PHAGOSCOPY: Dissecting cell-autonomous immunity with ex vivo electron cryo-microscopy

Projektinformationen

PHAGOSCOPY

ID Finanzhilfevereinbarung: 852880

DOI

10.3030/852880

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 5 November 2019

Startdatum 1 Februar 2020

Enddatum 31 Januar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 438 510,00

EU-Beitrag

€ 1 438 510,00

Koordiniert durch

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Netherlands

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Leistungen

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

A data management plan on how data generated by the project are stored and made available

Veröffentlichungen

Other (2)

Interactive segmentation of membrane and membrane mimic densities in cryo-EM maps

Autoren: Alok Bharadwaj, Lotte Veerbeek, Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.02.25.707988

Confidence-guided cryo-EM map optimisation with LocScale-2.0

Autoren: Alok Bharadwaj, Reinier de Bruin, Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2025.09.11.674726

Peer reviewed articles (9)

Nanofluidic chips for cryo-EM structure determination from picoliter sample volumes

Autoren: Stefan T. Huber; Edin Sarajlic; Roeland Huijink; Felix Weis; Wiel H. Evers; Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications

Robust Local Thickness Estimation of Sub‐Micrometer Specimen by 4D‐STEM

Autoren: Radim Skoupý, Daan B. Boltje, Miroslav Slouf, Kateřina Mrázová, Tomáš Láznička, Clémence M. Taisne, Vladislav Krzyžánek, Jacob P. Hoogenboom, Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: Small Methods, Ausgabe 7, 2024, ISSN 2366-9608
Herausgeber: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/smtd.202300258

Thickness- and quality-controlled fabrication of fluorescence-targeted frozen-hydrated lamellae

Autoren: Daan B. Boltje, Radim Skoupý, Clémence Taisne, Wiel H. Evers, Arjen J. Jakobi, Jacob P. Hoogenboom
Veröffentlicht in: Cell Reports Methods, Ausgabe 5, 2025, Seite(n) 101004, ISSN 2667-2375
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.crmeth.2025.101004

Structural basis of antimicrobial membrane coat assembly by human GBP1

Autoren: Tanja Kuhm, Clémence Taisne, Cecilia de Agrela Pinto, Luca Gross, Evdokia A. Giannopoulou, Stefan T. Huber, Els Pardon, Jan Steyaert, Sander J. Tans, Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 32, 2025, Seite(n) 172-184, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-024-01400-9

Workflow for Fluorescence-Targeted Lamella Milling From Vitrified Cells With a Coincident Fluorescence, Electron, and Ion Beam Microscope

Autoren: Elise Perton, Daan Boltje, Arjen Jakobi, Jacob Hoogenboom
Veröffentlicht in: BIO-PROTOCOL, Ausgabe 15, 2025, ISSN 2331-8325
Herausgeber: Bio-Protocol, LLC
DOI: 10.21769/bioprotoc.5390

Structural biology of microbial gas vesicles: historical milestones and current knowledge

Autoren: Stefan T. Huber, Arjen J. Jakobi
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 52, 2024, Seite(n) 205-215, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20230396

A cryogenic, coincident fluorescence, electron, and ion beam microscope

Autoren: Daan B Boltje, Jacob P Hoogenboom, Arjen J Jakobi, Grant J Jensen, Caspar TH Jonker, Max J Kaag, Abraham J Koster, Mart GF Last, Cecilia de Agrela Pinto, Jürgen M Plitzko, Stefan Raunser, Sebastian Tacke, Zhexin Wang, Ernest B van der Wee, Roger Wepf, Sander den Hoedt
Veröffentlicht in: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82891

Femtolitre Volume cryoEM Sample Preparation Using a Force‐Sensitive Microfluidic Cantilever

Autoren: Vijayendra Shastri, Joachim Pronk, Eleonoor Verlinden, Daniel Torres González, Edin Sarajlic, Paul Laeven, Wiel Evers, Patrick Frederix, Urs Staufer, Arjen J. Jakobi, Murali Krishna Ghatkesar, Andreas Engel
Veröffentlicht in: Advanced Materials Technologies, Ausgabe 10, 2026, ISSN 2365-709X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/admt.202501333

Electron scattering properties of biological macromolecules and their use for cryo-EM map sharpening

Autoren: Arjen Jakobi; Alok Bharadwaj
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, 2022, Seite(n) 168-183, ISSN 1359-6640
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2fd00078d