ASsembly and phase Transitions of Ribonucleoprotein Aggregates in neurons: from physiology to pathology.

Informazioni relative al progetto

ASTRA

ID dell’accordo di sovvenzione: 855923

DOI

10.3030/855923

Data della firma CE 26 Febbraio 2020

Data di avvio 1 Marzo 2020

Data di completamento 31 Agosto 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 7 741 799,00

Contributo UE

€ 7 741 799,00

Coordinato da

UNIVERSITA DEGLI STUDI DI ROMA LA SAPIENZA
Italy

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (93)

The PRALINE database: Protein and Rna humAn singLe nucleotIde variaNts in condEnsates

Autori: Andrea Vandelli; Magdalena Arnal Segura; Michele Monti; Jonathan Fiorentino; Laura Broglia; Alessio Colantoni; Natalia Sanchez de Groot; Marc Torrent Burgas; Alexandros Armaos; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 10, 2022, ISSN 1367-4811
Editore: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac847

A multifunctional locus controls motor neuron differentiation through short and long noncoding RNAs

Autori: Carvelli A, Setti A, Desideri F, Galfrè SG, Biscarini S, Santini T, Colantoni A, Peruzzi G, Marzi MJ, Capauto D, Di Angelantonio S, Ballarino M, Nicassio F, Laneve P, Bozzoni I.
Pubblicato in: EMBO Journal, 2022, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021108918

Proteomics analysis of FUS mutant human motoneurons reveals altered regulation of cytoskeleton and other ALS-linked proteins via 3′UTR binding

Autori: Maria Giovanna Garone, Vincenzo Alfano, Beatrice Salvatori, Clarissa Braccia, Giovanna Peruzzi, Alessio Colantoni, Irene Bozzoni, Andrea Armirotti, Alessandro Rosa
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-68794-6

CyCoNP lncRNA establishes <i>cis</i> and <i>trans</i> RNA–RNA interactions to supervise neuron physiology

Autori: Fabio Desideri, Alessandro Grazzi, Michela Lisi, Adriano Setti, Tiziana Santini, Alessio Colantoni, Gabriele Proietti, Andrea Carvelli, Gian Gaetano Tartaglia, Monica Ballarino, Irene Bozzoni
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 52, 2024, Pagina/e 9936-9952, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae590

M6A reduction relieves FUS-associated ALS granules

Autori: Di Timoteo G, Giuliani A, Setti A, Biagi MC, Lisi M, Santini T, Grandioso A, Mariani D, Castagnetti F, Perego E, Zappone S, Lattante S, Sabatelli M, Rotili D, Vicidomini G, Bozzoni I.
Pubblicato in: Nature Communication, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49416-5

Phase separation drives X-chromosome inactivation.

Autori: Cerase, A.; Calabrese, J.M. ; Tartaglia, G.G.
Pubblicato in: Nature Structural and Molecular Biology, Numero 29, 2022, Pagina/e 183–185, ISSN 1545-9993
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-021-00697-0

Microglia reactivity entails microtubule remodeling from acentrosomal to centrosomal arrays

Autori: Maria Rosito 1, Caterina Sanchini 1, Giorgio Gosti 2, Manuela Moreno 3, Simone De Panfilis 4, Maria Giubettini 5, Doriana Debellis 6, Federico Catalano 6, Giovanna Peruzzi 4, Roberto Marotta 6, Alessia Indrieri 7, Elvira De Leonibus 8, Maria Egle De Stefano 9, Davide Ragozzino 10, Giancarlo Ruocco 11, Silvia Di Angelantonio 12, Francesca Bartolini 13
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 2023 Feb 13;42(2):112104, 2023, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112104

Transmembrane Helices 7 and 8 Confer Aggregation Sensitivity to the Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator

Autori: Bertrand Kleizen; Eduardo de Mattos; Olga Papaioannou; Michele Monti; Gian Gaetano Tartaglia; Peter van der Sluijs; Ineke Braakman
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Vol 24, Iss 21, p 15741 (2023), Numero 2, 2023, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms242115741

CircVAMP3: A circRNA with a Role in Alveolar Rhabdomyosarcoma Cell Cycle Progression

Autori: Francesca Rossi; Alvaro Centrón-Broco; Dario Dattilo; Gaia Di Timoteo; Marco Guarnacci; Alessio Colantoni; Manuel Beltran Nebot; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni
Pubblicato in: Numero 7, Numero 1, 2021, ISSN 2073-4425
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/genes12070985

RNA-binding and prion domains: the Yin and Yang of phase separation

Autori: Nieves Lorenzo Gotor, Alexandros Armaos, Giulia Calloni, Marc Torrent Burgas, R Martin Vabulas, Natalia Sanchez De Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 48/17, 2020, Pagina/e 9491-9504, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa681

Intronic Determinants Coordinate Charme lncRNA Nuclear Activity through the Interaction with MATR3 and PTBP1

