PHAGOSCOPY: Dissecting cell-autonomous immunity with ex vivo electron cryo-microscopy

Información del proyecto

PHAGOSCOPY

Identificador del acuerdo de subvención: 852880

DOI

10.3030/852880

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 5 Noviembre 2019

Fecha de inicio 1 Febrero 2020

Fecha de finalización 31 Enero 2026

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 438 510,00

Aportación de la UE

€ 1 438 510,00

Coordinado por

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

A data management plan on how data generated by the project are stored and made available

Publicaciones

Other (2)

Interactive segmentation of membrane and membrane mimic densities in cryo-EM maps

Autores: Alok Bharadwaj, Lotte Veerbeek, Arjen J. Jakobi
Publicado en: BioRxiv, 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.02.25.707988

Confidence-guided cryo-EM map optimisation with LocScale-2.0

Autores: Alok Bharadwaj, Reinier de Bruin, Arjen J. Jakobi
Publicado en: BioRxiv, 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.11.674726

Peer reviewed articles (9)

Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes

Autores: Stefan T. Huber; Edin Sarajlic; Roeland Huijink; Felix Weis; Wiel H. Evers; Arjen J. Jakobi
Publicado en: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications

Robust Local Thickness Estimation of Sub‐Micrometer Specimen by 4D‐STEM

Autores: Radim Skoupý, Daan B. Boltje, Miroslav Slouf, Kateřina Mrázová, Tomáš Láznička, Clémence M. Taisne, Vladislav Krzyžánek, Jacob P. Hoogenboom, Arjen J. Jakobi
Publicado en: Small Methods, Edición 7, 2024, ISSN 2366-9608
Editor: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/smtd.202300258

Thickness- and quality-controlled fabrication of fluorescence-targeted frozen-hydrated lamellae

Autores: Daan B. Boltje, Radim Skoupý, Clémence Taisne, Wiel H. Evers, Arjen J. Jakobi, Jacob P. Hoogenboom
Publicado en: Cell Reports Methods, Edición 5, 2025, Página(s) 101004, ISSN 2667-2375
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.crmeth.2025.101004

Structural basis of antimicrobial membrane coat assembly by human GBP1

Autores: Tanja Kuhm, Clémence Taisne, Cecilia de Agrela Pinto, Luca Gross, Evdokia A. Giannopoulou, Stefan T. Huber, Els Pardon, Jan Steyaert, Sander J. Tans, Arjen J. Jakobi
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 32, 2025, Página(s) 172-184, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01400-9

Workflow for Fluorescence-Targeted Lamella Milling From Vitrified Cells With a Coincident Fluorescence, Electron, and Ion Beam Microscope

Autores: Elise Perton, Daan Boltje, Arjen Jakobi, Jacob Hoogenboom
Publicado en: BIO-PROTOCOL, Edición 15, 2025, ISSN 2331-8325
Editor: Bio-Protocol, LLC
DOI: 10.21769/bioprotoc.5390

Structural biology of microbial gas vesicles: historical milestones and current knowledge

Autores: Stefan T. Huber, Arjen J. Jakobi
Publicado en: Biochemical Society Transactions, Edición 52, 2024, Página(s) 205-215, ISSN 0300-5127
Editor: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20230396

A cryogenic, coincident fluorescence, electron, and ion beam microscope

Autores: Daan B Boltje, Jacob P Hoogenboom, Arjen J Jakobi, Grant J Jensen, Caspar TH Jonker, Max J Kaag, Abraham J Koster, Mart GF Last, Cecilia de Agrela Pinto, Jürgen M Plitzko, Stefan Raunser, Sebastian Tacke, Zhexin Wang, Ernest B van der Wee, Roger Wepf, Sander den Hoedt
Publicado en: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82891

Femtolitre Volume cryoEM Sample Preparation Using a Force‐Sensitive Microfluidic Cantilever

Autores: Vijayendra Shastri, Joachim Pronk, Eleonoor Verlinden, Daniel Torres González, Edin Sarajlic, Paul Laeven, Wiel Evers, Patrick Frederix, Urs Staufer, Arjen J. Jakobi, Murali Krishna Ghatkesar, Andreas Engel
Publicado en: Advanced Materials Technologies, Edición 10, 2026, ISSN 2365-709X
Editor: Wiley
DOI: 10.1002/admt.202501333

Electron scattering properties of biological macromolecules and their use for cryo-EM map sharpening

Autores: Arjen Jakobi; Alok Bharadwaj
Publicado en: Faraday Discussions, 2022, Página(s) 168-183, ISSN 1359-6640
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00078d