ploeg, Marieke Ijsselsteijn, S W Lam, Arnoud H de Ru, R T N Tjokrodirijo, M A J van de Sande, Hans Gelderblom, Peter A Van Veelen, M L Kuijjer, Noel de Miranda, Judith V M G Bovee
Publié dans: BMJ Oncology, Numéro 3, 2024, Page(s) e000472, ISSN 2752-7948
Éditeur: BMJ Oncology
DOI: 10.1136/bmjonc-2024-000472

Autologous dendritic cells pulsed with allogeneic tumour cell lysate induce tumour-reactive T-cell responses in patients with pancreatic cancer: A phase I study

Auteurs: S.P. Lau, L. Klaase, M. Vink, J. Dumas, K. Bezemer, A. van Krimpen, R. van der Breggen, L.V. Wismans, M. Doukas, W. de Koning, A.P. Stubbs, D.A.M. Mustafa, H. Vroman, R. Stadhouders, J.B. Nunes, C. Stingl, N.F.C.C. de Miranda, T.M. Luider, S.H. van der Burg, J.G. Aerts, C.H.J. van Eijck
Publié dans: European Journal of Cancer, Numéro 169, 2022, Page(s) 20-31, ISSN 0959-8049
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.ejca.2022.03.015

Immunotherapy for pancreatic cancer: chasing the light at the end of the tunnel

Auteurs: Thomas P. Brouwer, Alexander L. Vahrmeijer, Noel F. C. C. de Miranda
Publié dans: Cellular Oncology, Numéro 44/2, 2021, Page(s) 261-278, ISSN 2211-3428
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s13402-021-00587-z

Fibroblasts in Orchestrating Colorectal Tumorigenesis and Progression

Auteurs: Subinuer Abudukelimu, Noel F.C.C. de Miranda, Lukas J.A.C. Hawinkels
Publié dans: Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology, Numéro 17, 2024, Page(s) 821-826, ISSN 2352-345X
Éditeur: Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.jcmgh.2024.01.013

Discordant prognosis of mismatch repair deficiency in colorectal and endometrial cancer reflects variation in antitumour immune response and immune escape

Auteurs: Mark A Glaire, Neil AJ Ryan, Marieke E Ijsselsteijn, Katarzyna Kedzierska, Sofia Obolenski, Reem Ali, Emma J Crosbie, Tjalling Bosse, Noel FCC de Miranda, David N Church
Publié dans: The Journal of Pathology, Numéro 257, 2023, Page(s) 340-351, ISSN 0022-3417
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/path.5894

Linking Immunity with Genomics in Sarcomas: Is Genomic Complexity an Immunogenic Trigger?

Auteurs: Siddh van Oost, Debora M. Meijer, Marieke L. Kuijjer, Judith V. M. G. Bovée, and Noel F. C. C. de Miranda
Publié dans: Biomedicines, 2021, ISSN 2078-2489
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines9081048

A Paradoxical Role for Regulatory T Cells in the Tumor Microenvironment of Pancreatic Cancer

Auteurs: Thomas Brouwer, Marieke Ijsselsteijn, Jan Oosting, Dina Ruano, Manon van der Ploeg, Frederike Dijk, Bert Bonsing, Arantza Fariña, Hans Morreau, Alexander Vahrmeijer, Noel de Miranda
Publié dans: Cancers, Numéro 14, 2025, Page(s) 3862, ISSN 2072-6694
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/cancers14163862

γδ T cells are effectors of immunotherapy in cancers with HLA class I defects

Auteurs: Natasja L. de Vries, Joris van de Haar, Vivien Veninga, Myriam Chalabi, Marieke E. Ijsselsteijn, Manon van der Ploeg, Jitske van den Bulk, Dina Ruano, Jose G. van den Berg, John B. Haanen, Laurien J. Zeverijn, Birgit S. Geurts, Gijs F. de Wit, Thomas W. Battaglia, Hans Gelderblom, Henk M. W. Verheul, Ton N. Schumacher, Lodewyk F. A. Wessels, Frits Koning, Noel F. C. C. de Miranda, Emile E. Voest
Publié dans: Nature, Numéro 613, 2023, Page(s) 743-750, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05593-1

Unraveling the Complexity of the Cancer Microenvironment With Multidimensional Genomic and Cytometric Technologies

Auteurs: Natasja L. de Vries, Ahmed Mahfouz, Frits Koning, Noel F. C. C. de Miranda
Publié dans: Frontiers in Oncology, Numéro 10, 2020, ISSN 2234-943X
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fonc.2020.01254

Therapeutic targeting of TGF-β in cancer: hacking a master switch of immune suppression

Auteurs: Jitske van den Bulk, Noel F.C.C. de Miranda, Peter ten Dijke
Publié dans: Clinical Science, Numéro 135/1, 2021, Page(s) 35-52, ISSN 0143-5221
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/cs20201236

Advancing multiplexed imaging for enhanced tissue complexity analysis

Auteurs: Marieke E. Ijsselsteijn, Noel F. C. C. de Miranda
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20, 2023, Page(s) 1280-1281, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-023-01935-7