Autori: Fabio Desideri; Andrea Cipriano; Silvia Petrezsélyová; Giulia Buonaiuto; Tiziana Santini; Petr Kasparek; Jan Prochazka; Giacomo Janson; Alessandro Paiardini; Alessandro Calicchio; Alessio Colantoni; Radislav Sedlacek; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni; Monica Ballarino
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 4, 2020, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.108548

Zooming in on protein–RNA interactions: a multi-level workflow to identify interaction partners

Autori: Alessio Colantoni, Jakob Rupert, Andrea Vandelli, Gian Gaetano Tartaglia, Elsa Zacco
Pubblicato in: Biochemical Society Transactions, Numero 48/4, 2020, Pagina/e 1529-1543, ISSN 0300-5127
Editore: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20191059

Deep learning for blind structured illumination microscopy

Autori: Emmanouil Xypakis, Giorgio Gosti, Taira Giordani, Raffaele Santagati, Giancarlo Ruocco & Marco Leonetti
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 8623 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-12571-0

Homage to Chris Dobson

Autori: Jean Baum, Fabrizio Chiti, Alfonso De Simone, Tuomas P. J. Knowles, Janet R. Kumita, Sheena E. Radford, Carol V. Robinson, Xavier Salvatella, Karen Valelli, Michele Vendruscolo, Annalisa Pastore, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 6, 2019, ISSN 2296-889X
Editore: Frontier in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2019.00137

Cell-mediated exon skipping normalizes dystrophin expression and muscle function in a new mouse model of Duchenne Muscular Dystrophy

Autori: Galli F, Bragg L, Rossi M, Proietti D, Perani L, Bagicaluppi M, Tonlorenzi R, Sibanda T, Caffarini M, Talapatra A, Santoleri S, Meregalli M, Bano-Otalora B, Bigot A, Bozzoni I, Bonini C, Mouly V, Torrente Y, Cossu G.
Pubblicato in: EMBO Molecular Medicine, 2024, ISSN 1757-4676
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1038/s44321-024-00031-3

Machine learning methods applied to genotyping data capture interactions between single nucleotide variants in late onset Alzheimer's disease

Autori: Magdalena Arnal Segura; Giorgio Bini; Dietmar Fernandez Orth; Eleftherios Samaras; Maya Kassis; Fotis Aisopos; Jordi Rambla De Argila; George Paliouras; Peter Garrard; Claudia Giambartolomei; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Alzheimers Dement (Amst), Numero 7, 2022, ISSN 2352-8729
Editore: Elsevier B.V.,
DOI: 10.1101/2021.08.30.21262815

RNA: The Unsuspected Conductor in the Orchestra of Macromolecular Crowding

Autori: Elsa Zacco; Laura Broglia;, Misuzu Kurihara; Michele Monti; Stefano Gustincich; Annalisa Pastore ; Kathrin Plath; Shinichi Nagakawa; Andrea Cerase ; Natalia Sanchez de Groot; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Chemical Reviews, 2024, ISSN 0009-2665
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.3c00575

Rational design and synthesis of a novel BODIPY-based probe for selective imaging of tau tangles in human iPSC-derived cortical neurons

Autori: Alessandro Soloperto 1, Deborah Quaglio 2, Paola Baiocco 1 3, Isabella Romeo 1 2, Mattia Mori 4, Matteo Ardini 5, Caterina Presutti 1 3, Ida Sannino 1, Silvia Ghirga 1, Antonia Iazzetti 6, Rodolfo Ippoliti 5, Giancarlo Ruocco 1, Bruno Botta 2, Francesca Ghirga 7, Silvia Di Angelantonio 8 9, Alberto Boffi 1 3
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 12,Article number: 5257 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-09016-z

Circular RNA ZNF609/CKAP5 mRNA interaction regulates microtubule dynamics and tumorigenicity

Autori: Rossi F, Beltran M, Damizia M, Grelloni C, Colantoni A, Setti A, Di Timoteo G, Dattilo D, Centrón-Broco A, Nicoletti C, Fanciulli M, Lavia P, Bozzoni I.
Pubblicato in: MOLECULAR CELL, 2022, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.11.032

Retinal fingerprints of ALS in patients: Ganglion cell apoptosis and TDP-43/p62 misplacement

Autori: Natalia Pediconi, Ylenia Gigante, Silvia Cama, Martina Pitea, Lorenza Mautone, Giancarlo Ruocco, Silvia Ghirga and Silvia Di Angelantonio
Pubblicato in: Frontiers in Aging Neuroscience, Numero Volume 15 - 2023, 2023, ISSN 1663-4365
Editore: Frontiers Research Foundation
DOI: 10.3389/fnagi.2023.1110520

Single-photon microscopy to studybiomolecular condensates

Autori: Perego E, Zappone S, Castagnetti F, Mariani D, Vitiello E, Rupert J, Zacco E, Tartaglia GG, Bozzoni I, Slenders E, Vicidomini G.
Pubblicato in: Nature Communication, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43969-7

Design of protein-binding peptides with controlled binding affinity: the case of SARS-CoV-2 receptor binding domain and ACE2-derived peptides

Autori: G. Parisi, R. Piacentini, A. Incocciati, A. Bonamore, A. Macone, J. Rupert, E. Zacco, M. Miotto, E. Milanetti, G. G. Tartaglia, G. Ruocco, A. Boffi, and L. Di Rienzo.
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, 2024, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2023.1332359

An Optimized Quantitative Pull-Down Analysis of RNA-Binding Proteins Using Short Biotinylated RNA

Autori: Crua Asensio N; Rizzieri S; Cuomo A; Tartaglia GG; Zacco E
Pubblicato in: Journal of Visualized Experiments : Jove, Numero 193, 2023, ISSN 1940-087X
Editore: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/64923

A recurrent Hopfield network for estimating meso-scale effective connectivity in MEG

Autori: Giorgio Gosti; Edoardo Milanetti; Viola Folli; Francesco de Pasquale; Marco Leonetti; Maurizio Corbetta; Giancarlo Ruocco; Stefania Della Penna
Pubblicato in: Neural Networks, Numero 1, 2024, ISSN 1879-2782
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.neunet.2023.11.027

Design and Functional Validation of a Mutant Variant of the LncRNA HOTAIR to Counteract Snail Function in Epithelial-to-Mesenchymal Transition

Autori: Cecilia Battistelli, Sabrina Garbo, Veronica Riccioni, Claudia Montaldo, Laura Santangelo, Andrea Vandelli, Raffaele Strippoli, Gian Gaetano Tartaglia, Marco Tripodi, Carla Cicchini
Pubblicato in: Cancer Research, 2021, ISSN 2254-6081
Editore: Cancer Research
DOI: 10.1158/0008-5472.can-20-1764

Shape Complementarity Optimization of Antibody-Antigen Interfaces: The Application to SARS-CoV-2 Spike Protein

Autori: Alfredo De Lauro , Lorenzo Di Rienzo , Mattia Miotto , Pier Paolo Olimpieri , Edoardo Milanetti , Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero Volume 9 - 2022, 2022, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2022.874296

Aggregation is a Context-Dependent Constraint on Protein Evolution.

Autori: Michele Monti; Alexandros Armaos; Marco Fantini; Annalisa Pastore; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 4, 2021, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2021.678115

SMaRT lncRNA controls translation of a G‐quadruplex‐containing mRNA antagonizing the DHX36 helicase

Autori: Julie Martone, Davide Mariani, Tiziana Santini, Adriano Setti, Sama Shamloo, Alessio Colantoni, Francesca Capparelli, Alessandro Paiardini, Dacia Dimartino, Mariangela Morlando, Irene Bozzoni
Pubblicato in: EMBO reports, Numero 21/6, 2020, ISSN 1469-221X
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.201949942

In silico, in vitro, and in vivo Approaches to Identify Molecular Players in Fragile X Tremor and Ataxia Syndrome

Autori: Saif N. Haify, Teresa Botta-Orfila, Renate K. Hukema, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 7, 2020, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2020.00031

A low-cost, label-free microfluidic scanning flow cytometer for high-accuracy quantification of size and refractive index of particles

Autori: Riccardo Reale , Giovanna Peruzzi , Maryamsadat Ghoreishi , Helena Stabile, Giancarlo Ruocco ORCID and Marco Leonetti
Pubblicato in: Lab on a Chip, Numero Numero 8, 2023, 2023, ISSN 1473-0197
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2lc01179d

FUS ALS-causative mutations impair FUS autoregulation and splicing factor networks through intron retention

Autori: Jack Humphrey, Nicol Birsa, Carmelo Milioto, Martha McLaughlin, Agnieszka M Ule, David Robaldo, Andrea B Eberle, Rahel Kräuchi, Matthew Bentham, Anna-Leigh Brown, Seth Jarvis, Cristian Bodo, Maria G Garone, Anny Devoy, Gianni Soraru, Alessandro Rosa, Irene Bozzoni, Elizabeth M C Fisher, Oliver Mühlemann, Giampietro Schiavo, Marc-David Ruepp, Adrian M Isaacs, Vincent Plagnol, Pietro Fratta
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 48/12, 2020, Pagina/e 6889-6905, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa410

RNA‐protein interactions: Central players in coordination of regulatory networks

Autori: Alexandros Armaos, Elsa Zacco, Natalia Sanchez de Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: BioEssays, Numero 43/2, 2021, Pagina/e 2000118, ISSN 0265-9247
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.202000118

High-Throughput Interactome Determination via Sulfur Anomalous Scattering

Autori: Mattia Miotto; Edoardo Milanetti; Riccardo Mincigrucci; Claudio Masciovecchio; Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: the journal of physical chemistry letters, Numero 18, 2024, ISSN 1948-7185
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.3c03632

RNA aptamer reveals nuclear TDP-43 pathology is an early aggregation event that coincides with<i>STMN-2</i>cryptic splicing and precedes clinical manifestation in ALS

Autori: Holly Spence, Fergal M. Waldron, Rebecca S. Saleeb, Anna-Leigh Brown, Olivia M. Rifai, Martina Gilodi, Fiona Read, Kristine Roberts, Gillian Milne, Debbie Wilkinson, Judi O’Shaughnessy, Annalisa Pastore, Pietro Fratta, Neil Shneider, Gian Gaetano Tartaglia, Elsa Zacco, Mathew H. Horrocks, Jenna M. Gregory
Pubblicato in: Acta Neuropathol, Numero 2024 Mar, 2023, Pagina/e 5;147, ISSN 1432-0533
Editore: Springer
DOI: 10.1101/2023.10.24.563701

TGS1 impacts snRNA 3′-end processing, ameliorates <i>survival motor neuron</i>-dependent neurological phenotypes <i>in vivo</i> and prevents neurodegeneration

Autori: Chen; Lu; Roake; Caitlin M; Maccallini; Paolo; Bavasso; Francesca; Dehghannasiri; Roozbeh; Santonicola; Pamela; Mendoza-Ferreira; Natalia; Scatolini; Livia; Rizzuti; Ludovico; Esposito; Alessandro; Gallotta; Ivan; Francia; Sofia; Cacchione; Stefano; Galati; Alessandra; Palumbo; Valeria; Kobin; Marie A; Tartaglia; Gian Gaetano; Colantoni; Alessio; Proietti; Gabriele; Wu; Yunming; Hammerschmidt; Mat
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 16, 2022, ISSN 1362-4962
Editore: Oxford Press
DOI: 10.1093/nar/gkac659

In Situ Hybridization of circRNAs in Cells and Tissues through BaseScope™ Strategy

Autori: D'Ambra E, Vitiello E, Santini T, Bozzoni I.
Pubblicato in: Methods in Molecular Biology, 2024, ISSN 1064-3745
Editore: Humana Press, Inc.
DOI: 10.1007/978-1-0716-3678-7_4

Progressive alteration of murine bladder elasticity in actinic cystitis detected by Brillouin microscopy

Autori: Laura Martinez-Vidal; Claudia Testi; Emanuele Pontecorvo; Filippo Pederzoli; Elisa Alchera; Irene Locatelli; Chiara Venegoni; Antonello Spinelli; Roberta Lucianò; Andrea Salonia; Alessandro Podestà; Giancarlo Ruocco; Massimo Alfano
Pubblicato in: Scientific Reports, Vol 14, Iss 1, Pp 1-16 (2024), Numero 1, 2024, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-51006-2

Two Receptor Binding Strategy of SARS-CoV-2 Is Mediated by Both the N-Terminal and Receptor-Binding Spike Domain

Autori: Michele Monti; Edoardo Milanetti; Myrthe T. Frans; Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Maksim V. Baranov; Giorgio Gosti; Arun Kumar Somavarapu; Madhu Nagaraj; Thaddeus W. Golbek; Emiel Rossing; Sam J. Moons; Thomas J. Boltje; Geert van den Bogaart; Tobias Weidner; Daniel E. Otzen; Gian Gaetano Tartaglia; Giancarlo Ruocco; Steven J. Roeters
Pubblicato in: Journal of Physical Chemistry B, Numero 12, 2024, ISSN 1520-6106
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c06258

Identification of long non-coding RNAs and RNA binding proteins in breast cancer subtypes

Autori: Claudia Cava, Alexandros Armaos, Benjamin Lang, Gian Gaetano Tartaglia, Isabella Castiglioni
Pubblicato in: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04664-z

CircAFF1 Is a Circular RNA with a Role in Alveolar Rhabdomyosarcoma Cell Migration

Autori: Centrón-Broco A, Rossi F, Grelloni C, Garraffo R, Dattilo D, Giuliani A, Di Timoteo G, Colantoni A, Bozzoni I, Beltran Nebot M.
Pubblicato in: Biomedicines, 2023, ISSN 2078-2489
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/biomedicines11071893

Long non-coding RNA-polycomb intimate rendezvous

Autori: Andrea Cerase, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Open Biology, Numero 10/9, 2020, Pagina/e 200126, ISSN 2046-2441
Editore: Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsob.200126

Modelling of SHMT1 riboregulation predicts dynamic changes of serine and glycine levels across cellular compartments

Autori: Michele Monti, Giulia Guiducci, Alessio Paone, Serena Rinaldo, Giorgio Giardina, Francesca Romana Liberati, Francesca Cutruzzolá, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numero 19, 2021, Pagina/e 3034-3041, ISSN 2001-0370
Editore: Computational and Structural Biotechnology Journal
DOI: 10.1016/j.csbj.2021.05.019

Phase Separation Drives SARS-CoV-2 Replication: A Hypothesis

Autori: Vandelli, Andrea; Vocino, Giovanni; Tartaglia, Gian Gaetano
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 19, 2022, ISSN 2296-889X
Editore: Lausanne: Frontiers Media S.A., 2014-
DOI: 10.3389/fmolb.2022.893067

Inferring the stabilization effects of SARS-CoV-2 variants on the binding with ACE2 receptor

Autori: Mattia Miotto, Lorenzo Di Rienzo, Giorgio Gosti, Leonardo Bo’, Giacomo Parisi, Roberta Piacentini, Alberto Boffi, Giancarlo Ruocco & Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Communications Biology, Numero 5,20221(2022), 2022, ISSN 2399-3642
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1038/s42003-021-02946-w

Probing TDP-43 condensation using an in silico designed aptamer

Autori: Elsa Zacco; Owen Kantelberg; Edoardo Milanetti; Alexandros Armaos; Francesco Paolo Panei; Jenna Gregory; Kiani Jeacock; David J. Clarke; Siddharthan Chandran; Giancarlo Ruocco; Stefano Gustincich; Mathew H. Horrocks; Annalisa Pastore; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 7, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30944-x

Prediction of protein-RNA interactions from single-cell transcriptomic data

Autori: Jonathan Fiorentino; Alexandros Armaos; Alessio Colantoni; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Crossref, Numero 52, 2024, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkae076

Circular RNAs in cell differentiation and development

Autori: Gaia Di Timoteo; Francesca Rossi; Irene Bozzoni; Irene Bozzoni
Pubblicato in: The Company of Biologists Ltd., Numero 1, 2020, ISSN 0021-9533
Editore: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.182725

Photonic Stochastic Emergent Storage for deep classification by scattering-intrinsic patterns

Autori: Marco Leonetti, Giorgio Gosti, Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-44498-z

A Computational Approach to Investigate TDP-43 RNA-Recognition Motif 2 C-Terminal Fragments Aggregation in Amyotrophic Lateral Sclerosis

Autori: Greta Grassmann; Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Federico Salaris; Beatrice Silvestri; Elsa Zacco; Alessandro Rosa; Gian Gaetano Tartaglia; Giancarlo Ruocco; Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Biomolecules, Numero 1, 2021, ISSN 2218-273X
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute
DOI: 10.3390/biom11121905

The Interplay Between Disordered Regions in RNAs and Proteins Modulates Interactions Within Stress Granules and Processing Bodies

Autori: Andrea Vandelli, Fernando Cid Samper, Marc Torrent Burgas, Natalia Sanchez de Groot, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Journal of Molecular Biology, 2021, ISSN 0022-2836
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167159

4D Single-particle tracking with asynchronous read-out single-photon avalanche diode array detector

Autori: Andrea Bucci, Giorgio Tortarolo, Marcus Oliver Held, Luca Bega, Eleonora Perego, Francesco Castagnetti, Irene Bozzoni, Eli Slenders, Giuseppe Vicidomini
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50512-9

Differences in the organization of interface residues tunes the stability of the SARS-CoV-2 spike-ACE2 complex

Autori: Mattia Miotto; Lorenzo Di Rienzo; Greta Grassmann; Greta Grassmann; Fausta Desantis; Fausta Desantis; Gianluca Cidonio; Giorgio Gosti; Giorgio Gosti; Marco Leonetti; Marco Leonetti; Giancarlo Ruocco; Giancarlo Ruocco; Edoardo Milanetti; Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 10 (2023), Numero 12, 2023, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2023.1205919

A tripartite circRNA/mRNA/miRNA interaction regulates glutamatergic signaling in the mouse brain

Autori: Valentina Silenzi, Eleonora D’Ambra, Tiziana Santini, Sara D’Uva, Adriano Setti, Nicolò Salvi, Carmine Nicoletti, Rebecca Scarfò, Federica Cordella, Brunella Mongiardi, Diletta Cavezza, Nara Liessi, Laura Ferrucci, Davide Ragozzino, Andrea Armirotti, Silvia Di Angelantonio, Elvira De Leonibus, Irene Bozzoni, Mariangela Morlando
Pubblicato in: Cell Reports, Numero 43, 2024, Pagina/e 114766, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.114766

Identification and prediction of G-quadruplex RNA-binding proteins with roles in transcription and phase separation

Autori: Gian Gaetano Tartaglia; Alexandros Armaos; Johanna Luige; Ulf Ørom
Pubblicato in: Crossref, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-46731-9

The long noncoding RNA nHOTAIRM1 is necessary for differentiation and activity of iPSC-derived spinal motor neurons

Autori: Tollis P, Vitiello E, Migliaccio F, D'Ambra E, Rocchegiani A, Garone MG, Bozzoni I, Rosa A, Carissimo A, Laneve P, Caffarelli E.
Pubblicato in: Cell Death Dis, 2023, ISSN 1350-9047
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41419-023-06196-y

Binding site identification of G protein-coupled receptors through a 3D Zernike polynomials-based method: application to C. elegans olfactory receptors

Autori: Lorenzo Di Rienzo 1, Luca De Flaviis 2, Giancarlo Ruocco 3 2, Viola Folli 3, Edoardo Milanetti 3 2
Pubblicato in: Journal of Computer-Aided Molecular Design 36, Numero 11(2022), 2022, ISSN 1573-4951
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1007/s10822-021-00434-1

cat RAPID omics v2.0 : going deeper and wider in the prediction of protein–RNA interactions

Autori: Alexandros Armaos, Alessio Colantoni, Gabriele Proietti, Jakob Rupert, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 49/W1, 2021, Pagina/e W72-W79, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab393

BRCA1 levels and DNA-damage response are controlled by the competitive binding of circHIPK3 or FMRP to the BRCA1 mRNA

Autori: Chiara Grelloni, Raffaele Garraffo, Adriano Setti, Francesca Rossi, Giovanna Peruzzi, Mario Cinquanta, Maria Carmela Di Rosa, Marco Alessandro Pierotti, Manuel Beltran, Irene Bozzoni
Pubblicato in: Molecular Cell, 2024, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.09.016

FUS Alters circRNA Metabolism in Human Motor Neurons Carrying the ALS-Linked P525L Mutation

Autori: Alessio Colantoni; Davide Capauto; Vincenzo Alfano; Eleonora D’Ambra; Sara D’Uva; Gian Gaetano Tartaglia; Mariangela Morlando
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, Numero 1, 2023, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24043181

Electrostatic complementarity at the interface drives transient protein-protein interactions

Autori: Greta Grassmann; Lorenzo Di Rienzo; Giorgio Gosti; Marco Leonetti; Giancarlo Ruocco; Mattia Miotto; Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Scientific Reports, Vol 13, Iss 1, Pp 1-15 (2023), Numero 18, 2023, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37130-z

A KO mouse model for the lncRNA Lhx1os produces motor neuron alterations and locomotor impairment

Autori: Pellegrini F, Padovano V, Biscarini S, Santini T, Setti A, Galfrè SG, Silenzi V, Vitiello E, Mariani D, Nicoletti C, Torromino G, De Leonibus E, Martone J, Bozzoni I.
Pubblicato in: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Editore: iScience
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105891

Prediction of gene expression time series and structural analysis of gene regulatory networks using recurrent neural networks

Autori: Monti, Michele; Fiorentino, Jonathan; Milanetti, Edoardo; Gosti, Giorgio; Tartaglia, Gian Gaetano
Pubblicato in: Entropy, Numero 24, 2022, ISSN 1099-4300
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)

Best practice standards for circular RNA research

Autori: Nielsen AF, Bindereif A, Bozzoni I, Hanan M, Hansen TB, Irimia M, Kadener S, Kristensen LS, Legnini I, Morlando M, Jarlstad Olesen MT, Pasterkamp RJ, Preibisch S, Rajewsky N, Suenkel C, Kjems J.
Pubblicato in: NATURE METHODS, 2022, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01487-2

A novel computational strategy for defining the minimal protein molecular surface representation

Autori: Greta Grassmann,Mattia Miotto,Lorenzo Di Rienzo,Giorgio Gosti,Giancarlo Ruocco,Edoardo Milanetti
Pubblicato in: PLOS ONE, 2022, ISSN 1932-6203
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0266004

Thermometer: a webserver to predict protein thermal stability

Autori: Mattia Miotto, Alexandros Armaos, Lorenzo Di Rienzo, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Bioinformatics, 2022, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab868

A high-throughput approach to predict A-to-I effects on RNA structure indicates a change of double-stranded content in noncoding RNAs.

Autori: Riccardo Delli Ponti; Laura Broglia; Andrea Vandelli; Alexandros Armaos; Marc Torrent Burgas; Natalia Sanchez de Groot; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: IUBMB Life ., 2022, ISSN 1521-6551
Editore: John Wiley & Sons
DOI: 10.1002/iub.2673

The protective role of m1A during stress-induced granulation

Autori: Marion Alriquet, Giulia Calloni, Adrían Martínez-Limón, Riccardo Delli Ponti, Gerd Hanspach, Martin Hengesbach, Gian G. Tartaglia, R. Martin Vabulas
Pubblicato in: Journal of Molecular Cell Biology, Numero 12/11, 2020, Pagina/e 870-880, ISSN 1674-2788
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jmcb/mjaa023

Computational evidences of a misfolding event in an aggregation-prone light chain preceding the formation of the non-native pathogenic dimer

Autori: F. Desantis, M. Miotto, E. Milanetti, G. Ruocco, and L. Di Rienzo
Pubblicato in: Proteins: Structure Function and Bioinformatics, 2024, ISSN 1097-0134
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/prot.26672

Computational models of dopamine release measured by fast scan cyclic voltammetry in vivo

Autori: Shashaank N1, Somayaji M2, Miotto M3, Mosharov EV2, Makowicz EA2, Knowles DA1, Ruocco G3, Sulzer DL2
Pubblicato in: PNAS Nexus, Numero Volume 2, Numero 3, March 2023, 2023, ISSN 2752-6542
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad044

Spatial organization of hydrophobic and charged residues affects protein thermal stability and binding affinity

Autori: Fausta Desantis, Mattia Miotto, Lorenzo Di Rienzo, Edoardo Milanetti & Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero Article number: 12087 (2022), 2022, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-16338-5

ORC1 binds to cis-transcribed RNAs for efficient activation of replication origins

Autori: Aina Maria Mas; Enrique Goñi; Igor Ruiz de los Mozos; Aida Arcas; Luisa Statello; Jovanna González; Lorea Blázquez; Wei Ting Chelsea Lee; Dipika Gupta; Álvaro Sejas; Shoko Hoshina; Alexandros Armaos; Gian Gaetano Tartaglia; Shou Waga; Jernej Ule; Eli Rothenberg; María Gómez; Maite Huarte
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 20, 2023, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40105-3

Improved discovery of RNA-binding protein binding sites in eCLIP data using DEWSeq

Autori: Thomas Schwarzl; Sudeep Sahadevan; Benjamin Lang; Milad Miladi; Rolf Backofen; Wolfgang Huber; Matthias W Hentze; Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Crossref, Numero 3, 2024, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkad998

Direct Visualization and Identification of Membrane Voltage-Gated Sodium Channels from Human iPSC-Derived Neurons by Multiple Imaging and Light Enhanced Spectroscopy

Autori: Manola Moretti 1, Tania Limongi 2, Claudia Testi 3, Edoardo Milanetti 3 4, Maria Teresa De Angelis 5, Elvira I Parrotta 5, Stefania Scalise 5, Gianluca Santamaria 5, Marco Allione 1, Sergei Lopatin 6, Bruno Torre 1, Peng Zhang 1, Monica Marini 2, Gerardo Perozziello 7, Patrizio Candeloro 7, Candido Fabrizio Pirri 2, Giancarlo Ruocco 4, Giovanni Cuda 5, Enzo Di Fabrizio 2
Pubblicato in: small methods, Numero 2022 Jul;6(7), 2022, ISSN 2366-9608
Editore: Wiley
DOI: 10.1002/smtd.202200402

New lessons on TDP-43 from old N. furzeri killifish

Autori: Alexandra Louka, Sara Bagnoli, Jakob Rupert, Benjamin Esapa, Gian Gaetano Tartaglia, Alessandro Cellerino, Annalisa Pastore, Eva Terzibasi Tozzini
Pubblicato in: Aging Cell, 2021, ISSN 1474-9726
Editore: John Wiley & Sons
DOI: 10.1111/acel.13517

HOTAIRM1 regulates neuronal differentiation by modulating NEUROGENIN 2 and the downstream neurogenic cascade

Autori: Jessica Rea, Valentina Menci, Paolo Tollis, Tiziana Santini, Alexandros Armaos, Maria Giovanna Garone, Federica Iberite, Andrea Cipriano, Gian Gaetano Tartaglia, Alessandro Rosa, Monica Ballarino, Pietro Laneve, Elisa Caffarelli
Pubblicato in: Cell Death & Disease, Numero 11/7, 2020, ISSN 2041-4889
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41419-020-02738-w

A longitudinal study defined circulating microRNAs as reliable biomarkers for disease prognosis and progression in ALS human patients

Autori: Dobrowolny G, Martone J, Lepore E, Casola I, Petrucci A, Inghilleri M, Morlando M, Colantoni A, Scicchitano BM, Calvo A, Bisogni G, Chiò A, Sabatelli M, Bozzoni I, Musarò A.
Pubblicato in: Cell Death Discovery, 2021, ISSN 2058-7716
Editore: Cell Death Discovery
DOI: 10.1038/s41420-020-00397-6

Dynamical changes of SARS-CoV-2 spike variants in the highly immunogenic regions impact the viral antibodies escaping

Autori: Lorenzo Di Rienzo, Mattia Miotto, Fausta Desantis, Greta Grassmann, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Proteins, Numero April, 2023, 2023, ISSN 0887-3585
Editore: Wiley-Liss Inc
DOI: 10.1002/prot.26497

Computational Modeling of the Thermodynamics of the Mesophilic and Thermophilic Mutants of Trp-Cage Miniprotein

Autori: Leonardo Bo , Edoardo Milanetti 1 2, Cheng Giuseppe Chen 3, Giancarlo Ruocco 2 1, Andrea Amadei 4, Marco D'Abramo 3
Pubblicato in: ACS Omega, Numero 2022, 7, 16, 2022, Pagina/e 13448–13454, ISSN 2470-1343
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.1c06206

Collective Behavior and Self-Organization in Neural Rosette Morphogenesis

Autori: M. Miotto, M. Rosito, M. Paoluzi, V. de Turris, V. Folli, M. Leonetti, G. Ruocco, A. Rosa, and G. Gosti.
Pubblicato in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2023, ISSN 2296-634X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fcell.2023.1134091

New lessons on TDP-43 from the killifish N. furzeri

Autori: Alexandra Louka; Sara Bagnoli; Jakob Rupert; Esapa B; Gian Gaetano Tartaglia; Alessandro Cellerino; Annalisa Pastore; Eva Terzibasi Tozzini
Pubblicato in: Aging Cell ., Numero 22, 2022, ISSN 1474-9718
Editore: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1101/2021.02.04.429704

Mitochondria inter-organelle relationships in cancer protein aggregation

Autori: Ilaria Genoves, Ersilia Fornetti, Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numero 2022 Dec 19;10:1062993, 2022, ISSN 2296-634X
Editore: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fcell.2022.1062993

Trans‐generational epigenetic regulation associated with the amelioration of Duchenne Muscular Dystrophy

Autori: Julie Martone, Michela Lisi, Francesco Castagnetti, Alessandro Rosa, Valerio Di Carlo, Enrique Blanco, Adriano Setti, Davide Mariani, Alessio Colantoni, Tiziana Santini, Lucia Perone, Luciano Di Croce, Irene Bozzoni
Pubblicato in: EMBO Molecular Medicine, Numero 12/8, 2020, ISSN 1757-4676
Editore: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.15252/emmm.202012063

Computational structural-based GPCR optimization for user-defined ligand: Implications for the development of biosensors

Autori: Lorenzo Di Rienzo; Mattia Miotto; Edoardo Milanetti; Giancarlo Ruocco
Pubblicato in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Vol 21, Iss , Pp 3002-3009 (2023), Numero 8, 2023, ISSN 2001-0370
Editore: Science Direct
DOI: 10.1016/j.csbj.2023.05.004

Lactoferrin Inhibition of the Complex Formation between ACE2 Receptor and SARS CoV-2 Recognition Binding Domain

Autori: Roberta Piacentini ,Laura Centi ,Mattia Miotto ,Edoardo Milanetti ,Lorenzo Di Rienzo ,Martina Pitea Paolo Piazza ,Giancarlo Ruocco ,Alberto Boffi andGiacomo Parisi
Pubblicato in: International Journal of Molecular Science, Numero 2022, 23(10), 5436, 2022, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms23105436

Physics-informed loss function for a deep neural network for Poissonian noise reduction

Autori: Emmanouil Xypakis; Valeria De Turis; Fabrizio Gala; Giancarlo Ruocco; Marco Leonetti
Pubblicato in: Optic Express, Numero 9, 2023, ISSN 1094-4087
Editore: Optical Society of America
DOI: 10.21203/rs.3.rs-2049014/v1

Ferritin nanocage-enabled detection of pathological tau in living human retinal cells

Autori: Lorenzo Barolo, Ylenia Gigante, Lorenza Mautone, Silvia Ghirga, Alessandro Soloperto, Alessandra Giorgi, Francesca Ghirga, Martina Pitea, Alessio Incocciati, Francesco Mura, Giancarlo Ruocco, Alberto Boffi, Paola Baiocco, Silvia Di Angelantonio
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 14, 2024, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-62188-8

The m6A reader YTHDC1 and the RNA helicase DDX5 control the production of rhabdomyosarcoma-enriched circRNAs

Autori: Dattilo D, Di Timoteo G, Setti A, Giuliani A, Peruzzi G, Beltran Nebot M, Centrón-Broco A, Mariani D, Mozzetta C, Bozzoni I.
Pubblicato in: Nature Comunication, Numero 2023 Apr 5, 2023, Pagina/e 14(1):1898, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-37578-7

Structural analysis of SARS-CoV-2 genome and predictions of the human interactome

Autori: Andrea Vandelli, Michele Monti, Edoardo Milanetti, Alexandros Armaos, Jakob Rupert, Elsa Zacco, Elias Bechara, Riccardo Delli Ponti, Gian Gaetano Tartaglia
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 48/20, 2020, Pagina/e 11270-11283, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa864

A Model Eye for fluorescent characterization of retinal cultures and tissues

Autori: G. Ferraro, Y. Gigante, M. Pitea, L. Mautone, G. Ruocco, S. Di Angelantonio, and M. Leonetti.
Pubblicato in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37806-6

Modulation of circRNA Metabolism by m6A Modification

Autori: i Timoteo G, Dattilo D, Centrón-Broco A, Colantoni A, Guarnacci M, Rossi F, Incarnato D, Oliviero S, Fatica A, Morlando M, Bozzoni I.
Pubblicato in: Cell Reports, 2020, ISSN 2211-1247
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2020.107641

Computational Approaches to Predict Protein–Protein Interactions in Crowded Cellular Environments

Autori: Greta Grassmann; Mattia Miotto; Fausta Desantis; Lorenzo Di Rienzo; Gian Gaetano Tartaglia; Annalisa Pastore; Giancarlo Ruocco; Michele Monti; Edoardo Milanetti
Pubblicato in: Chemical Reviews, Numero 3, 2024, ISSN 0009-2665
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.3c00550

Circ-Hdgfrp3 shuttles along neurites and is trapped in aggregates formed by ALS-associated mutant FUS

Autori: D'Ambra E, Santini T, Vitiello E, D'Uva S, Silenzi V, Morlando M, Bozzoni I.
Pubblicato in: ISCIENCE, 2021, ISSN 2589-0042
Editore: ISCIENCE
DOI: 10.1016/j.isci.2021.103504

Emerging Role for Linear and Circular Spermine Oxidase RNAs in Skeletal Muscle Physiopathology

Autori: Reinoso-Sánchez JF, Baroli G, Duranti G, Scaricamazza S, Sabatini S, Valle C, Morlando M, Casero RA Jr, Bozzoni I, Mariottini P, Ceci R, Cervelli M.
Pubblicato in: International Journal of Molecular Sciences, 2020, ISSN 1422-0067
Editore: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms21218227